paula kuser falcão modelagem por homologia blast and psi-blast clustal w and x, modeller...

http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão

Modelagem por Homologia

BLAST and Psi-BLAST

Clustal W and X, MODELLER

MODELLER6v2

MODELLER, SMS, PROCHECK


•Se a identidade entre os modelos for menor de 20%, um alinhamento correto fica muito difícil de ser obtido, e consequentemente um modelo não se torna confiável. Entre 40 to 50% de identidade os modelos são geralmente corretos. A predição ab initio de proteínas ainda é um grande desafio.

Modeller

•Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço.

•Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia.


MODELLER ALIGN2D.top

MODEL.top

model.pdb

Modelagem por homologia satisfazendo as restrições espaciais (estereoquímica da molécula)

Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali TOP scripts: ALIGN2D.top

MODEL.top

Outras facilidadesLoops modeling.M.D., Energy minimization and simulated annealing.Models with H2O and HETATM.Etc....


Sequência alvo: seq.txt

Estrutura modelo: file.pdb

Arquivo com alinhamento: file.ali

Modelagem por homologia usando MODELLER

Modeller6v2 in Linux Cluster of 2X Intel PIII

Using SSH Client shell

Host name: ganso username: guest0? password: smscg

ALIGN2D.top

MODEL.top

MODELLER 6v2

Arquivos necessários:


Sequence file SEQ.txt


Psi-Blast result in users 1-3


ALIGN2D.top file in 1-3


Alinhando a sequência alvo com nossa sequência

Running ALIGN2D.top$rsh node ?$cd modeller$mod6v2 ALIGN2D.top

View alignment file file.ali$exit$pico file.ali

Time exec. ~1 min.

Arquivo: ALIGN2D.top


MODEL.top file in 1-3


Running MODEL.top$rsh node?$cd modeller$mod6v2 MODEL.top

View log file MODEL.log$exit$pico MODEL.log

(Time exec. ~5 min.)

Construção do modelo

Arquivo: MODEL.top


Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL.log(Avaliação Interna)

O melhor modelo é selecionado escolhendo o modelo com o menor valor de MODELLER Objective Function

Renomear o modelo selecionado de model para model.pdb


Selecionando o melhor modelo


Avaliação do modelo com PROCHECK e SMS

Avaliação Externa

Avaliar o modelo no SMS Ramachandran Plot

Avaliar o modelo com PROCHECK $cd procheck $procheck (model.pdb) (resolution)

Transferir os arquivos .ps files e visualizar com GSview

Comparar modelo e arquivo pdb usando JPD no modo split screenLaunch Java Protein Dossier: http://bsgi.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/

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