Construído sob a direção de Gesualdo Marchetti de Lucas, em 1888, o prédio da Igreja de São Sebastião tem estilo neoclássico, com alguns elementos medievalistas, e seu interior é marcado por painéis e vitrais europeus, bem ao estilo da época.

Intactas, as pinturas que cobrem o teto até o altar, incluindo a cúpula e as paredes, trazidas da Itália e afixadas no local, são de autoria de Silvio Centofanti, Francisco Campanella e Ballerini. A maior delas, pintada por Ballerini, no teto, logo à entrada, mostra o martírio de São Sebastião; a base da cúpula retrata os quatro evangelistas; e a própria cúpula a "Glória do Céu", com oito anjos.

A capela lateral, à esquerda, abriga um presépio em tamanho natural (com um grande camelo) trazido da Europa por uma rica família manauara. A fachada da Igreja São Sebastião tem somente um sineiro - o segundo jamais foi construído.

Alguns historiadores afirmam que o mestre de obras teria fugido com o dinheiro destinado à construção. Desde sua fundação, a Igreja pertence aos padres Capuchinhos.