assinaturas de seleção aula 11-04-2015

7/18/2019 Assinaturas de Seleo Aula 11-04-2015

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Assinaturas de seleoPier Kenji R. K. Ito


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Introduo

oTecnificao dos sistemas de produo animal -novas tecnologias.


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Introduo

oPolimorfismo de sitio nico -SNP.

oHapltipo.

GATATTCTTGAAGTCCCCAGCATT

GATGTTCTTGAAGTTCCCAGGATT



GATGTTCTTGAAGTCCCCAGGATTGATATTCTTGAAGTCCCCAGCATT


A/G C/T C/G

ACC

GTG

GCG


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Introduo

oMecanismos de seleo (naturais ou artificiais) -alteraes das frequncias allicas.


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Introduo

oNos bovinos a localizao das assinaturas deseleo est associada regies de importnciaeconmica.

Mdia

25L

Mdia

13LACC

Mdia

5LGCG GTG

seleo


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Introduo

oO mapeamento destas regies pode auxiliar osprogramas de melhoramento gentico -rastreamentona populao.

Mdia

25LACC



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Objetivos

oAvaliar o decaimento da heterozigosidadelocal aolongo de todo o genoma.

oIdentificar regies que possam abrigar possveisassinaturas de seleo.

oValidar a metodologia.


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Material e Mtodos

oGentipos de467 animaispertencentes a18 raas.

Raa Aptido da raa Origem Origem da amostra N de amostras

Angus Carne Esccia EUA e Nova Zelndia 24

Brown Swiss Leite Sua EUA 24

Charolais Carne Frana Reino Unido 24

Guernsey Leite Ilhas do Canal EUA e Reino Unido 24

Hereford Carne Reino Unido EUA e Nova Zelndia 24

Holstein Leite Holanda EUA e Nova Zelndia 53

Jersey Leite Ilhas do Canal EUA e Nova Zelndia 24

Limousin Carne Frana EUA e Frana 42

Ndama Multipla frica Ocidental Guin 24

Norwegian Red Leite Noruega Noruega 24

Piedmontese Carne Itlia Itlia 24Red Angus Carne Esccia EUA e Canad 12

Romagnola Carne Itlia Itlia 24

Sheko Multipla frica Oriental Etipia 24

Brahman Carne EUA EUA e Austrlia 24

Gir Leite ndia Brasil 24

Nelore Carne ndia Brasil 24

Carnemaster Carne EUA EUA 24Santa Gertrudis Carne EUA EUA 24


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Material e Mtodos

oQC do SNP:oP-valuepara o equilbrio de Hardy-Weinberg (EHW) maiorou igual a1x10-6.


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Material e Mtodos

oQC do SNP:oTaxa de determinao de gentipos (call rate) inferior a90% (CRSNP


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Material e Mtodos

oMtodoZHp[1].

oAvaliar o desvio da heterozigosidade esperadaquando comparada a heterozigosidade mdia dogenoma.

1 Rubin, C. J., et al. Whole-genome resequencing reveals loci under selection during chicken

domestication. Nature,2010, 464, 7288.


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Material e Mtodos

oO limiar de-3 desviospara o ZHp (extremo inferiorda distribuio).


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Material e Mtodos

oValidade do mtodo (assinaturas conhecidas).

Utsunomiya YT, Prez OBrien AM, Sonstegard

TS, Van Tassell CP, do Carmo AS, et al.

(2013) Detecting Loci under Recent Positive

Selection in Dairy and Beef Cattle by

Combining Different Genome-Wide Scan Methods.

PLoS ONE 8(5): e64280.doi:10.1371/journal.pone.0064280


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Resultados e Discusso

oSeis primeiras linhas da contagem de frequnciasallicas na raa Angus (PLINK).

CHR SNP A1 A2 C1 C2 G01 BovineHD0100000005 A B 7 43 0

1 BovineHD0100000015 B A 8 42 0

1 BovineHD0100000024 0 A 0 50 0

1 BovineHD0100000026 B A 5 45 0

1 BovineHD0100000027 A B 7 43 0

1 BovineHD0100046367 B A 7 43 0


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oSeis primeiras linhas do resultado gerado peloalgoritmo para deteco de assinaturas de seleo(RStudio).

CHR HP ZHp WCEN WSNPS WSTT WEND WLEN

1 0.30 -0.60 316947 170 16947 616947 6.00E+05

1 0.27 -0.95 466947 188 166947 766947 6.00E+05

1 0.28 -0.78 616947 206 316947 916947 6.00E+05

1 0.27 -1.10 766947 190 466947 1066947 6.00E+051 0.25 -1.29 916947 187 616947 1216947 6.00E+05

1 0.28 -0.79 1066947 191 766947 1366947 6.00E+05


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oAngus


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Gene receptor de melanocortina 1(MC1R) [2].BTA18

Cor preta da pelagem -Holands e Angus.

Gene receptor do fator de crescimento de mastcitos

e clulas tronco(KIT) [3].BTA6

Responsvel pelo aspecto malhado da pelagem -Hereford ePardo Suo.

2 Matukumalli, L. K., et al. Development and characterization of a high-density SNP genotyping assay

for cattle. PloS one, 2009,4, 4.

3 Stella, A., et al. Identification of selection signatures in cattle breeds selected for dairyproduction. Genetics, 2010, 185, 4.


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Raa CHR ZHp NSNP WSTT WEND

Holands 18 -5.60 105 14335883 14935883

Angus 18 -2.7 122 14485883 15085883Hereford 6 -4.71 154 71281280 71881280

Pardo Suo 6 -3.60 167 71731280 72331280


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Concluses

O mtodo ZHp para deteco de assinaturas deseleo recente valido quando aplicado nos dadosgenotpicos de alta densidade para a espciebovina. Investigaes adicionais so necessrias

para determinar os efeitos associados s demaisregies encontradas e levantar suposies quanto sforas seletivas subjacentes a estes sinais.


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Obrigado

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