next – generation sequencing era illumina genome analyzer daniel onofre vidal, phd laboratório de...

Next – Generation Sequencing Era

Illumina Genome Analyzer

Daniel Onofre Vidal, PhDLaboratório de Genética Molecular e Bioinformática

Curso de Verão - 2010

Lâmina – 8 canais

1 a 12 amostra por canal = 96 amostras

~375 Mb por canal

3 a 3,5 GB (3 bilhões de bases)

48 horas

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer Workflow

Preparação das bibliotecas

Formação dos clusters

sequenciamento

Preparação das bibliotecas (6 horas)

Illumina Genome Analyzer

AA

Preparação das bibliotecas

Illumina Genome Analyzer

AA

T

T

AAT

T

Preparação das bibliotecas

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters (5 horas)

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

A

C

T

G

G

C

T

Sequenciamento (2-3 dias)

- 4 nucleotídeos marcados ao mesmo tempo- acurácia- sem problemas com homopolimeros

Illumina Genome Analyzer

Incorporaçãodetecçãodesbloqueio

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

TC

G

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

AT

C

G

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

AT

C

G

A

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

T

C

G

A

Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

T

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Variante não conhecida

SNP

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Aplicações

Sequenciamento

- DNA (de novo, re-sequenciamento)

- transcriptoma (mRNA seq, tag, small RNA)

Genotipagem ou descoberta

- SNPs

- Copy number variation (CNVs)

- variações estruturais

Illumina Genome Analyzer

Aplicações

Regulação Gênica

- small RNAs (miRNAs)

Análise Epigenética

- sequencing-based methylation

- DNA-Protein interaction (CHIP-Seq)

Illumina Genome Analyzer

Aplicações

Regulação Gênica

- small RNAs (miRNAs)

Análise Epigenética

- sequencing-based methylation

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Illumina Genome Analyzer

Next-Generation Sequencing

Para onde estamos caminhando?

sequenciamento genomas individuais

- 1 a 2 vezes na magnetude do custo

Obrigado!!!!