Memorial de Luciano Antonio Digiampietri atualizado

dia 25 de outubro de 2007.

SUMÁRIO

INTRODUÇÃO....................................................................................................................................................2

I - IDENTIFICAÇÃO..........................................................................................................................................3

II - FORMAÇÃO.................................................................................................................................................3

III – IDIOMAS.....................................................................................................................................................3

IV – PRÊMIOS....................................................................................................................................................3

V – EXPERIÊNCIAS DIDÁTICAS UNIVERSITÁRIAS...............................................................................3

VI – ATIVIDADES DE PESQUISA..................................................................................................................4

VII – PRODUÇÃO CIENTÍFICA-PUBLICAÇÕES.......................................................................................5

VIII – PARTICIPAÇÃO EM CONGRESSOS, SEMINÁRIOS E EVENTOS SIMILARES......................8

IX - ATIVIDADES RELACIONADAS À EXTENSÃO E SERVIÇOS À COMUNIDADE......................10

X – sOFTWARES, PATENTES E outros.......................................................................................................10

1

INTRODUÇÃO

Em 1999 ingressei no curso Ciência da Computação na Universidade Estadual de

Campinas (UNICAMP) após ter concluído, em 1998, o curso técnico em

Processamento de Dados. Eu sempre me interessei pelas atividades acadêmicas

e de pesquisa e por isso, no início de 2000, iniciei uma iniciação científica no

Instituto de Biologia da UNICAMP trabalhando com bioinformática de projetos

genoma sob a orientação do professor Gonçalo Amarante Guimarães Pereira.

Prossegui nesta iniciação científica até o final da minha graduação (fim de 2002).

Durante minha gradução fiz três disciplinas de pós-gradução do Insituto de

Computação – UNICAMP. Com o término da gradução eu prestei a prova

POSCOMP e me inscrevi para o Mestrado em Ciência da Computação pela

UNICAMP. Devido ao meu bom desempenho na gradução (média geral

levemente superior a 90%), a minha boa nota na POSCOMP (dos alunos que

prestaram a prova na UNICAMP em 2002 eu obtive a terceira melhor nota) e ao

fato de ter obtido conceito A nas três disciplinas de pós-graduação que eu fizera

durante a gradução, eu fui convidado a ingressar no doutorado direto. Aceitei este

convite e fiz o doutorado sob a orientação dos professores João Carlos Setubal e

Claudia Bauzer Medeiros. De 2003 a 2004 desenvolvi minha pesquisa no

Laboratório de Bioinformática (LBI) do Instituto de Computação da UNICAMP

onde trabalhei com montagem e anotação de genomas e ajudei na orientação de

alunos de Iniciação Científica. De 2005 a 2007 finalizei a pesquisa de meu

doutorado no Laboratório de Sistemas de Informação (LIS) da UNICAMP. No

segundo semestre de 2005 concorri e ganhei uma das duas bolsas de doutorado

da Microsoft Research (Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship). O

fato de ter ganho essa bolsa me possibilitou fazer dois estágios internacionais na

Microsoft Research. Um dos estágios ocorreu de maio a julho de 2006 no grupo

de banco de dados e o outro de maio a julho de 2007 no grupo de computação

técnica, ambos pertencentes a Microsoft Research. Defendi meu doutorado dia 3

de agosto de 2007. No dia 17 de agosto de 2007 comecei a trabalhar no projeto

HARPIA (um convênio entre a Secretaria da Receita Federal e universidades

brasileiras para o desenvolvimento de sistemas computacionais que facilitem a

detecção de fraudes) exercendo a função de pesquisador/pós-doutorando.

2

I - IDENTIFICAÇÃO

Nome completo: Luciano Antonio Digiampietri

Filiação: Edson Antonio Digiampietri e Vera Lucia Migliorini Digiampietri

Data de nascimento: 31/03/1981, local de nascimento: Sorocaba - SP,

nacionalidade: brasileiro

Profissão: pesquisador

Endereço: Ruas Oscar Alves Costa, 163. Barão Geraldo, Campinas, SP.

CEP 13084-762, telefones: (19) 81718160 e (19) 32891262, e-mail:

luciano.digiampietri@gmail.com

Membro da Sociedade Brasileira de Computação.

II - FORMAÇÃO

1. Graduação: Bacharel em Ciência da Computação pela Universidade

Estadual de Campinas, 24 de janeiro de 2003.

2. Pós-Graduação: Doutor em Ciência da Computação pela

Universidade Estadual de Campinas, título defendido dia 3 de agosto

de 2007.

III – IDIOMAS

1. Português: nativo

2. Inglês: conhecimento de trabalho / proficiente

IV – PRÊMIOS

Ganhador da bolsa “Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship”

no processo seletivo de 2005 (para recebimento de bolsa em 2006 e 2007).

V – EXPERIÊNCIAS DIDÁTICAS UNIVERSITÁRIAS

1. Programa de Estágio Docente (PED I) pela Universidade Estadual de

Campinas, ministrando a disciplina Engenharia de Software (MC426)

no primeiro semestre de 2004.

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VI – ATIVIDADES DE PESQUISA

Linhas de pesquisas atuais: gerenciamento de workflows científicos,

governo eletrônico, montagem e anotação de genomas e uso

planejamento em inteligência artificial para composição de tarefas.

Projetos de pesquisa:

1. Iniciação Científica: desenvolvimento de bioinformática do genoma

prospectivo da levedura Hansenula polymorpha e criação de um

sistema de submissões multi-espécie. Orientador: Gonçalo Amarante

Guimarães Pereira. Bolsista da Fundação de Amparo à Pesquisa do

Estado de São Paulo (FAPESP) de agosto de 2000 a dezembro de

2002.

2. Doutorado: gerenciamento de workflows científicos em

bioinformática. Orientadores: João Carlos Setubal e Claudia Bauzer

Medeiro. Bolsista da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de

Nível Superior (CAPES) de março de 2003 a abril de 2006 e bolsista

da Microsoft Research, MSR, Estados Unidos de agosto de 2006 a

julho de 2007.

3. Primeiro Estágio Internacional na Microsoft Research:

gerenciamento de proveniência de experimentos científicos

executados na forma de workflows científicos. Microsoft Database

Group at Microsoft Research. De maio a julho de 2006.

4. Segundo Estágio Internacional na Microsoft Research:

gerenciamento de experimentos em oceanografia através do projeto e

execução de workflows científicios via Web. Microsoft Technical

Computing at Microsoft Research. De maio a julho de 2007.

5. Projeto HARPIA (pós-doutorado): Inteligência Computacional

Aplicada a Gestão do Risco Alfandegário (MF-SRF-ITA-Unicamp).

Este projeto já existe há alguns anos e eu estou trabalhando nele

deste 17 de agosto de 2007 com as seguintes tarefas: (i) otimização

do acesso ao banco de dados e data warehouse; e (ii)

4

estabelecimento de regras para um sistema especialista que dectetará

informações anômalas nas declarações de importações entregues a

Receita Federal.

VII – PRODUÇÃO CIENTÍFICA-PUBLICAÇÕES

Artigos publicados em periódicos internacionais:

1. A. L. T. O. Nascimento, S. Verjovski-Almeida, M. A. Van Sluys, C. B.

Monteiro-Vitorello, L. E. A. Camargo, Luciano A. Digiampietri, R. A.

Harstkeerl, P. L. Ho, M. V. Marques, M. C. Oliveira, J. C. Setubal, D. A.

Haake and E. A. L. Martins. Genome features of Leptospira

interrogans serovar Copenhageni. Brazilian Journal of Medical and

Biological Research. 37(4):459-477, 2004. ISSN 0100-879X. Qualis A

– Internacional (Engenharias II, III e IV).

2. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A framework

based in Web services orchestration for bioinformatics workflow

management. Genetics and Molecular Research 4(3), 2005. ISSN

1676-5680. Qualis C – Internacional (Engenharias III) e Qualis A –

Internacional (Ciências Biológias I).

3. L. M. Moreira, R. F. de Souza, Luciano A. Digiampietri, A. C. R. da

Silva, J. C. Setubal: Comparative analyses of Xanthomonas and

Xylella complete genomes. OMICS - A Journal of Integrative Biology

(2005) Spring, 9(1):43-76. Qualis C – Internacional (Medicina I e II).

4. C. B. Medeiros and J. Perez-Alcazar and L. Digiampietri and G.

Pastorello and A. Santanche and R. Torres and E. Madeira and E.

Bacarin: WOODSS and the Web: Annotating and Reusing Scientific

Workflow. SIGMOD Record 34(3):18-23, 2005. ISSN: 0163-5808.

Qualis A – Internacional (Ciência da Computação).

5

5. M.F. Carazzolle, E.F. Formighieri, Luciano A. Digiampietri, M.R.R.

Araujo, G.G.L. Costa, and G.A.G. Pereira. Gene projects: a web

application for ongoing annotation in est and shotgun genome projects.

Genetics and Molecular Biology, 2007 (aceito para publicação, a

aparecer em 2007). Qualis A – Internacional (Engenharias II e IV).

6. Roger S. Barga and Luciano A. Digiampietri. Automatic capture and

efficient storage of e-science experiment provenance. Concurrency

and Computation: Practice and Experience 1:10-21, 2007. Qualis A –

Internacional (Ciência da Computação).

7. Luciano A. Digiampietri, José J. Pérez-Alcázar and Claudia B.

Medeiros: An ontology-based framework for bioinformatics workflows.

International Journal of Bioinformatics Research and Applications

(IJBRA), 3(3):258-285, 2007. Sem classificação Qualis.

Artigos publicados em periódicos nacionais arbitrados:

8. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A data model

for comparative genomics. Revista Tecnologia da Informação.

Dezembro de 2003, 3(2): 35-40, 2003. ISSN 1516-9197. Qualis B –

Local – Multidisciplinar.

Trabalhos completos publicados em anais de eventos científicos:

9. G.G.L. Costa, Luciano Antonio Digiampietri, E.H. Ostroski and J.C.

Setubal: Evaluation of graph based protein clustering methods. Fifth

Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology

(BIOMAT2005), Petropolis, RJ, Brazil. Dezembro de 2005.

10. R. S. Barga and Luciano A. Digiampietri: Automatic Generation of

Workflow Provenance. Provenance and Annotation of Data -

International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2006,

Chicago, Il, EUA, Maio de 2006. Publicado na série Lecture Notes in

Computer Science, Volume 4145, 2006, XI, ISBN: 3-540-46302-X.

11. Luciano A. Digiampietri, J. C. Setubal, C. B. Medeiros: Bioinformatics

scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Anais

6

do V Workshop de Teses e Dissertações em Bancos de Dados,

WTDBD 2006, Florianópolis, SC, Brasil, Outubro, 2006, pp. 2-9.

12. Luciano A. Digiampietri, J. J. Pérez-Alcázar and C. B. Medeiros: AI

Planning in Web Services Composition: a review of current

approaches and a new solution. VI ENIA – Anais da XXVII

Conferência da Sociedade Brasileira de Computção (CSBC2007), Rio

de Janeiro, Brasil, Julho, 2007, pp. 983-992.

13. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal and R. S.

Barga: Traceability Mechanisms for Bioinformatics Scientific

Workflows. Anais do AAAI2007's Workshop on Semantic E-Science

(SeS2007), Vancouver, Canada, Julho, 2007, pp. 26-33.

Resumos publicados em anais de eventos científicos:

14. Luciano A. Digiampietri et al.: Fact and Task Oriented System for

genome assembly and annotation. Anais do Simpósio Brasileiro de

Bioinformática, BSB 2005. Publicado na série Lecture Notes in

Bioinformatics, Julho 2005, vol. 2594, 238-241, 2005. ISBN: 3-540-

28008-1.

Outras publicações

Relatório Técnico:

15. Luciano A. Digiampietri, José J. Pérez-Alcázar, Claudia B. Medeiros

and João C. Setubal: A framework based on semantic Web services

and AI planning for the management of bioinformatics scientific

workflows. Relatório Técnico IC-06-004, Instituto de Computação,

UNICAMP, Fevereiro de 2006.

Tese de Doutorado

16. Luciano A. Digiampietri, Claudia B. Medeiros, João C. Setubal.

Gerenciamento de Workflows Científicos em Bioinformática. Instituto

de Computação, Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP),

Campinas, SP, Agosto de 2007.

7

VIII – PARTICIPAÇÃO EM CONGRESSOS, SEMINÁRIOS E EVENTOS

SIMILARES

Participação como conferencista ou palestrante

1. III Workshop Brasileiro de Bioinformática. Apresentação do trabalho: A

framework based in Web services orchestration for bioinformatics

workflow management. Outubro de 2004.

2. International Workshop on Genomic Databases. Apresentação do

trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI

and Web services. Novembro de 2005.

3. Workshop de Teses e Dissertações de Bancos de Dados

(WTDBD2006). Apresentação do trabalho: Bioinformatics scientific

workflows: combining databases, AI and Web services. Outubro de

2006.

4. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computação da

Universidade Estadual de Campinas. Apresentação do trabalho: A

framework based on semantic Web services and AI planning for the

management of bioinformatics scientific workflows. Novembro de

2006.

8

Participação como congressista

5. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computação. Campinas –

SP. Agosto de 2003.

6. V Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP.

Novembro de 2003.

7. II Workshop Brasileiro de Bioinformática. Macaé – RJ. Dezembro de

2003.

8. Campinas Inova 2004. Campinas – SP. Março de 2004.

9. Unicamp de Portas Abertas. Campinas – SP. Setembro de 2004.

10. VI Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP.

Novembro de 2004.

11. International Workshop on Genomic Databases. Rio de Janeiro – RJ.

Novembro de 2005.

12. Unicamp de Portas Abertas 2005. Campinas – SP. Setembro de

2005.

13. VII Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP.

Novembro de 2005.

14. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computação. São

Leopoldo, RS. Julho de 2005.

15. XXI Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. Florianópolis, SC.

Outubro de 2006.

16. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computação da

Universidade Estadual de Campinas. Campinas – SP. Novembro de

2006.

17. VIII Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão – SP.

Novembro de 2005.

18. Simpósio Brasileiro de Bioinformática 2007 (BSB2007) e

International Workshop on Genomic Databases (IWGD 2007). Angra

dos Reis - RJ. Agosto de 2007.

9

IX - ATIVIDADES RELACIONADAS À EXTENSÃO E SERVIÇOS À

COMUNIDADE

1. Revisor de diversos congressos e workshops nacionais, tais como:

Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB2005 e BSB2007),

Concurso de Tedes de Doutorado da SBC (CTD2007), Workshop e-

Science, Workshop de Teses e Dissertação de Bancos de Dados

(WTDBD2007), entre outros.

2. Assessor científico da FAPESP para projetos de Iniciação Científica

no país desde agosto de 2007.

3. Apresentação do seminário: “Gerenciamento de Workflows Científicos:

desafios e oportunidades” na disciplina “Série de Seminários” do

Instituto de Computação da Unicamp em agosto de 2007.

X – SOFTWARES, PATENTES E OUTROS

1. Patente de Software: Gene Projects (Sistema de Anotação

Genômica). Autores: Marcelo Carazzolle, Marcos R.R. Araújo,

Eduardo Formighieri, Luciano A. Digiampietri, Gonçalo A.G. Pereira.

Patente: PAT002-04 – Unicamp. Protocolo no. 0057290, de

09/01/2004.

2. Co-submissão de seqüência genômica no banco de dados genômicos

Genbank do NCBI (Nacional Center for Biotechnology Information):

genoma completo da mitocondria do organismo Moniliophthora

perniciosa. Seqüência aceita e revisada em maio de 2006.

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