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Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão - 2010

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Page 1: Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão -

Next – Generation Sequencing Era

Illumina Genome Analyzer

Daniel Onofre Vidal, PhDLaboratório de Genética Molecular e Bioinformática

Curso de Verão - 2010

Page 2: Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão -

Lâmina – 8 canais

1 a 12 amostra por canal = 96 amostras

~375 Mb por canal

3 a 3,5 GB (3 bilhões de bases)

48 horas

Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer Workflow

Preparação das bibliotecas

Formação dos clusters

sequenciamento

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Preparação das bibliotecas (6 horas)

Illumina Genome Analyzer

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AA

Preparação das bibliotecas

Illumina Genome Analyzer

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AA

T

T

AAT

T

Preparação das bibliotecas

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters (5 horas)

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

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Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer

A

C

T

G

G

C

T

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Sequenciamento (2-3 dias)

- 4 nucleotídeos marcados ao mesmo tempo- acurácia- sem problemas com homopolimeros

Illumina Genome Analyzer

Incorporaçãodetecçãodesbloqueio

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

TC

G

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

AT

C

G

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

AT

C

G

A

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

T

C

G

A

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Sequenciamento

Illumina Genome Analyzer

A

T

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

Variante não conhecida

SNP

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

Aplicações

Sequenciamento

- DNA (de novo, re-sequenciamento)

- transcriptoma (mRNA seq, tag, small RNA)

Genotipagem ou descoberta

- SNPs

- Copy number variation (CNVs)

- variações estruturais

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Illumina Genome Analyzer

Aplicações

Regulação Gênica

- small RNAs (miRNAs)

Análise Epigenética

- sequencing-based methylation

- DNA-Protein interaction (CHIP-Seq)

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Illumina Genome Analyzer

Aplicações

Regulação Gênica

- small RNAs (miRNAs)

Análise Epigenética

- sequencing-based methylation

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Illumina Genome Analyzer

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Next-Generation Sequencing

Para onde estamos caminhando?

sequenciamento genomas individuais

- 1 a 2 vezes na magnetude do custo

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Obrigado!!!!

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