QBQ0230 – 2010Aula 3

Proteínas:estrutura primária e bancos de dados

Regina L. Baldinibaldini@iq.usp.br

bloco 12 inferior, sala 1211

São as proteínas que fazem o organismo!

Peptídeos e proteínas

• Cadeias formadas da condensação

de aminoácidos (resíduos)

• Peptídeos são pequenos (2-30 aa,

Mw < 10 kDa)

• Proteínas são polipeptídeos, que

podem também conter

• Mais de uma cadeia polipeptídica

• Cofatores

• Grupos prostéticos

Ligações peptídicas Peptídeos e proteínas são sempre representados do N para o C-terminal

Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

Leu-Ala-Tyr-Gly-Ser

Proteínas são sintetizadas nos

ribossomos(tradução)

a partir de apenas

20 L-α-aminoácidos

diferentes

metilação

Aminoácidos podem sofrer modificação pós-tradução

fosforilação

Exemplos:

acetilação

Proteínas têm composição e número de aminoácidos

específicos, que determinam sua forma e função

HemoglobinaProteínas podem ser conjugadas

a outras moléculasFunções das proteínas

• Catálise:– Hexoquinase (via glicolítica), DNA polimerase (replicação de DNA)

• Transporte:– hemoglobina (O2 ), lactose permease (lactose através da membrana)

• Estrutura:– colágeno (tecido conectivo), queratina (cabelos, unhas, penas, cornos)

• Motilidade:– miosin e actina (músculo)

• Transdução de sinal e regulação:• receptores, quinases, fatores de transcrição

• …

• Carga

• Tamanho (peso molecular)

• Afinidade por um ligante

• Solubilidade

• Hidrofobicidade

• Estabilidade térmica

Proteínas podem ser separadas por suas propriedades físico-químicas

• Qualitativa

� determinação perfil de proteínas de

uma determinada amostra

–eletroforese

• Preparativa

� purificação a partir de uma mistura

complexa

–cromatografia

Separação de proteínas Cromatografia

• Fase estacionária

• Fase móvel

�Propriedades

distintas

Troca iônica

• Separação por carga

Filtração em

gel

• Separação por

tamanho

Afinidade

• Afinidade por

ligante

• Ex: Ni e

histidina

Eletroforese em condições desnaturantes (SDS-PAGE)

dodecil-sulfato de sódio

(detergente)

Todas

negativas,

separação

apenas por

tamanho

Gel de proteína corado com coomasie blue

Eletroforese bidimensional

carga

tamanho

• Métodos de proteólise e degradação

química

�Trabalhosos, demorados e nem sempre eficientes

• Genômica e proteômica

� dedução a partir da sequência do DNA

� Bancos de dados

� Espectrometria de massa

Como determinar a sequência

de proteínas?

• NCBI

• KEEG

• Pfam

• SwissProt

• Expasy: portal de ferramentas de

bioinformática para análise de proteínas– ....vários outros!

Bancos de dados

• Entrar em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• Procurar em “all databases”: SigX

• Entrar em “Proteins”

• Procurar RNA polymerase sigma factor

SigX [Pseudomonas aeruginosa

UCBPP-PA14] – seguir link

• Fazer Blastp e selecionar alinhamentos

• Construir árvore

Exemplo feito na sala de aulaIdentificação de proteínas por

espectrometria de massa