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Bioinformática IJulio ZukermanIgnez Caracelli

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Ignez Caracelli

BioMat – DF

Bancos de Dadosde Informação Estrutural

Julio Zukerman Schpector

LaCrEMM – DQ – UFSCar


Macromoléculas Biológicas

2

1as Estruturas 3D

Kendrew Mioglobina

Prêmio Nobel em 1962.

Perutz Hemoglobina

1957: baixa resolução 6 Å1959: alta resolução 2 Å

1957: baixa resolução 5.5 Å1968: alta resolução 2 Å


Um pouco de história

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anos 1970

um grupo de jovens cristalógrafos, Edgar Meyer,Gerson Cohen e Helen Berman, reuniu esforços nosentido de estabelecer uma central de coordenadasde estruturas cristalográficas de moléculas biológicas

Protein Data Bank

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Bioinformática IJulio ZukermanIgnez Caracelli 4


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https://www.rcsb.org/stats/growth/overall


Métodos Experimentais & Sistemas Estudados

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91% X-Ray

Experimental Method

Electron Microscopy

Multi Method

NMR

Other

X-Rayhttps://www.rcsb.org/stats/summary


Estatísticas

8


Estatísticas

9

https://www.rcsb.org/stats


Moléculas e representação

10

coordenadas

obter dados

visualizar armazenar


PDBSum

PDBsum foi criado em 1995 no University College London.

O PDBSum foi construído com uma forma mais resumida e com uma visualização gráfica mais imediata, permitindo consultar os resultados a uma simples vista

http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/

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03/19/2019

http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/


NDB

Nucleic Acid Database - NDB , é um repositório de informações sobre ácidos nucléicos.

Em 27-Mar-2019 contém 10.103 estruturas, envolvendo o DNA, RNA, DNA-RNA e complexos de DNA com proteínas, vírus e outras moléculas.

http://ndbserver.rutgers.edu/

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http://ndbserver.rutgers.edu/


DrugBank

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The DrugBank database is a unique bioinformatics and cheminformatics resource that combines detailed drug (i.e. chemical, pharmacological and pharmaceutical) data with comprehensive drug target (i.e. sequence, structure, and pathway) information.

http://www.drugbank.ca/

http://www.drugbank.ca/

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