Por: Emerson Takeshi Hassegawa Fábio Yoshio Sato Ricardo Issao Shimanuki

IntroduçãoCom a evolução dos estudos sobre a

reprodução celular surgiu a necessidade de técnicas de análise da expressão gênica, para entender o que leva às falhas de reprodução que conduzem às doenças, dos efeitos dos medicamentos nos tecidos patológicos entre outros tipos de pesquisa.

Análise MicroArrayEssa técnica permite a análise simultânea de

milhares de genes, medindo a expressão gênica de duas amostras comparativamente.

A análise dos dados obtidos nos experimentos de microarray é complexa pois o que é aplicado em um não necessariamente será aplicável em outro.

Análise MicroArray - ProcessoLâmina com pequenos poros com informação

sobre genes a serem estudados;Essa lâmina é colocada em uma solução de

hibridização para que as amostras de RNAm dos tecido a serem estudados fixem nos poros com genes que as complementem;

A lâmina é escaneada gerando uma imagem onde cada spot (poro da lâmina) é representado por um conjunto de pontos coloridos, onde a intensidade de cada cor representa o nível expressão gênica;

Análise MicroArray – ProcessoA imagem é tratado usando softwares de análise de

imagem algumas técnicas são usadas para garantir a qualidade dos dados mostrados na imagem;

Da imagem tratada é retirada a informação utilizada na análise estatística;

Essa análise ocorre em um ambiente computacional propício para as técnicas aplicadas aos dados, como algoritmos de normalização, agrupamento, análise de genes diferencialmente expressos, construção de redes de relevância, entre outros.

Maiges PackO maigesPack é um pacote de arquivos com

métodos matemáticos e estatísticos, escritos em linguagem de programação estatística R e em C, que:

desenvolve um ambiente computacional para análise de dados de microarray

integra estes com diversos algoritmos já desenvolvidos pelo projeto Bioconductor

implementa outros métodos de análise

Maiges Pack - Estrutura

Maiges Pack - EstruturaMaigesPreRaw: classe de objetos do R com todos os dados

e informações para o conjunto a ser analisado.

MaigesRaw: nesta classe são definidos objetos que armazenam os dados brutos para um conjunto de experimentos de microarray.

Maiges: os objetos contidos nesta classe são gerados a partir da normalização aplicada sobre os objetos da classe maigesRaw. Para armazenar os resultados obtidos das análises específicas foram criadas as seguintes classes: maigesANOVA, maigesDE, maigesDEcluster, maigesClass, maigesActMod, maigesRelNetB, maigesRelNetM, maigesActNet.

RefatoraçãoÉ o processo de alteração da estrutura interna

de um programa sem que o comportamento externo seja alterado.

Refatoração - Aplicação1. Identificar refatorações2. Determinar quais refatorações deve ser aplicada

aos trechos identificados3. Garantir que o comportamento será preservado

após a refatoração 4. Aplicar a refatoração5. Avaliar os efeitos da refatoração com relação a

características de qualidade6. Manter consistência com os outros artefatos do

programas (documentação)

Refatoração – Exemplo 1

relNetworkB.R

relNetworkM.R

relNetwork.R

Chamada do relNetwork.

R

relNetworkB.R

relNetworkM.R

Chamada do relNetworkB.R ou

relNetworkM.R

Refatoração – Exemplo (Norm.)

normLoc.RnormScaleLimma

.R

Antes

Converte obj. para RGList ou

MAListDeclara novo obj

(norm.)Pega informação sobre o RPreparativos para aplicação

da normalização (tipo printtiploess ou tipo

especificado na chamada)Aplica o método de

normalização especificado

Converte obj. para

marrayRawDeclara novo obj

(norm.)

Pega informação sobre o RPreparativos para aplicação

da normalização (tipo Aquantile ou tipo

especificado na chamada)Aplica o método de

normalização especificado

Refatoração – Exemplo (Norm.)

normLoc.RnormScaleLimma

.RConverte obj.

para RGList ou MAList

Declara novo obj (norm.)

Pega informação sobre o R

Preparativos para aplicação da normalização (tipo printtiploess ou tipo

especificado na chamada)Aplica o método de

normalização especificado

Converte obj. para

marrayRaw

Preparativos para aplicação da normalização (tipo

Aquantile ou tipo especificado na chamada)

Aplica o método de normalização especificado

Depois

Dúvidas