rdengue um ambiente para o monitoramento de ovos do ... · contagem de ovos do mosquito aedes...

1
RDengue um ambiente para o monitoramento de ovos do mosquito Aedes aegypti Henrique Silva Dallazuanna Wagner Hugo Bonat Paulo Justiniano Ribeiro Junior LEG - laborat´ orio de Estat´ ıstica e Geoinformac ¸˜ ao., Universidade Federal do Paran´ a - UFPR [email protected], [email protected], [email protected] Introduc ¸˜ ao A degradac ¸˜ ao do meio-ambiente e os problemas s´ ocio- culturais afetam o cen ´ ario epidemiol ´ ogico brasileiro, levando-o a ser destaque na m´ ıdia nacional e interna- cional, decorrente de epidemias de dengue, leptospirose, a recorr ˆ encia da tuberculose, entre outras. Diante disso, constatou-se a import ˆ ancia de criar m´ etodos capazes de detectar precocemente situac ¸˜ oes que carac- terizam surtos epidˆ emicos, modelar e identificar fatores de risco e protec ¸˜ ao nas situac ¸˜ oes endˆ emicas e epid ˆ emicas, nesta perspectiva foi elaborado o “Projeto SAUDAVEL”. 1 O objetivo deste trabalho ´ e desenvolver um ambiente ca- paz de efetuar an´ alises explorat´ orias b´ asicas de forma au- tom ´ atica e semi-autom ´ atica, para os dados decorrentes do experimento de coleta de ovos do mosquito Aedes aegypti que est´ a sendo desenvolvido pelo SAUDAVEL na cidade de Recife/PE. Afim de contemplar v´ arios aspectos explo- rat ´ orios sobre os dados abordou-se tr ˆ es resoluc ¸˜ oes de an´ alise: cidade, bairro e armadilhas. Com o conjunto de rotinas propostas ´ e poss´ ıvel desen- volver an´ alises espaciais e temporais, capazes de determi- nar limites de controle, verificar relac ¸˜ oes espaciais, iden- tificar sazonalidades e tend ˆ encias, estimar a ocorr ˆ encia do fenˆ omeno em ´ areas n˜ ao observadas, definir ´ areas pri- orit´ arias para intervenc ¸˜ ao e tamb´ em projetar poss´ ıveis cen ´ arios futuros, com o intuito final de evitar surtos de dengue. Materiais e M ´ etodos O experimento de Recife/PE conta com 564 armadilhas, distribu´ ıdas entre 5 dos 94 bairros da cidade, estas foram instaladas de modo a cobrir toda a superf´ ıcie do bairro e est ˜ ao sendo monitoradas a partir de 03/2004, at ´ e a data de 05/2007 foram realizadas 19.068 coletas com as quais foram contados 14.829.557 ovos do mosquito. Uma parte importante em projetos desta magnitude ´ ea forma de armazenamento, tratamento e visualizac ¸˜ ao dos dados, j ´ a que, um experimento como este gera uma grande quantidade de dados que n ˜ ao s ˜ ao facilmente manipul ´ aveis, requerendo para isto ferramentas espec´ ıficas. Neste expe- rimento cada armadilha cont ´ em uma lˆ amina na qual a emea do mosquito coloca os ovos, essas lˆ aminas s ˜ ao recolhidas e a contagem ´ e feita em laborat´ orio especial- izado. Os dados s˜ ao inseridos em um banco de dados atrav ´ es de uma interface Web. O banco de dados do Recife SAUDAVEL, est´ a implemen- tado em Terralib tecnologia de c ´ odigo aberto light-DBMS, e MySql Database Server como um reposit ´ orio e sistema gerenciador de dados espac ¸o-temporais baseado no mod- elo espac ¸o-temporal da Terralib. (SILVEIRA, et al., 2004). Figura 1: Formato geral de an´ alise. A figura 1 ilustra o formato geral de an´ alise. Ap ´ os a equipe de campo coletar as lˆ aminas e estas serem analisadas pelo laborat ´ orio especializado, os dados entram no banco atrav ´ es da interface Web e ficam armazenados no banco de dados geogr ´ afico. Isto feito, pode-se acessa-lo via aRT, assim todas as an ´ alises estat´ ısticas s ˜ ao realizadas em um ambiente pr ´ oprio no caso o R atrav ´ es das rotinas j´ a im- plementadas no RDengue. Ap´ os as an´ alises serem con- clu´ ıdas tem-se atrav´ es do RDengue e do aRT a opc ¸˜ ao de retornar as an´ alises para o banco geogr´ afico, podendo ser visualizadas atrav ´ es de uma ferramenta de SIG, como ´ eo caso do TerraView, ou ent ˜ ao gerar uma p ´ agina Web para a visualizac ¸˜ ao p ´ ublica dos resultados. ´ E importante destacar que o tipo de sistema de an ´ alise proposto pode ser utilizado para qualquer tipo de sistema de monitoramento estat´ ıstico tanto na epidemiologia como em outras ´ areas como por ex- emplo no controle estat´ ıstico da Qualidade entre outros. Resultados Para contemplar aos objetivos propostos, o RDengue in- tegra ferramentas estat´ ısticas e de SIG, com o intuito de desenvolver an´ alises espaciais e temporais de forma au- tom ´ atica e/ou semi-autom ´ atica, as possibilidades de uso de tais rotinas s ˜ ao amplas, sendo que estas s˜ ao flex´ ıveis e podem ser analisadas de diversas formas, al´ em disso s˜ ao de f ´ acil interpretac ¸˜ ao por n ˜ ao especialistas. A seguir ser ˜ ao descritas duas opc ¸˜ oes simples de an ´ alises, as quais s˜ ao default do ambiente, a primeira corresponde a uma an ´ alise por armadilhas e a segunda uma an ´ alise por bairro. Figura 2: Gr´ afico descritivo por armadilha. O gr´ afico acima utiliza as id ´ eias do controle estat´ ıstico da qualidade, para construir um gr´ afico de controle para a contagem de ovos do mosquito Aedes aegypti.O gr´ afico estabelece limites de controle baseados em medidas de dipers ˜ ao, para o n´ ıvel local (bairro) e tamb´ em global (cidade), apresenta as m ´ edias da cidade como um todo, do bairro, a m´ edia mensal e tamb ´ em a m ´ edia dos vizinhos afim de verificar algum tipo de efeito espacial. Tamb´ em ´ e poss´ ıvel identificar poss´ ıveis tendˆ encias e sazonalidades. Entende-se que este tipo de gr´ afico ´ e uma ferramenta simples e que atrav´ es dele pode-se tirar informac ¸˜ oes rel- evantes sobre a ocorrˆ encia do fenˆ omeno. Importante destacar que aqui ´ e mostrado apenas o gr´ afico de uma ar- madilha, por ´ em o RDengue possui ferramentas capazes de desenvolver este tipo de gr´ afico para todas as 564 armadilhas, de forma autom ´ atica e facilmente atualiz´ avel conforme a disponibilidade dos dados, tamb ´ em ´ e capaz de retornar os gr ´ aficos para o banco de dados do SAUDAVEL, da forma de uma tabela de m´ ıdia, podendo assim ser vi- sualizado por qualquer membro do projeto remotamente atrav ´ es do TerraView e tamb´ em pode ser disponibilizado via Web. O segundo tipo de an´ alise, ´ e um mapa de zonas quentes, que busca evidenciar onde est˜ ao localizados os pontos mais cr´ ıticos, que devem ter prioridades de atendimento do setor de sa´ ude, j´ a que, s˜ ao as localidades onde se encon- tra o maior n´ umero de ovos, aumentando assim o risco da populac ¸˜ ao desta ´ area ser infectada. V´ arios m´ etodos para estimar esta superf´ ıcie est ˜ ao implementados no RDengue, para citar alguns tem-se, Modelos Aditivos Generalizados, Superf´ ıcie de tend ˆ encia, Thin plate splines, m´ etodo de Akima e Regress ˜ ao Local. Em geral o que se busca desta an´ alise ´ e estimar a ocorr ˆ encia do fenˆ omeno em ´ areas n˜ ao observadas, esti- mando uma superf´ ıcie suave, conforme o m´ etodo utilizado para gerar a superf´ ıcie pode-se explorar diferentes pon- tos de an´ alise, por exemplo, utilizando a Regress˜ ao Local se evidencia efeitos espaciais locais tais como efeitos de vizinhanc ¸a, j´ a utilizando a superf´ ıcie de tend ˆ encia se evi- dencia os efeitos globais, como tendˆ encias no espac ¸o, em geral para este m´ etodo usa-se uma regress ˜ ao de segunda ordem, por ´ em esta ordem pode ser escolhida pelo usu ´ ario, outra opc ¸˜ ao ´ e usar a transformac ¸˜ ao logaritmica e aplicar um dos m´ etodos dispon´ ıveis, e ainda outra seria gerar as superf´ ıcies por uma, duas ou todas as t´ ecnicas implemen- tadas e compar ´ a-las, j ´ a que, este procedimento ´ e simples e apido utilizando as rotinas do RDengue, a figura 3 mostra um exemplo deste tipo de an´ alise, comparando o m´ etodo Loess com a Superf´ ıcie de Tendˆ encia. Figura 3: Superf´ ıcies estimadas pelos m ´ etodos Regress ˜ ao Local e Superf´ ıcie de Tendˆ encia. Uma outra rotina muito ´ util nesta fase explorat´ oria, ´ e uti- lizar as superfic´ ıes estimadas, para gerar uma animac ¸˜ ao, para isto utiliza-se uma interpolac ¸˜ ao pixel a pixel, o resul- tado desta rotina ´ e um ”filme”que mostra a evoluc ¸˜ ao do fen ˆ omeno tanto no espac ¸o como no tempo. A escala de cores utilizada ´ e conhecida como terrain colors, nesta es- cala valores altos da vari´ avel resposta, n´ umero de ovos do mosquito, s˜ ao representados por cores claras sendo o valor mais alto pela cor branca, no outro extremo, val- ores baixos da vari´ avel resposta s˜ ao expressos por tons de verde. Uma demonstrac ¸˜ ao de tais animac ¸˜ oes ´ e ap- resentado em http://www.leg.ufpr.br/RDengue al´ em disso tamb ´ em ´ e disponibilizado em Linux o pacote RDengue em uma vers˜ ao preliminar, al´ em de uma breve descric ¸˜ ao de suas depend ˆ encias e suas funcionalidades. Conclus ˜ ao Com a concepc ¸˜ ao de construc ¸˜ ao de ambientes para o mon- itoramento e vigil ˆ ancia epidemiol ´ ogica, o RDengue soma- se aos objetivos do SAUDAVEL, contribuindo para o au- mento da capacidade do setor de sa ´ ude no controle de doenc ¸as transmiss´ ıveis, desenvolvendo instrumentos para a pr´ atica da vigil ˆ ancia epidemiol ´ ogica, incorporando as- pectos ambientais, identificadores de risco e protec ¸˜ ao, e etodos autom ´ aticos e semi-autom ´ aticos que permitam a detecc ¸˜ ao de surtos e seu acompanhamento no espac ¸o e no tempo. As rotinas implementadas no RDengue mostram-se sat- isfat ´ orias, para gerar an´ alises explorat´ orias, tendo inclu- sive um procedimento para a visualizac ¸˜ ao espac ¸o-temporal que evidˆ encia picos e tend ˆ encias espaciais mostrando a evoluc ¸˜ ao do fenˆ omeno em toda a ´ area, dando a possibili- dade de ver os dados, procedimento nada simples devido ao tamanho do experimento. Tamb´ em possibilita um moni- toramento, da intensidade de ovos do mosquito em toda a ´ area com base em amostras pontuais do fenˆ omeno, sendo que podem ser definidos sinais de aviso quando por exem- plo a intensidade de ovos capturados for muito superior ao padr ˜ ao considerado normal. O intuito de uma an ´ alise explorat ´ oria ´ e dar subs´ ıdios para a busca de modelos que se adequem aos dados, fornecendo a visualizac ¸˜ ao de como o fenˆ omeno se desenvolveu tanto no espac ¸o como no tempo. Deixa-se aqui como futuras agendas de pesquisa, incorpo- rar nas superf´ ıcies estimadas outras poss´ ıveis covari´ aveis, como condic ¸˜ oes clim ´ aticas e defasagens temporais da vari´ avel resposta. etodos de previs˜ ao que possam ser utilizados de forma gen ´ erica para a s´ erie temporal de cada armadilha, permitindo assim gerar um cen ´ ario futuro. Refer ˆ encias [1]R Development Core Team. (2004). R: A language and enviroment for statistical computing. R Founda- tion for Statistical Computing,ISBN 3-900051-07-0. [2] SILVEIRA, J. C.; SOUZA, W. V.; R ´ EGIS, L. N.; SANTOS, M. A.; LAPA, T. M.; PORTUGAL, J. L.; BRAGA, T. S.; MONTEIRO, A. M. Recife em pedac ¸os: Geotecnologias para a Detecc ¸˜ ao e Acompanhamento em Vigil ˆ ancia Epidemiol ´ ogica.In: VI CONGRESSO BRASILEIRO DE EPIDEMIOLOGIA, 2004. 1 Sistema de Apoio Unificado para a Detecc ¸˜ ao e Acompanhamento em Vigil ˆ ancia Epidemiol ´ ogica. 53 a Reuni ˜ aoAnualdaRegi ˜ aoBrasileiradaSociedadeInternacionaldeBiometria - RBRAS

Upload: dinhthu

Post on 10-Dec-2018

214 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: RDengue um ambiente para o monitoramento de ovos do ... · contagem de ovos do mosquito Aedes aegypti.O grafico´ estabelece limites de controle baseados em medidas de dipersao,

RDengue um ambiente para o monitoramento de ovos do

mosquito Aedes aegyptiHenrique Silva Dallazuanna

Wagner Hugo Bonat Paulo Justiniano Ribeiro JuniorLEG - laboratorio de Estatıstica e Geoinformacao.,

Universidade Federal do Parana - [email protected], [email protected], [email protected]

Introducao

A degradacao do meio-ambiente e os problemas socio-culturais afetam o cenario epidemiologico brasileiro,levando-o a ser destaque na mıdia nacional e interna-cional, decorrente de epidemias de dengue, leptospirose,a recorrencia da tuberculose, entre outras.Diante disso, constatou-se a importancia de criar metodoscapazes de detectar precocemente situacoes que carac-terizam surtos epidemicos, modelar e identificar fatores derisco e protecao nas situacoes endemicas e epidemicas,nesta perspectiva foi elaborado o “Projeto SAUDAVEL”.1

O objetivo deste trabalho e desenvolver um ambiente ca-paz de efetuar analises exploratorias basicas de forma au-tomatica e semi-automatica, para os dados decorrentes doexperimento de coleta de ovos do mosquito Aedes aegyptique esta sendo desenvolvido pelo SAUDAVEL na cidadede Recife/PE. Afim de contemplar varios aspectos explo-ratorios sobre os dados abordou-se tres resolucoes deanalise: cidade, bairro e armadilhas.Com o conjunto de rotinas propostas e possıvel desen-volver analises espaciais e temporais, capazes de determi-nar limites de controle, verificar relacoes espaciais, iden-tificar sazonalidades e tendencias, estimar a ocorrenciado fenomeno em areas nao observadas, definir areas pri-oritarias para intervencao e tambem projetar possıveiscenarios futuros, com o intuito final de evitar surtos dedengue.

Materiais e Metodos

O experimento de Recife/PE conta com 564 armadilhas,distribuıdas entre 5 dos 94 bairros da cidade, estas foraminstaladas de modo a cobrir toda a superfıcie do bairro eestao sendo monitoradas a partir de 03/2004, ate a datade 05/2007 foram realizadas 19.068 coletas com as quaisforam contados 14.829.557 ovos do mosquito.Uma parte importante em projetos desta magnitude e aforma de armazenamento, tratamento e visualizacao dosdados, ja que, um experimento como este gera uma grandequantidade de dados que nao sao facilmente manipulaveis,requerendo para isto ferramentas especıficas. Neste expe-rimento cada armadilha contem uma lamina na qual afemea do mosquito coloca os ovos, essas laminas saorecolhidas e a contagem e feita em laboratorio especial-izado. Os dados sao inseridos em um banco de dadosatraves de uma interface Web.O banco de dados do Recife SAUDAVEL, esta implemen-tado em Terralib tecnologia de codigo aberto light-DBMS,e MySql Database Server como um repositorio e sistemagerenciador de dados espaco-temporais baseado no mod-elo espaco-temporal da Terralib. (SILVEIRA, et al., 2004).

Figura 1: Formato geral de analise.

A figura 1 ilustra o formato geral de analise. Apos a equipede campo coletar as laminas e estas serem analisadaspelo laboratorio especializado, os dados entram no bancoatraves da interface Web e ficam armazenados no bancode dados geografico. Isto feito, pode-se acessa-lo via aRT,assim todas as analises estatısticas sao realizadas em umambiente proprio no caso o R atraves das rotinas ja im-plementadas no RDengue. Apos as analises serem con-cluıdas tem-se atraves do RDengue e do aRT a opcao deretornar as analises para o banco geografico, podendo servisualizadas atraves de uma ferramenta de SIG, como e ocaso do TerraView, ou entao gerar uma pagina Web para avisualizacao publica dos resultados. E importante destacarque o tipo de sistema de analise proposto pode ser utilizadopara qualquer tipo de sistema de monitoramento estatısticotanto na epidemiologia como em outras areas como por ex-emplo no controle estatıstico da Qualidade entre outros.

Resultados

Para contemplar aos objetivos propostos, o RDengue in-tegra ferramentas estatısticas e de SIG, com o intuito dedesenvolver analises espaciais e temporais de forma au-tomatica e/ou semi-automatica, as possibilidades de usode tais rotinas sao amplas, sendo que estas sao flexıveis epodem ser analisadas de diversas formas, alem disso saode facil interpretacao por nao especialistas.A seguir serao descritas duas opcoes simples de analises,as quais sao default do ambiente, a primeira correspondea uma analise por armadilhas e a segunda uma analise porbairro.

Figura 2: Grafico descritivo por armadilha.

O grafico acima utiliza as ideias do controle estatıstico daqualidade, para construir um grafico de controle para acontagem de ovos do mosquito Aedes aegypti.O graficoestabelece limites de controle baseados em medidas dedipersao, para o nıvel local (bairro) e tambem global(cidade), apresenta as medias da cidade como um todo,do bairro, a media mensal e tambem a media dos vizinhosafim de verificar algum tipo de efeito espacial. Tambem epossıvel identificar possıveis tendencias e sazonalidades.Entende-se que este tipo de grafico e uma ferramentasimples e que atraves dele pode-se tirar informacoes rel-evantes sobre a ocorrencia do fenomeno. Importantedestacar que aqui e mostrado apenas o grafico de uma ar-madilha, porem o RDengue possui ferramentas capazesde desenvolver este tipo de grafico para todas as 564armadilhas, de forma automatica e facilmente atualizavelconforme a disponibilidade dos dados, tambem e capaz deretornar os graficos para o banco de dados do SAUDAVEL,da forma de uma tabela de mıdia, podendo assim ser vi-sualizado por qualquer membro do projeto remotamenteatraves do TerraView e tambem pode ser disponibilizadovia Web.O segundo tipo de analise, e um mapa de zonas quentes,que busca evidenciar onde estao localizados os pontosmais crıticos, que devem ter prioridades de atendimento dosetor de saude, ja que, sao as localidades onde se encon-tra o maior numero de ovos, aumentando assim o risco dapopulacao desta area ser infectada. Varios metodos paraestimar esta superfıcie estao implementados no RDengue,para citar alguns tem-se, Modelos Aditivos Generalizados,Superfıcie de tendencia, Thin plate splines, metodo deAkima e Regressao Local.Em geral o que se busca desta analise e estimar aocorrencia do fenomeno em areas nao observadas, esti-mando uma superfıcie suave, conforme o metodo utilizadopara gerar a superfıcie pode-se explorar diferentes pon-tos de analise, por exemplo, utilizando a Regressao Localse evidencia efeitos espaciais locais tais como efeitos devizinhanca, ja utilizando a superfıcie de tendencia se evi-dencia os efeitos globais, como tendencias no espaco, emgeral para este metodo usa-se uma regressao de segundaordem, porem esta ordem pode ser escolhida pelo usuario,outra opcao e usar a transformacao logaritmica e aplicarum dos metodos disponıveis, e ainda outra seria gerar assuperfıcies por uma, duas ou todas as tecnicas implemen-tadas e compara-las, ja que, este procedimento e simples erapido utilizando as rotinas do RDengue, a figura 3 mostraum exemplo deste tipo de analise, comparando o metodoLoess com a Superfıcie de Tendencia.

Figura 3: Superfıcies estimadas pelos metodos RegressaoLocal e Superfıcie de Tendencia.

Uma outra rotina muito util nesta fase exploratoria, e uti-lizar as superficıes estimadas, para gerar uma animacao,para isto utiliza-se uma interpolacao pixel a pixel, o resul-tado desta rotina e um ”filme”que mostra a evolucao dofenomeno tanto no espaco como no tempo. A escala decores utilizada e conhecida como terrain colors, nesta es-cala valores altos da variavel resposta, numero de ovosdo mosquito, sao representados por cores claras sendoo valor mais alto pela cor branca, no outro extremo, val-ores baixos da variavel resposta sao expressos por tonsde verde. Uma demonstracao de tais animacoes e ap-resentado em http://www.leg.ufpr.br/RDengue alem dissotambem e disponibilizado em Linux o pacote RDengue emuma versao preliminar, alem de uma breve descricao desuas dependencias e suas funcionalidades.

Conclusao

Com a concepcao de construcao de ambientes para o mon-itoramento e vigilancia epidemiologica, o RDengue soma-se aos objetivos do SAUDAVEL, contribuindo para o au-mento da capacidade do setor de saude no controle dedoencas transmissıveis, desenvolvendo instrumentos paraa pratica da vigilancia epidemiologica, incorporando as-pectos ambientais, identificadores de risco e protecao, emetodos automaticos e semi-automaticos que permitam adeteccao de surtos e seu acompanhamento no espaco eno tempo.As rotinas implementadas no RDengue mostram-se sat-isfatorias, para gerar analises exploratorias, tendo inclu-sive um procedimento para a visualizacao espaco-temporalque evidencia picos e tendencias espaciais mostrando aevolucao do fenomeno em toda a area, dando a possibili-dade de ver os dados, procedimento nada simples devidoao tamanho do experimento. Tambem possibilita um moni-toramento, da intensidade de ovos do mosquito em toda aarea com base em amostras pontuais do fenomeno, sendoque podem ser definidos sinais de aviso quando por exem-plo a intensidade de ovos capturados for muito superior aopadrao considerado normal.O intuito de uma analise exploratoria e dar subsıdios para abusca de modelos que se adequem aos dados, fornecendoa visualizacao de como o fenomeno se desenvolveu tantono espaco como no tempo.Deixa-se aqui como futuras agendas de pesquisa, incorpo-rar nas superfıcies estimadas outras possıveis covariaveis,como condicoes climaticas e defasagens temporais davariavel resposta. Metodos de previsao que possam serutilizados de forma generica para a serie temporal de cadaarmadilha, permitindo assim gerar um cenario futuro.

Referencias

[1] R Development Core Team. (2004). R: A languageand enviroment for statistical computing. R Founda-tion for Statistical Computing,ISBN 3-900051-07-0.

[2] SILVEIRA, J. C.; SOUZA, W. V.; REGIS, L. N.;SANTOS, M. A.; LAPA, T. M.; PORTUGAL, J. L.;BRAGA, T. S.; MONTEIRO, A. M. Recife em pedacos:Geotecnologias para a Deteccao e Acompanhamentoem Vigilancia Epidemiologica.In: VI CONGRESSOBRASILEIRO DE EPIDEMIOLOGIA, 2004.

1Sistema de Apoio Unificado para a Deteccao e Acompanhamento em Vigilancia Epidemiologica.

53aReuniaoAnualdaRegiaoBrasileiradaSociedadeInternacionaldeBiometria−RBRAS