expressão in silico de genes para subunidades menor (ssu) e maior (lsu) da ru bisco em coffea...
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Resumos do 54º Congresso Brasileiro de Genética • 16 a 19 de setembro de 2008Bahia Othon Palace Hotel • Salvador • BA • Brasilwww.sbg.org.br - ISBN 978-85-89109-06-2
Lacerda, GA; Chalfun-Junior, A; Paiva, LV; Melo, EF; Oliveira, RR
Setor de Fisiologia Vegetal, Departamento de Biologia, Universidade Federal de [email protected]
Palavras-chave: Ribulose-1,5-bisfosfato carboxilase/oxigenase, Bioinformática, Transcriptoma, rbcL, rbcS
A enzima cloroplastidial ribulose-1,5-bisfosfato carboxilase/oxigenase (RuBisCO, EC 4.1.1.39) possui 8 subunidades maiores (LSU) e 8 subunidades menores (SSU) e controla a produtividade das plantas por catalisar a primeira reação de assimilação do CO2 na fotossíntese e de oxidação do carbono na fotorrespiração. Os genes correspondentes às subunidades da RuBisCO estão localizados em diferentes compartimentos celulares. O gene rbcL que codifica para LSU é localizado no genoma do cloroplasto (Coen et al. 1977), o que significa um número de cópias (genes) centenas de vezes expressos por células do mesofilo (Bohnert et al., 1982). O mRNA que é codificado pelo gene rbcL é transcrito dentro da organela por ribossomos plastídiais (Wolter et al., 1988). Em contraste a SSU é codificada no núcleo e o mRNA é transcrito no citoplasma por uma proteína precursora contendo uma extensão amino-terminal, nomeada transit peptide, que media o transporte do polipeptídio para dentro do cloroplasto e é clivada durante ou após o transporte (Schimidt et al., 1986). A SSU madura se une com a LSU, no estroma do cloroplasto, para formar a holoenzima (Wolter et al., 1988). Nas plantas estudadas, várias cópias de genes rbcS tem sido encontradas (Dean et al., 1989). Baseados em regiões conservadas das seqüências de genes para as subunidades maior e menor da RuBisCO, foi realizada uma busca por prováveis membros dessa família dentro do banco de dados CAFEST. Após o processo de busca e seleção de reads relacionados aos domínios LSU e SSU, foi realizada a montagem dos EST-contigs, alinhamento entre seqüências relacionadas publicadas, análise filogenética, e análises de motivos de agrupamento, bem como, do perfil de expressão. Desta forma, foi possível identificar 20 seqüências relacionadas ao domínio RuBisCO SSU e 1 seqüência ao domínio RuBisCO LSU. A maioria delas foi expressa em bibliotecas de tecidos vegetativos e alguns em reprodutivos. Algumas seqüências foram expressas em bibliotecas provindas de estresses bióticos, como ataques de fitopatógenos e abióticos como déficit hídrico e encharcamento. O presente trabalho é um estudo comparativo entre seqüências que surge como uma importante ferramenta para identificação de genes, baseada em uma característica de interesse.
Apoio financeiro: FAPEMIG.
Expressão in silico de genes para as subunidades menor (SSU) e maior (LSU) da
RuBisCO em Coffea arabica L.
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