tutorial alinhamento geneious revisado - blog da ufes · como fazer há quatro áreas principais na...
Post on 27-Jan-2019
216 Views
Preview:
TRANSCRIPT
LaMaB:LaboratóriodeMastozoologiaeBiogeografiaDepartamentodeCiênciasBiológicasUniversidadeFederaldoEspíritoSanto
Loss,A.C.&Dalapicolla,J.2014.TutorialdealinhamentomúltiplonoGeneious6.1.LaboratóriodeMastozoologia e Biogeografia, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória. Disponívelem:http://blog.ufes.br/lamab/tutoriais
TUTORIALDEALINHAMENTOMÚLTIPLONOGENEIOUS6.1AnaCarolinaLosseJeronymoDalapicolla
OBJETIVO
AlinharváriassequênciasdeDNAaomesmotempoedeformarápida.
DOQUEVOCÊPRECISA
! Sequênciasdeváriosindivíduosnoformato.abi;
! Sequência do Genbank para o mesmo gene para ajudar no início do
alinhamento,damesmaespécieoudeumaespéciepróxima;
! ProgramaGENEIOUS6.1ousuperiorinstaladoelicenciado;
COMOFAZER
Háquatroáreasprincipaisnainterfacedoprograma:SourcesPanel,DocumentTable,
DocumentVieweHelpPanelquepodeserfechadasemproblemas.
NoSourcesPanelépossívelcriarumapastaparavocê,clicandocomobotãodireito
domouseemLocal.Criesubpastasparacadagenequedevealinhardentrodasuapasta,
damesmaforma.SefizeralgoerradoésóarrastarapastaparaalixeiraDeletedItemsno
LaMaB:LaboratóriodeMastozoologiaeBiogeografiaDepartamentodeCiênciasBiológicasUniversidadeFederaldoEspíritoSanto
Loss,A.C.&Dalapicolla,J.2014.TutorialdealinhamentomúltiplonoGeneious6.1.LaboratóriodeMastozoologia e Biogeografia, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória. Disponívelem:http://blog.ufes.br/lamab/tutoriais
mesmoSourcesPanel.
1)Importararquivos.abi:
Selecioneapastaemquevocêquerqueosarquivossejamsalvoseentãoclique:
FILE>>IMPORT>>FROMFILE(umúnicoarquivoporvez).
FILE>>IMPORT>>FROMMULTIPLEFILES(paraimportarváriosarquivos).
TudooquevocêeditarnoGENEIOUSserásalvonosarquivos.abiquevocêimportou.Isso
significaquesevocêexcluirumabaseoumetadedeumasequênciaedepoissalvar,o
arquivo.abioriginaltambémserámodificado.Melhoréorganizartodososarquivosnuma
pastaefazerumacópiadosoriginaisantesdecomeçar.
2)ParacriarsequênciasapartirdearquivodoExcel,blocodenotasou.fasta:
CliqueemSEQUENCE>>NEWSEQUENCE
Abrirá uma janela, nela você poderá colar a sequência de bases, escolher o nome
paraoarquivoedesignarquetipodesequênciaelaé(gene,primeretc.).
3)FazeroBlast:
SelecionarnoDocumentTableasequênciaquevocêquerfazeroBlastecliqueem:
SEQUENCESEARCHnabarradeferramentas.Umajanelaseabriráparaescolherotipode
pesquisa(blastéumadaspossíveis)eésóconfirmar.Nodefaultapesquisaédemorada,às
vezesémelhorfazeroBlastdiretonosite.
Ordene a pesquisa pela semelhança genética, se há alguma sequência que te
interessaparaasanálisesouparausarcomosequênciamodeloparaoalinhamentoésó
arrastá-laparaasuapastaeelaserásalva.Paraeditaronomedassequênciasésóclicar
duasvezesnonomenoDocumentTableemodificá-lo.
4) Alinhar sequências de apenas um sentido (Ida ou Volta – Forward ou
Reverse):
LaMaB:LaboratóriodeMastozoologiaeBiogeografiaDepartamentodeCiênciasBiológicasUniversidadeFederaldoEspíritoSanto
Loss,A.C.&Dalapicolla,J.2014.TutorialdealinhamentomúltiplonoGeneious6.1.LaboratóriodeMastozoologia e Biogeografia, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória. Disponívelem:http://blog.ufes.br/lamab/tutoriais
SelecionenoDocumentTableentre5e10sequênciasdeumavez(depoiscom
práticapodepegarmaisaomesmotempo).VáemALIGN/ASSEMBLE>>MULTIPLE
ALIGN.
Uma nova janela se abrirá para escolher o algoritmo de alinhamento ClustalW,
Muscle, Geneious, etc. e os parâmetros domesmo. Escolha um e clique emALIGN. Será
criadoumnovoarquivo,oarquivodealinhamento.Tudooquevocêeditarnessearquivo
serámodificadotambémnassequênciasdoDocumentTableetambémnosarquivos.abi
doseucomputador.
CliquenoterceirobotãoapósoSave,comoindicadonafiguraabaixo,eajanelado
DocumentViewserádestacada.Acerteotamanhodajanelaeozoomparaassequências
antesdecomeçaraedita-las.CliqueemALLOWEDITINGparapodereditarassequências.
LaMaB:LaboratóriodeMastozoologiaeBiogeografiaDepartamentodeCiênciasBiológicasUniversidadeFederaldoEspíritoSanto
Loss,A.C.&Dalapicolla,J.2014.TutorialdealinhamentomúltiplonoGeneious6.1.LaboratóriodeMastozoologia e Biogeografia, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória. Disponívelem:http://blog.ufes.br/lamab/tutoriais
A sequência em formato .abi vai ter o eletroferograma com a sequência de bases
nitrogenadasabaixodele.Umasequência .fastaoubaixadaGenbankteráapenasasbases.
Tudooqueforeditadoficarámarcado,emamarelo(modificado),vermelho(deletado)ou
verde (acrescentado). É bom nomear os arquivos de alinhamento e guardar em outra
pasta,casoprecisedeconferênciamaistarde.
Confiracadablocodealinhamento,asbasesdiferentesnasmesmasposiçõesestarão
marcadascomcoreschamativasquepodemsercontroladosnaabaGENERAL>>COLORS.
Editesenecessário,deleteaspartesiniciaisefinaisdosgenesnãosãodeinteressesouque
estejamcomaqualidaderuim.
ParadeletaraperteateclaALTdoteclado,issodeixaráasequênciaimóvel.Sevocê
apertaroDELETEsemoALT,aodeletarpartedeumasequência,estamudadeposiçãoe
passa a ocupar a área que foi deletada, ficando desalinhada com relação às demais
sequências do arquivo de alinhamento. Com SHIFT apertado com o mouse você pode
selecionar a mesma área do alinhamento em várias sequências diferentes. Podendo
deletaramesmaáreaemváriassequênciasdeumasóvez.Depoisdefinalizarcliqueem
SAVE.
5)Alinharsequênciascomosdoissentidos(IdaeVolta–ForwardeReverse):
Selecione noDocumentTable a sequência de volta e clicque emR.C. (REVERSE
COMPLEMENT)>>SAVE.Asequênciaseráinvertidaenafrentedelaestaráescritoentre
parêntesesreverse,paravocênãoseconfundir.
Selecione selecionar a sequência de ida, a de volta (reserve) e clique em
ALIGN/ASSEMBLE >> DE NOVO ASSEMBLE. Abrirá uma janela, deixe no default e
confirme. Será criado um arquivo de alinhamento que terá feito uma fita consenso das
duassequências.
SelecioneafitaconsensoecliqueemEXTRACT,oprogramapediráumnomeparaa
fita,coloqueonomedaamostramaisapalavraconsensoparavocêsaberqueaquelaéa
consenso.Selecioneasequênciadeida,devolta(reverse)eaconsenso,afitapadrãodo
GenbankevaiemALIGN/ASSEMBLE>>MULTIPLEALIGN.
Umajanelaseabriráparaescolherumalgoritmodealinhamento(ClustalW,Muscle,
Geneious,etc.)eosparâmetrosdomesmo.EscolhaumecliqueemALIGN.Serácriadoum
LaMaB:LaboratóriodeMastozoologiaeBiogeografiaDepartamentodeCiênciasBiológicasUniversidadeFederaldoEspíritoSanto
Loss,A.C.&Dalapicolla,J.2014.TutorialdealinhamentomúltiplonoGeneious6.1.LaboratóriodeMastozoologia e Biogeografia, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória. Disponívelem:http://blog.ufes.br/lamab/tutoriais
novo arquivo, o arquivo de alinhamento. Tudo o que você editar nesse arquivo será
modificado tambémnassequênciasdoDocumentTable e tambémnosarquivos .abido
seucomputador.CompareasfitasdeDNAevejaasdiferençaseasedite,masaoinvésde
modificartodasassequências,modifiqueapenasafitaconsenso.Deixeasoutrasintactas
se possível. No fim salve o arquivo de alinhamento e depois, ainda no arquivo de
alinhamento clique na fita de consenso e depois em EXTRACT. Salve-a com um nome
diferente,elaserásuasequênciaalinhada.
6)Exportarassequênciasalinhadas:
Selecione as sequências alinhadas, ou os arquivos de alinhamento vá emFILE>>
EXPORTescolhaumformato,depreferência .fasta,eescolhaolocalparasalvar.Façaum
backupdosdadossemprequepossível.Ébomacrescentarealinharogrupoexternoeas
demaissequênciasdoGenbankquefarãopartedasanálisesantesdeexportaroarquivo,
assimvocêpoupatempo.
AsversõesmaisrecentesdoGENEIOUSpermitemquevocêfaçainclusiveasanálises
filogenéticasnoprograma.Bastafazerodownloaddosplug-insnecessários.
top related