aula72 blast linux

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Universidade Federal de Pelotas Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel Programa de Ps-Graduao em Agronomia Graduao CENTRO DE GENOMICA E FITOMELHORAMENTO

Introduo Bioinformtica

Professores: Luciano Maia Antonio Costa de Oliveira

Instalao/uso local do BLAST no Linux

Luciano Carlos da Maia Centro de Genmica e Fitomelhoramento Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel

Utilizando o BLAST no Linux

SE VOCE SEQUENCIAR 30.000 ESTs (mRNA) de uma Planta_A e necessitar comparar estes 30.000 seqncia contra uma Planta_B, Planta_C, Vaca_1, Cachorro_1, etc... Como voc far isso??? opo 1: FAZER ON-LINE 30.000 BLAST BLASTs 30.000 sequencias * 4 organimos = 120.000 copy/past

opo 2: INSTALAO DO BLAST no seu computador

Utilizando o BLAST no Linux

Visao geral da pasta do usurio (mais ou menos o Meus Documentos do Windows) Windows)

Utilizando o BLAST no Linux

1) Criar um diretrio chamado blast

Utilizando o BLAST no Linux

2)Acessar o diretrio blast

Utilizando o BLAST no Linux

3) Copiar para dentro do diretrio arquivos para a instalao do BLAST

Utilizando o BLAST no Linux

4) V para o menu APLICATIVOS > ACESSRIOS > CONSLE e tecle ) esta opo leva para a linha de comando do linux (shell) (shell)

Utilizando o BLAST no Linux

5) escreva ls o comando quer dizer list screen... vai mostrar todos as informaes desta screen...e

Utilizando o BLAST no Linux

6) temos que acessar o diretrio blast

Utilizando o BLAST no Linux

7) ls

Arquivos de instalao do BLAST

Utilizando o BLAST no Linux

8) digite:sudo su su = super user.... necessrio privilgios de su para instalar programas

Utilizando o BLAST no Linux

9) digite a senha

Utilizando o BLAST no Linux

10) agora muda o shell...para root...que quem tem o poder no linux )

Utilizando o BLAST no Linux

11)chamando os pacotes de instalao....digite: dpkg --install ncbi-data_6.1.20041020-3_all.deb 3_all.deb

Utilizando o BLAST no Linux

Resultado da instalao do primeiro pacote

Utilizando o BLAST no Linux

12).digite: dpkg --install libncbi6_6.1.20041020-3_i386.deb 3_i386.deb

Utilizando o BLAST no Linux

13)digite: dpkg --install blast2_2.2.10.20050429-1_i386.deb .deb

Utilizando o BLAST no Linux

resultado....

Utilizando o BLAST no Linux

14)digite: dpkg --install blast_1.1-14_i386.deb

Utilizando o BLAST no Linux

resultado...

Utilizando o BLAST no Linux

15) para confirmar digite: whereis blast

Utilizando o BLAST no Linux

Se o linux der uma reposta mostrando um endereo onde o blast foi instalado...t tudo blza caso no esteja correta a instalao o linux no mostra o endereo da instalao...

Utilizando o BLAST no Linux

Vamos criar nosso banco de dados agora!!! 1) obter um arquivo fasta contendo nn ou aa

Utilizando o BLAST no Linux

Usando um bando de dados de NUCLEOTDEOS

Utilizando o BLAST no Linux

A) como exemplo...vamos usar novamento o arquivo avena.fasta, contendo sequencias de nucleotdeos....

Utilizando o BLAST no Linux

V para o consle novamente...e acesse o diretrio blast digite:

ls para ver os arquivos dentro do diretrio...

Utilizando o BLAST no Linux

Utilizando o BLAST no Linux

A FAMLIA BLAST

Utilizando o BLAST no Linux

B) Criando seu banco de dados para o BLAST

Para transformar o arquivo fasta no padro de trabalho do BLAST usar o comando:

formatdb -i nome_arquivo.fasta

-p F -n nome_bancodedados

Ex: formatdb i avena.fasta p F n avena

Utilizando o BLAST no Linux

C) para formadar o arquivo avena.fasta para um banco de dados do BLAST, digite:

formatdb -i avena.fasta F -n avena -p

Utilizando o BLAST no Linux

d) digite: ls para ver os arquivos.....se apareceu arquivos com exteso .nhr, .nsq e .nin t tudo ok....

Utilizando o BLAST no Linux

blastall p sabor_do_blast Ex: Blastall p blastn

-d banco_de_dados -i sequencia.fasta -d avena -i myseq.fasta

-o arquivo_saida -o results.txt

Utilizando o BLAST no Linux

e) para blastar o arquivo myseq.fasta contra o banco avena, digite:

blastall-pblastn-davena-i myseq.fasta-e 1e-10-o r1.txt

Utilizando o BLAST no Linux

f) na pasta blast....abra o arquivo r1.txt....para ver o resultado.... .txt....para

Utilizando o BLAST no Linux

f) resultados...ok

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

A FAMLIA BLAST

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

tBLASTx

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

PARA EXECUTAR UM BLAST STANDALONE com exigncia para E E-value

blastall p sabor_do_blast Ex: Blastallp tblastx

-d banco_de_dados -davena

-i sequencia.fasta -e E-value -imyseq.fasta -e1e-05

-o saida -oresults.txt

Utilizao do BLAST na estao de trabalhoPARA EXECUTAR UM BLAST STANDALONE com exigncia para E-value

blastall p sabor d banco i seq.fasta M matriz e E-value Ex: blastall p tblastx d avena i avena.fasta M PAM30 e E-value o saida

o saida

ESTO DISPONIVEIS NO BLAST PAM30 PAM70 BLOSUM80 BLOSUM62 BLOSUM45

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

aminocidos

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

A FAMLIA BLAST

Utilizando o BLAST no Linux

Usando um bando de dados de AMINOCIDOS

Utilizando o BLAST no Linux

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

A FAMLIA BLAST

Utilizando o BLAST no Linux

FORMATANDO UM ARQUIVO FASTA DE PROTEINAS PARA O BANCO DE DADOS DO BLAST

formatdb -i

nome_arquivo.fasta

-p T

-n nome_bancodedados

Ex: formatdb i aa_oryza.fasta p T -n aa_oryza

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

A FAMLIA BLAST

Utilizando o BLAST no Linux

PARA EXECUTAR UM BLAST>

blastall p sabor_do_blast Ex: Blastall p blastp

- sequencia.fasta -i e E-value d banco_de_dados -d aa_oryza - aa_my_seq.fasta -i -e 1e-05

-o arquivo -o results.txt

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

A FAMLIA BLAST

COMO CRIAR SEU BANCO LOCAL??? 1) PEGAR SEQUENCIAS DE UM BANCO PUBLICO 2) SE TIVER SEQUENCIAS OBTIDAS NO SEU LABORATRIO

UTILIZANDO O NCBI para montar seu banco de dados local

Utilizao do BLAST na estao de trabalho

EXEMPLO DE COMO CRIAR SEU BANCO DE DADOS

Utilizao do BLAST na estao de trabalho EXEMPLO DE COMO CRIAR SEU BANCO DE DADOS

Utilizao do BLAST na estao de trabalho EXEMPLO DE COMO CRIAR SEU BANCO DE DADOS

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