Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para

Marcação de Artigos Científicos em XML

Viviane Neves dos Santos

Biblioteca MZ-USP

Contato: viviane.neves.santos@usp.br

Introdução

PMC SciELO

Preservação Geração de Indicadores

Texto completo Texto completo

DTD PMC DTD PMC + Tags SciELO

Objetivos

• PubMed Central (PMC)

• Documentação PMC

• Introdução à estrutura do XML PMC

PubMed Central (PMC)

• texto completo em livre acesso

• coletar e preservar a literatura

• Ciências Biomédicas e da Vida

• lançada em 2000

• National Center for Biotechnology Information (NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

Documentação PMC

Journal Article Tag Suite

(JATS)

ANSI/NISO Z39.96-2012

Journal Archiving and Interchange

Journal Publishing

Article Authoring

JATS-Con

Documentação PMC

• Journal Article Tag Suite (JATS)

(http://jats.nlm.nih.gov/index.html)

• Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con)

(http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ )

• Journal Publishing Tag Set

(http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)

Documentação PMC

Journal Article Tag Suite (JATS) http://jats.nlm.nih.gov/index.html

Documentação PMC

Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) http://jats.nlm.nih.gov/jats-con

Documentação PMC

Journal Publishing Tag Set http://jats.nlm.nih.gov/publishing

Atual

- ago. 2012 - NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/

Anteriores

- mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/

- nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/

- mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/

- jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/

- set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/

- nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/

- nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/

- mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/

Documentação PMC Histórico das Versões Lançadas da DTD

• Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 - http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/

• PubMed Central Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/style.html

• PubMed Central Citations - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html

Documentação PMC O que é importante conhecer? Biblioteca de

elementos e atributos

Regras de Marcação de

Artigos

Amostras de Referências Marcadas

Documentação PMC

Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0

http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/

Documentação PMC

PubMed Central Tagging Guidelines http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-

guidelines/article/style.html

Documentação PMC

PubMed Central Citations http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-

guidelines/citations/v3/toc.html

XML PMC Declaração do DOCTYPE

<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd">

Versão anterior (NLM 3.0)

<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd">

Versão atual (JATS 1.0)

XML PMC Macroestrutura

Article

Front

Body

Back

Floats Group

Sub-article e Response

Metadados Periódico (journal-meta) e Artigo (article-meta)

Estruturas do texto (seções, parágrafos, links, figuras, material suplementar, tabelas etc.)

Agradecimentos, referências, notas de rodapé, apêndices etc.

Grupo de objetos não referenciados no texto (tabelas, figuras etc).

Estruturas de artigo dentro do artigo (cartas, resumos, artigo com comentário, carta e resposta).

XML PMC Estruturas de Bloco

• Array - <array>

• Boxed Text - <boxed-text>

• Chemical Structure Wrapper - <chem-struct-wrap>

• Figure - <fig>

• Figure Group - <fig-group>

• Supplementary Material - <supplementary-material>

• Table Wrapper - <table-wrap>

• Table Wrapper Footer - <table-wrap-foot>

• Table Wrapper Group - <table-wrap-group>

• Formula - <disp-formula>

• Definition List - <def-list>

• List - <list>

• Quote - <disp-quote>

• Speech - <speech>

• Formal Statement - <statement>

• Verse Form for Poetry - <verse-group>

XML PMC Exemplo de Artigo

FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology-based health behaviour change or disease management interventions for health care consumers: a systematic review. PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013.

PUBMED:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/

PLOS: http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pmed.1001362

XML PMC Article

Início

Fim

Idioma do Artigo

Versão da DTD Tipo

XML PMC Front

Início

Fim Metadados do Periódico

Metadados do Artigo

XML PMC Front: Journal Metadata

Início

Fim

XML PMC Front: Article Metadata

Seção

XML PMC Front: Article Metadata

Referência Cruzada Autor/Afiliação

Referência Cruzada Autor/Nota de

Correspondência

Autor

XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes

Correspondência

Conflito de Interesse

XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes

Contribuição dos Autores Marcação de Links

XML PMC Front: Article Metadata

Datas de publicação e dados do fascículo em que o artigo foi

publicado.

Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com as tags <fpage> e <lpage>

Electronic Location Identifier

XML PMC Front: Article Metadata

Histórico

Informações relativas às permissões

XML PMC Front: Article Metadata

Relacionamento entre Artigos

Resumo

Seção do Resumo

XML PMC

Informação de Financiamento de Projeto

Contagem de Páginas, Tabelas, Referências...

Front: Article Metadata

Fim do Article Metadata e do Front

XML PMC Body

Início

Seção

Parágrafo

Tipo de Seção

Título da Seção

Referência Cruzada Referência Bibliográfica

XML PMC Body Referência Cruzada

Link entre a chamada no texto e o objeto referenciado (Figura,

Tabela, Equação, Material Suplementar...)

XML PMC Estruturas de Bloco: Figuras

Link ou nome do arquivo

XML PMC Estruturas de Bloco: Material Suplementar

XML PMC Back – Referências

<ref>...</ref> <ref>...</ref> ...

Lista de Referências

Referência 1

Referência 2

XML PMC Back: Referências

2 formas de marcar

Mixed Citation

Element Citation

Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html

XML PMC Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições

Lista de Definições

Termo, Acrônimo ou Sigla

Definição

Dúvidas e Comentários

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