A inquisição foi criada depois da divisão da Igreja Romana Universal e Católica e continuada pelos Papas Paulo III e Pio IV. Entrou em Portugal em 1536 no reinado de D. João III e cá permaneceu durante quase três séculos. A Inquisição era um tribunal eclesiástico destinado a defender a fé católica: vigiava, perseguia e condenava aqueles que fossem suspeitos de praticar outras religiões. Exercia também uma severa vigilância sobre o comportamento moral dos fiéis e censurava toda a produção cultural bem como resistia fortemente a todas as inovações científicas, criando o Índex, catálogo de livros cuja leitura era proibida aos católicos, sob pena de excomunhão. As pessoas viviam amedrontadas pois quando alguém era denunciado, levavam-no preso e, muitas vezes, era torturado até confessar. Os autos de fé começaram, em Portugal, em 1540, mas só em 1547 é que a Inquisição Portuguesa dispôs de todos os seus poderes Praticaram-se crimes horrendos e perseguições infernais todos debaixo da capa da Igreja e em nome de Deus.

A acção da Inquisição recaia sobre profissões liberais, administrativos, médicos, cirurgiões e boticários, porque tinham maior independência económica, social e mental. O facto de existir rivalidade entre cristãos-novos e cristãos-velhos agravava a situação. Os cristãos-novos utilizavam técnicas mais avançadas e mantinham contactos com comunidades judaicas estabelecidas no estrangeiro, ou seja, os cristãos-velhos sentiam-se em desvantagem. Os médicos cristãos-novos eram acusados, sobretudo, de judaísmo, os cristãos-velhos de superstição, blasfémia, feitiçaria. Havia uma grande distinção entre classes: poucos nobres eram denunciados e muitas vezes essas denúncias eram censuradas ou arquivadas. O comportamento do tribunal também se adequava à condição social do réu.

No Brasil nunca houve tribunal do Santo Ofício ou da Inquisição.O país achava-se sob a competência do tribunal de Lisboa. Durante o século XVI, a Inquisição agiu discretamente. São conhecidos três processos e uma visita do Santo Ofício, sem graves consequências.Como a Inquisição no Brasil esteve sob a jurisdição do Tribunal de Lisboa, não houve na colónia, em nenhuma época, um tribunal próprio. Assim sendo, os processos eram levados para a Corte. No Brasil, os Inquisidores eram os Bispos mas, devido ao grande número de novos convertidos, foi nomeado Inquisidor Apostólico D. António Barreiros.

Os seus poderes limitavam-se aos cristãos-novos; era-lhe recomendado usar de prudência, moderação e respeito.