u niversidade f ederal de s anta c atarina c entro de c iÊncias b iolÓgicas l aboratÓrio de p...
TRANSCRIPT
EXTRAÇÃO DE DNA E RNAENZIMAS DE RESTRIÇÃO
UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA CATARINACENTRO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICASLABORATÓRIO DE POLIMORFISMOS GENÉTICOS
Coleta de material biológico:
Quando?De quem?Como?Tratamentos?Quanto mais fresco melhor!Quantidade aceitávelBoa conservação
EPI!Contenção!
Extração de DNA
• Sangue• Tecidos• Células de cultura• Extração plasmídeos de células bacterianas• Purificação de DNA de gel• ...
1. Extração de DNA
De onde podemos extrair DNA?
Material de pacientes e controles - Lapoge
Sangue total
Buffy coats
Amostras de tecido
1. Extração de DNA
ObjetivosObjetivos?
Genotipagem?
Sequenciamento?
IntegridadePureza
Quantidade
PCR – tamanho?
Quantificação de RNA - Expressão?
1. Extração de DNA
1. Extração de DNA
Fundamentos
1. Lisar eritrócitos (choque osmótico)
2. Lisar leucócitos (detergentes)
3. Inativar DNAse (quelante -EDTA)
4. Precipitar/degradar proteínas (sais/proteinase)
5. Precipitar DNA (etanol)
6. Reidratação do DNA em água ou tampão
Principais Métodos
1.Fenol-Cloróformio
2.Salting-out
3. Kits com colunas
1. Extração de DNA
1. Lise I: eritrócitos
2. Lise II: leucócitos
3. Fenol-clorofórmio
4. Precipitação etanol
Fenol-Cloróformio
1. Extração de DNA
• Barato• Simples• Boa quantidade• Boa qualidade• Estabilidade do DNA
• Contaminação da amostra por fenol
• Reagentes tóxicos!
1. Extração de DNA
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0365-05962008000300002
Salting-out 1. Extração de DNA
BaratoSimplesBoa quantidadeBoa qualidadeNão tóxico
Estabilidade do DNA?Sais contaminantes
1. Extração de DNA
1. Extração de DNA Kits
MUITO SimplesBoa quantidadeBoa qualidadeNão tóxico
CaroEstabilidade do DNA
1. Extração de DNA
• Similar a extração de DNA• Protocolo bem mais cuidadoso• Molécula muito mais instável• Amostra pode ser bem conservado em TRIzol,
RNAlater, etc.) - snapshot• É preciso separá-la do DNA
2. Extração de RNA
Extração de RNA: Análises de expressão
• TRIzol• RNAlater• Kit com colunas
2. Extração de RNA
1. Lise I: eritrócitos
2. TRIzol (fenol-guanidina)
3. Clorofórmio
4. Precipitação etanol
TRIzol
Pode ser usado para extração de RNA, DNA e Proteínas!
Kit com colunas
Transcrição reversa
(Quebit)
(Nanodrop)
Espectrofotômetro - Nanodrop
260nm – DNA/RNA280nm – proteína, fenol,..230nm – contaminantes (carboidratos, fenol,..)
260/230 ~1,8260/230 ~2,0
Armazenar?
DNA: -20◦C
Estoque
Uso (diluído)
RNA: -80◦C
Enzimas de
restrição
• Endonucleases produzidas por bactérias para se defender de vírus.
• Quebram o DNA em fragmentos menores, não infecciosos.
• Reconhecem sítios específicos (sítios de restrição) no genoma e a corta.
• São conhecidos mais de 3000 enzimas
Enzima de restrição:
Enzima de restrição: tipos de clivagem
Fragmentação DNA!Clonagem!Genotipagem!...
RFPL: Polimorfismos de comprimento do fragmento de restrição
Detecção dos polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs – single nucleotide polymorphisms).
Os primers utilizados na PCR flanqueiam a região que contém, ou não, o sítio de clivagem reconhecido pela enzima de restrição utilizada.
O produto da PCR é posteriormente submetido à ação da enzima de restrição.
Enzima de restrição: Detecção de SNPs
Enzima de restrição: como ocorre a clivagem
3´ CGTAAATCTATACGAGAATTCACGTACGTA5´5´ GCATTTAGATATGCTCTTAAGTGCATGCAT3´
3´ CGTAAATCTATACGAGTATTCACGTACGTA5´ 5´ GCATTTAGATATGCTCATAAGTGCATGCAT3´
2
1
2/21/22/2 1/21/12/2 1/1
2/2 1/2 1/1
Enzima de restrição: resultado da restrição