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CENTRO UNIVERSITÁRIO FRANCISCANO PRÓ-REITORIA DE PÓS-GRADUAÇÃO, PESQUISA E EXTENSÃO ÁREA DE CIÊNCIAS TECNOLÓGICAS Curso de Mestrado em Nanociências FABRICIO ANDRE DUTRA MODELAGEM AB INITIO DA CISTEÍNA ADSORVIDA EM GRAFENO Santa Maria, RS 2010

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CENTRO UNIVERSITÁRIO FRANCISCANO

PRÓ-REITORIA DE PÓS-GRADUAÇÃO, PESQUISA E EXTENSÃO

ÁREA DE CIÊNCIAS TECNOLÓGICAS

Curso de Mestrado em Nanociências

FABRICIO ANDRE DUTRA

MODELAGEM AB INITIO DA CISTEÍNA ADSORVIDA EM GRAFENO

Santa Maria, RS

2010

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FABRICIO ANDRE DUTRA

MODELAGEM AB INITIO DA CISTEÍNA ADSORVIDA EM GRAFENO

Dissertação apresentada ao Curso de

Mestrado em Nanociências do Centro

Universitário Franciscano de Santa Maria-

RS como requisito parcial para obtenção

do título de Mestre em Nanociências.

Orientador(a): ProfaDra SOLANGE BINOTTO FAGAN

Santa Maria, RS

2010

Ficha Catalográfica

D978m

Dutra, Fabricio Andre Modelagem AB Initio da cisteína adsorvida em grafeno / Fabricio Andre Dutra ; orientação Solange Binotto Fagan. – Santa Maria, 2010.

66f. : il. Dissertação (Mestrado em Nanociências) – Centro Universitário Franciscano.

1. Grafeno 2. Aminoácidos 3. Adsorção I. Fagan, Solange Binotto. II. Título.

CDU 546.26:62-181.4

Elaborada pela Bibliotecária Zeneida Mello Britto CRB10/1374

DEDICATÓRIA

Para a Aline pelo imenso carinho e apoio e para meus pais,

Pedro (in memorian) e Cerlei.

AGRADECIMENTOS

Dedico meus agradecimentos às todos que de alguma forma colaboraram com a

realização deste trabalho:

– a Deus, sou grato por todas as oportunidades que me foram dadas;

– à Profa. Dra. Solange B. Fagan, pela orientação, tolerância, paciência, e pelos

ensinamentos.

– à Profa. Dra. Ivana Zanella, pela co-orientação neste trabalho;

– ao Prof. Dr. Leandro Barros da Silva, pela grande ajuda e colaboração neste

trabalho;

– aos colegas de pós-graduação da UNIFRA, pelo incentivo, troca de saberes e

amizade; em especial à Elenice (Nena), ao André, ao Heleno (Neno) e ao Paulo pelo

companheirismo principalmente em meus primeiros passos neste curso;

- à Vivian, colega da UFSM, pela ajuda na fase final;

– aos demais professores do Mestrado em Nanociências, que, de alguma forma,

colaboraram na minha formação acadêmica;

– ao CENAPAD – SP, pelo espaço disponível para a realização dos cálculos e

suporte técnico;

- à todas as pessoas que compreenderam o quão difícil foi conciliar o trabalho e o

curso;

– aos meus familiares, pelo apoio incondicional nas minhas decisões, em especial à

Aline pelo companheirismo, amor e incentivo constantes.

RESUMO

O grafeno consiste numa rede bidimensional, composta unicamente de

átomos de carbono dispostos em anéis hexagonais; sendo recentemente

caracterizado como “material mais fino do universo”, o qual exibe alta qualidade

cristalina e transporte elétrico balístico em baixas temperaturas. Neste material as

propriedades eletrônicas e a grande área superficial são algumas das propriedades

mais interessantes de modo que podem ser adsorvidos ou substituídos aminoácidos,

visando aumentar a hidrofilicidade da estrutura originalmente constituída apenas de

átomos de carbono. Neste trabalho visamos avaliar as propriedades estruturais e

eletrônicas resultantes da adsorção ou substituição de átomos de carbono pelo

aminoácido cisteína, bem como investigar o tipo de interação estabelecida entre este

e a monocamada de grafeno perfeita ou com defeito estrutural. Avaliamos estas

propriedades por meio de simulação computacional de primeiros princípios utilizando

a Teoria do Funcional da Densidade. Indicamos as propriedades eletrônicas e

estruturais de aminoácidos substituindo átomos de carbono na estrutura do grafeno

ou adsorvendo na superfície. Constatamos que a energia de ligação entre o

aminoácido e a monocamada de grafeno varia, sendo totalmente dependente do

sítio reacional que aproximamos, sendo que dentre os três sítios considerados

(carboxila, amino e tiol), tanto na aproximação da camada de grafeno perfeita quanto

da camada com defeito estrutural, o grupo tiol foi o que demonstrou uma interação

mais forte com o grafeno, além de apresentar também uma menor distância de

ligação entre a monocamada e a molécula de aminoácido. Nas estruturas de

bandas, demonstramos a pouca interação entre os sistemas, pelo fato de os níveis

dos sistemas isolados aparecerem claramente nas estruturas dos sistemas

interagentes, o que evidencia a baixa energia de ligação encontrada. Desta forma,

este trabalho demonstrou, de forma inédita, as propriedades associadas com a

interação da cisteína adsorvida no grafeno fomentando o potencial de aplicação

tecnológica deste material inovador como sensor de moléculas mais complexas.

Palavras-chave: grafeno, aminoácidos, adsorção.

ABSTRACT

The graphene is a two-dimensional network composed of carbon atoms

arranged in hexagonal rings; characterized as "thinner material of the universe",

which exhibits high crystal quality and ballistic electrical transport at low

temperatures. This material presents electronic properties and large surface

area that are interesting to adsorb or substitut aminoacids, to increase the

hydrophilicity of the structure originally constituted only of carbon atoms and

then enable the development of new sensors with high molecular sensitivity.

This work aim to evaluate the structural and electronic properties of the

grapheme interacting with the aminoacid cysteine, and the type of interaction

established between this and monolayer graphene perfect or structural defect.

These properties are investigated through computer simulation from first

principles methods using the density functional theory that indicate the

electronic and structural properties of the resulting systems. We found that the

binding energy between the amino and graphene monolayer varies, being

totally dependent on the reaction site and among the three sites considered

(carboxyl, amine and thiol), both, in considering the perfect layer of graphene or

with as structural defect, present the thiol group with a stronger interaction. In

the electronic properties, we demonstrate little interaction between the systems,

because the levels of isolated systems appear clearly in the structures of

interacting systems, which demonstrates the low binding energy found. Thus,

this study demonstrated, the properties associated with the interaction of amino

acids adsorbed on graphene encouraging potential technological application of

this innovative material as a sensor of more complex molecules.

Keywords: graphene, aminoacids, adsorption.

SUMÁRIO

1. INTRODUÇÃO .......................................................................................... 8

2. REVISÃO DE LITERATURA .................................................................... 10

2.1. CARBONO ............................................................................................... 10

2.2. HIBRIDIZAÇÃO DO CARBONO ............................................................... 10

2.3. ALÓTROPOS DO CARBONO ................................................................. 15

2.3.1. Grafite ....................................................................................................... 16

2.3.2. Diamante .................................................................................................. 17

2.3.3. Fulerenos .................................................................................................. 18

2.3.4. Nanotubos de Carbono ............................................................................. 19

2.3.5. Grafeno ..................................................................................................... 20

2.4. CISTEÍNA ................................................................................................ 27

2.5. GRAFENO COMO SENSOR DE MOLÉCULAS ...................................... 30

3. METODOLOGIA ....................................................................................... 32

3.1. APROXIMAÇÃO DE BORN-OPPENHEIMER .......................................... 33

3.2. TEORIA DO FUNCIONAL DA DENSIDADE ............................................ 34

3.2.1. Teoremas de Hohenberg e Kohn ............................................................. 36

3.2.2. Equações de Kohn-Sham ......................................................................... 37

3.2.3. Termo de Troca e Correlação ................................................................... 38

3.3. PSEUDOPOTENCIAL .............................................................................. 40

3.4. ORBITAIS ATÔMICOS ............................................................................ 42

4. RESULTADOS ......................................................................................... 45

4.1. PROCEDIMENTOS DE CÁLCULO .......................................................... 45

4.2. GRAFENO PERFEITO, GRAFENO COM DEFEITO E CISTEÍNA........... 46

4.3 ADSORÇÃO DA CISTEÍNA EM GRAFENO PERFEITO .......................... 49

4.4 ADSORÇÃO DA CISTEÍNA EM GRAFENO COM DEFEITO ................... 55

5. CONCLUSÃO ........................................................................................... 60

REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS ........................................................ 62

8

1. INTRODUÇÃO

Atualmente, o interesse em materiais nanoestruturados vem crescendo de

forma extraordinária devido a sua potencial aplicação em diversas áreas científicas e

tecnológicas, tais como catálise, sensores químicos e biológicos, materiais

optoeletrônicos e materiais magnéticos. Dentre estes, o grafeno é um dos materiais

bi-dimensionais que promete grandes revoluções na área de nanodispositivos e

nanomateriais.

O grafeno é formado por uma única camada de grafite e foi recentemente

obtido experimentalmente como uma forma bi-dimensional de carbono, o qual exibe

alta qualidade cristalina e transporte elétrico balístico em baixas temperaturas

(NOVOSELOV et al , 2005; ZHANG et al, 2005), e recentemente foi caracterizado

como o “material mais fino do universo” (GEIM e NOVOSELOV, 2007). Neste

material as propriedades eletrônicas e a grande área superficial são umas das

propriedades mais interessantes de modo que podem ser adsorvidos ou substituídos

grupamentos funcionais orgânicos, visando aumentar a hidrofilicidade da estrutura

do grafeno (MEYER et al, 2007). Desta forma, pode-se acarretar uma maior

compatibilidade e seletividade com determinados sistemas biológicos, bem como

utilizar o grafeno para ancorar outros átomos ou moléculas (NOVOSELOV et al,

2008; ZANELLA et al, 2008).

Estudos recentes sobre a monossubstituição de grupos arila na camada do

grafeno constataram que depois de feita uma segunda substituição por outro

carbono do grafeno, do mesmo hexágono em posição “para-dissubstituído (1,4)”, ou

seja, dois substituintes em posição 1 e 4 no anel aromático, aumentaram a

intensidade desta ligação (JIANG, SUMPTER E DAI, 2006), bem como Pei e

colaboradores (2010) relatam que dependendo da posição e da quantidade de

grupos (grupamentos metila) adsorvidos no grafeno, as propriedades mecânicas são

radicalmente alteradas.

O estudo das propriedades dos nanotubos com grupamentos orgânicos

substitucionais e adsorvidos, demonstrou relevantes alterações eletrônicas em

relação à estrutura primária (VELOSO et al, 2006), o que motivou esta análise

análoga aplicada ao grafeno, uma vez que estudos nessa linha foram recentemente

desenvolvidos utilizando carbono amorfo (CHUTIA et al, 2008), átomos alcalinos e

9

halogênios (SILVA, 2008) e vários grupamentos orgânicos como dopantes isolados

(BOUKHVALOV E KATSNELSON, 2008).

Portanto, neste trabalho, realizamos simulações de primeiros princípios com o

aminoácido cisteína a fim de avaliar seu potencial como possível adsorvente numa

monocamada de grafeno, sem e com defeitos estruturais, para sua posterior

utilização como sensor de moléculas orgânicas e/ou inorgânicas.

Ressalta-se que não seria possível pensar neste trabalho de forma disciplinar,

por que houve necessidade da colaboração de várias áreas do conhecimento para

sua construção e concretização. Destaca-se a área da química que contribuiu com a

avaliação das possíveis estruturas a serem escolhidas para interagirem, a física que

fundamentou a metodologia do trabalho, a informática com o suporte computacional,

bem como todas as outras áreas que ajudaram a definir os objetivos deste trabalho,

que se fosse visto de forma disciplinar, não alcançaria os mesmos resultados.

Da mesma forma, a área da nanotecnologia, tem se desenvolvido mais

rapidamente nos últimos anos devido, em grande parte, ao avanço das técnicas de

análise estrutural e microscópica da matéria. Já há bastante tempo, estudos teóricos

na área de materiais esbarravam na impossibilidade de reproduzir, confirmar ou

refutar resultados teóricos na prática, hoje, em grande parte das situações, já

podemos testar em laboratório, in vitro ou in vivo, os resultados teóricos ou

simulados. Com isto, já existe uma gama de produtos nanoestruturados no mercado,

tanto no mercado restrito aos centros acadêmicos, quanto ao mercado varejista

acessível a qualquer pessoa. Nesse ínterim este trabalho vem a contribuir no sentido

em que dá suporte para a compreensão de como um aminoácido interage com esta

nova estrutura carbonácea que é o grafeno.

Tendo sido definida a motivação e os objetivos deste trabalho, no Capítulo 2

são apresentados os referenciais teóricos sobre o carbono e seus alótropos,

destacando-se o grafeno e suas propriedades estruturais, e também as principais

características da cisteína. No Capítulo 3 são descritos os fundamentos dos cálculos

de primeiros princípios, com ênfase na Teoria do Funcional da Densidade. No

Capítulo 4 são apresentados os procedimentos de cálculo e são apresentados e

discutidos os resultados obtidos. Finalmente, no Capítulo 5, são analisados os

resultados e apresentadas as conclusões finais.

10

2. REVISÃO DE LITERATURA

2.1. CARBONO

O carbono é um elemento químico de símbolo “C”, número atômico 6 (6

prótons e 6 elétrons), massa atômica 12u e sólido à temperatura ambiente.

Dependendo das condições de formação, pode ser encontrado na natureza em

diversas formas alotrópicas: carbono amorfo e cristalino, em forma de grafite,

diamante ou ainda nanotubos (IIJIMA, 1991) e grafeno (NOVOSELOV et al, 2004).

Pertence ao grupo (ou família) 14.

O carbono se destaca dentre os elementos químicos uma vez que forma um

grande número de compostos, mais do que todos os outros elementos combinados.

Este elemento, é o pilar básico da química orgânica, é o quarto elemento mais

abundante em massa no universo e se conhecem cerca de 10 milhões de

compostos de carbono e forma parte de todos os seres vivos. Mesmo o carbono

sendo capaz de formar esta grande variedade de compostos, a maioria desses são

pouco reativos sob condições normais de temperatura e pressão.

A singularidade do carbono se justifica por meio da análise dos diferentes

tipos de hibridização que seus orbitais da camada de valência compõem. A seguir

apresentamos as principais características das diferentes hibridizações do carbono

(SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

2.2. HIBRIDIZAÇÃO NO CARBONO

O átomo de carbono possui número atômico 6 (Z=6) e portanto 6 elétrons,

distribuídos nos orbitais atômicos 1s2,2s2 e 2p2. Os elétrons do subnível 1s estão

fortemente ligados ao núcleo e não participam das ligações químicas. Os elétrons

responsáveis pelas ligações químicas são os elétrons da última camada, ou camada

de valência, no caso do carbono os elétrons dos subníveis 2s e 2p.

No estado fundamental, o carbono possui elétrons de valência distribuídos

nos orbitais 2s, 2px e 2py, e nesta situação o átomo de carbono não poderia atingir a

estabilidade eletrônica, pois desta forma só poderia haver a formação de duas

ligações química covalentes, uma vez que estas se formam através de

11

emparelhamento de elétrons com spins contrários. A seguir apresentamos como o

carbono consegue formar as quatro ligações químicas necessárias para atingir a

estabilidade eletrônica clássica (8 elétrons na camada de valência) (SOLOMONS e

FRYHLE, 2001).

O carbono ao formar uma ligação química passa por três etapas

energeticamente distintas:

Estado Fundamental 1s2 2s2 2p2

Estado Excitado 1s2 2s1 2p3

Estado Hibridizado sp3 – 1s2 2sp3 2sp3 2sp3 2sp3

sp2 – 1s2 2sp2 2sp2 2sp2 2p (puro)

sp – 1s2 2sp 2sp 2p 2p

Na Figura 2.1 estão representados os diferentes estados do carbono,

fundamental e excitado.

Figura 2.1: Diagrama energético das diferentes fases do carbono durante o

processo de ativação ou excitação (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

A formação dos orbitais híbridos sp, sp2

e sp3

no carbono é devido a

sobreposição dos orbitais s e p da camada de valência (por estarem em níveis

energéticos próximos) para formar novos orbitais.

No carbono sp3, todos os quatro elétrons de valência encontram-se

igualmente distribuídos em quatro orbitais híbridos degenerados do tipo sp3. Nesta

configuração, o átomo de carbono central possui seus 4 elétrons localizados nos

vértices de um tetraedro regular. As ligações formadas são do tipo σ, e o ângulo

formado entre estas ligações é de 109°28’.

12

A Figura 2.2 apresenta um esquema energético do carbono normal ou

fundamental ao carbono sp3.

Figura 2.2: Diagrama energético das diferentes fases do carbono durante o

processo de hibridização sp3 (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

Como principal exemplo de estrutura que apresenta o carbono sp3, temos a

estrutura do gás metano (CH4), Figura 2.3.

Figura 2.3: Gás metano (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

Para o carbono sp2, 3 elétrons encontram-se igualmente distribuídos em três

orbitais híbridos degenerados e simétricos (ligações σ) e o quarto elétron restante no

orbital p (puro) é capaz de formar uma ligação π (p-p) com outro orbital p. A

configuração estrutural (geometria molecular) apresentada neste caso é do tipo

trigonal plana (120°).

A Figura 2.4 apresenta um esquema energético do carbono normal ou

fundamental ao carbono sp2.

13

Figura 2.4: Diagrama energético das diferentes fases do carbono durante o

processo de hibridização sp2 (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

Como principal exemplo de estrutura que apresenta o carbono sp2, temos a

estrutura do gás eteno (C2H4), Figura 2.5.

Figura 2.5: Gás eteno (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

Já no carbono sp, dois elétrons formam dois orbitais híbridos simétricos

(ligações σ) e os dois elétrons restantes nos orbitais p (puros), formam duas ligações

do tipo π (p-p). A configuração estrutural para a hibridização sp é linear, com um

ângulo de 180°

entre as ligações.

A Figura 2.6 apresenta um esquema energético do carbono normal ou

fundamental ao carbono sp.

14

Figura 2.6: Diagrama energético das diferentes fases do carbono durante o

processo de hibridização sp (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

Como principal exemplo de estrutura que apresenta o carbono sp, temos a

estrutura do gás etino (C2H2), Figura 2.7.

Figura 2.7: Gás etino ou acetileno (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

A Tabela 2.1 resume as principais características estruturais de cada estado

híbrido do carbono.

Na próxima seção, discutiremos as diferentes substâncias simples (alótropos)

que podem ser formadas pela união dos átomos de carbono a partir de suas

diferentes hibridizações.

15

Tabela 2.1: Síntese das propriedades acerca das diferentes hibridizações

(SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

Hibridização N° de

orbitais híbridos

Tipo de Interação entre os orbitais

Tipo de ligação

Forma espacial dos

orbitais

Ângulo entre as ligações dos orbitais

híbridos

sp3 4 4σ 4 ligações

simples tetragonal 109° 28’

sp2 3 3σ + 1π 2 ligações

simples + 1 dupla

trigonal planar

120°

sp 2 2σ + 2π

1 ligação simples + 1 tripla ou 2

duplas

linear 180°

2.3. ALÓTROPOS DO CARBONO

Alotropia é a propriedade que alguns elementos químicos apresentam e

consiste na possibilidade destes elementos formarem diferentes substâncias

simples, no entanto, o carbono é o único elemento capaz de formar alótropos com

dimensionalidades diferentes, tais como 0D (fulerenos), 1D (nanotubos), 2D

(grafenos) e 3D (grafite) e ainda formar estruturas amorfas (SAITO et al., 1998). O

que justifica esta versatilidade é o fato de o carbono como já visto anteriormente,

interagir com outros átomos através dos mais diferentes orbitais híbridos (sp, sp2 e

sp3, nas ligações sigma (σ)), bem como realizar ligações múltiplas (uma ou duas

ligações pi (π)), nos orbitais “p” puros restantes (não híbridos).

De forma resumida, a Tabela 2.2 apresenta as principais propriedades dos

alótropos e das nanoestruturas do carbono, distribuídos a partir de sua

dimensionalidade; dimensão zero (0D), unidimensional (1D), bidimensional (2D) e

tridimensional (3D).

16

Tabela 2.2: Exemplos de estruturas alotrópicas do carbono com diferentes

dimensionalidades (SAITO et al, 1998).

Dimensão 0D 1D 2D 3D

Alótropo C60

Fulerenos Nanotubo Grafeno

Diamante, Grafite,

C-amorfo

Hibridização sp2 sp2(sp) sp2 sp3

Densidade (g/cm3)

1,72 1,20 - 2,00 2,68 - 3,13

2,26 ~2,00

3,52 2-3

Comprimento da ligação

(Å)

1,40 (C=C) 1,46 (C-C)

1,44 (C=C) 1,42 (C=C) 1,44 (C-C)

1,52 (C-C)

Propriedades eletrônicas

Semicondutor Egap=1,90 eV

Metal ou semicondutor Egap~variável

Semicondutor ou condutor

com Efeito Hall Quântico

Isolante, não-metal Egap=5,47

eV

A partir de agora, estudaremos as diferentes propriedades de cada um dos alótropos do carbono. 2.3.1. Grafite

Também chamada chumbo negro ou plumbagina, o grafite tem múltiplas e

importantes aplicações industriais, embora seja mais conhecida popularmente por

sua utilização como mina do lápis. (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

No grafite cada átomo de carbono está unido a outros três em um plano

composto de células hexagonais. Neste estado, 3 elétrons se encontram em orbitais

híbridos planos sp2 e o quarto em um orbital p (Figura2.8). São conhecidas duas

formas de grafite, uma é denominada α (hexagonal), tendo uma estrutura do tipo

ABAB... e a outra é conhecida como β (romboédrica), com estrutura do tipo

ABCABC...

Mineral de variadas propriedades físicas, o grafite tem numerosas aplicações

industriais. É mole, facilmente desgastável, untuosa e de boa condutibilidade

elétrica. Naturalmente encontra-se em três formas, que determinam o emprego

industrial: amorfa, cristalina e em lâminas. A forma amorfa formou-se por intrusões

ígneas em leitos de carvão, que se calcinou, convertendo-se em grafita, cuja pureza

raramente é superior a 85%. A forma cristalina ocorre em grupos maciços de cristais

17

de brilho argênteo e sua pureza supera 99%. O grafite em escamas, a mais rara e

em alguns casos a mais valiosa, encontra-se disseminada em rochas que

experimentaram alto grau de metamorfose local.( (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

É utilizada na fabricação de cadinhos refratários para as indústrias do aço, do

latão e do bronze sendo usado, também, como lubrificante. Misturado com argila

muito fina forma a mina do lápis; empregando-se ainda largamente na fabricação de

tinta para proteção de estruturas de ferro e de aço.

Figura 2.8: Grafite (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

2.3.2. Diamante

No diamante, cada átomo de carbono encontra-se covalentemente ligado a

quatro outros átomos de carbono localizados nos vértices de um tetraedro regular,

com uma distância interplanar de 1,54 Å, apresentando uma hibridização do tipo sp3

(Figura 2.9).

O diamante é um material isolante com band gap igual a 5,5 eV. O diamante

natural é um material bastante raro. As impurezas presentes na estrutura do

diamante são muito importantes, uma vez que tais impurezas provocam mudanças

na condutividade térmica e elétrica deste material. Estas modificações nas

propriedades encontram aplicações principalmente em processos industriais.

Somente algumas espécies químicas são capazes de entrarem como substituintes

no retículo do diamante, devido a isto, os melhores diamantes naturais contém

impurezas com concentrações de aproximadamente 0,1 ppm (SOLOMONS e

FRYHLE, 2001).

18

Figura 2.9: Diamante. (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

2.3.3. Fulerenos

Os fulerenos são moléculas ocas de carbono, formadas por uma superfície

curva com ligações do tipo sp2. Podem possuir diferentes quantidades de átomos de

carbono, sendo formados por 20, 60, 70, 100, 180, 240 e até 540 átomos de carbono

(sempre números pares de átomos de carbono). O C60, o mais conhecido e

abundante dos fulerenos, possui simetria icosaédrica, consistindo de 20 anéis

hexagonais e 12 pentagonais, parecendo uma de bola de futebol com 7Å de

diâmetro. A molécula C60 é conhecida como buckyball e sua descoberta rendeu a

Kroto, Smalley e Curl (KROTO et al., 1985), o prêmio Nobel de Química, em 1996.

Mas para chegar até aí, não foi fácil, afinal eles precisaram imaginar como os 60

átomos de carbono poderiam se arranjar para formar um composto estruturalmente

estável, um cluster contendo apenas átomos de carbono, baseado no que se

conhecia até então a respeito de carbono não seria possível formar uma esfera oca

constituída apenas por átomos de carbono. Imaginaram então construir uma

estrutura com ligações entre orbitais híbridos sp2 e desta forma uma estrutura

esferoidal poderia satisfazê-lo, desde que não fosse constituída apenas de

hexágonos, assim sendo, basearam-se nos estudos do arquiteto americano R.

Buckminster Fuller e propuseram um icosaedro truncado, constituído de 20

hexágonos e 12 pentágonos onde cada vértice representaria um átomo de carbono

com o aspecto típico de uma bola de futebol (Figura 2.10).

19

Figura 2.10: Fulereno. (SOLOMONS e FRYHLE, 2001).

2.3.4. Nanotubos de Carbono

Nanotubos de carbono (NTC) são materiais cuja estrutura química básica é

formada por uma folha de grafeno enrolada, em dimensões nanométricas, podendo

suas extremidades ser fechadas, por uma espécie de “abóboda” de grafite,

formando uma cavidade interna oca. Em 1991, Sumio Iijima (IIJIMA, 1991) observou

a existência de compostos formados de múltiplas camadas de folhas de grafeno

enrolados de forma cilíndrica (Figura 2.11), através da microscopia eletrônica. Era a

descoberta de uma nova família de alótropos do carbono, os chamados nanotubos,

devido à sua morfologia tubular com dimensões nanométricas. Esses nanotubos de

múltiplas camadas, MWCNs (multiwall carbon nanotubes), foram sintetizados

utilizando técnicas similares às utilizadas para a produção de fulerenos. Dois anos

depois, foram sintetizados os nanotubos de uma única camada, os SWCNs (single-

wall carbon nanotubes), gerados de uma única folha de grafeno enrolada de forma

cilíndrica (IIJIMA e ICHIHASHI, 1993).

Figura 2.11: Imagens obtidas por Iijima em um microscópio eletrônico de

transmissão de nanotubos de carbono de múltiplas camadas (a-d) e de uma camada

(e) (adaptada de IIJIMA, 1991).

20

Os nanotubos de carbono possuem propriedades mecânicas e eletrônicas

notáveis, devido à combinação de sua dimensionalidade (grande razão

comprimento/diâmetro), estrutura e topologia, e são os compostos mais rígidos (na

direção perpendicular ao seu eixo), flexíveis (na direção normal ao eixo) e

resistentes às tensões que já foram produzidas (DRESSELHAUS et al., 1996).

2.3.5. Grafeno

O grafeno, o qual é a mais recente de todas as formas alotrópicas do

carbono, foi sintetizado apenas em 2004, sendo constituído por uma das folhas

isoladas do grafite, apresentando, assim, hibridização sp2. Por outro lado, físicos

teóricos presumiam que um filme de carbono com um átomo de espessura (grafeno)

jamais poderia ser estável, não podendo existir no estado livre (ASCROFT e

MERMIN, 1976).

Porém, em 2004, o grupo de André Geim e Kostya Novoselov (NOVOSELOV

e GEIM, 2004) conseguiu isolar um único plano do grafite por esfoliação mecânica

do grafite de um lápis através de uma fita adesiva. Assim, foi obtido pela primeira

vez o grafeno, material estável e flexível que promete uma revolução em aplicações

na indústria de semicondutores. Na próxima seção discutiremos de forma mais

aprofundada as propriedades desta nova forma alotrópica de carbono

(NOVOSELOV et al, 2005).

Obtenção do Grafeno

Em 2004 a equipe de Geim e Novoselov preparou filmes de grafeno por meio

de esfoliação mecânica, obtendo de forma termodinamicamente estável, as

primeiras estruturas isoladas bidimensionais de carbono (NOVOSELOV et al, 2005).

Inicialmente eles utilizaram uma plaqueta de 1mm de espessura de HOPG (Highly

Ordered Pyrolytic Graphite). Usando a técnica de gravura seca com plasma de

oxigênio produziram blocos de grafite com 5μm de profundidade no topo da plaqueta

(mesas quadradas de comprimentos variando de 20μm a 2mm). A superfície

estruturada foi então prensada contra um fotoresistor disposto sobre um substrato

de vidro. Após a secagem, as bases ficam presas a camada de fotoresistor,

possibilitando a sua clivagem do resto da amostra de HOPG. Com uma fita adesiva

21

os pesquisadores iniciaram uma esfoliação repetida de fragmentos de grafite destas

amostras. Os finos fragmentos que restaram no foto resistor foram colocados em

acetona. Quando a amostra de Si foi mergulhada na solução e então lavada com

água e propanol, alguns fragmentos foram capturados na superfície do substrato.

Após isso, foi feito uma limpeza, eliminando a maioria dos fragmentos mais

espessos. Os fragmentos mais delgados (d < 10nm) foram encontrados adsorvidos

no SiO2, devido a forças de van der Waals ou de capilaridade.

Figura 2.12: Filmes de grafeno. (A) Espectroscopia óptica de uma lâmina de

múltiplas camadas de grafeno com espessura 3 nm no topo do óxido de Si. (B) Imagem de um microscópio de força atômica [AFM] da amostra próxima à borda. A

cor marrom escura [laranja] é a superfície do SiO2 [3 nm acima do óxido]. (C) imagem de AFM de uma única camada de grafeno. A cor marrom escura é a superfície de SiO2.(D) Imagem de microscópio eletrônico de varredura de um dispositivo experimental com filme de grafeno de poucas camadas (E) Figura

esquemática do dispositivo (D) (NOVOSELOV et al, 2004).

Avaliando a espessuras do grafeno, os pesquisadores usaram uma

combinação de microscópios óticos, de feixe eletrônico e de força atômica (Figura

2.12). Filmes grafíticos com espessura menor que 50 nm, que são transparentes à

luz visível, entretanto sobre a superfície de SiO2 eles são facilmente visíveis devido à

adição de caminho ótico que altera a cor da interface. O SiO2, com uma espessura

de 300 nm tem cor violeta, a espessura extra, proveniente do filme delgado de

grafite provoca sua mudança para o azul. À medida que a espessura da folha de

grafeno tende para uma única camada, ou seja, quando se tem filmes de grafeno

22

com poucas camadas ela vai ficando invisível para o microscópio óptico.

Embora folhas de grafeno com espessuras menores que nmd 5,1 não sejam

visíveis através de microscópio ótico podem ser vistas claramente por microscópios

de alta resolução de varredura MEV (Microscópio eletrônico de varredura). A forma

mais fácil de isolar o grafeno é por meio de esfoliação química. Para isso a amostra

de grafite é inicialmente intercalada, de forma que as folhas de grafeno ficam

separadas por uma camada de átomos ou moléculas. Esse procedimento em geral

cria um novo composto tridimensional (3D). Mas em alguns casos é possível

introduzir moléculas grandes de forma a forçar espaçamentos entre os planos de

grafeno, resultando assim em grafeno isolado envolvido numa matriz em três

dimensões. O inconveniente desta técnica é que é comum por meio de uma reação

química a intercalação ser desfeita formando folhas de grafeno enroladas e re-

empilhadas (DRESSELHAUS et al, 2002).

Para obtenção de melhor qualidade na produção de grafeno, os

pesquisadores têm usado amostras obtidas pela técnica de clivagem

micromecânica, a mesma usada no primeiro isolamento do grafeno (NOVOSELOV

et al, 2004). Após um refinamento da técnica, consegue-se produzir cristais de

grafeno de alta qualidade com mais de 100 μm, sendo suficiente para a maioria das

pesquisas propostas.

Atualmente, diversas técnicas têm sido desenvolvidas e aprimoradas para

obtenção de grafeno de camadas isoladas buscando uma qualidade cada vez

melhor para aplicação no desenvolvimento de novas tecnologias (GEIM e

NOVOSELOV, 2007).

Propriedades do Grafeno

Grafeno é o nome dado a uma monocamada planar de átomos de carbono

dispostos em uma rede bidimensional (2D) hexagonal, e é base para estruturas

grafíticas de outras dimensões, como mostra a Figura 2.13.

23

Figura 2.13: Plano de grafeno originando diferentes estruturas alotrópicas do carbono, em (a) fulereno em (b) nanotubo e em (c) grafite (GEIM et al, 2007).

O grafeno é formado por átomos de carbono organizados em uma estrutura

hexagonal. A estrutura atômica do grafeno não é uma rede de bravais, mas pode ser

visto como uma rede triangular com uma base de dois átomos por célula unitária. Os

vetores da rede direta do grafeno podem ser escritos como:

, (2.1)

onde a = 2,40 Å é o parâmetro de rede da estrutura hexagonal. A rede recíproca é

dada pelos vetores:

, (2.2)

A Figura 2.14 mostra a estrutura hexagonal na rede direta e recíproca com os

vetores correspondentes.

24

Figura 2.14: À esquerda, estrutura de grafeno feito de duas redes

triangulares (1

a

e 2

a

são os vetores unitários da rede). À direita, corresponde a zona

de Brillouin (CASTRO et al, 2007).

Devido a simetria da estrutura hexagonal do grafeno alguns pontos de

simetria da zona de Brillouin são necessários para descrever as propriedades

eletrônicas deste material, como os pontos , K, K´ e M. Os pontos K e K´ também

são chamados de pontos de Dirac e suas posições são dadas por:

aaK

33

2,

3

2,

aaK

33

2,

3

2' . (2.3)

Fazendo uso de um modelo de tight-binding para o grafeno e considerando no

Hamiltoniano que esses elétrons possuem interação somente com seus primeiros e

segundos vizinhos, temos:

(2.4)

onde destrói (cria) elétrons com spin no sítio i

R da sub-

rede A. Uma equivalente definição é usada na sub-rede B, t = 2,8 eV e t=0,1 eV são

as energias para os elétrons saltarem para os primeiros e segundos vizinhos,

respectivamente (REICH et al, 2002). As bandas de energia deste Hamiltoniano

devem ter a forma (WALLACE, 1947):

25

, (2.5)

, (2.6)

onde o sinal positivo representa a banda de energia superior (π) e o sinal negativo a

banda inferior (π*).

A Figura 2.15 apresenta o espectro de energia para toda a zona de Brillouin

calculada usando a equação (2.5). A estrutura de bandas próxima aos pontos de

Dirac tem uma dispersão cônica:

, (2.7)

onde q

é o momento medido a partir dos pontos de Dirac e F é a velocidade de

Fermi dada 23 /taF

, com um valor por s/mxF

6101 (WALLACE, 1947).

A diferença entre esse resultado e o do caso usual é que ,

onde m é a massa do elétron e q a velocidade de Fermi na equação (2.7) a qual não

depende da energia ou momento.

Figura 2.15: À esquerda, bandas de energia de valores finitos de t e t’, com

eVt 7,2 e tt 2,0' . À direita, ampliação em um dos pontos de Dirac (CASTRO et al,

2007).

A dispersão de energia a partir da equação (2.7) tem semelhança com a

energia de partículas sem massa chamadas de ultra-relativísticas; a energia destas

partículas é descrita quanticamente pela equação de Dirac.

26

A densidade de estados eletrônica por célula unitária do grafeno, derivada

pela equação (2.5), é mostrada na Figura 2.16, 0't e 0't , mostrando nos casos

um comportamento semi-metálico (BENA et al, 2005). Perto do ponto de Dirac a

dispersão é dada, aproximadamente, pela equação (2.7) e a expressão da

densidade de estados por célula unitária é dada por:

onde c

A é a área da célula unitária dada por 233 2 /aAc

. Note que a densidade

de estados do grafeno é muito diferente da densidade de estados dos nanotubos de

carbono (SAITO et al, 1992a).

Figura 2.16: Densidade de energia dos estados por célula unitária computado

para a dispersão de energia usando a equação (2.5), 0't em (a) e (b) e 0't em (c)

e (d) (adaptado de CASTRO et al, 2007).

Aplicações do Grafeno

A síntese de grafite de monocamada (grafeno) e a observação experimental

dos portadores de carga de Dirac neste sistema (NOVOSELOV et al, 2005; ZHANG

27

et al, 2005) despertaram um enorme interesse do ponto de vista de aplicações deste

material bidimensional. As propriedades incomuns de portadores de carga no

grafeno são consequências do pequeno gap e da dispersão aproximadamente linear

de elétrons nas imediações do nível de Fermi a dois pontos não equivalentes da

zona de Brillouin. No limite de baixas energias, as quasi-partículas neste sistema

são descritas em termos de férmions relativísticos governados pela equação de

Dirac.

As propriedades interessantes de sensores de nanotubos de carbono já são

conhecidas há algum tempo (KONG et al, 2000) mas, recentemente, a possibilidade

para uso de grafeno como um sensor de gás altamente sensível também foi relatada

(SHEDIN et al, 2007). Foi mostrado que no grafeno o aumento da concentração de

portadores de carga induzida por adsorção de moléculas de gás pode ser usado

para fazer sensores altamente sensíveis, até mesmo com a possibilidade de

detectar moléculas individuais. A sensibilidade está baseada em mudanças na

resistividade devido às moléculas absorvidas na folha de grafeno que atuam como

doadores ou aceitadores de carga.

Outra possibilidade seria o uso do pó do grafeno em baterias elétricas que já

é um dos principais mercados para o grafite. A razão de superfície por volume e a

alta condutividade do grafeno podem conduzir para significantes melhorias na

eficiência de baterias. Os nanotubos de carbono foram cogitados para aplicação em

baterias, mas a produção de pó de grafeno é muito mais barata (STANKOVICH et al,

2006).

Desta forma, torna-se essencial o conhecimento das propriedades resultantes

do grafeno com moléculas adsorvidas que podem ser doadoras ou aceitadoras de

carga, tornando o grafeno com propriedades ainda mais interessantes do ponto de

vista de aplicações. Neste estudo, especificamente, avaliaremos as propriedades do

grafeno quando interagindo com a molécula do aminoácido cisteína, a qual

descreveremos suas propriedades quando isolada na seção a seguir. Esta molécula

tem um interesse especial devido a seu comportamento anfótero, uma vez que todos

aminoácidos possuem grupos ácidos (COOH) e básicos (NH2).

28

2.4. CISTEÍNA

A cisteína é um dos aminoácidos codificados pelo código genético, sendo

portanto um dos componentes das proteínas dos seres vivos. Sua fórmula molecular

é C3H7NO2S sendo um aminoácido relativamente simples, possui em sua estrutura

os grupos amino (NH2), carboxila (COOH) e tiol (SH). A cisteína apresenta-se na

natureza sob a forma de dois isômeros espaciais, cisteína-D e cisteína-L, sendo que

para este trabalho foi utilizada a cisteína-L, o isômero mais abundante na natureza.

O seu nome tem origem na palavra grega kustis, significando "bexiga", pois foi

isolada inicialmente a partir de cálculos renais (sob a forma de cistina). A cisteína

(Figura 2.17) possui um grupo tiol na sua cadeia lateral e é, principalment,e

encontrada em proteínas e no tripeptídeo glutationa. Quando exposto ao ar, e sob

determinadas condições fisiológicas (incluindo no interior de proteínas), a cisteína

oxida-se formando cistina, composta por duas cisteínas unidas por uma ligação

dissulfeto (LEHNINGER, 2002).

Figura 2.17: Molécula do aminoácido cisteína.

O grupo tiol possui caráter nucleofílico (doador de elétrons). Como o pKa

deste grupo é de 8,3, a sua atividade química pode ser regulada pelo ambiente em

que se enquadra.

As moléculas de cisteína têm um papel fundamental na manutenção da

29

estrutura terciária de proteínas. Ao formarem ligações dissulfeto entre os seus

grupos tiol, aumentam a estabilidade molecular e a resistência à proteólise. A

insulina é um exemplo deste tipo de ligações, pois é formada por dois peptídeos

ligados por duas destas ligações dissulfeto.

Alimentos ricos em cisteína incluem pigmentos vermelhos, alho, cebola,

bróculis, couve-de-bruxelas, aveia e gérmen de trigo. Não é, contudo, um

aminoácido essencial: é sintetizado no organismo humano se existir uma quantidade

disponível suficiente de metionina.

Embora muitos aminoácidos estejam disponíveis já há bastante tempo

através da fermentação, só em 2001 uma companhia alemã apresentou uma via

fermentativa para a produção de L-cisteína, sem o recurso a produtos animais ou

humanos (LEHNINGER, 2002).

A cisteína (particularmente a L-cisteína) é usada não só em investigação

laboratorial mas também como suplemento alimentar, em produtos farmacêuticos e

de cuidado pessoal. Também é usada industrialmente em pastelaria e padaria, em

doses que não excedem as dezenas de ppm, para amaciar a massa, reduzindo o

seu tempo de processamento.

O derivado N-acetilcisteína é usado como medicamento contra a tosse, pois

interfere com a formação de ligações dissulfeto em proteínas do muco, liquefazendo-

o e tornando mais simples a sua expulsão. A N-acetilcisteína é usada como

suplemento alimentar tal como a cisteína (LEHNINGER, 2002).

O gado ovino necessita de cisteína para produzir lã, sendo nestes organismos

um aminoácido essencial. As ovelhas adquirem este aminoácido ao ingerir erva;

como tal, a produção de lã cai ou para totalmente em períodos de baixa

disponibilidade de alimentos (como secas prolongadas). Foram desenvolvidas

ovelhas transgênicas que conseguem produzir cisteína, obviando a necessidade

permanente da sua ingestão.

Neste trabalho, utilizamos a cisteína devido á presença de grupos doadores e

receptores de carga em uma molécula de peso molecular relativamente baixo.

2.5. GRAFENO COMO SENSOR DE MOLÉCULAS

O estudo das propriedades dos nanotubos com grupamentos orgânicos

30

substitucionais e adsorvidos, demonstrou relevantes alterações eletrônicas em

relação à estrutura primária (VELOSO et al, 2006), o que motivou esta análise

análoga aplicada ao grafeno, uma vez estudos nessa linha foram recentemente

desenvolvidos utilizando carbono amorfo (CHUTIA et al, 2008) e átomos alcalinos e

halogênios (SILVA, 2008).

A funcionalização de estruturas carbonáceas como fulerenos e nanotubos

pelos mais diferentes substituintes e utilizando as mais variadas rotas reacionais, é

uma linha de pesquisa que tem despertado interesse de pesquisadores de diversos

grupos dos mais diversos institutos de pesquisa do mundo; a dificuldade em

sintetizar, caracterizar e controlar a produção destas estruturas tem sido um

empecilho bastante sério para a pesquisa nesta área. Nesse ínterim, o grafeno

chega como uma alternativa rápida e fácil para possíveis estudos de

funcionalização, uma vez que sua síntese já demonstrou ser bem mais simples que

a das outras nanoestruturas de carbono.

A simulação da possível funcionalização de nanofitas de grafeno com

carboxilas substituídas em anéis contendo defeitos do tipo “stone-wales” (anéis com

cinco ou sete membros na rede); foi recentemente realizada, e a posterior análise

dos resultados demonstrou que a mono e dupla adsorção de carboxilas, modifica

consideravelmente as propriedades eletrônicas do grafeno, aumentando sua

condutibilidade eletrônica, fazendo com que um sistema que inicialmente é

caracterizado como semicondutor, passe a ter comportamento metálico podendo

assim ser utilizado como sensor químico ou ser componente de dispositivos

eletrônicos baseados em nanofitas de grafeno.

Neste material as propriedades eletrônicas e a grande área superficial são

algumas das propriedades mais interessantes de modo que como poderemos ver a

seguir, são adsorvidos ou substituídos grupamentos funcionais orgânicos e diversos

outros átomos e moléculas, visando controlar ou modificar as propriedades

eletrônicas e estruturais do grafeno.

Adsorvendo óxido de cromo (III), (ZANELLA et al, 2008), mudaram a

configuração eletrônica da folha de grafeno de semicondutor para semi-metal e

finalmente para metal.

Utilizando átomos de hidrogênio e flúor (ZHOU et al, 2009), foram feitas

modificações na superfície do grafeno, adsorvendo os átomos de forma diferente,

31

“afinaram” as propriedades eletrônicas e magnéticas, de grafeno puro passaram

para grafano, o qual consistia em uma superfície de grafeno com seus dois lados

totalmente hidrogenados. Após foram retirados os hidrogênios de um dos lados, o

que chamaram de grafono, e posteriormente recobriram os dois lados novamente

com átomos de flúor, alterando significativamente as propriedades eletrônicas do

sistema, uma vez que o sistema passou de metálico para semicondutor e de não

magnético para magnético, modificações estas que dependeram somente das

espécies atômicas e do tipo de cobertura que foi realizada na superfície do grafeno.

Levando estes trabalhos em consideração, abrem-se novos ramos para

funcionalização da monocamada de grafeno, em que poderão ser utilizados grupos

orgânicos presentes nos aminoácidos.

Os aminoácidos são monômeros naturais, os quais originam as proteínas

através de uma reação de polimerização por condensação em que se unem “n”

moléculas de aminoácidos para originar as proteínas, que são polímeros naturais

diversas funções biológicas, tais como catalisadores e tecidos de construção

biológicos.

Desta forma, podemos perceber que tanto o grafeno puro tanto o grafeno

funcionalizado possuem a capacidade de reter moléculas em sua superfície, no caso

do grafeno puro, ou em seus diferentes sítios de adsorção, no caso das moléculas

ou átomos que estarão ligados ao grafeno, por esta razão, escolhemos o

aminoácido cisteína para realizar uma análise da possibilidade da utilização do

grafeno como sensor de proteínas e aminoácidos, uma vez que a principal

característica de um sensor deve ser de indicar a presença de determinada

substância em um determinado meio analisado.

No próximo capítulo descreveremos a metodologia utilizada neste trabalho

para a modelagem da molécula da cisteína interagindo com o grafeno.

32

3. METODOLOGIA

Uma descrição microscópica dos materiais requer o estudo da estrutura e

dinâmica de sistemas de muitos elétrons e núcleos. Em se tratando de sistemas

interagentes que possuam moléculas orgânicas, aminoácidos no caso, os desafios

são ainda maiores, afinal em uma pequena molécula estão presentes alguns grupos

concentradores de carga, como grupo amino, grupo carboxila, além de outros

possíveis grupos como oxidrila e sulfidrila.

Nestes tipos de sistema interagente o conhecimento de sua estrutura

termodinamicamente mais estável é fundamental. A estabilidade de um sistema em

que estão interagindo grafeno e aminoácido, depende basicamente da troca, ou não,

de cargas entre as duas partes. O balanço energético decorrente da soma do

potencial atrativo dos núcleos sobre os elétrons, dos potenciais repulsivos elétron-

elétron e núcleo-núcleo e das energias cinéticas dos elétrons e dos núcleos

determina a estrutura de mínima energia, ou estado fundamental do sistema.

Uma vez conhecida a estrutura do estado fundamental, pode-se determinar

sua estrutura de bandas e energia de ligação, o que irá nos informar se o sistema

está interagindo forte ou fracamente, ou seja, se a ligação formada entre o grafeno e

o aminoácido é de caráter físico ou químico.

Nos casos em que o potencial é independente do tempo, a parte espacial,

chamada de equação de Schrödinger independente do tempo, e dada pela Equação

3.1:

(3.1)

onde, H é o operador hamiltoniano, ),( Rr

é a função de onda e E é a energia total

do sistema.

O grafeno, assim como sólidos e as moléculas, é formado por um conjunto de

N elétrons e M núcleos que interagem coulombianamente entre si. O hamiltoniano

para estes sistemas pode ser escrito como (FERNANDES, 2006):

ˆ ˆ ˆ ˆ ˆ ˆ

n e nn ee enH T T V V V (3.2)

),(),(ˆ RrERrH

33

onde, o primeiro termo é o operador energia cinética dos núcleos, o segundo é o

operador energia cinética dos elétrons, o terceiro operador é o potencial de interação

coulombiana núcleo-núcleo, o quarto operador corresponde a interação coulombiana

elétron-elétron, e o último corresponde a interação coulombiana elétron-núcleo.

Neste trabalho utilizamos o Programa SIESTA (Spanish Initiative for

Electronic Simulations with Thousand of Atoms), o qual utiliza outras aproximações

(pseudopotencial, supercélula e funções de base) para resolver as equações de

Kohn-Sham de forma autoconsistente (SOLER et al., 2002).

A resolução da equação (3.2) depende diretamente do número de partículas

envolvidas, pois matematicamente sistemas a partir do átomo de hidrogênio não

possuem solução analítica exata. Desta forma, as aproximações tornam-se

essenciais para a descrição das propriedades físicas e químicas dos sistemas. A

seguir apresentamos a aproximação de Born-Oppenheimer que reduz

consideravelmente o número de partículas envolvidas no cálculo das propriedades

do sistema, uma vez que desacopla (individualiza) o movimento dos elétrons do

movimento dos núcleos.

3.1. APROXIMAÇÃO DE BORN-OPPENHEIMER

Uma vez que a massa nuclear é muitas vezes maior que a massa dos

elétrons, a velocidade dos elétrons é muito maior que a dos núcleos. Então, para

qualquer movimento dos núcleos há uma reação quase que instantânea de rearranjo

por parte dos elétrons. Assim, com núcleos em posições fixas, os elétrons movem-

se em um campo de núcleos estáticos. O termo do hamiltoniano que corresponde à

energia cinética nuclear (Tn) pode ser desprezado, e o termo devido à repulsão

núcleo-núcleo (Vnn) é constante (FAGAN, 2003).

Desta forma, o sistema de interesse pode ser pensado como um conjunto de

N elétrons, em movimento, interagindo uns com os outros, com energia cinética (T) e

interação coulombiana (U), numa região onde existe um campo externo (V) gerado

pelos núcleos fixos. Nesta aproximação, o hamiltoniano eletrônico para o sistema

particular poderá ser escrito como:

(3.3) VUTH ˆˆˆˆ

34

Os termos T e U são universais, isto é, têm a mesma forma qualquer que

seja o sistema de muitos elétrons em questão:

N

i

r

eim

T

1

22

, é o operador energia cinética de interação dos elétrons;

ji

N

ij

N

ijo rr

eU

1

)(11

2

, é o operador energia de interação elétron-elétron;

iA

AN

i

M

Ao rR

ZeV

11

2

, é o operador potencial de interação íon-

elétron.

A informação que especifica as características particulares de um sistema

está contida inteiramente em V , que representa a energia de interação entre os

elétrons e os núcleos.

Para calcularmos esta energia, fazemos uso de um método que reduz

bastante o custo de cálculo devido ao fato de que ele trata da interação de cada

átomo do sistema com uma densidade de carga composta das energias de todos os

átomos restantes no sistema, este é o princípio da teoria do funcional da densidade.

3.2. TEORIA DO FUNCIONAL DA DENSIDADE

O método da teoria do funcional da densidade (DFT) tem sido considerado,

na física do estado sólido, como uma ferramenta bem sucedida entre os métodos ab

initio (primeiros princípios) devido à alta eficiência computacional e aos bons

resultados fornecidos (KOHN, 1999).

A partir da mecânica quântica sabemos que a função de onda total, que

depende das coordenadas dos N elétrons e dos M núcleos, é o objeto fundamental

de estudo e pode gerar todas as propriedades do sistema. Existe outra maneira de

resolver o problema, em que o objeto fundamental é a densidade eletrônica total n(r)

35

(THOMAS, 1927; FERMI, 1928), ou seja, a grandeza fundamental não é a função de

onda e sim a densidade. A equação de N elétrons com a função de onda de 3N

variáveis (se não considerarmos o spin) pode ser escrita como uma equação da

densidade eletrônica com somente três variáveis (x, y, z).

Thomas (1927) e Fermi (1928) (TF), independentemente, desenvolveram um

procedimento simplificado para determinar densidade eletrônica do sistema quando

o potencial varia suavemente com r

. Baseando-se nas seguintes suposições:

a) As correções relativísticas são desprezíveis;

b) No átomo há um campo efetivo dado por um potencial v, que dependente

somente da distância r ao núcleo de carga nuclear Z, tal que v → 0 quando r

→ ∞ e v → Ze quando r → 0;

c) Os elétrons estão distribuídos uniformemente num espaço de fase de

dimensão 6, onde cada par de elétrons ocupa um volume de h3, sendo h a

constante de Planck;

d) O potencial v é determinado por si mesmo, pela carga nuclear e por sua

distribuição eletrônica.

O modelo de Thomas-Fermi é uma aproximação que considera somente a

energia cinética de forma quântica, enquanto as contribuições das interações

núcleo-elétron e elétron-elétron recebem um tratamento clássico, esta formulação

não leva em conta cálculos variacionais, bem como não trata o termo de correlação

eletrônica, sendo que a parte de troca e correlação foi adicionada à teoria de

Thomas-Fermi por Dirac em 1931. Mesmo com o tratamento de Exchange essa

formulação não é adequada para cálculos de energia total, pois não leva em conta o

uso da autoconsistência no cálculo da energia total.

3.2.1. Teoremas de Hohenberg-Kohn

A DFT esta baseada em dois teoremas propostos em 1964 por Hohenberg e

Kohn (HK) (HOHENBERG e KOHN, 1964). Neste caso, podemos considerar um

sistema com N partículas e escrevemos o hamiltoniano na forma geral abaixo

(equação 3.4), bem como na equação. 3.2:

36

. (3.4)

O primeiro teorema diz que a densidade de carga do estado fundamental

n(r

) é determinada de modo unívoco, a menos de uma constante aditiva, a partir do

potencial externo )(rVext

.

Para um sistema de N elétrons, o potencial externo )(rVext

define a estrutura

nuclear do sistema e fixa completamente o hamiltoniano eletrônico. Se conhecermos

N e )(rVext

podemos, portanto, determinar as propriedades do estado fundamental

(não degenerado), tais como, energia, força, autovalores, etc. O número de elétrons

é definido como um funcional da densidade eletrônica:

(3.5)

Ao invés de usar N (elétrons) e )r(Vext

, o primeiro teorema de HK impõe o uso

da densidade n(r

) como uma variável básica. Temos então o corolário 1.

O segundo teorema de HK baseia-se no princípio variacional da energia,

sendo escrito como o valor mínimo do funcional da energia ]n[E é a energia do

estado fundamental e a densidade com a qual se obtém esse mínimo é a densidade

exata de uma partícula no estado fundamental.

Assim podemos ressaltar que estes dois teoremas nos garantem que

podemos encontrar a densidade eletrônica do sistema no estado fundamental

resolvendo-se as equações de Kohn-Sham, as quais serão descritas a seguir.

3.2.2. Equações de Kohn-Sham

Foram Kohn e Sham (1965) quem introduziram a idéia fundamental de utilizar

um conjunto de orbitais para representar a densidade eletrônica e tornar o cálculo

autoconsistente.

De acordo com Kohn e Sham (KS) a energia cinética ][nT pode ser

rdrnnN

)(][

37

decomposta em uma parte que representa a energia cinética de um sistema de

partículas não-interagentes ][nTS , e outra que contêm o resto da energia cinética

][nTC , devida a interação elétron-elétron:

(3.6)

E o potencial de interação elétron-elétron, ][nVee , pode ser representado por uma

parte clássica conhecida como potencial de Hartree, ][nVH , e uma contribuição não-

clássica, ][nVxc , que contêm os efeitos da consideração da auto-interação e de

correlações eletrônicas (coulombiana) e de troca (exchange):

(3.7)

A partir destas considerações, o funcional de HK pode ser descrito por:

(3.8)

onde ][nTS representa a energia cinética de um sistema de partículas não

interagente, ][nVH é o potencial elétron-elétron (potencial de Hartree), e

][][][ nVnTnE XCCXC inclui todas as correções.

A função de onda exata para o sistema é obtida pelo produto antissimetrizado

das N funções de onda de um elétron, representado pelo determinante de Slater,

onde as funções )(ri

são os N orbitais de Kohn-Sham.

Os orbitais são, portanto, obtidos por meio de uma equação de autovalores

para um elétron.

3.2.3. Termo de Troca-Correlação

Uma vez obtidas às equações de Kohn-Sham, a aplicabilidade da DFT

depende diretamente da escolha de uma boa aproximação (que implica em

][][][][ nEnVnTnF XCHS

][][][ nTnTnT cs

][][][ nVnVnV xcHee

38

simplicidade e precisão tão grande quanto possíveis) para o termo de troca-

correlação. Não se conhece a expressão exata do funcional da energia de troca e

correlação. Dentre as aproximações utilizadas para se calcular o termo de troca e

correlação estão a LDA do inglês: Local Density Aproximation e os vários tipos de

GGA do inglês: Generalized Gradient Aproximation.

A aproximação mais simples para o termo de troca-correlação é a LDA. Nesta

aproximação o sistema não homogêneo é dividido em pequenos volumes, que

chamamos de células e dentro destas células a energia é calculada considerando a

densidade como sendo aquela de um gás homogêneo, ou seja, a densidade é

uniforme na região considerada.

Assim, ao somarmos sobre todas as células teremos uma aproximação para o

termo de troca-correlação do sistema como um todo. Matematicamente tem-se:

, (3.9)

onde (3.10)

representando a energia de troca e correlação por partícula de um sistema

homogêneo e,

(3.11)

é a densidade eletrônica de cada célula.

Desta forma, para Ni → 0, Vi → 0 e, conseqüentemente, ni → n. Pode-se

também escrever que:

(3.12)

Na expressão 3.10, a função Vxc[n(r)] é tratada separadamente, ou seja,

i

i

i

xcLDA

xcV

NnvrnV ][)]([

N

nVnv xc

xc

][][

hom

i

ii

V

Nn

39

Vxc[n(r)] = Vx[n(r)] + Vc[n(r)].

A contribuição do termo de troca (exchange) é bem conhecida e dada por,

, (3.13)

que é a energia de exchange para um gás de elétrons homogêneo. O termo de

correlação é mais complexo e não pode ser determinado exatamente nem mesmo

para o caso particular de um gás de elétrons homogêneo.

Com isso, aproximações para este termo devem ser efetuadas, e uma das

mais utilizadas é a parametrização de Perdew e Zunger (1981) e Perdew e Wang

(1991) para um gás de elétrons homogêneo. Nos nossos cálculos, esta será a

aproximação utilizada.

A princípio poderia se pensar que esta aproximação deveria ser válida

somente para sistemas onde a densidade eletrônica não varia muito, porém de

maneira surpreendente ela descreve satisfatoriamente sistemas atômicos,

moleculares e cristalinos onde a densidade de partículas varia rapidamente com a

posição. Empiricamente, são conhecidas determinadas tendências para LDA:

subestima o valor da constante de rede entre 1-3%, os bulk modulus são

superestimados entre 8 e 18% e não é capaz de reproduzir com precisão as

energias de coesão devido ao erro cometido ao calcular a energia por átomo como

um sistema homogêneo. Tanto LDA e GGA subestimam o tamanho do gap nos

semicondutores e isolantes na ordem de 50%. Como citado anteriormente, o GGA

corrige alguns problemas em relação à LDA, mas isso não é válido necessariamente

para todos os sistemas (FUCHS et al, 1998).

A aproximação LDA é anterior a DFT, pois nos cálculos de Thomas-Fermi

esta aproximação já foi utilizada para descrever a energia cinética.

A aproximação da densidade local pode ser generalizada de forma a incluir o

spin (LSDA - Local Spin Density Approximation),

, (3.14) rdrnrnvrnrnnnV xcxc

)](),([)()(],[

40

onde, como é convencional, n ↑ é a densidade eletrônica para spin up e n ↓ a

densidade eletrônica para spin down.

3.3. PSEUDOPOTENCIAL

O pseudopotencial foi introduzido originalmente para simplificar o cálculo da

estrutura eletrônica pela eliminação dos estados eletrônicos de caroço.

Um átomo é constituído pelo núcleo positivo (prótons e nêutrons) e pela

eletrosfera negativa (elétrons). Grande parte das propriedades dos sistemas físicos

e químicos depende quase que unicamente dos elétrons de valência. Então, além de

reduzir os cálculos computacionais, costuma-se tratar o átomo como sendo

constituído por um caroço interno acrescido dos elétrons de valência. Este caroço é

formado pelo núcleo atômico e pelos elétrons internos.

Este tratamento reduz em muito o custo computacional dos cálculos, já que

somente os elétrons de valência são tratados explicitamente; ao conjunto elétrons

internos + núcleo - o caroço - atribui-se um pseudopotencial. Este pseudopotencial

deve reproduzir os estados de valência do átomo real.

Portanto os elétrons em um sólido dividem-se basicamente em dois tipos:

i) Os elétrons próximos aos núcleos atômicos que sentem um forte potencial

atrativo, tendo pouca participação nas ligações químicas. A região que é formada

pelo núcleo atômico e os elétrons mais internos denominados de caroço. A principal

contribuição das funções de onda dos elétrons do caroço para a ligação química é

forçar as funções de onda dos elétrons de valência a serem ortogonais aos auto-

estados de caroço;

ii) Os elétrons de valência têm uma grande participação nas ligações

químicas, determinando, portanto a maior parte das propriedades físicas de um

sólido ou de uma molécula. Esses elétrons de valência sentem um potencial bem

menos atrativo e seus orbitais apresentam formas mais suaves.

O método do pseudopotencial, em sua proposta inicial, consiste em simplificar

cálculos muito trabalhosos no procedimento de ortogonalização de ondas planas

com as funções de estado de caroço. Os pseudopotenciais ab initio de norma

conservada são os mais utilizados nos cálculos com a DFT. Os pseudopotenciais de

41

norma conservada possuem as seguintes propriedades (TROULLIER e MARTINS,

1991):

a) os autovalores de energia obtidos para os estados de valência atômicos

devem, ser por construção, iguais aos autovalores obtidos com o

pseudopotencial;

b) as autofunções relativas à “solução exata” e à solução obtida com o

pseudopotencial devem ser iguais para distancias r acima de um raio de

corte rc devidamente escolhido;

c) as integrais de 0 a r, r < rc das densidades de carga da “solução exata”

devem ser iguais às das soluções com pseudopotenciais;

d) A pseudofunção de onda obtida através do pseudopotencial não pode

conter nodos, garantindo assim uma configuração suave para o

pseudopotencial.

A Figura 3.1 a seguir traz um exemplo de pseudopotencial:

Figura 3.1: Função de onda real e pseudofunção para o átomo de carbono (2s e 2p,

linha preta e vermelha, respectivamente). As funções AE são representadas pelas

linhas cheias e PS pelas linhas tracejadas (FAGAN, 2003).

42

3.4. ORBITAIS ATÔMICOS

Para resolvermos a equação de Kohn-Sham (KOHN e SHAM, 1965) é

necessário utilizar uma base para descrever os orbitais i

r

. O programa SIESTA

(Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousand of Atoms) faz uso, como

base, funções de onda atômicas localizadas, as quais possuem dois parâmetros

importantes, número de orbitais por átomo e alcance desses orbitais (ARTACHO et

al, 1999). As bases são uma boa escolha para um reduzido custo computacional e

cálculos precisos. O ajuste das bases para cada átomo deve-se ter um cuidado,

pois há neste método a desvantagem da convergência.

Em nosso trabalho utilizamos apenas bases numéricas estritamente

localizadas. Os orbitais de Kohn-Sham, podem ser expandidos em funções de base

, que são os pseudoorbitais atômicos. Por sua vez, estes orbitais são expandidos

em outras funções, as funções gaussianas que são representadas pelos seus

expoentes zeta (ζ). Cada orbital é expandido em uma combinação linear de ζ, o que

nos fornece uma maior liberdade variacional para o problema.

Assim, o número de ζ dá nome a base atômica, no SIESTA. Uma única

função ζ constitui uma SZ (single zeta), duas funções ζ constituem uma DZ (dupla

zeta), e assim sucessivamente. As bases menos rigorosas (por exemplo, SZ) tornam

os cálculos mais rápidos. Bases mais rigorosas demandarão um esforço

computacional maior, porém a precisão é melhorada.

Funções que correspondem a um momento angular superior podem ser

adicionadas às funções de base, para garantir flexibilidade aos orbitais dos elétrons

de valência quando estes formam ligações químicas. Estas funções são chamadas

de funções de polarização. As bases utilizadas nesta dissertação são do tipo DZ

(dupla zeta) e também uma dupla zeta com uma função de polarização (DZP).

O problema para as bases estritamente localizadas é encontrar uma maneira

sistemática de definir todos os raios das funções de base. O esquema proposto, no

qual todos os raios são definidos em função de um só parâmetro, é a correção na

energia (energy shift), isto é um incremento na energia que sofre o orbital quando

está confinado (SOLER et al, 2002). Este processo cresce a curvatura do orbital e,

portanto sua energia cinética.

43

Uma das grandes vantagens de escolhermos orbitais atômicos localizados

(orbitais que se anulam acima de um determinado raio de corte) é que as interações

estendem-se a um alcance finito de camadas de vizinhos reduzindo

consideravelmente o custo computacional das simulações.

Figura 3.2: Em (a) observamos a pseudofunção de onda, e a primeira e segunda ζ

para o orbital 2s do C e em (b) a PS e as funções base para o orbital 2p do C

(FAGAN, 2003).

A Figura 3.2 mostra os pseudo-orbitais atômicos para os dois orbitais de

valência do carbono. Observe que a segunda ζ tem um raio RDZ menor que o raio de

corte rc da primeira ζ (FAGAN, 2003).

No próximo Capítulo apresentaremos os resultados obtidos para a molécula

de cisteína interagindo com a monocamada de grafeno, fazendo uso da metodologia

explicitada neste Capítulo.

44

4. RESULTADOS

Neste Capítulo será descrito o estudo da interação da molécula de cisteína

em uma monocamada de grafeno perfeita e com defeito estrutural via cálculos de

primeiros princípios. Inicialmente apresentaremos os procedimentos de cálculo, a

seguir as propriedades do grafeno isolado e finalmente os resultados com a

adsorção do aminoácido no grafeno perfeito e no grafeno com defeito, avaliando as

propriedades estruturais e eletrônicas.

4.1. PROCEDIMENTOS DE CÁLCULO

O estudo das propriedades estruturais e eletrônicas foi realizado por cálculos

de primeiros princípios que foram executados, fazendo uso da teoria do funcional da

densidade (HOHENBERG e KOHN, 1964; KOHN e SHAM, 1965), utilizando o

código computacional SIESTA (SOLER et al, 2002). As equações de Kohn-Sham

(KS) foram resolvidas de forma autoconsistente usando pseudo-orbitais atômicos

numéricos como base. Em todas as simulações foram utilizadas bases numéricas do

tipo double-ζ (DZ) sendo que o alcance da base, definido pelo energy shift, foi de

0,02 eV para os orbitais atômicos de C, H, N, O, e S.

Os termos de troca e correlação foram descritos pela aproximação LDA,

(modelo proposto por Perdew e Zunger (PERDEW e ZUNGER, 1981) para a

molécula de aminoácido adsorvida em uma monocamada de grafeno. Para

descrever o grafeno utilizamos uma supercélula quadrada contendo átomos de

carbono distribuídos hexagonalmente contendo 48 átomos (Figura 4.1).

A interação entre o grafeno e os aminoácidos pode ser analisada em duas

linhas principais de interesse avaliadas a partir de resultados experimentais

preliminares: via adsorção física, com fraca interação entre a folha de grafeno e o

agente adsorvedor, ou via adsorção química, neste caso há formação de ligações

covalentes usualmente a partir da funcionalização de uma das estruturas (grafeno

ou aminoácido).

O pseudopotencial suave, não-local, de norma conservada utilizado para

descrever a interação entre elétron-íon foi o de Troullier e Martins (TROULLIER E

MARTINS, 1991).

Os cálculos foram realizados com um parâmetro de convergência, de que as

45

forças sobre cada coordenada de todos os átomos fossem menores que 0,05 eV/Å.

Para os cálculos da energia de ligação utilizamos a equação:

EB = - { E[A+B] – E[A] – E[B] } (4.1)

onde Eb a energia de ligação, E[A] a energia total do grafeno puro, E[B] a energia total

da molécula e E[A+B] a energia total do grafeno com a molécula interagindo.

Foram analisadas três configurações para a molécula de cisteína,

aproximando a partir do grupo carboxila (COOH), do grupo amino (NH2) e do grupo

tiol (SH).

A seguir apresentaremos os principais resultados da simulação ab initio para

o grafeno perfeito e com o defeito estrutural (falta de um carbono na rede), para

efeitos de comparação com a cisteína adsorvida no grafeno.

4.2. GRAFENO PERFEITO, GRAFENO COM DEFEITO E CISTEÍNA

Apresentaremos as principais características do grafeno puro e com defeito,

bem como a cisteína isolada. A supercélula usada para a simulação de uma folha de

grafeno infinita contém 48 átomos de carbono, constituída de uma rede quadrada

bidimensional (Figura 4.1 (a)). O plano descrito encontra-se a uma distância de,

aproximadamente, 15 Å em relação aos planos de grafeno vizinhos. A distância

média de ligação entre átomos de carbono após a otimização da geometria é de

1,44 Å, valor similar ao encontrado na literatura (CASTRO et al, 2007).

A estrutura eletrônica de bandas do grafeno puro, após a otimização (Figura

4.1 (b)) mostra uma região de energia proibida (gap) próximo a energia de

Fermitendendo a zero no ponto k, o que dá ao grafeno o caráter semi-metálico

conforme descrito também na literatura (CASTRO et al, 2007).

46

Figura 4.1: (a) Supercélula de grafeno com 48 átomos de carbono. (b) Estrutura de

bandas do grafeno puro. A linha horizontal tracejada corresponde a energia de

Fermi.

A supercélula usada para a simulação de uma folha de grafeno infinita

contendo defeitos estruturais contém 47 átomos de carbono, constituída de uma

rede quadrada bidimensional (Figura 4.2 (a)).

A estrutura eletrônica de bandas do grafeno com defeito, após a otimização

(Figura 4.2 (b)) mostra os níveis eletrônicos cortando o nível de Fermi (-4,7 eV)

evidenciando o caráter metálico devido à presença de defeitos.

(a)

(b)

Figura 4.2: (a) Supercélula de grafeno defeituoso com 47 átomos de carbono. (b)

Estrutura de bandas do grafeno defeituoso. A linha horizontal tracejada (~-4,7 eV)

corresponde a energia de Fermi.

47

A estrutura da cisteína com seus átomos indicados e de seus níveis

eletrônicos ocupados e desocupados está demonstrada na Figura 4.3.

a)

b)

Figura 4.3: (a) Estrutura da molécula da cisteína, (b) níveis eletrônicos, níveis

ocupados localizados abaixo, (cheios) e os níveis desocupados localizados acima,

(vazios).

Podemos verificar na Figura 4.3 (b), a diferença energética entre o HOMO

(Highest Occupied Molecular Orbital) o qual corresponde ao orbital molecular

ocupado de mais alta energia que tem valor aproximado de -5,2 eV, e o LUMO

(Lowest Unoccupied Molecular Orbital) que é o orbital molecular desocupado de

menor energia com valor aproximado de -1,7 eV.

As distâncias de ligação entre os átomos da molécula de cisteína otimizada

estão descritos na Tabela 4.1.

Quando a cisteína for colocada para interagir com o grafeno, a alteração nos

valores dos níveis energéticos e nos valores das distâncias entre os átomos indicará

a intensidade da interação ocorrida, demontrando seu caráter físico ou químico.

48

Tabela 4.1: Distâncias de ligação entre os átomos na molécula de cisteína.

Átomos da ligação Distância entre os átomos (Å)

S – H5 1,40

C3 – S 1,88

C3 – C2 1,57

C3 – H6 1,11

C3 – H7 1,11

C2 – H1 1,11

C2 – N 1,44

N – H2 1,03

N – H3 1,03

C2 – C1 1,52

C1 = O1 1,23

C1 – O2 1,34

O2 – H4 1,01

4.3. ADSORÇÃO DA CISTEÍNA EM GRAFENO PERFEITO

Nesta seção descreveremos os resultados do potencial de adsorção entre o

aminoácido estudado (cisteína) e a monocamada de grafeno perfeito.

Propriedades Estruturais

Analisamos três possíveis posições de aproximação para a cisteína:

aproximação pelo grupo carboxila (COOH), pelo grupo amino (NH2) e pelo grupo tiol

(SH), a Figura 4.4 (a), (c) e (e) apresenta as configurações iniciais para os sistemas

descritos, respectivamente.

49

Cisteína adsorvida pelo grupo COOH (carboxila)

a)

b)

Cisteína adsorvida pelo grupo NH2 (amino)

c)

d)

Cisteína adsorvida pelo grupo SH (tiol)

e)

f)

Figura 4.4: Cisteína interagindo com o grafeno pelo grupo carboxila: a)vista superior

b) vista lateral; cisteína interagindo com o grafeno pelo grupo amino: c)vista superior

d) vista lateral; cisteína interagindo com o grafeno pelo grupo tiol: e)vista superior f)

vista lateral;

50

Realizamos cálculos preliminares estáticos (sem otimização de geometria),

visando definirmos a melhor distância inicial entre a superfície de grafeno e a

molécula do aminoácido para que o sistema fosse posteriormente completamente

otimizado.

A molécula de cisteína foi aproximada pelo grupo COOH. Analisamos a

distância entre a molécula do aminoácido a partir de 1,35 até 4,40 Å (Figura 4.5 (a)),

de forma a avaliar a energia mínima do sistema.

A partir dos valores calculados para a energia mínima do sistema, definimos a

distância ideal de aproximadamente 3,0 Å para então liberar o aminoácido

inicialmente estático e avaliar a configuração mais estável e assim calcular a energia

de ligação e definir a estrutura de bandas do sistema.

A Figura 4.5 (b) demonstra a estrutura final da molécula de cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo carboxila com a geometria completamente relaxada. Observa-

se que a menor distância entre o plano de grafeno e o átomo mais próximo é de 2,9

Å e o valor da energia de ligação obtida através da equação (4.1) foi de 0,07 eV,

bem como não houve mudanças nos comprimentos das ligações 2 e 4, indicadas na

figura (4.5 (b)). Uma pequena alteração de 0,01 Å no comprimento da ligação 3, foi

observada indicando uma fraca interação entre a molécula e o plano de grafeno.

a)

b)

Figura 4.5: a) Gráfico preliminar da energia do sistema em função da distância entre

a molécula de cisteína e o plano de grafeno. b) estrutura final da cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo COOH.

A molécula de cisteína também foi avaliada interagindo com o grafeno por

meio do grupo NH2. A distância entre a molécula do aminoácido foi avaliada a partir

51

de 1,5 até 4,40 Å (Figura 4.6 (a)), de forma a avaliar a energia mínima do sistema

quando este está estático.

A partir dos valores calculados para a energia mínima do sistema definimos a

distância ideal de aproximadamente 3,2 Å para avaliar a configuração mais estável e

assim obter as energias de ligação e a estrutura de bandas do sistema.

A Figura 4.6 (b), demonstra a estrutura final da molécula de cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo NH2 com a geometria completamente relaxada, observa-se

que a menor distância entre o plano de grafeno e o átomo mais próximo é de 2,8 Å e

o valor da energia de ligação obtida é de 0,09 eV, um valor bastante reduzido,

indicando uma interação fraca, a qual pode ser evidenciada também pela

manutenção dos comprimentos das ligações indicadas, as quais permaneceram com

os mesmos valores encontrados nos sistemas isolados.

a)

b)

Figura 4.6: a) Gráfico preliminar da energia do sistema em função da distância entre

a molécula de cisteína e o plano de grafeno. b) estrutura final da cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo NH2.

De modo a obter a configuração de mínima energia, consideramos a cisteína

aproximando-se do grafeno pelo grupo tiol. A distância entre a molécula do

aminoácido e o grafeno foi considerada partir de 1,45 até 4,00 Å (Figura 4.7 (a)), e

chegamos ao valor da distância em que a energia final do sistema era mínima.

A partir dos valores calculados para a energia mínima do sistema, definimos a

distância ideal de aproximadamente 2,6 Å para que o programa encontrasse a

configuração mais estável deste e assim nos fornecesse as energias de ligação e a

estrutura de bandas do sistema.

52

a)

b)

Figura 4.7: a) Gráfico preliminar da energia do sistema em função da distância entre

a molécula de cisteína e o plano de grafeno. b) estrutura final da cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo SH.

A Figura 4.7 (b), demonstra a estrutura final da molécula de cisteína

adsorvendo no grafeno pelo grupo tiol com a geometria completamente relaxada,

observa-se que a menor distância entre o plano de grafeno e o átomo mais próximo

é de 1,93 Å, assim o valor da energia de ligação 0,3 eV é maior que para as outras

configurações, indicando ser esta a forma preferencial de aproximação do

aminoácido frente ao plano de grafeno perfeito; os comprimentos de ligação não

sofreram alteração significativa.

Tabela 4.2: Molécula de cisteína adsorvida em uma monocamada de grafeno

através da COOH, NH2 e SH. Onde Eb(eV) é a energia de ligação do sistema e DG-at

é a distância entre o grafeno e o átomo da molécula mais próximo à superfície (em

ângstrons).

Cisteína + grafeno Eb (eV) DG-at (Å)

COOH 0,07 2,9

NH2 0,09 2,8

SH 0,30 1,93

Resumidamente a Tabela 4.2 apresenta os resultados calculados a partir da

equação 4.1, para as energias de ligação e distâncias de ligação para a cisteína

53

adsorvida em uma monocamada de grafeno.

Propriedades Eletrônicas

Avaliamos as propriedades eletrônicas como estrutura de bandas para os

sistemas cisteína + grafeno perfeito, os quais possuem energias mais estáveis,

conforme as Figuras 4.5, 4.6 e 4.7, respectivamente.

Na Figura 4.8 estão apresentadas as estruturas de banda do grafeno puro (a)

interagindo com a cisteína pelos grupos b) COOH, c) NH2 e d)SH.

Figura 4.8: Estruturas de banda dos sistemas interagentes grafeno@cisteína,

representando as aproximações pelos grupos b) COOH, c)NH2 e d)SH.

Através da Figura 4.8, percebe-se claramente uma maior mistura nos níveis

da cisteína e do grafeno quando se aproxima pelo grupo NH2 Figura 4.8 (c), e

também o caráter semimetálico do grafeno, pois há um gap energético tendendo a

zero no ponto K.

54

Na Figura 4.8 (b), (c) e (d), identificamos os níveis de energia próximos de -

5,5 eV praticamente flats, sem muita modificação em relação ao seu estado inicial, o

que evidencia a fraca interação entre os grupos estudados e a monocamada de

grafeno.

4.4. ADSORÇÃO DA CISTEÍNA EM GRAFENO COM DEFEITO

Nesta seção descreveremos os resultados do potencial de adsorção entre o

aminoácido estudado (cisteína) e a monocamada de grafeno com defeito.

Analisamos as três possíveis posições de aproximação para a cisteína, de

forma análoga à feita anteriormente para o grafeno perfeito.

A cisteína foi aproximada pelo grupo carboxila (COOH), pelo grupo amino

(NH2) e pelo grupo sulfidrila (SH), a Figura 4.9 (a), (c) e (e) apresenta as

configurações iniciais para os sistemas descritos, respectivamente.

Utilizamos os mesmos valores para a distância inicial entre a camada de

grafeno e o aminoácido para as três configurações analisadas, para aproximação

pelo grupo COOH 3,0 Å, na aproximação pelo grupo NH2 3,2 Å e para aproximação

pelo grupo SH é 2,60 Å.

A Figura 4.10, demonstra a estrutura final da molécula de cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo carboxila com a geometria completamente relaxada, observa-

se que a menor distância entre o plano de grafeno e o átomo mais próximo é de 2,7

Å e o valor da energia de ligação obtida através da equação (4.1) foi de 0,13 eV

(Tabela 4.3), indicando uma interação fraca entre a molécula e o plano de grafeno,

sendo que este valor de energia de ligação é quase o dobro do que o valor

encontrado para a aproximação da molécula no plano de grafeno perfeito.

55

Cisteína adsorvida pelo grupo COOH (carboxila)

a)

b)

Cisteína adsorvida pelo grupo NH2 (amino)

c)

d)

Cisteína adsorvida pelo grupo SH (tiol)

e)

f)

Figura 4.9: Cisteína interagindo com o grafeno com defeito pelo grupo COOH.

a)vista superior b) vista lateral; com o grupo NH2: c)vista superior d) vista lateral; e

interagindo pelo grupo SH: e)vista superior f) vista lateral;

56

Figura 4.10: Estrutura final da cisteína adsorvida no grafeno com defeito pelo grupo

COOH.

A Figura 4.11, demonstra a estrutura final da molécula de cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo NH2 com a geometria completamente relaxada, observa-se

que a menor distância entre o átomo mais próximo da molécula e o plano de grafeno

é de 2,3 Å e o valor obtido para a energia de ligação é de 0,27 eV, com energia três

vezes maior em relação ao sistema puro.

Figura 4.11: Estrutura final da cisteína adsorvida no grafeno com defeito pelo grupo

NH2.

A Figura 4.12, demonstra a estrutura final da molécula de cisteína adsorvida

no grafeno pelo grupo tiol com a geometria completamente relaxada, onde se

57

observa que a distância entre o átomo mais próximo da molécula e o plano de

grafeno é de 2,1 Å e o valor da energia de ligação obtida através da fórmula (4.1) foi

de 0,38 eV (Tabela 4.3) indicando a interação mais forte encontrada neste estudo

entre a molécula de cisteína e o plano de grafeno.

Figura 4.12: Estrutura final da cisteína adsorvida no grafeno com defeito pelo SH.

Tabela 4.3: Molécula de cisteína adsorvida em uma monocamada de grafeno

perfeito e de grafeno com defeito, através da COOH, NH2 e SH. Onde Eb(eV) é a

energia de ligação do sistema e DG-at é a distância entre o grafeno e o átomo da

molécula mais próximo à superfície (em ângstrons).

Cisteína +

grafeno

perfeito

Eb (eV) DG-at (Å)

Cisteína +

grafeno

com

defeito

Eb (eV) DG-at (Å)

COOH 0,07 2,9 COOH 0,13 2,7

NH2 0,09 2,8 NH2 0,27 2,3

SH 0,30 1,93 SH 0,38 2,1

A Tabela 4.3 apresenta um estudo comparativo entre as energias de ligação e

58

distâncias entre o plano e a molécula de cisteína quando está interagindo com o

grafeno perfeito e com o grafeno com defeito. Percebe-se claramente uma maior

interação entre o aminoácido e a camada defeituosa de grafeno, o que já era

esperado, uma vez que um sistema defeituoso apresenta uma maior instabilidade

energética.

Propriedades Eletrônicas

Avaliamos também as propriedades eletrônicas como estrutura de bandas

para os sistemas cisteína interagindo com grafeno defeituoso, os quais possuem

energias mais estáveis, conforme as Figuras 4.10, 4.11 e 4.12, respectivamente.

Na Figura 4.13 estão as estruturas de banda do grafeno puro com defeito (a)

interagindo com a cisteína pelos grupos b) COOH, c) NH2 e d) SH.

a)

b)

c)

d)

Figura 4.13: Estruturas de banda do grafeno com defeito@cisteína, representando

as aproximações pelos grupos b) COOH, c)NH2 e d)SH.

59

Através da Figura 4.13 (a), percebemos o caráter metálico do grafeno com

defeito, pois há cruzamento destes com a energia de Fermi localizada pela linha

tracejada em aproximadamente -4,75 eV. Na Figura 4.13 (b), identificamos os níveis

de energia abaixo de -5,5 eV praticamente flats, sem muita modificação em relação

ao seu estado inicial, o que evidencia a fraca interação entre o grupo COOH e a

monocamada de grafeno. Na Figura 4.13 (c) percebemos uma maior alteração na

característica dos níveis do sistema sendo que as propriedades resultam em um gap

de energia caracterizando um material metálico. Na Figura 4.13 (d) percebe-se

claramente uma intensa mistura nos níveis da cisteína (abaixo do nível de Fermi) e

do grafeno quando se aproxima pelo grupo SH, o que corrobora o maior valor

encontrado para a energia de ligação do sistema.

60

5. CONCLUSÃO

Neste trabalho, foram avaliadas as interações do aminoácido cisteína com a

monocamada de grafeno perfeito e com a monocamada de grafeno com um defeito

estrutural, em que estava faltando um átomo de carbono na rede hexagonal. As

aproximações do aminoácido foram realizadas, através de três possíveis sítios de

adsorção diferentes, grupo carboxila, grupo amino e grupo tiol, usando simulações

de primeiros-princípios baseada na teoria funcional da densidade. Cálculos de

energia de ligação, distância ótima de ligação e estrutura eletrônica foram também

realizados. Também foram realizados cálculos para determinar a estrutura eletrônica

final dos sistemas.

Observou-se que há uma adsorção fraca quando o aminoácido interage pelos

grupos carboxila e amino com energias de ligação entre 0,07 e 0,09 eV, enquanto

que a energia de ligação entre o aminoácido e o grafeno perfeito quando este é

aproximado pelo grupo tiol é mais alta (0,30 eV).

Já no caso da interação com o grafeno defeituoso, as energias encontradas

demonstraram uma maior afinidade da cisteína por este sistema, uma vez que os

valores de distância entre o aminoácido e o grafeno são menores, e os valores das

energias de ligação para os três sistemas avaliados são maiores, 0,13 e 0,27 eV

para os grupos carboxila e amino respectivamente e 0,38 eV para o grupo tiol, o que

evidencia a maior intensidade da interação destes sistemas com a monocamada do

grafeno com defeito estrutural, e dentre os sítios avaliados, nos dois casos a

interação do grupo tiol com o grafeno foi maior.

A partir das estruturas de banda dos sistemas pudemos perceber claramente

a maior interação entre o aminoácido e a camada de grafeno defeituoso, o qual já

apresentava características metálicas, a maior intensidade da interação ficou

evidenciada pela alta mistura entre as bandas do grafeno puro defeituoso e os níveis

eletrônicos da molécula da cisteína.

Através deste estudo ficou demonstrado a alta seletividade e variabilidade dos

sítios de adsorção molecular e também a possibilidade da utilização deste como

sensor de moléculas, uma vez que moléculas com diferentes sítios ativos poderão

ser adsorvidas e retiradas do sistema com relativa facilidade bem como ser

desenvolvido uma nova classe de dispositivo, fazendo uso das possíveis moléculas

61

que estarão adsorvidas no sistema.

Para trabalhos futuros, poderão ser avaliadas as propriedades estruturais e

eletrônicas do grafeno interagindo com um maior número de moléculas de um

mesmo aminoácido ou moléculas de diferentes aminoácidos, ou ainda a interação

de mais de uma camada de grafeno, visando compreender o comportamento destes

diferentes sistemas para que futuramente possamos escolher dentre eles qual será

usado para cada finalidade.

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