1. Graduao em Biotecnologia Seminario de Bioinformtica Carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA-143 in Acinetobacter baumannii, new D oxacillinase in Brazil. Uma comparao da sequencia de nucleotdeo. Ivson Cassiano de Oliveira Santos 2013.1

2. Proposta da aula: Comparar sequencias de OXA-143 identificar possveis mutaes e similaridades com outros genes. Identificar a protena codificada e analisar seus aas. 3. Introduo Acinetobacter ssp. Reino Becteria Filo Proteobacteria Classe Gammaproteobacteria Ordem Pseydomonadales Famlia Moraxellaceae Gnero Acinetobacter O gnero composto por bactrias: Gram-negativas No moveis Estritamente aerbicas No fermentador Pouco exigente Catalase positiva Oxidase negativa 4. Introduo Acinetobacter baumannii calcoaceticus A maioria das doenas nosocomiais est relacionada ao complexo A. calcoaceticus-baumannii. A.Calcoacetitus de origem ambiental. A. pittii, A. nosocomialis e A. baumannii responsvel pelas infeco hospitalares ou na comunidade. Caractersticas fenotpicas - GNERO Caractersticas genotpicas ESPCIE 5. Resistncia intrnseca 6. TRATAMENTO Antimicrobianos beta-lactmicos Carbapenemas (Imipenem, Meropenem e Ertapenem). Mecanismo de resistncia Produo de carbapenemases da classe D (Oxacilinases) 7. Importncia Resistncia microbiana um problema de sade pblica! Desenvolver estratgias conjuntas com o objetivo de identificar a dimenso do problema e traar estratgias para o seu controle. capacitar os profissionais da sade realidade nacional Programa Nacional de Controle de Infeco Hospitalar Associao Brasileira de Profissionais em Controle de Infeco Hospitalar Associao Paulista de Controle de Infeco Hospitalar Associao Mineira de Estudos em Controle de Infeco Hospitalar 8. B-lactamicos e Carbapenemas penicilinas, cefalosporinas, monobactmicos e carbapenemas. Carbapenemas maior espectro de ao, e so indicados para o tratamento de infeces causadas por Gram-negativos, Gram-positivos, anaerbicos, organismos produtores de beta-lactamases de espectro estendido e AmpC. Imipenem suscetvel a degradao enzimtica pela enzima dehidropeptidase -1 (DHP-1), nos tbulos renais. co-administrao de inibidores. 9. Gram-negativos, a sua produo representa o maior fator de resistncia a beta-lactmicos B-lactamases 10. As carbapenemases de Classe D: So, geralmente, fracamente inibidas por inibidores das B-lactamases e pelo EDTA; Possuem elevada variabilidade na sequncia aminoacdica 121 variantes Vrias so ESBL Pelo menos 45 so carbapenemases 11. Bancos de dados Genmico Quantidade de dados gerados Organizao Anlise O NCBI, ou Centro Nacional para Informao Biotecnolgica dos EUA, considerado o banco de dados central sobre informaes genmicas. Europa e Japo trocam dados em um intervalo de 24 horas com o NCBI O GenBank o principal banco de dados do NCBI e armazena todas seqncias disponveis publicamente de DNA (de seqncias pequenas a genomas inteiros), RNA e protenas. 12. Vrias ferramentas desenvolvidas pela bioinformtica permitem o acesso e anlise dos dados no GenBank. BLAST ou Basic Local Alignment Search Tool Ferramenta mais popular de comparao de seqncias de DNA. comparar uma seqncia de DNA ou protena (Query) com bancos pblicos. apenas identifica, no banco de dados, a presena de uma sequncia suficientemente parecida com a pesquisada. GenBank ou em vrias de suas subdivises 13. RefSeq Tambm no NCBI Rene somente as sequncias de referncia, ou seja, a mais representativa sequncia de um transcrito, editada e inspecionada por um curador. melhor banco de dados para se evitar a redundncia natural num universo com tantas informaes. 14. Metodologia Pesquisa nos bancos de dados. OXA-143 Refseg Bioedit Confirmao da sequencia de nucleotdeo da protena Blast 1 1 Otimizar para sequncias altamente similares (Megablast). Sequncias mais diferentes (Megablast discontnua) Sequncias algo semelhante (blastn) 15. RefSeq 1 - Acinetobacter baumannii strain 135040 putative replicase (rep) gene, partial cds; mobilization protein (mob) and beta-lactamase OXA-143 (bla-OXA-143) genes, complete cds; and replicase (rep) gene, partial cds 2 - Acinetobacter baumannii strain 804/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 3 - Acinetobacter baumannii strain 580/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 4 - Acinetobacter baumannii strain 736/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 5 - Acinetobacter baumannii strain 1031/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 16. Resultado Bioedit 17. 1 pesquisa no Blast Resultado 18. Resultado Blast 19. Problema ?? 20. Resultado Blast "hypothetical protein (