universidade federal de pelotas programa de pós-graduação em biotecnologia prof ° colaborador:...

Universidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia

Prof ° Colaborador:Luciano Carlos da Maia

MELHORAMENTO VEGETALDEPARTAMENTO DE FITOTECNIA

FAEM/UFPEL

Prospecção de Marcadores Moleculares

Como avaliar SNPs??

SNP Allele Discrimination – StrategiesUsar ADH1 Homo sapiens - exemplos

1) primer extension (nucleotide incorporation),

2) Enzymatic cleavage,

3) Hybridization probe.

Marcadores SSRhttp://www.microsatellite.org

("Homo sapiens"[ORGN]) and (1[CHR] or 2[CHR])

SNP

COMO BUSCAR…

("Homo sapiens"[ORGN]) and (1[CHR]) and (1:50000[CHRPOS])

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

rs117973709

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

21695448 21695448 rs117973709

start stop Accession Locus O Links Align quality Description21686297 21696620 NM_006192.3 PAX1 + ug sv21686297 21686350 exon + UTR 54 bp21686351 21686636 exon + CDS 286 bp21686637 21687075 intron + 439 bp21687076 21687705 exon + CDS 630 bp21687706 21689195 intron + 1490 bp21689196 21689338 exon + CDS 143 bp21689339 21689859 intron + 521 bp21689860 21690082 exon + CDS 223 bp21690083 21695118 intron + 5036 bp21695119 21695441 exon + CDS 323 bp21695442 21696620 exon + UTR 1179 bp

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

SNP

COMO BUSCAR…

BUSCANDO POR SNPs

Arabidopsis thaliana Bos taurusDrosophila melanogasterGallus gallusMedicago truncatulaMus musculusOryza sativaSus scrofa

SNP

ESPECIE COM MUITAS SEQUENCIAS DISPONIVEIS

Homo sapiensTaxonomy ID: 9606

Oryza sativaTaxonomy ID: 4530

Oryza sativa Indica GroupTaxonomy ID: 39946

Oryza sativa Japonica GroupTaxonomy ID: 39947

SNP

GENOME MODEL

Allele [ALLELE],[VARIATION],

Chromosome Example: 2[CHR] or X[CHR]

Base Position 88556398:88580839[CHRPOS]

Function Class "coding synonymous"[FUNC]

Gene Name [GENE], [GENE_SYMBOL] Example: LPL[GENE]

LocusLink ID [LOCUS_ID], [LID] Example: 4023[LID]

Organism [ORGN],[TAX_ID] "human"[ORGN] or "txid9606"[ORGN]

Etc…

SNP

COMO BUSCAR…REFINANDO A BUSCA….