treinamento portal ncbi

Seção de Acesso a Bases

de Dados

http://www.nih.gov/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.nlm.nih.gov/

12 de abr de 2023

Eliane Colepicolo (SeABD/BCo/UFSCar) ®Reprodução permitida desde que citada a fonte 212 de abril de 2023

SeABD - Localização

BCo Piso 4

Sala de Pesquisa em BD

Das 8:00 hs as 21:45 hs

Atendimento com Bibliotecários

Das 8 as 18 hs – SeABD (Piso 4)

Das 18 as 22 hs – Referência (Piso 2)

Público-alvo

Docentes

Pós-graduação UFSCar

Graduação UFSCar

Comunidade Científica

Comunidade Universitária

Comunidade em geral

12 de abr de 2023

Eliane Colepicolo (SeABD/BCo/UFSCar) ®Reprodução permitida desde que citada a fonte 3

SeABD - Serviços

Treinamento e Capacitação de Usuários

Serviços de Comutação de Informação

Serviços de Referência e Informação

12 de abr de 2023

Eliane Colepicolo (SeABD/BCo/UFSCar) ®Reprodução permitida desde que citada a fonte 4April 12, 2023

SeABD - TCU

O SeABD oferece treinamentos e capacitações em

bases de dados referencias e textuais online:

em mídias digitais (dvd, cd-rom e disquete)

em portais e bases de dados

assinadas pela BCo

do Portal CAPES

de livre acesso disponíveis na Internet

12 de abr de 2023


SeABD - TCU

Informação Científica e TecnológicaRevisão por pares (peer review)

Indexação de Periódicos

Fator de impacto (ex. SciELO)

Ranking + citados (ex. ISI Cited)

Ranking + acessados (ex. Google)

Qualis da CAPES

Curriculo Lattes

AutoridadeInstituições governamentais

Associações, convênios e parcerias institucionais

Instituições renomadas

CertificaçãoSelos de qualidade

Certificados ISO

Bom senso na avaliação do siteProcedências das informações

Atualidade das informações

Informações sobre responsáveis pelo conteúdo (Quem somos nós)

Contato com responsáveis

Currículo dos responsáveis

Sites Relacionados

Parcerias, Convênios, Associações identificadas

Critérios de Confiabilidade da Informação Online

12 de abr de 2023


Portal NCBIDefinição

O Portal NCBI é desenvolvido, coordenado e mantido pela National Library of Medicine (NLM) e pela National Institutes of Health (NIH). Contempla uma série de Bases de Dados referenciais e textuais em vários temas das Ciências da Saúde e Biológicas, assim como textos completos de itens de informação em vários idiomas, com destaque para a língua inglesa

http://www.nlm.nih.gov/

http://www.nih.gov/

12 de abr de 2023


Portal NCBIDefinição

Entrez é o sistema de indexação, busca e recuperação de informação baseado em texto usado pelo Portal NCBI, escrito em C++, que integra recursos de diversas fontes de informação em Ciências Biológicas e da Saúde. Veja detalhes sobre o sistema Entrez no NCBI Handbook

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.chapter.ch15

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.chapter.ch15

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook

12 de abr de 2023


Portal NCBI Recursos e Ferramentas

Bases de Dados referenciais e textuais

Literatura em Ciências Biológicas e da Saúde

Bancos de Dados Genéticos

Bases de Dados Moleculares

Tesauro em Ciências da Saúde (MeSH)

Ferramentas e Recursos em Biologia Genômica

Ferramentas de Mineração de Dados (Data Mining)

Computational Biology Branch

12 de abr de 2023


Portal NCBIRecursos e Ferramentas

Bases de Dados – Descrição e Link

Clique aqui para obter descrição e link de todas as bases de dados disponíveis

no Portal NCBI

12 de abr de 2023



Bases de Dados – Descrição e Link

Descrição e link de todas as bases de dados disponíveis no Portal NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery

12 de abr de 2023











12 de abr de 2023



Bases de Dados em LiteraturaPubMed: biomedical literature citations and abstractsPubMed Central: free, full text journal articlesSite Search: NCBI web and FTP sitesBooks: online booksJournals: detailed information about the journals indexed in PubMed and other NLM Catalog: catalog of books, journals, and audiovisuals in the NLM collectionsOMIM: online Mendelian Inheritance in ManOMIA: online Mendelian Inheritance in Animals

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed

http://www.pubmedcentral.nih.gov/

http://www.pubmedcentral.nih.gov/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=ncbisearch


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=books

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=journals



http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omim

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omia

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura

Clique aqui para acessar as bases de dados em

literatura em Ciências Biológicas e da Saúde

12 de abr de 2023




Lista de todas as bases de dados em literatura em

Ciências Biológicas e da Saúde

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Literature/

12 de abr de 2023


PubMed: biomedical literature citations and abstractsPubMed Central: free, full text journal articlesSite Search: NCBI web and FTP sitesBooks: online booksJournals: detailed information about the journals indexed in PubMed and other NLM Catalog: catalog of books, journals, and audiovisuals in the NLM collectionsOMIM: online Mendelian Inheritance in ManOMIA: online Mendelian Inheritance in Animals



12 de abr de 2023


Serviço da NLM que integra diversas bases de

dados em Ciências Biológicas e da Saúde. Permite

o acesso a mais de 17 milhões de itens indexados

pela MEDLINE e de artigos de periódicos, livros,

multimeios, entre outros recursos de informação.

A base PubMed inclui links para muitos sites que

fornecem resumos e/ou textos completos de artigos

e outros recursos de informação.


Bases de Dados em Literatura - PUBMED

12 de abr de 2023




A interface da base PubMed é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para

a PubMed

12 de abr de 2023




Links específicos da base PubMed

12 de abr de 2023





12 de abr de 2023


PubMed Central é um acervo digital de artigos de periódicos de livre acesso em Ciências Biológicas e da Saúde, desenvolvido e gerenciado pelo NCBI.

Também faz parte da base PubMed, com o diferencial de que seus recursos de informação estão disponíveis quase sempre em texto completo.


Bases de Dados em Literatura – PUBMED Central

12 de abr de 2023




A interface da base PubMed Central é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para a PubMed Central

12 de abr de 2023




Links específicos da base PubMed Central

12 de abr de 2023





12 de abr de 2023


O Site Search possibilita busca de páginas, arquivos e recursos de FTP (File Transfer Protocol) dentro do Portal NCBI.

PubMed Search: pesquisa interna no site do PubMed

NCBI BLAST: pesquisa interna no site do BLAST

Global Search: pesquisa integrada em todas as bases

NCBI SiteMap: mapa do site Portal NCBI

Quick Links: links rápidos

Search NLM: pesquisa no site da NLM

Help: ajuda para uso do portal NCBI


Bases de Dados em Literatura – Site Search

12 de abr de 2023




A interface do Site Search a mesma do Portal NCBI, com filtro de

pesquisa apenas para a Site Search


12 de abr de 2023




Links específicos do Site Search


12 de abr de 2023





12 de abr de 2023


Em colaboração com autores e editores, o

NCBI oferece a base de dados Bookshelf de

livros (e-books) e monografias biomédicas

online com links para PubMed e outros

recursos de informação.


Bases de Dados em Literatura - Books

12 de abr de 2023




A interface do Bookshelf é a mesma do Portal NCBI, com filtro de

pesquisa apenas para o Bookshelf

12 de abr de 2023




Links específicos da base de dados

Bookshelf

12 de abr de 2023


Recursos produzidos pelo NCBI (manuais e

livros/e-books) estão disponíveis no

BookShelf:

NCBI Handbook,

Coffee Break

Genes and Disease.



http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=handbook.TOC&depth=2a

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=coffeebrk

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd.preface.91

12 de abr de 2023




BookShelf:

NCBI Handbook,

Coffee Break

Genes and Disease.




12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – NCBI Handbooks

O NCBI Handbook é o manual

completo para uso do Portal NCBI


12 de abr de 2023




O NCBI Handbook explica detalhadamente estrutura e funcionamento das base de

dados do Portal NCBI

12 de abr de 2023




O NCBI Handbook explica detalhadamente os fluxos de

dados e processos envolvidos nos recursos do Portal NCBI

12 de abr de 2023




O NCBI Handbook explica detalhadamente os

mecanismos de busca e linkagem de dados dos recursos do Portal NCBI

12 de abr de 2023




BookShelf:

NCBI Handbook,

Coffee Break

Genes and Disease.




12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – NCBI CoffeeBreak

O NCBI CooffeeBreak é uma coleção de relatórios de novas descobertas biológicas, além

de incorporar uma série de tutoriais para uso de novas

ferramentas de bioinformática


12 de abr de 2023




BookShelf:

NCBI Handbook,

Coffee Break

Genes and Disease.



http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd.preface.91

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – Genes and Deseases

O NCBI Genes and Deseases é uma

coleção de artigos sobre genética e

doenças genéticas, organizados por

partes do organismo

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – Genes and Deseases

O NCBI Genes and Deseases contém o

mapa dos cromossomos com

descrição e estrutura de cada

um deles

12 de abr de 2023





12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura - Journals

A interface de Journals é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para a base Journals

Coleção de todos os periódicos indexados pelo PubMed com links para os seus registros.

12 de abr de 2023




É possível listar todos os periódicos da base Journal...

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – Journals List

Listar somente periódicos

incluídos na base PubMed em vários formatos (txt, gz, z, zip)

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura - Journals List

Listar somente periódicos em

Biologia Molecular em

vários formatos (txt, gz, z, zip)

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura - Journals List

Listar todos os periódicos

disponíveis no Portal NCBI em vários formatos(txt, gz, z, zip)

12 de abr de 2023




... ou somente aqueles que estejam disponíveis em texto completo

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – Journals Full-text

... Interface para pesquisa de periódicos que estejam disponíveis em texto completo, pagos ou gratuitos, com link externo para a referência

e/ou texto completo

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura – Journals Full-text

... Listagem alfabética de periódicos externos por título

12 de abr de 2023





12 de abr de 2023


NLM Catalog fornece acesso ao catálogo da

National Library of Medicine, ou seja, aos dados

referenciais e textuais das coleções de periódicos,

livros, arquivos sonoros, imagens e audiovisuais,

softwares, recursos eletrônicos e outros materiais.

Fornece links para as coleções das bibliotecas

disponíveis em LocatorPlus


Bases de Dados em Literatura – NLM Catalog

12 de abr de 2023




A interface de NLM Catalog é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para a base NLM Catalog

12 de abr de 2023




Links específicos para o NLM Catalog

12 de abr de 2023




Links para Recursos relacionados ao

NLM Catalog

12 de abr de 2023




O LocatorPlus é o sistema de armazenamento, busca

e recuperação de informação específico para

as coleções da NLM

http://www.locatorplus.gov/

12 de abr de 2023


PubMed: biomedical literature citations and abstractsPubMed Central: free, full text journal articlesSite Search: NCBI web and FTP sitesBooks: online booksJournals: detailed information about the journals indexed in PubMed and other NLM Catalog: catalog of books, journals, and audiovisuals in the NLM collectionsOMIM: Online Mendelian Inheritance in ManOMIA: online Mendelian Inheritance in Animals



12 de abr de 2023


A base de dados OMIM (Online Mendelian

Inheritance in Man) é um catálogo de genes

humanos e desordens genéticas, escrito e

editado por Dr. Victor A. McKusick e seus

colegas da Johns Hopkins e desenvolvido na

Web pelo NCBI.


Bases de Dados em Literatura - OMIM

12 de abr de 2023




A interface de OMIM é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para a base OMIM

12 de abr de 2023




Links específicos da base OMIM

12 de abr de 2023




O MapViewer é um recurso do Portal NCBI que

possibilita visualizar os genes humanos disponíveis

na base OMIM

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/

12 de abr de 2023





12 de abr de 2023


A OMIA (Online Mendelian Inheritance in

Animals) é um catálogo de genes, desordens

hereditárias e tratamentos em espécies de

animais, exceto humanos e ratos, da autoria

do Professor Frank Nicholas da Universidade

de Sydney, Australia.


Bases de Dados em Literatura - OMIA

12 de abr de 2023



Bases de Dados em Literatura - OMIA

A interface de OMIA é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para a base OMIA

12 de abr de 2023











12 de abr de 2023




A interface do Genbank é a mesma do Portal NCBI, com

filtro de pesquisa apenas para recursos do Genbank

12 de abr de 2023




Links específicos para recursos do Genbank

12 de abr de 2023



Bancos de Dados Genéticos e Moleculares - Lista


12 de abr de 2023











12 de abr de 2023




A interface de Databases é a mesma do Portal NCBI, com filtro de

pesquisa apenas para recursos das Databases

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/

12 de abr de 2023



Bancos de Dados Genéticos e Moleculares - Lista


12 de abr de 2023











12 de abr de 2023


O Medical Subject Headings (MeSH) é um vocabulário controlado ou tesauro da NLM usado para indexar e recuperar artigos da PubMed .

É um conjunto de termos descritores (palavras-chave) organizados de forma hierárquica, com relações associativas e de pertinência/equivalência.

É uma terminologia poli-hierárquica que oferece um caminho consistente para recuperação da informação pois pode contextualizar um mesmo termo descritor sob diferentes categorias de assuntos


MeSH

12 de abr de 2023



MeSH

A interface de MeSH é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para a base MeSH

12 de abr de 2023



MeSH

Clique aqui para navegar no Portal

do MeSH

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Portal do MeSH

http://www.nlm.nih.gov/mesh

12 de abr de 2023



Portal MeSH

MeSH Browser versão 2008

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Pesquisa básica no MeSH Browser

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Selecionar o tipo de registro que

deseja pesquisar

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Pesquisar somente em campos de

substâncias químicas

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Navegar por categoria (ordem hierárquica) no MeSH Browser

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Árvore hierárquica de

categoriasMeSH 2008

12 de abr de 2023



Portal MeSH

2º nível da categoria “F” (Psychiatry ...)

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Termos subordinados à

categoria F3 (Psychiatry... >

Mental Disorders)

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Clique sobre o link do termo

descritor para ver os detalhes

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Detalhes do termo descritor “Adjustment

Disorders”

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Código de classificação

hierárquico do termo

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Definição do termo

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Termos sinônimos (proibidos, não

pertinentes)

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Qualificadores (aspectos) possíveis

para o termo descritor

12 de abr de 2023



Portal MeSH

Outros detalhes (internos) sobre o

termo descritor

12 de abr de 2023











12 de abr de 2023



Biologia Genômica

O NCBI disponibiliza uma série de

recursos e ferramentas em biologia

genômica, incluindo páginas de

organismos específicos que incluem

links para muitos sites e bases de dados

relevantes para várias espécies.

12 de abr de 2023



Biologia Genômica

A interface de Genome Biology é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para recursos do Genome Biology

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/

12 de abr de 2023



Biologia Genômica

Links específicos do Genome Biology


12 de abr de 2023



Biologia Genômica

Recursos específicos do Genome Biology


12 de abr de 2023



Biologia Genômica

Uma série de bases de dados específicas em

Biologia Genômica


12 de abr de 2023



Biologia Genômica

Recursos sobreVírus e Viroses


12 de abr de 2023



Biologia Genômica

Recurso MapViewer


12 de abr de 2023



Biologia Genômica - MapViewer

O MapViewer é um recurso do Portal NCBI que possibilita visualizar mapeamento genético e

sequenciamento de dados de organismos vivos

12 de abr de 2023











12 de abr de 2023



Data Mining

A interface de Tools for Data Mining é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa

apenas para Data Mining

12 de abr de 2023



Data Mining

Links específicos para Tools for Data Mining

12 de abr de 2023



Data MiningDescrição de

todos os recursos de Data Mining

12 de abr de 2023



Data Mining

São encontrados 4 grupos de ferramentas

para Mineração de Dados (Data Mining) no

Portal NCBI:1. para Análise de Seqüências de Nucleotídeos

2. para Análise de Seqüências de Proteínas

3. para Análise de Estruturas

4. para Análise Genômica

5. para Análise de Expressão Genética

12 de abr de 2023



Data Mining








12 de abr de 2023



Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos

BLAST

Electronic PCR

Entrez Gene

Model Maker

ORF Finder

Organism Especific

Resources

SAGEMap

Spidey

Splign

VecScreen

Viral Genotyping Tool

12 de abr de 2023




Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)

Ferramenta para comparação de seqüências de genes

e de proteínas com outras bases de dados públicas,

incluindo diversos tipos, tais como PSI-BLAST, PHI-

BLAST e seqüências BLAST 2.

Os BLASTs especializados também estão disponíveis

para humanos, micróbios, malária e outros genomas,

bem como para vetores de contaminação,

imunoglobulinas e tentativas de consenso para

seqüências humanas.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

12 de abr de 2023




Recursos do BLAST

12 de abr de 2023




Electronic PCRFerramenta que permite pesquisar seqüências de

DNA em Sequence Tagged Sites (STSs), os quais

vêm sendo usados como marcadores em vários

tipos de mapas genômicos.

Compara a sequência pesquisada cruzando dados

em NCBI's UniSTS, uma visão integrada e

consistente de STSs que reúne uma coleção de

fontes.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/e-pcr/

12 de abr de 2023




Entrez GeneO “Entrez Gene” é um successor do “LocusLink”. Cada registro do Entrez

Gene encapsula uma vasta coleção de informações sobre um dado gene e

organismo. Quando possível, a informação inclui resultados de análises que

têm sido feitas na seqüência de dados. A quantidade e tipo de informação

presentes no registro depende do que está disponível para o gene e para o

organismo em particular e pode incluir:1. um sumário gráfico do contexto genômico, estrutura intron/exon e flanking genes, 2. link para uma visão gráfica da sequência mRNA, a qual apresenta recursos

biológicos tais como CDS, SNPs, etc., 3. links para ontologia genética e informação fenotípica, 4. links para correspondência entre dados de seqüência de proteínas e dominós

conservados, 5. links para recursos relacionados, tais como bases de dados de mutações

genéticas.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene

12 de abr de 2023



Data Mining – Análise Seqüências NucleotídeosEntrez Gene

A interface de Entrez Gene é a mesma do Portal NCBI,

com filtro de pesquisa apenas para a base Gene

12 de abr de 2023




Exemplo do Entrez Gene

12 de abr de 2023




Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta

informações sobre todos os genes que têm relação com distrofia muscular humana

12 de abr de 2023




Outras opções de exibição de resultado da pesquisa

no Entrez Gene

12 de abr de 2023




Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações

somente sobre genes correntes(?) que têm relação

com distrofia muscular humana

12 de abr de 2023




Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações somente sobre

genes que tenham seqüências de cromossomos anotadas total ou

parcialmente e que têm relação com distrofia muscular humana

12 de abr de 2023




Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações somente sobre

genes associados a relatórios genéticos em dbSNP(VAR) e que têm

relação com distrofia muscular humana

12 de abr de 2023




Registro de um gene no Entrez Gene

12 de abr de 2023




Registro de um gene no Entrez Gene (cont.)

12 de abr de 2023




Model Maker

Possibilita visualizar a evidência (mRNAs, ESTs, and gene

predictions) que foi alinhada para a sequência genômica montada

para construir um modelo genético e editar o modelo para selecionar

ou remover exons putativos (supostos verdadeiros). É possível ver as

seqüências de mRNA sequence e ORFs potenciais do modelo

editado e salvar a sequência de dados mRNA para uso em outros

programas.

O Model Maker está acessível em mapas sequenciais que foram

analisados pelo NCBI e disponibilizados no Map Viewer.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/static/ModelMakerHelp.html

12 de abr de 2023




ORF Finder

Identifica todas as possíveis ORFs em seqüências de

DNA pela localização de padrões e paradas alternativa e

start codons. As seqüências de aminoácidos deduzidas

podem ser usadas cruzando o BLAST com o GenBank.

O buscador ORF tbm está enpacotado is also packaged

in the sequence submission software Sequin.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

12 de abr de 2023




Organism Especific Resources – Genome Biology

Ferramentas e recursos em biologia genômica,

incluindo páginas para organismos específicos que

incluem links para sites e bases de dados relevantes

para diversas espécies.


12 de abr de 2023




SAGEMap

fornece ferramentas de teste estatístico projetadas especificamente para

análise diferencial de tipo de dados SAGE (Serial Analysis of Gene

Expression), ou seja, Análise Serial de Expressão Genética. Os dados

incluem bibliotecas SAGE geradas por etiquetas individuais, assim como

aquelas geradas pelo Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), que está

sendo submetido ao Gene Expression Omnibus (GEO). Os arquivos de

expressão genética que comparam as expressões em diferents bibliotecas

SAGE estão disponíveis no Entrez GEO Profiles. É possível consultar uma

sequencia no SAGEMap para determinar quais etiquetas SAGE estão na

sequencia, mapear o registro associado SAGEtag e visualizar a expressão

daquelas etiquetas em diferentes bibliotecas CGAP SAGE.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE/

12 de abr de 2023




Spidey

alinha um ou mais sequencias de mRNA’s em uma seqüência

genômica simples. O Spidey tentará deterinar as estruturas

exon/intron, retornando um ou mais modelos de estrutura genômica,

incluindo o alinhamento genomic/mRNA para cada exon.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Ostell/Spidey/

12 de abr de 2023




Splign

um utilitário para computer alinhamentos cDNA-to-Genomic

baseados na variação do algoritmo de Needleman-Wunsch

combinado com Blast para detecção de compartimentos e melhoria

de performance.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/splign.cgi

12 de abr de 2023




VecScreen

Uma ferramenta para identificar segmentos de seqüências de ácidos

nucléicos que podem ser de um vetor, linker ou adaptado para uma

análise de sequência ou submissão.VecScreen foi desenvolvido para

combater o problema de contaminação de/por vetores em bases de

dados públicas de seqüências

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html

12 de abr de 2023




Viral Genotyping Tool

um programa web que identifica o genótipo ou subtipo de

recombinações ou não de seqüências de nucleotídeos virais.

Trabalha com BLAST para comparar uma seqüência consultada em

um conjunto de seqüências com genótipos conhecidos.

Os resultados são apresentados de forma gráfica com genótipos

codificados por cores, de modo que os genótipos de parte de uma

consulta podem ser fácil e rapidamente identificados.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/formpage.cgi

12 de abr de 2023



Data Mining








12 de abr de 2023



Data Mining – Análise Seqüências Proteínas

BLAST

BLink

CDSearch

CDART

Open Mass Spectrometry Search Algorithm

(OMSSA)

TaxPlot

12 de abr de 2023




Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)

Ferramenta para comparação de seqüências de genes e de

proteínas com outras bases de dados públicas, incluindo

diversos tipos, tais como PSI-BLAST, PHI-BLAST e

seqüências BLAST 2.

Os BLASTs especializados também estão disponíveis para

humanos, micróbios, malária e outros genomas, bem como

para vetores de contaminação, imunoglobulinas e tentativas

de consenso para seqüências humanas.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

12 de abr de 2023




BLink ("BLAST Link")

Exibe resultados de pesquisas no BLAST que tenham sido

realizzadas para cada sequência de proteína nos dados do Entrez

Proteins

12 de abr de 2023




CD Search

Bases de Dados de Dominio Conservado (Conserved Domain

Database) com posições específicas reversas de BLAST (Basic

Local Alignment Search Tool)

12 de abr de 2023




CDART

Quando é dada uma sequência de proteína, o CDART apresenta os

domínios funcionais que desenha a proteína e lista proteínas com

arquiteturas de domínio similar.

12 de abr de 2023




Open Mass Spectrometry Search Algorithm

(OMSSA)O buscador OMSSA é um serviço que permite a pesquisadores

da área de proteômica submeterem a massa espectral de

peptídeos e de proteínas para identificação. OMSSA compara a

massa espectral de íons teóricos gerados de dados de

bibliotecas e ranqueia os resultados usando uma pontuação

derivada de testes de hipótese clássicos.

12 de abr de 2023




TaxPlot

Uma ferramenta que oferece 3 vias de comparação de genomas em

bases de sequências de proteínas. Para usar TaxPlot, seleciona-se

um genoma de referência para se comparar com outros 2 genomas.

Resultados BLAST pré-computados são usados para plotar pontos

para cada proteína predita no genoma referenciado, baseado no

melhor alinhamento com proteínas em cada um dos 2 genomas

comparados.

12 de abr de 2023



Data Mining








12 de abr de 2023



Data Mining – Análise Estruturas

Cn3D - Cn3D é uma aplicação de ajuda para seu browser que permite

visualizar estruturas 3D do serviço de recuperação do NCBI's Entrez.

Cn3D roda em Windows, Macintosh e Unix.

VAST Search - O VAST é serviço que pesquisa similaridade entre

estruturas NCBI. Compara coordenadas 3D de uma determinada

estrutura de proteína com aquelas em bases de dados MMDB/PDB.

CD Search - Bases de Dados de Dominio Conservado (Conserved

Domain Database) com posições específicas reversas de BLAST (Basic

Local Alignment Search Tool).

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vastsearch.html



http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi



12 de abr de 2023



Data Mining








12 de abr de 2023



Data Mining – Análise Genômica

Entrez GenomesContém genomas de mais de 1000 organismos. Os genomas

representam sequências completas de organismos e aquelas cujas

sequências estão sendo desenvolvidas. Contém representações dos

3 princípais domínios da vida: bactérias, archaea e eukaryota, além

de vírus, fages, viróides, plasmídeos, e organelas.

Entrez Genomes possibilita visões gráficas de genomas e

comossomos completos e explorar regiões de interesse com alto

nível de detalhamento.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome




12 de abr de 2023




COGs - Clusters of Orthologous GroupsUm sistema natural de famílias genéticas com genomas

completos. Os Clusters of Orthologous Groups (COGs) são

delineados por comparação de sequências de proteínas

codificadas em 43 genomas completos, representando as 30

maiores linhagens filogenéticas.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/







12 de abr de 2023




O MapViewer é um recurso do Portal NCBI que possibilita visualizar mapeamento genético e

sequenciamento de dados de organismos vivos

12 de abr de 2023




SKY/M-FISH & CGH Database

As bases de dados NCBI SKY/M-FISH e CGH são repositórios de dados

públicos submetidos ao Spectral Karyotyping (SKY), Multiplex Fluorescence

In Situ Hybridization (M-FISH) e ao Comparative Genomic Hybridization

(CGH), que são técnicas de citogenética molecular fluorescente.

SKY e M-FISH permitem visualização simultânea de cada cromossomo

humano em diferentes cores, facilitando a identificação de aberrações

cromossômicas

CGH pode ser usado para gerar mapas de DNA alterados em tumores. É um

projeto colaborativo com o National Cancer Institute. ( data submission

instructions...)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sky/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sky/show_html_frag.cgi?filename=protocol.html_frag&header=Instructions+for+SKY+or+M-FISH+and+CGH+data+submission&title=Instructions+for+SKY+or+M-FISH+and+CGH+data+submission





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Data Mining








12 de abr de 2023



Data Mining – Análise Expressão Genética

GEO Gene Expression Omnibus (GEO)

Contém uma série de ferramentas que auxiliam na visualização e exploração

de dados GEO.

Os conjuntos de dados podem ser visualizados de forma hierárquica, com

relações entre exemplos e genes.

Os genes relacionados podem ser identificados com base em sequências de

similaridade, perfil de similaridade ou homologia.

Indicadores qualidade de conjuntos de dados são fornecidos em forma de

gráficos e por “flagging outliers”.

Também são fornecidos links para outras sequências NCBI, além de mapas

e outros recursos de bases de dados e publicações relacionadas.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/




12 de abr de 2023




SAGEMap

fornece ferramentas de teste estatístico projetadas especificamente para

análise diferencial de tipo de dados SAGE (Serial Analysis of Gene

Expression), ou seja, Análise Serial de Expressão Genética. Os dados

incluem bibliotecas SAGE geradas por etiquetas individuais, assim como

aquelas geradas pelo Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), que está

sendo submetido ao Gene Expression Omnibus (GEO). Os arquivos de

expressão genética que comparam as expressões em diferents bibliotecas

SAGE estão disponíveis no Entrez GEO Profiles. É possível consultar uma

sequencia no SAGEMap para determinar quais etiquetas SAGE estão na

sequencia, mapear o registro associado SAGEtag e visualizar a expressão

daquelas etiquetas em diferentes bibliotecas CGAP SAGE.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE/

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UniGene DDD

Digital Differential Display – uma ferramenta online para comparar

perfis de expressão genética entre bibliotecas de cDNA’s

selecionados.

Usando testes estatísticos, é possível observar níveis de expressão

genética com diferenças significativas são identifiadas e

apresentadas ao usuário.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/info_ddd.shtml

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/info_ddd.shtml

12 de abr de 2023











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O Computational Biology Branch é um grupo de pesquisa em Biologia

Computacional, cujos projetos servem de base ao desenvolvimento do Portal NCBI. Inclui perfil e contato dos pesquisadores

participantes do grupo.

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Submissão de Manuscritos

http://publicaccess.nih.gov/

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FTP NCBI

Todos os arquivos

disponíveis no Portal NCBI para

download, organizados em

pastas.

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Entrez Programming Utilities

O sistema Entrez fornece uma série de utilitários avançados para

processamento automático de grandes quantidades de dados

provenientes do Portal NCBI

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html

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Bases de Dados – Pesquisa Básica

Pesquisa básica na interface principal em todas as bases de dados disponíveis

no Portal NCBI

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Ou pesquisa básica na interface across-databases em todas as bases de dados

disponíveis no Portal NCBI

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Bases de Dados – Pesquisa BásicaResultado da pesquisa básica em todas

as bases de dados do Portal NCBI

12 de abr de 2023




Selecionar apenas uma base de dados específica na pesquisa básica na interface principal

12 de abr de 2023



Bases de Dados – Pesquisa BásicaClique sobre o link da base para selecionar os resultado da base

de dados que deseja

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Página de resultados da pesquisa usando “medical

informatics” na base PubMed

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Bases de Dados – Resultados da Pesquisa

Total de itens encontrados sobre “medical informatics” na base PubMed (162.562)

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Quantidade de itens exibidos por página

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Página n de m, ou seja, p. 1 de um total de 8.129

páginas, com 20 itens cada

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Link para a página seguinte

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Referência do item encontrado (autor, título,

imprenta, PMID etc.)

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A ordenação padrão é cronológica descrescente, ou seja, os itens + novos

primeiro

12 de abr de 2023




Clique na caixa de check para selecionar o item para

armazenar mais tarde

12 de abr de 2023




Este ícone sem traços indica que o texto completo

não está disponível

12 de abr de 2023




Este ícone com traços indica que o texto completo

está disponível

12 de abr de 2023




O fato de o texto completo estar disponível online não

significa que ele seja “acesso aberto” (gratuito)

12 de abr de 2023




Este ícone com traços indica que o texto completo está disponível no PubMed

Central, ou seja, texto completo e gratuito

12 de abr de 2023




Clique em “Related Articles” para ver artigos relacionados ao item, ou seja,

indexados com um ou mais termos descritores semelhantes

12 de abr de 2023




Clique na guia “Review” para ver somente artigos de revisão (13.024)

12 de abr de 2023



Bases de Dados – Display Resultados da Pesquisa

Opções para alterar a forma de exibição (display) dos resultados

12 de abr de 2023




Opções para alterar o formato de referência

dos registros

12 de abr de 2023




Opções para alterar a quantidade de registros exibidos por página

12 de abr de 2023




Opções para alterar a forma de ordenação dos registros exibidos

12 de abr de 2023




Opções para enviar os resultados para locais e em formatos diferentes

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Portal NCBIRecursos e FerramentasBases de Dados – Limites

Guia de Limites de Pesquisa

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Limites: para refinar a pesquisa ou elaborar pesquisa avançada

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por autores específicos

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por periódicos específicos

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por:- textos completos ou - textos completos gratuitos ou- resumos (somente referências)

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Limites: pesquisar por aspectos específicos (humanos ou animais;

machos ou fêmeas)

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por idiomas específicos

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por grupos de periódicos por tema ou tópicos

específicos

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por tipo de publicação

12 de abr de 2023



Limites: pesquisar por idade do grupo da

amostra para pesquisas com seres humanos e/ou

animais

12 de abr de 2023



Limites: definir o campo onde a estratégia de

busca deve ser aplicada

12 de abr de 2023



Limites: limpar todos os limites definidos

12 de abr de 2023



Limites: após definir todos os limites,

clique em “Go” para que a estratégia de

busca seja elaborada pelo sistema Entrez

12 de abr de 2023



Limites: Resultado da pesquisa com

aplicação de limites

12 de abr de 2023



Limites: descrição dos limites definidos para

a pesquisa

12 de abr de 2023



Preview/index: use para visualizar as suas buscas + recentes e para refinar as estratégias de busca

já utilizadas

12 de abr de 2023



Preview/index: exemplo do uso do AND para

adicionar à estratégia somente obras de

“Prazeres” como 1º autor

12 de abr de 2023



Preview/index: index do termo


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Preview/index: preview do uso do AND para



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Preview/index: index do uso do AND para


“Prazeres”

12 de abr de 2023



Bases de Dados – Histórico de Pesquisas

History: apresenta o histórico de todas as

pesquisas realizadas no portal nesta conexão.

Para usuários cadastrados e logados, é possível salvar o

histórico da pesquisa

12 de abr de 2023




Clipboard: apresenta os resultados da pesquisa

selecionados pelo usuário e enviados para o clipboard

para uso posterior

12 de abr de 2023

Eliane Colepicolo (SeABD/BCo/UFSCar) ®Reprodução permitida desde que citada a fonte 20012 de abril de 2023 Eliane Colepícolo (SeABD/BCo/UFSCar) 200



Details: apresenta os detalhes das pesquisas

realizadas, ou seja, a estratégia de busca

completa que pode ser alterada, aplicada ou

salva para uso posterior

12 de abr de 2023




Details: a opção Search refaz a pesquisa

12 de abr de 2023




Details: a opção URL apresenta a URL da pesquisa para armazenar em Favoritos

para uso posterior

12 de abr de 2023


Portal NCBIPesquisa Avançada (Beta)

Advanced Search: funciona somente dentro de uma base

de dados específica

12 de abr de 2023



Página Principal

Advanced Search: página principal da pesquisa avançada

12 de abr de 2023



Pubmed Search History

Pubmed Search History: rever

pesquisas elaboradas nas últimas 8 h

12 de abr de 2023



Pubmed Search History

Pubmed Search History: lista das pesquisas elaboradas nas últimas 8 h. Basta clicar em #n

para rever os resultados.

12 de abr de 2023



Especificando campos

Advanced Search: especificar autor, periódico, data de

publicação e outros

12 de abr de 2023




Advanced Search: especificar uso de AND ou OR para

pesquisar por mais de 1 campo

12 de abr de 2023




Advanced Search: especificar autor ou por qualquer outro campo

12 de abr de 2023



Usando Índices

Advanced Search: procurar no índice do autor ou de qualquer

outro campo

12 de abr de 2023



Usando Índices

Advanced Search: índice de autor usando a palavra “smith”

(141.219 ocorrências)

12 de abr de 2023



Usando Índices

Advanced Search: após utilizar o índice, é possível ocultá-lo

12 de abr de 2023



Adicionando campos à pesquisa

Advanced Search: a pesquisa por journal e publication date aparece

como padrão, mas pode ser modificada para quaisquer outros campos

12 de abr de 2023


Portal NCBIPesquisa Avançada (Beta) Adicionando campos à pesquisa

Advanced Search: também é possível adicionar mais campos à pesquisa

12 de abr de 2023


Portal NCBIPesquisa Avançada (Beta) Adicionando campos à pesquisa

Advanced Search: exemplo de uma pesquisa usando 4

campos conectados por AND

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: pode-se

limitar a pesquisa por

categorias específicas

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por:- textos completos - textos completos gratuitos ou- resumos

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por pesquisa em:- Seres humanos - animais

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por tipo de artigo

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por grupos de periódicos ou temas específicos

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por gêneros

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por idiomas

12 de abr de 2023



Usando Limites

Advanced Search: limitar por faixas etárias das amostras

12 de abr de 2023



Especificando campos com outros operadores booleanos

Advanced Search: é possível acrescentar mais campos à pesquisa usando operadores booleanos diferentes do usado em “Search by Author, Journal, Publication Date, and more”

12 de abr de 2023




Advanced Search: é possível acrescentar mais campos à pesquisa usando operadores booleanos diferentes do usado em “Search by Author, Journal, Publication Date, and more”

12 de abr de 2023




Advanced Search: um exemplo acrescentando “blood” à pesquisa no campo “MeSH termos” usando o operador booleano OR

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Advanced Search: expressão montada pela pesquisa avançada, que pode ser alterada pelo usuário, com conhecimento avançado

Expressão completa da estratégia de pesquisa:(((smith[Author]) AND ("review"[Journal])) AND ("english"[Language])) AND (((medical education) OR (blood[MeSH Terms]))

12 de abr de 2023




Advanced Search: foi tirada a parte da expressão “AND ("review"[Journal]))” para que houvessem resultados

Expressão alterada pelo usuário:(((smith[Author]) AND ("english"[Language])) AND (((medical education) OR (blood[MeSH Terms]))

12 de abr de 2023




Advanced Search: resultados da pesquisa avançada

Agradecemos a sua atenção!

Universidade Federal de São Carlos - UFSCarBiblioteca Comunitária – BCo

Departamento de Referência - DRSeção de Acesso a Bases de Dados – SeABD

Comutação Bibliográfica – COMUThttp://www.bco.ufscar.br

[email protected] - (16) 3351-8424

Equipe SeABD

Apresentação disponível em http://www.slideshare.net/seabd

http://www.bco.ufscar.br/

mailto:[email protected]

http://www.slideshare.net/seabd

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