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Laboratório de Espectrometria de Massas
PROTOCOLO PARA REALIZAR A BUSCA NO MASCOT
Os resultados das análises de peptídeos digeridos serão enviados em formato mgf através do sistema da
Central Analítica, ou o responsável pela amostra poderá retirar os dados brutos pessoalmente.
Com o arquivo .mgf, seguir as instruções abaixo para realizar a busca no banco de dados Mascot:
1. No navegador de internet acessar o link abaixo
http://10.10.1.46/Mascot/cgi/search_form.pl?FORMVER=2&SEARCH=MIS
Obs. Este link refere-se ao banco de dados que a Central Analítica possui licença, sendo possível também
fazer a busca no Mascot online, dependo do tamanho dos dados obtidos.
2. Preencher os seguintes dados conforme formulário da fig. 1:
a. Database(s) – selecionar um ou mais banco de dados para realizar a busca (utilizar Crtl
para selecionar mais de um)
b. Enzima: Selecionar a enzima utilizada na digestão
c. Allow up to:___ (selecionar o número máximo de clivagens faltantes permitidas)
d. Taxonomy – selecionar a taxonomia (não é necessário para o banco de dados Uniprot)
e. Fixed modifications- Selecionar no quadro ao lado as todas modificações fixas e clicar
na seta para passar para o quadro das modificações selecionadas (em geral é
selecionado a modificação Carbamidomethyl (C))
f. Variable modifications- Selecionar no quadro ao lado todas as modificações variáveis e
clicar na seta para passar para o quadro das modificações selecionadas (em geral é
selecionado a modificação Oxidation (M))
g. Peptide tol* – selecionar a tolerância máxima em PPM para o peptídeo (ex. 50 ppm)
h. MS/MS tol*– selecionar a tolerância máxima em Da para os fragmentos MS do peptídeo
(ex. 0.6 Da)
i. Peptide Charge: selecionar a opção 2+, 3+ and 4+ (para análises por ESI+) ou +1 (para
análises por MALDI)
j. Data file: Selecionar o arquivo com extensão .mgf referente ao arquivo que deseja
analisar. Este arquivo será enviado através do sistema da Central Analítica, ou caso seja
retirado o dado bruto processado o mesmo se encontra dentro da pasta de análise (.d),
conforme fig. 2.
k. Data format: Mascot generic
l. Instrument: selecionar de acordo com o equipamento utilizado.
• ESI-QUAD-TOF – para análises realizadas no Maxis 3G- Bruker
• MALDI-TOF-TOF – para análises realizadas no UltrafleXtreme – Bruker
• ESI-TRAP – para análises realizadas no Amazon – Bruker
m. Report top: AUTO
*Esses valores podem ser modificados de acordo com o instrumento utilizado
Fig. 1 Formulário para preenchimento dos parâmetros de busca
Laboratório de Espectrometria de Massas
preenchimento dos parâmetros de busca
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Fig. 2 Seleção do arquivo com extensão .mgf
3. Clicar em Start Search
a. Dependendo do banco selecionado
demorar bastante.
4. O resultado será obtido na tela conforme fig. 3
a. Search parameters
da busca (fig. 3b))
b. Score distribution (ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando
score (fig. 3b))
c. Na aba proteins são listadas as proteínas id
d. Clicando no número da sequência correspondente é possível observar os detalhes da
identificação (fig. 4)
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Fig. 2 Seleção do arquivo com extensão .mgf.
Dependendo do banco selecionado e da complexidade dos dados, a busca pode
O resultado será obtido na tela conforme fig. 3a
(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando os parâmetros
(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando
são listadas as proteínas identificadas e o score correspondente.
Clicando no número da sequência correspondente é possível observar os detalhes da
identificação (fig. 4)
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e da complexidade dos dados, a busca pode
(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando os parâmetros
(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando os gráficos do
entificadas e o score correspondente.
Clicando no número da sequência correspondente é possível observar os detalhes da
Fig 3a. Tela Mascot – resultados mostrados ao finalizar a busca
Fig 3b. Tela Mascot- com abas search parameters
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mostrados ao finalizar a busca.
search parameters e score distribution expandidas.
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Fig. 4. Tela Mascot- detalhes das sequências identificadas.
e. Na aba Report Builder
amostra.
f. O arquivo pode ser exportado em formato CSV
Fig. 5. Tela Mascot- exportação dos dados do
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detalhes das sequências identificadas.
Builder é exibida uma listagem com as proteínas identificadas na
O arquivo pode ser exportado em formato CSV (fig.5)
exportação dos dados do Report Builder para CSV.
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é exibida uma listagem com as proteínas identificadas na
g. Os dados podem ser exportados também nos formatos: XML, CSV, pepXML, mzIdentML,
DTASelect, MascotDat File ou MGF PeakList, clicando no
Export. (fig.6)
Fig. 6. Tela Mascot- exportação dos dados em diferentes formatos.
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Os dados podem ser exportados também nos formatos: XML, CSV, pepXML, mzIdentML,
DTASelect, MascotDat File ou MGF PeakList, clicando no início da tela principal em
exportação dos dados em diferentes formatos.
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Os dados podem ser exportados também nos formatos: XML, CSV, pepXML, mzIdentML,
da tela principal em