bioinfo - grad - aula 5
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BioinformáticaAnotação funcional de genomas
Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Católica de Brasília
gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
+Após a montagem...
2
nOs contigs são apenas uma sequência de nucleotídeos.
nEncontrar informação biológica dentro dos contigs.
nGenes
nIntrons/Exons
nPromotores
+Predição gênica
3
nIdenticar genes.
nATG + ORF + Stop condon na mesma fase de leitura.
nPredição ab initio, redes neurais...
nIdentificação de introns e exons.
nLocalização dos genes dentro do contexto dos contigs.
+GeneMark
4
nUsa a informação de codon usage para fazer a predição.
+Promotores
nIdentifica padrões de sequência de promotores.
nhttp://pepper.molgenrug.nl/
5
+Arquivo GFF
nGeneral Feature Format
nIndica as posições no contig de cada item identificado.
6
+No GenBank file
7
+No EMBL
8
+Visualização
nArtemis - Sanger Institute
9
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