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SIGNALINK DATABASE
Ana Raquel Nunes24392
Ricardo Fradique24566
Elisabete Alves25983
MENTORES DA SIGNALINK DATABASE
Projecto desenvolvido por professores e estudantes das
seguintes instituições:
• Eötvös University
• Semmelweis University
• Hungarian Academy of Sciences
FUNDAMENTOS PARA A CRIAÇÃO DA SIGNALINK
Inicialmente…
- Vias de transdução de sinal independentes.
Actualmente…
- Grandes interações entre vias de sinalização;
- Necessidade de novas experiências, técnicas de
modelação, e formas de armazenamento.
FUNDAMENTOS PARA A CRIAÇÃO DA SIGNALINK
• Fonte (seed) – proteínas e interações a partir de um pequeno
grupo de artigos de revisão;
• Pesquisa semi-automática da literatura para aprofundar as
proteínas e interações;
• Com critérios de arquivação manuais foram selecionadas
proteínas e interações dos resultados e adicionados às
“sementes”.
OBJECTIVO DA SIGNALINK DATABASE
5
Permitir análises
sistemáticas utilizando
uma rede das principais
vias de sinalização
intracelularesMap of the JAK/STAT pathway in H. sapiens
CARACTERÍSTICAS DA SIGNALINK DATABASE
CRITÉRIOS USADOS PARA DEFINIR E INCLUIR A INFORMAÇÃO
• 1) Pesquisa de informação:• Artigos de revisão;• Bases de dados especificas : WormBase , FlyBase e UniProt;• Resultados de pesquisa do IHOP , ChiliBot , e PubMed.
• 2) Seleção • De interações que tiveram evidência direta e indireta a nível experimental.
• 3) Detalhes técnicos:• Cada interação inserida teve de ser dirigida;• Os artigos analisados que descrevem as interações estavam eram os mais atuais.• Para todos os trabalhos de revisão e cerca de 70% dos artigos foi examinado não só
o seu resumo como também o texto principal.• Duas interações de sinalização entre as mesmas duas proteínas em direções opostas
são listadas separadamente na base de dados.
FINALIDADE DA SIGNALINK DATABASE
Procurar vias de sinalização
Fazer downloads de
artigos e informações sobre
espécies e as suas
vias específicas
Prever funções de proteínas
Observar modelos
de tecidos ou doenças por processos de sinalização
