terapia gÉnica mediante sistemas crisp-cas...(mojica et al., 2005)(pourcel, salvignol y vergnaud,...
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FACULTAD DE CIENCIAS
GRADO EN BIOLOGÍA
TRABAJO FIN DE GRADO
CURSO ACADÉMICO [2018-2019]
TÍTULO:
TERAPIA GÉNICA MEDIANTE SISTEMAS CRISP-CAS
AUTOR:
DANIEL GARCÍA TORRES
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Resumen
En los últimos años los sistemas CRISPR-Cas han aparecido como una nueva herramienta para
investigar y modificar el genoma. La facilidad para la creación de bases de datos de ARN guía,
encargado de dirigir el corte generado por las nucleasas, permite realizar fácil y eficazmente
investigaciones sobre la función del genoma, transcriptoma y epigenoma. Más recientemente y
en especial con el uso de CRISPR-Cas9, esta tecnología ha comenzado a utilizarse para tratar
enfermedades humanas con el objetivo de corregir las mutaciones en el ADN, que van desde
una base hasta grandes deleciones, y son las causantes de algunas enfermedades hereditarias.
Modificaciones de Cas9 han permitido realizar al sistema prácticamente todo tipo de
modificaciones en el ADN de forma precisa. Además, CRISPR-Cas9 también es utilizado en el
área de la inmunología para tratar enfermedades provocadas por virus o, para promover y dirigir
la acción de las células del sistema inmunitario. En este trabajo se describirá el estado actual de
la herramienta CRISPR-Cas y se hablará de su uso en terapia génica en humanos, de la cual no
existen actualmente tratamientos aprobados y se encuentra en una fase muy temprana de
ensayos clínicos. Además, mediante programas informáticos de acceso libre se realizará una
simulación de un protocolo para tratar la enfermedad de Stargardt, una enfermedad causada
por una mutación en un solo gen, mediante CRISPR-Cas. Con esto se pretende demostrar que
CRISPR-Cas es una herramienta con grandes capacidades para tratar enfermedades que todavía
se encuentra en una fase muy temprana de desarrollo pero se prevé que en un futuro no muy
lejano será utilizada de forma rutinaria en el área de la medicina y la biotecnología.
Palabras clave: CRISPR; Cas9; terapia génica; sgRNA.
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Abstract
In last years, CRISPR-Cas systems have appeared as a new tool to investigate and edit the
genome. The facility to create guide RNA databases, responsible for directing the cut generated
by the nucleases, allows easy and effective research on the function of the genome,
transcriptome and epigenome. More recently, specifically with the use of CRISPR-Cas9, this
technology has begun to be used to treat human diseases, with the objective of correcting
mutations in DNA, like nucleotide changes or large deletions, that are the cause of some
hereditary diseases. Modifications of Cas9 have allowed practically all types of precise DNA
alterations. In addition, CRISPR-Cas9 is also used in the area of immunology to treat diseases
caused by viruses or, to promote and direct the action of cells of the immune system. In this
bibliographic review, the current status of the CRISPR-Cas tool and its use in gene therapy in
humans will be described. There are currently no approved treatments using CRISPR-Cas and it
is in a very early stage of clinical trials.. In addition, a protocol to treat Stargardt disease, a
disease caused by a single gene mutation, using CRISPR-Cas will be simulated by free access
software. This will demonstrate that CRISPR-Cas is a tool with great capacities to treat diseases
that is still in a very early stage of development but it is expected that in a few years it will be
used routinely in the area of medicine and biotechnology.
Key words: CRISPR; Cas9; gene therapy; sgRNA.
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Glosario de abreviaturas:
Por orden de aparición:
- c-NHEJ: terminación canónica no homóloga.
- alt-NHEJ: terminación canónica no homóloga alternativa.
- HR: recombinación homóloga.
- HDR: recombinación homóloga directa.
-TALENs: nucleasas de actividad similar a activadores de la transcripción.
-ZFNs: nucleasas dedos de Zinc.
-CRISPR-Cas: agrupaciones de nucleasas asociadas a repeticiones cortas palindrómicas
regularmente interespaciadas.
-PAM: motivo adyacente al protoespaciador.
-crRNA: ARN de CRISPR.
-tracrRNA: ARN trans-activado.
-sgRNA: ARN guía individual.
-psiRNA: ARN de silenciamiento procariótico.
-DSB: roturas en la cadena doble de ADN.
-dCas9: Cas9 sin nucleasa.
-CRISPRi: CRISPR de interferencia.
-CRISPRa: CRISPR de activación.
-AAV: virus adeno-asociados.
- Células CAR-T: células T con receptor de antígeno quimérico.
- LLCT: leucemia/linfoma de células T.
- HSCs: células troncales hematopoyéticas.
-HbF: hemoglobina fetal.
- ssODN: oligonucleótido donador de cadena simple.
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- APOBEC: enzima editora de la apolipoproteína B mediante ARNm semejante al polipéptido
catalítico.
- UGI: inhibidor de la uraciloglicosidasa.
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Índice 1. Objetivos ............................................................................................................................... 1
2. Introducción ......................................................................................................................... 1
2.1 CRISPR ............................................................................................................................. 2
2.2 Proteínas asociadas a CRISPR o Cas ............................................................................... 4
2.3 Cas9 ................................................................................................................................ 5
2.3.1 Regulación de la transcripción ................................................................................ 6
2.3.2 Modificaciones epigenéticas ................................................................................... 7
2.3.3 Cambios específicos de nucleótidos ........................................................................ 7
2.3.4 Detección de mutagénesis ...................................................................................... 8
2.4 Métodos para introducir CRISPR/Cas9 in vivo ............................................................... 9
3. Metodología ....................................................................................................................... 11
4. Análisis e integración de la información ............................................................................ 13
4.1 Primeras pruebas con CRISPR-Cas9 en humanos. ........................................................ 13
4.2 Ensayos clínicos. ........................................................................................................... 13
4.2.1 Ensayos en tejidos sólidos. .................................................................................... 13
4.2.2 Ensayos en tejidos no sólidos. ............................................................................... 14
4.3 Simulación práctica. ..................................................................................................... 18
4.3.1 Diseño del sgRNA................................................................................................... 18
4.3.2 Modificación del nucleótido mutado. ................................................................... 22
4.3.3 Introducción del sgRNA y el sistema de edición en los pacientes. ........................ 24
5. Conclusiones ....................................................................................................................... 26
6. Bibliografía .......................................................................................................................... 28
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1. Objetivos
En esta memoria se plantean dos objetivos principalmente. En primer lugar, describir el
estado actual de los sistemas CRISPR-Cas9 y su uso en la terapia génica en humanos. Y como
segundo objetivo diseñar un procedimiento para tratar una enfermedad mediante la terapia
génica, en este trabajo se ha elegido la enfermedad de Stargardt (OMIM ID: 248200) causada
por mutaciones puntuales en el gen ABCA4, cuya deficiencia genera daños en el epitelio
pigmentario de la retina y provoca una pérdida de la visión progresiva. Se ha elegido esta
enfermedad por ser monogénica y similar a otras estudiadas para su tratamiento con CRISPR-
Cas y, por tanto, una buena candidata para ser tratada con terapia génica.
2. Introducción
Los genes son fragmentos de ADN que contienen la información para generar un producto
funcional y son la base de la herencia de los seres vivos. En ocasiones aparecen mutaciones en
estas moléculas que provocan alteraciones en el genotipo y, si llegan a expresarse, en el fenotipo
del organismo en el que ocurre, pudiendo originar cambios positivos, neutros o negativos,
estando entre estos últimos los que llamamos “enfermedades monogénicas”. La terapia génica
busca corregir estos cambios perjudiciales evitando así que sus características negativas lleguen
a expresarse y por tanto eliminar la enfermedad.
Así pues, en esta memoria, se describe el estado actual de la ingeniería genómica mediante
la herramienta CRISPR-Cas, su importancia, sus bases y aplicaciones y sus perspectivas futuras.
A la par, se propone, como vertiente práctica del trabajo, el diseño de uno de los componentes
de la herramienta, el RNA guía, con el fin de abordar la reparación de la mutación causante de
la anemia falciforme.
Las mutaciones en el ADN pueden ocurrir por la exposición a radiación ionizante, por agentes
químicos, por errores durante la replicación del ADN o provocadas por una endonucleasa
(Salsman y Dellaire, 2016). En las células existe una maquinaria molecular, destinada a reparar
estos errores, que pueden ser la base de edición genética. Hay 3 vías principales por las que las
mutaciones en la doble hélice son corregidas: terminación canónica no homóloga (c-NHEJ),
terminación canónica no homóloga alternativa (alt-NHEJ) y recombinación homóloga (HR). Las
vías de los NHEJ se activan con el ciclo celular y por ello son la vía de reparación más común,
pero es propensa a generar fallos que resultan en inserciones o deleciones. Por otro lado la HR
se inicia en la fase S o G2 del ciclo celular cuando la cromátida hermana puede ser utilizada como
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molde para reparar el fragmento de ADN afectado, si se utiliza ADN exógeno para realizar la
reparación, entonces hablamos de recombinación homóloga directa (HDR) lo que se utilizó a
principio de los 80 para insertar y reparar genes en embriones de ratón (Salsman and Dellaire,
2016). La HDR requiere de ADN suministrado exógenamente que contenga una secuencia
homóloga a la que flanquea la rotura en la cadena doble (DSB). Con lo que la secuencia que se
busca introducir puede incorporarse en el locus correspondiente de la célula, permitiendo la
modificación precisa de secuencias genómicas (Rouet, Smih y Jasin, 1994). Por lo tanto, la
edición de genes basada en HDR puede usarse para reparar mutaciones causantes de
enfermedades o para modificar secuencias en loci específicos para inducir patrones de
expresión predecibles (Yin, Kauffman y Anderson, 2017).
No fue hasta el siglo XXI cuando la técnica se mejoró con el uso de endonucleasas sitio-
específicas que permitían cortar el ADN en regiones concretas, como las nucleasas de actividad
similar a activadores de la transcripción (TALENs) o nucleasas dedos de Zinc (ZFNs) (Urnov et al.,
2010) y años más tarde también gracias a las agrupaciones de nucleasas asociadas a repeticiones
cortas palindrómicas regularmente interespaciadas (CRISPR-Cas).
2.1 CRISPR
Se comenzó a hablar de estas regiones genómicas en 1987 cuando Nakata descubrió
repeticiones de 29 pares de bases aguas abajo del locus del gen iap en Eschericia coli. Años más
tarde, Jansen y Mojica detectaron que estas repeticiones aparecían en más del 40% de las
especies bacterianas y consensuaron el nombre de CRISPR (Jansen et al. 2002). El origen y
función de estos sistemas seguía sin conocerse y no fue hasta 2005 cuando diversos estudios
(Mojica et al., 2005)(Pourcel, Salvignol y Vergnaud, 2005)(Bolotin et al., 2005) observaron que
las secuencias espaciadoras eran homólogas a ADN presente en virus y plásmidos, siendo las
víricas las mejor representadas y con una mayor homología, lo cual se pensó que era debido a
su mayor facilidad para invadir la célula.
Con todo esto se enunció la hipótesis de que el sistema CRISPR actúa como defensa
adaptativa frente a material genético exógeno debido a que los microorganismos que
presentaban las repeticiones en su genoma eran capaces de defenderse frente a la invasión de
los virus de los que obtuvieron las secuencias (Mojica et al. 2005). Estas secuencias conocidas
actualmente como protoespaciadores aparecen flanqueadas por repeticiones palindrómicas
cortas, y adyacentes a este conjunto aparecen unas secuencias conservadas que actúan como
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líder denominadas PAM (Protospacer Adjacent Motif) que tienen un papel importante en el
funcionamiento de los sistemas CRISPR-Cas (Bolotin et al. 2005).
En el mecanismo de acción participan dos ARN distintos, el ARN de CRISPR (crRNA) que
contiene la secuencia variable objetivo y el ARN trans-activado (tracrRNA) que proporciona una
estructura de tallo-bucle. Estos ARN en conjunto activan y guían a la proteína Cas (CRISPR
asociada) para unirse al ADN exógeno que es seguidamente escindido (Deltcheva et al., 2011).
Un subgrupo de los sistemas CRISPR, el tipo II, utiliza una única proteína Cas para realizar el corte
en el ADN objetivo lo que ha convertido a este tipo en el más interesante para ser usado como
una herramienta de edición genética. Además, la combinación artificial de los crRNAs con los
tracRNAs en un único ARN guía individual (sgRNA) ha permitido simplificar el sistema y lo
convierte en un procedimiento más barato y rápido en comparación que los métodos anteriores
de edición genética sitio-específicos como son las TALENs o ZFNs. (Loesch, Desbois-Mouthon y
Colnot, 2019).
La defensa CRISPR-Cas comprende un proceso de múltiples etapas mediante el cual
fragmentos de ácidos nucleicos extraños se reconocen como no propios y se incorporan en el
genoma del huésped entre repeticiones cortas de ADN (Hsu, Lander y Zhang, 2014).
Posteriormente, estos fragmentos junto con las proteínas Cas del huésped, se utilizan como
sistema inmune de vigilancia y adaptación mediante el cual los ácidos nucleicos extraños
entrantes son reconocidos y destruidos o silenciados (Bhaya, Davison y Barrangou, 2011).
El proceso de defensa de CRISPR-Cas se puede separar en tres etapas. En la primera etapa,
denominada adaptación (Marraffini y Sontheimer, 2010), se produce la adquisición de los
espaciadores e implica el reconocimiento y posterior integración del ADN extraño entre dos
unidades de repetición adyacentes dentro del locus CRISPR, y se eligió el término
protoespaciador para diferenciar que esas secuencias no corresponden al genoma del huésped.
Los protoespaciadores parecen estar integrados principalmente en un extremo del locus CRISPR,
llamado extremo líder (Mojica et al., 2009). Además, es frecuente la aparición de los PAM,
requeridos para la adquisición del fragmento de ADN. Esta primera fase requiere también de
dos nucleasas, Cas1 y Cas2, las cuales están universalmente presentes en los genomas de los
microorganismos que tienen un sistema funcional CRISPR-Cas (Deveau, Garneau y Moineau,
2010).
En la segunda etapa, llamada etapa de expresión, una transcripción primaria o ARN
preCRISPR (pre-ARNr) se transcribe desde el locus CRISPR por la ARN polimerasa. A
continuación, las endorribonucleasas específicas escinden los pre-crRNA en pequeños crRNA.
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Dependiendo de su función, estos pequeños ARN también se han denominado de silenciamiento
procariótico (psiRNA) o ARN guía (Brouns et al., 2013).
En la tercera y última etapa, la de interferencia, los crRNA, dentro de un complejo
multiproteico, pueden reconocer secuencias específicas de ADN exógeno con los que tienen una
complementariedad perfecta o casi perfecta. Esto inicia la formación del complejo crARN-ADN
exógeno, provocando la degradación de la diana. Por otro lado, si hay desajustes entre el
protoespaciador y el ADN objetivo o si hay mutaciones en la PAM, no se inicia la degradación de
la diana. En este caso, el huésped no es inmune al ataque del virus. Esto lleva a la lisis del
hospedador, y el virus liberado puede atacar a otras células hospedadoras susceptibles(Bhaya,
Davison y Barrangou, 2011). Para operar como un sistema de defensa, las tres fases deben ser
funcionales, pero es importante tener en cuenta que cada uno de estos procesos puede
funcionar de manera independiente, tanto mecánica como temporalmente (Garneau et al.,
2010).
2.2 Proteínas asociadas a CRISPR o Cas
Los genes Cas son responsables de codificar proteínas funcionales que actúan como
complejos efectores encargados de mediar y realizar los cortes en la doble hélice del ADN. Los
sistemas CRISPR‐Cas se dividen en dos clases que a su vez se dividen en varios Tipos y subtipos.
La clase 1 contiene los Tipos I, III y IV y se encuentra en bacterias y arqueas, mientras que la clase
2, en la que aparecen los Tipos II, V y VI se detecta sólo en bacterias (Chylinski et al., 2014). La
estructura de las proteínas funcionales es más sencilla en la clase 2 ya que la actividad nucleasa
se lleva a cabo por proteínas “simples” y grandes, en el Tipo II participa Cas9 (Figura 1) y en el
Tipo V lo hace Cpf1, mientras que en la Clase 1 se utilizan varias proteínas que están formadas
por multitud de subunidades formando el complejo CASCADE en el Tipo I y el complejo Cmr o
Csm RAMP para el Tipo III (Karimian et al., 2019).
Figura 1. Estructura del locus CRISPR-Cas9 y sus componentes.
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2.3 Cas9
No fue hasta 2013 cuando la proteína Cas del tipo II de Streptococcus pyogenes (SpCas9) fue
utilizada por primera vez para cortar ADN en células de mamífero, estableciendo las bases para
el uso de CRISPR-Cas9 como herramienta de edición genética (Jinek et al., 2012).
Antes de hidrolizar el ADN, Cas9 sufre un cambio conformacional por la unión del sgRNA y es
dirigido a la zona donde actuará. La especificidad de esta unión está determinada por una
secuencia de 20 nucleótidos precediendo los tres nucleótidos de PAM (Deltcheva et al., 2011).
Después de desenrollar el ADN, la endonucleasa se une a la estructura formada por PAM y el
híbrido ADN-sgRNA y es entonces cuando dos dominios nucleasa introducen la DSB en el ADN
objetivo.
A continuación, la célula responde reparando el error con uno de los procesos mencionados
anterior anteriormente como NHEJ o HDR (Figura 2). En este paso pueden ocurrir mutaciones
debidas a fallos en la reparación de la DSB, que pueden provocar inserciones, deleciones y
cambios de bases (Schaefer et al., 2017).
Figura 2. La nucleasa Cas9 escinde el ADN de doble cadena para introducir roturas de doble
cadena (DSB) que luego son reparadas por NHEJ o HDR. Las vías de reparación de NHEJ
propensas a errores siempre introducen inserciones o deleciones aleatorias (indels) (izquierda),
pero con el uso de un donante de ADN exógeno, la vía HDR puede introducir inserciones precisas
(derecha).
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El poder de la actividad nucleasa está determinada por la eficiencia de unión de Cas9, por lo
que las modificaciones sistemáticas de la estructura de los sgRNA la han mejorado, permitiendo
una mayor eficiencia de Cas9 contra el ADN objetivo (Brooks y Gaj, 2018). Además de Cas9
existen otras nucleasas asociadas a CRISPR de tipo II, que utilizan sitios alternativos de PAM y
además otros tipos de proteínas han sido desarrolladas, por ejemplo Cas13a/b, como
herramientas de ingeniería genómica, pero no son tan comúnmente utilizadas (Smargon et al.,
2017).
Además de utilizar la proteína Cas9 silvestre, se han diseñado Cas9 sin nucleasa o nucleasa-
deficiente (dCas9) que pueden ser fusionadas a dominios efectores otorgándoles la capacidad
de ejecutar modificaciones específicas en zonas puntuales del ADN, estas modificaciones
consisten principalmente en la regulación de la transcripción, del epigenoma, cambios de
nucleótidos específicos o para el cribado de células (Zhan et al., 2018).
2.3.1 Regulación de la transcripción
Uno de los primeros usos de los sistemas CRISPR-Cas9 modificados fue el de regular la
transcripción, se desarrolló un sistema CRISPR de interferencia (CRISPRi) y un sistema CRISPR de
activación (CRISPRa) que aprovechan la fusión de reguladores para reprimir o inducir la
transcripción de genes cuando dCas9 es dirigido al lugar del inicio de la transcripción de un gen
concreto (Singh, Braddick y Dhar, 2017). En la mayoría de los casos, los sistemas de acción de
CRISPRi recaen en la fusión de dCas9 con un dominio represor KRAB para regular la transcripción
del gen aguas abajo. Por el contrario, los CRISPRa no usan un solo mecanismo para aumentar la
expresión génica si no que cuentan con diversas estrategias. La primera de ella utiliza un
activador VP64 (una secuencia de proteína viral de 16 aminoácidos que se utiliza para la
activación transcripcional) fusionado a dCas9, esta estrategia fue mejorada con la fusión de VP64
con otros dos activadores de la transcripción como son p65 y Rta formando el complejo VP64-
p65-Rta (técnica llamada VPR) o con el reclutamiento de múltiples VP64 lo que requiere añadir
una cola larga al epítopo de dCas9 (técnica llamada SunTag). También se ha modificado la
estructura del sgRNA para incluir aptámeros y generar sitios de unión adicionales para dominios
de activación (técnica llamada SAM). Actualmente se sigue investigando cual de estas técnicas
para aumentar la transcripción es más efectiva (Zhan et al., 2018). Otro modo en el que CRISPR-
Cas9 puede ser utilizado como activador de la transcripción es mediante la fusión de dCas9 con
la proteína p300, una histona acetiltransferasa, formando el complejo dCas9-p300, de tal modo
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que se obtiene una proteína p300 programable que permite descondensar zonas específicas de
la cromatina y acceder así regiones genómicas concretas para hacer posible su transcripción.
Este método muestra mejor resultado que los anteriormente comentados cuando las secuencias
objetivo están en las regiones regulares distales de los genes (IB et al., 2015).
2.3.2 Modificaciones epigenéticas
Los sistemas CRISPR-Cas9 también son utilizados para investigar el epigenoma gracias a la
fusión de dCas9 con proteínas que permiten modificaciones epigenéticas en regiones
específicas. Las utilizadas para aumentar la metilación actúan sobre motivos CpG, lo que provoca
una represión de la transcripción. Las más comúnmente usadas son dCas9-DNMT3A (Flitton et
al., 2019) junto con dCas9-DNMT3A-DNMT3L (Stepper et al., 2017). También son utilizados los
sistemas CRISPRi fusionados al represor KRAB ya que este complejo, además de ser un represor,
puede actuar metilando regiones potenciadoras, lo que disminuye la transcripción de genes
(Gilbert et al., 2013). Por contra para disminuir la metilación del ADN se utiliza la proteína TET1
asociada a dCas9 (Flitton et al., 2019).
2.3.3 Cambios específicos de nucleótidos
Últimamente se han desarrollado variantes de Cas9 capaces de inducir cambios de
nucleótidos en bases específicas sin introducir DSBs. Estas nuevas técnicas dependen de
nickasas acopladas a una citidina desaminasa para realizar la transición de C a T o de G a A. Por
ejemplo, en un experimento reciente Komor et al. diseñaron un editor de bases fusionando
Cas9-nickasa (Cas9D10A) a la proteína APOBEC1 de rata que codifica una enzima desaminasa de
citidina y también a un inhibidor de la relación por escisión de bases (BER). Este sistema,
denominado BE3, fue utilizado para corregir la zona Y163C del gen TP53, donde se producen
mutaciones con alta frecuencia en el cáncer de mama, y se comprobó que tenía una gran
eficiencia y una tasa de deleciones o inserciones muy baja (Komor et al., 2016a). Un sistema
alternativo para editar bases, utiliza una deaminasa de citosina inducida por activación para la
desaminación (Nishida et al., 2016). Aunque algunas construcciones muestran un rendimiento
en la edición de bases, comparable al sistema BE3, su principal aplicación es introducir un
conjunto diverso de mutaciones puntuales en los loci seleccionados, incluyendo el cambio a uno
de los otros tres nucleótidos posibles. Por lo tanto, estos sistemas se pueden usar para generar
una gran variedad local de nucleótidos en una región determinada, lo que se utiliza para estudiar
los efectos fenotípicos al aplicar cambios concretos en determinados genes (Ma et al., 2016).
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2.3.4 Detección de mutagénesis
El cribado por CRISPR-Cas9 es una herramienta poderosa para descubrir nuevos puntos
donde se podría actuar en el tratamiento de determinadas enfermedades lo que permitiría el
desarrollo de fármacos nuevos. Esta herramienta permite diferenciar células de una población
en función de su diversidad de genes inactivados, pero son necesarios cantidad de procesos
bioinformáticos y experimentales (Ahmad y Amiji, 2018). En primer lugar, los sgRNAs más
eficientes para cada gen objetivo son seleccionados y creados. En la mayoría de programas de
diseño de sgRNAs, los algoritmos que prevén la eficiencia ya están integrados (Raghavendra y
Pullaiah, 2018; Meier et al., 2017). La librería de sgRNAs es sintetizada como un conjunto de
oligonucleótidos e introducidos en plásmidos lentivirales para generar partículas virales que
infectarán células que expresan Cas9 solo cuando hay niveles bajos de infección, lo que permite
que teóricamente cada célula solo porte un cassette de sgRNA y un gen inactivado.
Seguidamente el conjunto de células se cultiva durante un periodo de tiempo o se le somete a
alguna perturbación tras la que son recolectadas y su ADN es extraído. Con la amplificación y
secuenciación los sgRNAs integrados en los cassettes se puede calcular la cantidad de células
portadores de un gen inactivado concreto. Gracias a esto es posible monitorizar los efectos
fenotípicos de la inactivación de un gen sobre una población celular. Esta herramienta para el
cribado con CRISPR podría modificarse utilizando otras variantes de Cas9 para por ejemplo
realizar cribados de ganancia de función o añadiendo pequeñas moléculas que causen
perturbaciones para investigar interacciones fármaco-gen (Zhan et al., 2018).
Si bien la mayoría de las técnicas de cribado CRISPR están diseñadas para identificar genes
que muestran un fenotipo específico, los nuevos enfoques de cribado tienen como objetivo
obtener una visión más global de los cambios biológicos asociados con la perturbación de un
gen específico. Kuscu et al. demostraron recientemente como el sistema B3 puede ser adaptado
para realizar cribados con CRISPR, ya que mientras que los cribados con la proteína Cas9 silvestre
utilizan inserciones o deleciones para inhabilitar funcionalmente los genes, la herramienta
CRISPR-STOP mediada por BE3, fija nucleótidos objetivo donde introduce codones de
terminación. A pesar de que este sistema está limitado a un pequeño número de sitios
potenciales de unión de los sgRNAs, ofrece una solución alternativa para evitar la formación de
artefactos que suelen ocurrir tras varios DSBs al actuar sobre gentes que aparecen amplificados
(Kuscu et al., 2017).
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2.4 Métodos para introducir CRISPR/Cas9 in vivo
Para aplicar CRISPR-Cas9 in vivo, es necesario transportar Cas9 y el sgRNA al interior de las
células diana. El método ideal será aquel que ofrezca una gran eficiencia de edición, que cause
poca respuesta inmunogénica y que sea capaz que de dirigir Cas9 y el sgRNA al órgano o tejido
seleccionado (Cai et al., 2016). Los primeros experimentos de edición genética con CRISPR-Cas9
utilizaron plásmidos de expresión con los dos componentes necesarios, pero se realizaron ex
vivo (Dwivedi et al., 2018). En organismos modelo como los ratones, este método también es
adecuado para aplicaciones in vivo, ya que el plásmido puede suministrarse al tejido mediante
inyección hidrodinámica (Xue et al., 2014) o mediante electroporación (Zuckermann et al.,
2015). En ocasiones, la eficiencia de la edición es baja debido a que Cas9 cuenta con baja
actividad y puede ser pobremente controlada, por lo que para mejorar su uso in vivo se han
desarrollado métodos de introducción más eficientes, tanto virales como no virales.
Los virus adeno-asociados (AAV) han surgido como una herramienta potente debido a que
no son integrativos, poseen una gran eficiencia de transducción y son compatibles
serológicamente con una gran proporción de la población humana (Bak y Porteus, 2017).
Además, esta familia de virus cuenta con una gran diversidad de serotipos con distintos
tropismos tisulares, permitiendo seleccionar como objetivos diferentes órganos y tejidos,
aunque debido al limitado espacio de carga con el que cuentan estos vectores a veces es
necesario introducir Cas9 y el sgRNA en vectores diferentes. Para que lleguen a su objetivo, los
AAVs pueden ser administrados sistemática o directamente en el tejido diana. Wu et al.
demostraron que inyecciones subretinales de estas partículas pueden modificar eficazmente el
gen NRL en los receptores retinales postmitóticos (Yu et al., 2017). En un procedimiento similar,
también se administraron inyecciones locales en el núcleo estriado de ratones para modificar el
gen HTT (Yang et al., 2017). En cuanto a la vía sistémica, es importante seleccionar el serotipo
correcto de AVV para que la edición genómica se produzca en el tejido deseado y además colocar
Cas9 tras promotores específicos de ese tejido para evitar que se accione en otros. Este
procedimiento fue utilizado con éxito para editar el gen de la ornitina transcarbamilasa en
hígado de roedor y el gen de la distrofina en tejido muscular (Yang et al., 2016; Tabebordbar et
al., 2015) y tras la aplicación sistemática la frecuencia de edición estuvo entre el 10% y el 70%
lo que es suficiente para poder observar mejoras fenotípicas en los modelos de roedores y, por
tanto, permite tratar estas enfermedades hereditarias. A pesar de que tanto la expresión de
Cas9 y la presencia del AAV causa una respuesta humoral, esta no produce daño celular aparente
(Yang et al., 2016).
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Una alternativa al uso de virus para el transporte de CRISPR-Cas9 son las nanopartículas
lipídicas, cuya mayor ventaja es que pueden ser creadas a escala industrial y por tanto es posible
alcanzar unas dosis de producción más similares al resto de fármacos comúnmente usados (Finn
et al., 2018). Las nanopartículas lipídicas ya han sido utilizadas para transporta siRNA y mRNA
en pruebas clínicas (Liu y Shui, 2016; Li y Snider, 2018) pero no fue hasta hace poco que una
serie de estudios demostraron que el ARN de Cas9 y los sgRNA pueden ser introducidos en estas
nanopartículas y transportadas con alta eficiencia (Pardi et al., 2017; Jiang et al., 2017; Finn et
al., 2018). Además, las nanopartículas modificadas pueden cargarse adicionalmente con un
fragmento de un gen que actúe como donante y, por lo tanto, también permiten la HDR. En un
estudio se realizó una corrección del gen de la distrofina mediante de la inyección intramuscular
de nanopartículas lipídicas que contaban con un gen modelo de un donante sano, pero la
eficiencia de edición fue bastante baja (5,3%) (Lee et al., 2017).
Actualmente se están realizando grandes esfuerzos para establecer y mejorar CRISRP-Cas9
como una herramienta de reparación genética que pueda ofrecer grandes avances en la terapia
génica, pero el éxito de esta herramienta dependerá en gran medida de las mejoras que se
realicen en la administración específica de Cas9 junto con el sgRNA en un tejido concreto sin
actuar en otras líneas celulares y de las experiencias obtenidas de experimentos actuales y
futuros (O’Brien et al., 2019).
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3. Metodología
En esta revisión bibliográfica sobre la terapia génica mediante sistemas CRISPR-Cas, la
búsqueda bibliográfica se ha fundamentado en la búsqueda electrónica a través de las bases
“Scopus”, “Pubmed” y “ScienceDirect”. También se han utilizado bases de datos públicas sobre
ensayos clínicos que utilicen los sistemas CRISPR-Cas, en especial las bases: “ClinicalTrials”,
“Smartpatients” y “JMACCT”. Para ello se realizó una búsqueda del término “CRISPR” en estas
bases a día 10 de mayo de 2019 obteniéndose 26 ensayos, los cuales fueron filtrados con los
siguientes criterios:
- Ensayos que no utilizan CRISPR-Cas.
- Ensayos suspendidos.
- Ensayos que llevan más de un año sin actualizar su estado.
Tan solo 12 ensayos cumplían todos los criterios. La figura 3 resume el proceso seguido para
la selección de los ensayos.
Figura 3. Selección de ensayos para la investigación.
Se confeccionó un cronograma estimativo con la distribución de todas las tareas a realizar,
junto con el tiempo en semanas para controlar y organizar el trabajo por fases. A continuación,
se muestra el diagrama de Gantt:
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12
Actividad/Tarea 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1. Búsqueda de bibliografía general 2. Búsqueda de bibliografía específica 3. Busqueda de ensayos clínicos 4. Organización de la información 5. Síntesis y compresión de la información 6. Estudio y comparación de los datos 7. Redacción del trabajo 8. Tutorias 9. Corrección del trabajo
10. Entrega del trabajo
Figura 4. Diagrama de Gantt
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13
4. Análisis e integración de la información
4.1 Primeras pruebas con CRISPR-Cas9 en humanos.
La capacidad para editar genes, no solo en modelos de cultivos celulares u organismos
modelo, sino también en humanos, se llevan discutiendo desde mucho antes de que se hayan
desarrollado las tecnologías necesarias para poder realizarlo. Esta terapia génica somática se
puede definir como la introducción de nuevo material genético en células somáticas o la
modificación del ya existente, con el objetivo de expresar productos genéticos terapéuticos que
sirvan en el tratamiento de enfermedades concretas (Hong, 2018). Los ensayos de terapia génica
se llevan realizando desde los años 80 sin mucho éxito debido a problemas con el silenciamiento
de los productos genéticos, la respuesta inmune del huésped, los vectores virales y la
mutagénesis espontánea (Musunuru, 2017). Aunque la mayoría de estos problemas no se han
resuelto fundamentalmente, en los últimos años se han publicado resultados prometedores de
la terapia génica somática (Hirsch et al., 2017; Perry et al., 2017). Las nuevas tecnologías de
edición de genes pueden solventar algunos de los problemas actuales y permitir la modificación
permanente de las células somáticas. Al igual que en estudios con animales, se estudian los
enfoques in vivo y ex vivo. En comparación con la edición del genoma ex vivo, la edición del
genoma in vivo está aún menos implementada en los ensayos clínicos.
4.2 Ensayos clínicos.
En octubre de 2016, comenzó el primer ensayo clínico que utilizó CRISPR en humanos, en la
Universidad de Sichuan (ClinicalTrials.gov: NCT02793856) (Yi y Li, 2016). Hasta el momento, 25
ensayos clínicos que usan CRISPR han sido registrados en bases oficiales de ensayos clínicos.
Estos ensayos se centran, principalmente, en el tratamiento de diversas neoplasias malignas y
en la infección por VIH, aunque 16 de estos ensayos se encuentran cancelados o sin actualizarse
desde el año 2017.
4.2.1 Ensayos en tejidos sólidos.
Al trabajar sobre tejidos es necesario hacer llegar los componentes del sistema CRISPR-Cas
hasta la zona donde se busca que actúen, sin que alcancen otras zonas donde podrían causar
efectos adversos. La gran mayoría de pruebas con CRISPR-Cas sobre tejido sólidos se han
realizado en roedores donde es posible la administración directa vía inyección pero en humanos
esto solo es posible en determinados tejidos (Chow y Chen, 2018). Además existe un problema
de escalado de las dosis ya que las que se utilizan en roedores no pueden ser extrapoladas a
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14
humanos y es muy difícil obtener los permisos para realizar las comprobaciones de dosis en
humanos debido a problemas tanto éticos como de salud (Brokowski y Adli, 2019). Actualmente
siguen desarrollándose nuevos métodos para lograr esto a la vez que se mejoran los ya
existentes.
Un único ensayo está realizando pruebas sobre tejidos sólidos en humanos (ClinicalTrials.gov:
NCT03872479). Este estudio que se encuentra en la fase 1-2, busca evaluar la tolerabilidad, la
eficacia y la seguridad de dosis crecientes de AGN-151587, un fármaco para la edición genética
basado en CRISPR-Cas9. El fármaco se administrará mediante una inyección subretinal a
pacientes con amaurosis congénita de Leber causada por una mutación (c.2991+1655A>G),
homocigótica o heterocigótica, en el intrón 26 del gen CEP290. Corrigiendo esta mutación
directamente en la zona afectada prevén una mejora en la visión de los pacientes sin que se
produzca una toxicidad excesiva que cause daño a la retina. Este estudio es el único en tejidos
sólidos y es posible gracias a que es un tejido fácilmente accesible. El fármaco está protegido
bajo patente por lo que no es posible acceder a información publicada sobre como utilizan el
sistema CRISPR-Cas9 para corregir la mutación.
4.2.2 Ensayos en tejidos no sólidos.
Estos ensayos se centran en modificar principalmente linfocitos T o células madre
hematopoyéticas. Esto facilita en gran medida las pruebas debido a que al encontrarse en un
medio líquido es posible extraer las células y modificarlas fuera del cuerpo del paciente para,
más tarde, volver a introducirlas ya alteradas (You et al., 2019).
En el China PLA General Hospital, bajo la dirección de Weidong Han, se están realizando
pruebas (ClinicalTrials.gov: NCT03545815 y NCT03747965) para tratar con CRISPR-Cas9 los
tumores sólidos que expresan mesotelina, un marcador bioquímico que aparece en las células
cancerosas mesoteliales (Forest et al., 2018). Utilizan CRISPR-Cas9 para inactivar los genes PD-1
y TCR de las células T con receptor de antígeno quimérico (células CAR-T), lo cual debería
provocar un mayor efecto de estas células sobre los tumores al evitar que se inactiven (Mizuno
et al., 2019). Esto es debido a que PD-1, un inhibidor del punto de control presente en la
superficie de las células cancerosas puede unirse al receptor PD-1 en las células T activadas e
inhibir el efecto de la eliminación de los cánceres mediada por células T. Por lo tanto, la
eliminación genética de PD-1 puede ser un método útil para mejorar la eficacia de la
inmunoterapia basada en células (Topalian, Drake y Pardoll, 2015). El segundo estudio
combinará esta técnica junto con un tratamiento previo con paclitaxel, un fármaco
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15
quimioterapéutico que inhibe la formación del huso mitótico, y ciclofosfamideto, un
inmunosupresor (Lu et al., 2011). Además, al estar en una fase inicial, también buscan conocer
la viabilidad de las células modificadas al ser reinyectadas en el cuerpo y comprobar que son
seguras para el paciente. Comenzarán con dosis bajas que irán aumentando con el estándar 3+3,
empezando en el nivel de dosis I de este estándar. Sin embargo, no se especifica como se
realizará la modificación celular con CRISPR-Cas9.
Los anteriores estudios no son los únicos que utilizan CRISPR-Cas9 para inactivar los genes
de PD-1 y TCR como terapia contra el cáncer, en Estados Unidos, la universidad de Pensilvania
está realizando un estudio muy similar (ClinicalTrials.gov: NCT03399448) pero dirigiendo a los
linfocitos modificados contra la diana NY-ESO-1 propia de los cánceres de esófago (Thomas et al.,
2018). En este ensayo las células CAR-T se transducen con vectores lentivirales para que sean
capaces de reconocer NY-ESO-1 y se utiliza la electroporación para introducir Cas9 junto con los
sgRNA para inactivar los genes de TCRα, TCRβ y PD-1.
En otro estudio, el hospital infantil de Texas junto con el Colegio de Medicina de Baylor (Huston,
Texas) buscan tratar la leucemia/linfoma de células T (LLCT) (ClinicalTrials.gov: NCT03690011).
Basándose en estudios anteriores de los mismos investigadores (Rezvani et al., 2017)(Carrum et
al., 2019) tienen como objetivo extraer linfocitos T de los pacientes con leucemia para cultivarlos
y reintroducirlos cuando sean suficientes para ser efectivos sobre la leucemia, pero además se
les añadirá un receptor anti-CD7 en su membrana externa para que sean capaces de reconocer
las células T cancerosas (Rezvani et al., 2017) y un receptor CD28 que actúa como potenciador
de los linfocitos T (Arnold et al., 2014). En el experimento utilizan CRISPR-Cas9 para eliminar los
genes de CD7 de los linfocitos extraídos y así evitar que se destruyan unos a otros. Estas células
modificadas son un producto aún no aprobados por la Administración de drogas y alimentos de
EE. UU. (FDA) y se administrarán en tres dosis diferentes junto a agentes inmunosupresores
(ciclofosfamida) y una sustancia quimioterapéutica (fludarabina). Al tratarse de un estudio en la
fase I, su principal objetivo es conocer la dosis máxima sin que se produzca toxicidad.
Una cuarta institución también trabaja con células CAR-T, en este caso es la universidad de
Sichuan, que como ya se mencionó anteriormente fue la primera en realizar pruebas con CRISPR-
Cas en humanos. La universidad en colaboración con la compañía Chengdu MedGenCell ha
desarrollado células CAR-T con el gen de PD-1 inactivo como terapia contra el cáncer y en 2016
iniciaron una serie de ensayos de escalado de dosis para comprobar si realizan su efecto sin
resultar peligrosas para el paciente. Tres de estos ensayos están a cargo de la Universidad de
Pekín mientras que solo uno la Universidad de Sichuan. Aunque no lo indican directamente,
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16
observando estudios anteriores de los mismos investigadores junto con resultados ya
publicados (Yi y Li, 2016; Su, Liu y Zou, 2015; Koshkin y Rini, 2016), es probable que la
inactivación se realizará introduciendo en plásmidos los sgRNA junto con Cas9 por
electroporación. Actualmente cuentan con cuatro ensayos los cuales se encuentran en pausa
debido a la falta de financiación. Uno de ellos utiliza las células modificadas para tratar el cáncer
de pulmón metastático de células no pequeñas (ClinicalTrials.gov: NCT02793856), otro para el
cáncer de vejiga con invasión muscular (ClinicalTrials.gov: NCT02863913), un tercero para el
carcinoma renal metastático (ClinicalTrials.gov: NCT02867332) y un por último para el cáncer de
próstata resistente a la castración (ClinicalTrials.gov: NCT02867345).
Dejando de lado los linfocitos T, las células troncales hematopoyéticas (HSCs) son también
ampliamente usadas en estudios para el tratamiento de diversas enfermedades. La farmacéutica
Vertex está probando en adultos jóvenes su fármaco CTX001 desarrollado por CRISPR
therapeutics para tratar la β-talasemia dependiente de transfusión (ClinicalTrials.gov:
NCT03655678). Otro ensayo que está realizando Vertex (ClinicalTrials.gov: NCT03745287)
también utiliza un procedimiento bautizado como CTX001 para tratar la anemia falciforme. Este
tratamiento consiste en modificar las células HSCs CD34+ una vez extraídas. Se introduce
CRISPR-Cas9 en las células por electroporación y se utiliza para inhibir la expresión de BCL11A,
un gen que produce un represor de la hemoglobina fetal (HbF). Este cambio provoca una mayor
producción de HbF, con el objetivo de que esas células modificadas se diferencien como glóbulos
rojos que sobreexpresen HbF (El-Beshlawy y El-Ghamrawy, 2019)(You et al., 2019). La HbF es un
tipo de hemoglobina que está presente naturalmente en el nacimiento, y que posteriormente
es reemplazada por la forma adulta de la hemoglobina. La elevación de HbF por CTX001 tiene el
potencial de disminuir los requisitos de transfusión para los pacientes con β-talasemia y de
reducir las crisis falciformes que producen dolor y debilidad a los pacientes con anemia
falciforme (Musallam et al., 2012). Al tratarse de estudio Sen fase I-II, los objetivos principales
son conocer las dosis adecuadas para ser suministrado, comprobar si la administración produce
cambios en el hemograma y en la calidad de vida y, secundariamente, si estos cambios vienen
acompañados de modificaciones en la proporción de alelos de las células sanguíneas con
respecto al inicio.
Siguiendo con el uso de HSCs, la empresa Allife Medical Science and Technology también se
encuentra realizando la fase I de un tratamiento para la β-talasemia dependiente de transfusión
(ClinicalTrials.gov: NCT03728322), pero en este ensayo no sustituyen una hemoglobina por otra
si no que tratan de corregir el gen HbB, cuya mutación produce la enfermedad (Lattanzi et al.,
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17
2019). Este ensayo no ofrece información ni del modo en que CRISPR-Cas9 será utilizado para
reparar el gen ni de como los componentes del sistema serán introducidos en las células.
Entidad (ensayo) Células modificadas
Enfermedad Uso de CRISPR-Cas9
Método de introducción
China PLA General Hospital (NCT03545815)
Células CAR-T Mesotelioma Inactivar genes
Desconocido
China PLA General Hospital (NCT03747965)
Células CAR-T Mesotelioma Inactivar genes
Desconocido
Universidad de Pensilvania (NCT03399448)
Células CAR-T Cáncer de esófago
Inactivar genes
Lentivirus (CRISPR-Cas9) Electroporación (sgRNA)
Hospital infantil de Texas junto con el
Colegio de Medicina de
Baylor (NCT03690011)
Células CAR-T Leucemia de las células T o linfomas
Eliminar gen Desconocido
Universidad de Sichuan junto con Chengdu MedGenCell Co. (NCT02793856)
Células CAR-T Cáncer de pulmón metastático de células no pequeñas
Inactivar gen Electroporación
Universidad de Pekín (NCT02863913)
Células CAR-T Cáncer de vejiga con invasión muscular
Inactivar gen Electroporación
Universidad de Pekín (NCT02867332)
Células CAR-T Carcinoma renal metastático
Inactivar gen Electroporación
Universidad de Pekín (NCT02867345)
Células CAR-T Cáncer de próstata resistente a la castración
Inactivar gen Electroporación
Vertex (NCT03655678) HSCs CD34+ β-talasemia dependiente de transfusión
Inactivar gen Electroporación
Vertex (NCT03745287) HSCs CD34+ Anemia falciforme
Inactivar gen Electroporación
Allife Medical Science and Technology Co. (NCT03728322)
HSCc β-talasemia dependiente de
transfusión
Corregir gen Desconocido
Tabla 1. Resumen de los ensayos clínicos que en la actualidad utilizan CRIPR-Cas9 sobre
tejidos no sólidos de humanos.
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18
4.3 Simulación práctica.
En este apartado se plantea diseñar mediante programas informáticos un método para tratar
la enfermedad de Stardgardt producida por mutaciones en el gen ABCA4, una enfermedad
monogénica recesiva de la cual no se han publicado artículos ni ensayos médicos en las que
utilicen CRISPR-Cas9 para tratarla en humanos. Se ha elegido esta enfermedad por estar causada
por la mutación de un solo gen y por afectar a una zona de fácil acceso para la administración
de fármacos, lo que la convierte en una buena candidata para ser tratada con CRISPR-Cas. En
esta simulación se diseñarán los sgRNA correspondientes y se utilizará Cas9 para la reparación
del gen ABCA4. Se corregirá la variante NM_000350.2(ABCA4):c.1669T>C(p.Tyr557His), una
mutación contrasentido no estudiada anteriormente que provoca el cambio de una tirosina a
una histidina, se elige esta mutación por ser contrasentido y por no haber sido estudiada. Los
afectados por mutaciones contrasentido en el gen ABCA4, producen una acumulación en la
retina de lipofuscina, un material de desecho del metabolismo (Avela et al., 2018), en esta
simulación se asume que por tanto esta mutación también provocará el fenotipo de la
enfermedad, pero aunque esto no fuera así no supondría ningún impedimento al tratarse de
una simulación del uso de CRISPR-Cas que no será llevada a cabo experimentalmente. Este
material no se elimina debido al mal funcionamiento de la proteína, lo que provoca la muerte
de células retinales y por tanto daños en la retina que causan pérdida de visión, pero la cantidad
de pérdida varía. Existen muchas formas diferentes del gen defectuoso y, como resultado,
algunas personas tienen una enfermedad más grave que otras (Spiteri Cornish et al., 2017).
La enfermedad de Stargardt conduce a la atrofia del epitelio pigmentario retinal y una vez
que se establece la atrofia y se pierde, también comienza a perderse el epitelio coriocapilar. Se
intentó realizar trasplantes del epitelio pigmentario retinal pero a pesar de que ha demostrado
retrasar la aparición de síntomas si se realiza en niños (Naycheva et al., 2013), este
procedimiento no es capaz de mejorar la función en pacientes adultos debido a que es poco
probable que el tejido trasplantado sobreviva debido a la falta de nutrición si no hay coriocapilar,
por lo que no cura la enfermedad (Mehat et al., 2018). El uso de CRISPR-Cas9 para reparar el
gen se plantea como una posible solución a la enfermedad (Burnight et al., 2017).
4.3.1 Diseño del sgRNA.
Para el diseño del sgRNA se utilizará la herramienta CrispRGold (Chu et al., 2016) diseñada
por el Centro de Medicina Molecular Max Delbrück de Alemania. Se planteó utilizar otras
plataformas como CRISPcut (Dhanjal, Radhakrishnan y Sundar, 2018), E-CRISPR (Heigwer, Kerr y
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19
Boutros, 2014) o CRISPRy (Blin et al., 2016) pero se eligió CrispRGold debido a la facilidad para
interpretar su interfaz y a que cuenta con grandes bases de datos, especialmente para genes
humanos. Esta página proporciona sugerencias para los sitios de unión de los crRNA más
apropiados dentro de la región deseada del genoma humano y diseña sgRNA para ellos.
CrispRGold identifica secuencias diana complementarias al crRNA que terminan en un PAM 3’
requerido para que Cas9 corte el ADN. La herramienta requiere que sea introducida, en formato
FASTA, la secuencia de la región donde se encuentra la mutación que queremos reparar, la cual
se puede obtener en la base de datos dbSNP (dbSNP, 2019). La búsqueda se realiza
introduciendo el código rs, un código designado por la base de datos para la mutación
NM_000350.2(ABCA4):c.1669T>C(p.Tyr557His), en el gen ABCA4. En este caso el código es
obtenido en la base de datos ClinVar (ClinVar, 2019) mediante la búsqueda de mutaciones para
este gen en su buscador y corresponde al rs113789195. Una vez obtenido el código ya es posible
realizar la búsqueda en la base de datos dbSNP (Figura 5) y una vez realizada, descargar el
archivo FASTA correspondiente a la región objetivo.
Figura 5. Posición de la mutación en el visor de variaciones de la base de datos dbSNP. En rojo
aparece marcado el codón que presenta la mutación.
El primer paso para diseñar el sgRNA es seleccionar dentro de la página web de CrispRGold
el apartado de Diseño y asignar como organismo a Homo sapiens junto con el genoma de
referencia, en este caso se usará GRCh38 por ser el más actual. Se indica que la secuencia va a
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20
ser introducida en formato FASTA y que nos muestre todos los sgRNA disponibles para la
secuencia. El resto de los valores se dejan por defecto (Figura 6).
Figura 6. Interfaz de la herramienta de diseño CrispRGold donde se muestran los valores
introducidos para diseñar los sgRNA.
El sgRNA elegido es el SEQ1_6, cuya secuencia es la siguiente: CTGGTCCAGGGATACATGTC.
Este sgRNA no cuenta con los niveles de especificidad más altos pero estos son aceptables, según
los criterios de los desarrolladores de la herramienta (Graf et al., 2019), y es el único que su
secuencia hibrida en la zona de la mutación lo que es necesario para realizar el cambio de
nucleótido (Schatoff, Zafra y Dow, 2019), además de una secuencia PAM del tipo 5’-NGG-3’ (en
este caso AGG) lo que hace más interesante su uso. La página ofrece otros datos como la
temperatura de fusión o la energía de unión del sgRNA que no se tendrán en cuenta al tratarse
de una simulación.
Una vez obtenido el sgRNA es conveniente comprobar que no existan sitios off-target en el
genoma, es decir, que no se una a regiones de secuencia similar sobre las que no debería actuar.
Algunos de estos off-target pueden explicarse por la unión de Cas9 a secuencias PAM no
canónicas (Tadić et al., 2019). Las herramientas en línea para el diseño in sillico de las moléculas
de sgRNA pueden clasificarlas según su similitud de secuencia con otras no objetivo que se
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21
encuentran en el genoma y pueden predecir posibles sitios off-target donde se unirá. Sin
embargo, diversos experimentos in vivo e in vitro (Hsu, Lander y Zhang, 2014; Zheng et al., 2017)
han revelado que estas herramientas subestiman los posibles sitios de unión. A pesar de esto es
conveniente su comprobación para la cual se utilizará la herramienta Cas-OFFinder (Bae, Park y
Kim, 2014). Cas-OFFinder permite la búsqueda rápida de posibles sitios off-target en cualquier
genoma secuenciado sin limitar la secuencia PAM o el número de bases que no coinciden. Una
vez en la web de Cas-OFFinder, se copiará la secuencia del sgRNA sin la PAM y se elegirá como
organismo objetivo al ser humano, además se especifica que es del tipo de PAM 5’-NGG-3’
(Figura 7A), el resto de los parámetros no se han tenido en cuenta al tratarse de una simulación.
Tras rellenar los datos se pulsa el botón de enviar y se procede a la búsqueda. Los resultados
(Figura 7B) muestran que existe un sitio off-target para el sgRNA seleccionado. El siguiente paso
fue buscar las coordenadas del sitio off-target en IGV (Robinson et al., 2011) una herramienta
de visualización de alto rendimiento para la exploración de grandes conjuntos de datos
genómicos integrados, en la cual es posible observar que la posición indeseada donde podría
actuar el sgRNA (Figura 7C). Esta zona corresponde a una región intrónica alejada de cualquier
exón por lo que su modificación no debería conllevar ningún efecto negativo para los pacientes
y por tanto la simulación puede seguir adelante.
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22
Figura 7A. Página de inicio de la herramienta Cas-OFFinder donde se seleccionan los
parámetros para la búsqueda de sitios off-target. La flecha roja indica donde se introduce la
secuencia del sgRNA. La flecha azul indica el tipo de PAM seleccionado.
Figura 7B. Página donde se muestran los resultados de la búsqueda de sitios off-target para
el sgRNA diseñado. Aparecen las coordenadas dentro del genoma de un sitio off-target.
Figura 7C. Interfaz de la herramienta IGV. En rojo aparece marcada la zona donde
aproximadamente podría actuar el sgRNA, puede observarse que no aparece ningún exón a mas
de 1000pb en ambas direcciones.
4.3.2 Modificación del nucleótido mutado.
La mutación escogida para reparar, responsable de la enfermedad, es un cambio de una
timina (T) a una citosina (C), por lo que para tratar la enfermedad con CRISPR-Cas9 es posible
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23
utilizar Cas9 modificada para que actúe como un editor de bases. Los editores de base consisten
en una nucleasa Cas9 parcialmente activa (Cas9D10A) unida a una enzima modificadora de ADN
natural o sintética, de tal modo que no es necesario producir DSB (Schatoff, Zafra y Dow, 2019).
Utilizando las enzimas existentes, únicamente es posible inducir cambios de C a T, de G a A, de
A a G o de T a C, es decir, de purina a purina o de pirimidina a pirimidina, pero aún no hay
sistemas descritos que catalicen directamente las transversiones de nucleótidos (Kim et al.,
2017). En esta simulación el cambio buscado es de C a T por lo que esto no supone un problema.
Se utilizará el editor de bases descrito por Komor et al (Komor et al., 2016), formado por dCas9
fusionado a APOBEC (enzima editora de la apolipoproteína B mediante ARNm semejante al
polipéptido catalítico) y UGI (inhibidor de la uraciloglicosidasa), además se añade un segundo
UGI junto con una proteína GAM (proteína inhibidora de la nucleasa del huésped).
El dCas9 se asocia con un sgRNA para unirse y desenrollar parcialmente unos 20 pb de interés
en el genoma permitiendo así que la enzima APOBEC, con su dominio citidina desaminasa,
induzca un cambio de C a U (uracilo). El cambio se produce dentro de una ventana de 3–8 pb de
la secuencia de destino y esta modificación se repara posteriormente por mecanismos de
reparación celular a T. APOBEC se vincula a dCas9 a través de una secuencia de enlace (Figura
9), y al cambiar la longitud y la composición del mismo se puede ampliar o reducir el rango de la
ventana de edición, de tal modo que podría reducirse para que solo una C fuese modificada. En
el caso de el sgRNA diseñado, la mutación queda en la posición 7 (Figura 8).
Figura 8. Ventana donde aparece la región del sgRNA homóloga al gen ABCA4. En verde
aparecen los dos nucleótidos previos a la ventana de edición, en azul aparece el rango de la
ventana de edición y en rojo la C que se busca reparar.
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24
Figura 9. Esquema de los componentes del sistema de edición de bases.
Posteriormente el UGI, sirve para bloquear la enzima uracil ADN glicosilasa para que no
revierta la falta de coincidencia de U:G a una C:G. Se puede agregar un segundo UGI al complejo
para aumentar la frecuencia de las ediciones C a T. La adición de GAM en el extremo N reduce
la frecuencia de las inserciones/deleciones en el sitio objetivo (Schatoff, Zafra y Dow, 2019). A
pesar de que en la secuencia diana aparecen dos C en la ventana de 3-8p y, podría reducirse la
ventana de edición de tal modo que solo afectase a la C que produce la mutación. Si esto no
pudiera llevarse a cabo tampoco supondría un problema debido a que el codón donde se
encuentra la primera C corresponde a “GAC” cuyo producto es el ácido aspártico y de ser
modificado cambiaria a “GAT” produciéndose una mutación sinónima o silenciosa sin cambio de
producto final.
4.3.3 Introducción del sgRNA y el sistema de edición en los pacientes.
La introducción de los componentes del sistema CRISPR necesitan de un vector y debido al
pequeño tamaño de los componentes de esta simulación (Komor et al., 2016) y a que solo se
utiliza un sgRNA lo que reduce enormemente la carga de este método. Estos podrían ser
introducidos en plásmidos y cargados en un único vector basado en virus adeno-asociados, o
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25
AAV (Xu et al., 2019). Los AAV se basan en el virus adenoasociado, un parvovirus no patógeno
de ADN monocatenario. Cuenta con un perfil de seguridad alto y produce una expresión génica
duradera, por lo que se han convertido en el vector preferido para la terapia siempre que el
tamaño de los componentes permita su uso ya que solo admite 4,7kb (McDougald et al., 2019).
Finalmente estos se introducirían mediante una inyección directa en la retina, lo cual ya ha
demostrado ser eficaz en modelos animales (Wu et al., 2016; Ruan et al., 2017; McDougald et
al., 2019; Zhang, Zhang y Yin, 2019) y es el método utilizado en un ensayo para tratar el síndrome
de Leber (ClinicalTrials.gov: NCT03872479). Para la inyección, se utilizará una aguja de calibre 30
para crear un agujero cerca del limbo y se administrará 1μl de virus en el espacio subretiniano
(Xu et al., 2019).
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26
5. Conclusiones
1. Cabe destacar la eficacia de CRISPR-Cas como herramienta de edición genética
permitiendo realizar prácticamente cualquier tipo de edición en un genoma, con gran sencillez,
versatilidad y aplicabilidad.
2. El uso de CRISPR-Cas para tratar enfermedades es muy reciente por lo que aún no es
posible encontrar terapias aprobadas que los usen, pero si existen pruebas clínicas que ya están
introduciendo su uso en humanos.
3. Se están realizando 25 ensayos clínicos en humanos donde destaca el uso de CRISPR-Cas
sobre células sanguíneas para tratar el cáncer y para tratar enfermedades oculares y musculares
debido a la facilidad de administración de los componentes en estos tejidos. Todos los ensayos
se encuentran en fase I y II, de comprobación de dosis y efectividad.
4. CRISPR-Cas se muestra como una herramienta prometedora con grandes perspectivas de
futuro para la erradicación de las enfermedades hereditarias u otras transmitidas por virus, ya
que los primeros ensayos, sobre células T, tienen previsto acabar en junio de 2019 mientras que
los que se han iniciado más recientemente tienen previsto finalizar en el año 2023.
5. Es posible diseñar un protocolo de tratamiento con CRISPR-Cas utilizando únicamente
plataformas públicas lo que permite que su uso sea universal.
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27
Conclusions
1. CRISPR-Cas is very important as a genetic editing tool allowing practically any type of
editing in a genome, with great simplicity, versatility and applicability.
2. The use of CRISPR-Cas to treat diseases is very recent so it’s not yet possible to find
approved therapies that use them, but there are clinical tests that are already introducing their
use in humans.
3. 25 human clinical trials are underway, highlighting the use of CRISPR-Cas on blood cells to
treat cancer and to treat eye and muscle diseases due to the ease of administration of the
components in these tissues. All the trials are in phase I and II, dose-checking and effectiveness.
4. CRISPR-Cas is shown as a promising tool with great future prospects for the eradication of
hereditary diseases or other diseases transmitted by viruses. The firsts trials, on T cells, are
scheduled to end in June 2019 while those they have started more recently they plan to finish
in the year 2023.
5. It is possible to design a treatment protocol with CRISPR-Cas using only public platforms,
which allows its use to be universal.
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28
6. Bibliografía
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