gene expression omnibus

Gene Expression OmnibusBioinformática

Prof. Paulo Fazendeiro

Trabalho realizado por:

• Ana Margarida Barata, nº 24647

• Ana Isabel Monteiro, nº 25070• Henrique Matos Cardoso, nº

25971

Universidade da Beira Interior

Ciências Biomédicas

O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositório público de dados gerados através de experiências com microarrays.

GEO tem um design flexível e aberto que permite submissões, armazenamento e recuperação de muitos tipos de colecções de dados obtidos através:

Taxas de expressão génica, Hibridização genómica;Experiências com anticorpos.

Surgimento da GEO (Gene Expression Omibus)

Submissões ao GEO

A submissão de um grande volume de dados é rapidamente incorporada ao GEO através de arquivos SOFT (Simple Omnibus Format in Text).

Submissões podem ficar em sigilo por até seis meses.

O banco de dados não é curado, por enquanto, mas as submissões são verificadas para que pré-requisitos básicos sejam incorporados.

Base de Dados de genes de alto rendimento, acoplada ao NCBI

ContémMicroarray’s compatíveis com formato MIAME

Dados Chip-chip

Padrão para relatar experiências de microarrays

Especifica toda a informação necessária para interpretar resultados e reproduzir

resultados

Combina a imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com a tecnologia microarray (chip)

Investigação da interacção entre proteínas e DNA in vivo

Obtenção da Amostra - Microarrays

Análise de Dados

Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip

Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip

Expressão Génica em 4 secções

Plataform

Sample

Series

DataSets

Descreve lista de elementos no array ou lista de elementos que podem ser detectados na

experiência

Descreve condições em que mRNA foi obtido e medição de cada elemento obtido a

partir dele

Define um conjunto de amostras relacionadas e como são relacionadas

Conjunto de colecções de amostrasArquitectura

GEO- Estatísticas

Número de: Public Unreleased Total

Platforms: 105(120Mb) 55 160

Samples: 2354(1745 Mb) 72 2426

Series: 78 7 85

Study type Number of Series

Expression profiling by array 17 812

Expression profiling by genome tiling array 303

Expression profiling by high throughput sequencing 131

Expression profiling by SAGE 206

Expression profiling by MPSS 21

Expression profiling by RT–PCR 25

Non-coding RNA profiling by array 341

Non-coding RNA profiling by genome tiling array 81

Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing 233

Genome binding/occupancy profiling by array 70

Genome binding/occupancy profiling by genome tiling array 835

Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing 238

Genome variation profiling by array 309

Genome variation profiling by genome tiling array 406

Genome variation profiling by SNP array 269

Methylation profiling by array 46

Methylation profiling by genome tiling array 115

Methylation profiling by high throughput sequencing 30

Protein profiling by protein array 31

SNP genotyping by SNP array 149

Parte Prática

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

Arquitectura

Pesquisa

Sequência

Vários Domínios

Séries

Dados Sobre a série

Dados Sobre a série

Dados Sobre Amostra

Dados Sobre Plataforma

Dados Sobre Datasets

Pesquisa Avançada

Limites