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SILVA, R.C.G. Seleção assistida por marcadores genéticos de características de carcaça em bovinos da raça Nelore. 2012. 79 f. Tese (Doutorado) – Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2012. A pecuária de corte brasileira tem sofrido grande pressão devido às questões ambientais, às exigências dos mercados consumidores por carne de qualidade e rígidos padrões sanitários. Esses fatores aumentam a importância da melhoria da eficiência produtiva da pecuária de corte. A proposta do presente trabalho foi avaliar o efeito da inclusão dos valores genéticos moleculares, de um painel de marcadores genéticos comerciais (Perfil IGENITY® Nelore V3) na seleção de animais da raça Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animais da raça Nelore mensurados para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz de parentesco. Dois modelos de análise foram utilizados. O modelo de análise uni-característica em que apenas os parâmetros genéticos do fenótipo foram estimados e o modelo bi-característica em que os valores genéticos moleculares de 3.033 animais foram incluídos como característica correlacionada. A inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo aumentou as acurácias das estimativas dos valores genéticos preditos dos animais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dos conflitos de seleção demonstraram maiores divergências nos touros e machos jovens que tiveram seus genótipos definidos. A taxa de ganho genético anual com a inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo foi aumentada em 2,4% para área de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordura subcutânea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultados demonstram que a utilização dos valores genéticos moleculares, mesmo quando oriundos de painéis de marcadores de DNA de baixa densidade, pode contribuir na seleção de animais superior mérito genético e, além de promover aumento nos ganhos genéticos dos programas de melhoramento genético da raça Nelore.

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  • 1. UNIVERSIDADE DE SO PAULOFACULDADE DE ZOOTECNIA E ENGENHARIA DE ALIMENTOS ROULBER CARVALHO GOMES DA SILVASELEO ASSISTIDA POR MARCADORESGENTICOS DE CARACTERISTICAS DE CARCAA EMBOVINOS DA RAA NELORE Pirassununga SP 2012

2. ROULBER CARVALHO GOMES DA SILVASELEO ASSISTIDA POR MARCADORESGENTICOS DE CARACTERISTICAS DE CARCAA EM BOVINOS DA RAA NELORETese apresentada Faculdade de Zootecnia eEngenharia de Alimentos da Universidade deSo Paulo, como parte dos requisitos para aobteno do Ttulo de Doutor em Zootecnia.rea deConcentrao:Qualidade eProdutividade AnimalOrientador: Prof. Dr. Jos Bento Sterman FerrazPirassununga SP 2012 3. Dados Internacionais de Catalogao na PublicaoServio de Biblioteca e Informao da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da Universidade de So PauloSilva, Roulber Carvalho Gomes daS586sSeleo assistida por marcadores genticos decaractersticas de carcaa em bovinos da raa Nelore /Roulber Carvalho Gomes da Silva. - Pirassununga, 2012. 79f. Tese (Doutorado) -- Faculdade de Zootecnia eEngenharia de Alimentos Universidade de So Paulo. Departamento de Cincias Bsicas. rea de Concentrao: Qualidade e ProdutividadeAnimal. Orientador: Prof. Dr. Jos Bento Sterman Ferraz. 1. Acurcia 2. Herdabilidade 3. SNP 4. Ultrassom5. Valor gentico molecular. I. Ttulo. 4. Aos meus queridos pais e irmos que tantome incentivaram, dedico este trabalho. 5. minha amiga, companheira, incentivadora e meugrande amor, Patricia, agradeo a cada dia por voc estar ao meu lado e fazer parte dessa histria. 6. AgradecimentosAo meu Deus por guiar meus passos e sempre iluminar minhas escolhas.Aos meus pais Hlio e Vera e aos meus irmos Mi e J por compreenderem asminhas ausncias do convvio familiar e que sempre me incentivaram aalcanar meus objetivos.s minhas avs Lucia e Marinalva, tia Isabel e minha prima Mariana pelaconstante torcida. Dona Alice Marafon, ao Sr. Ari Porciuncula e toda a famlia que me adotouem Santa Catarina.Ao Professor Jos Bento Sterman Ferraz pela orientao e, principalmente,pela amizade nesses anos de convvio.Aos Professores Joanir, Gerson, Jlio e Flvio pelo convvio, sugestes eaprendizado. amiga e professora Fernanda Marcondes Rezende pelas sugestes nessetrabalho e pela amizade. Elisngela pela pacincia e toda ajuda nesses anos.A todos os amigos do GMAB, Adalfredo, Cucco, Gerson, Jane, Luis Fernando,Marina, Manicardi, Rodrigo, Miguel, Mirele, Preto, Priscila, Minos, Aline, Chicoe tantos outros que tive a oportunidade de conviver.Aos amigos da Merial, Henry Berger, Guilherme Gallerani, FernandaAmbrosino, Edson Bordin, Jos Morgado e Marcos Malacco, agradeo pelaconfiana e por todo aprendizado durante esses anos de convivncia.Aos funcionrios da FZEA/USP, em especial a Layla, Alecsandra, Gilson eArnaldo, pelo apoio constante.Aos funcionrios da biblioteca da FZEA/USP, em especial ao Girlei Lima peladisponibilidade de ajudar sempre. Merial Sade Animal por possibilitar a realizao desse trabalho. Agro-Pecuria CFM Ltda. por disponibilizar os dados aqui analisados. Universidade de So Paulo, que por meio da FZEA proporcionou arealizao desse trabalho.A todos aqueles que por ventura no tenham sido citados e que de algumamaneira contriburam para a realizao desse trabalho fica aqui meu sinceroagradecimento. 7. ResumoSILVA, R.C.G. Seleo assistida por marcadores genticos de caractersticasde carcaa em bovinos da raa Nelore. 2012. 79 f. Tese (Doutorado) Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de SoPaulo, Pirassununga, 2012.A pecuria de corte brasileira tem sofrido grande presso devido s questesambientais, s exigncias dos mercados consumidores por carne de qualidadee rgidos padres sanitrios. Esses fatores aumentam a importncia damelhoria da eficincia produtiva da pecuria de corte. A proposta do presentetrabalho foi avaliar o efeito da incluso dos valores genticos moleculares, deum painel de marcadores genticos comerciais (Perfil IGENITY Nelore V3) naseleo de animais da raa Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animaisda raa Nelore mensurados para rea de olho de lombo, espessura de gordurasubcutnea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz deparentesco. Dois modelos de anlise foram utilizados. O modelo de anlise uni-caracterstica em que apenas os parmetros genticos do fentipo foramestimados e o modelo bi-caracterstica em que os valores genticosmolecularesde 3.033 animais foram includos como caractersticacorrelacionada. A incluso dos valores genticos moleculares no modeloaumentou as acurcias das estimativas dos valores genticos preditos dosanimais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dosconflitos de seleo demonstraram maiores divergncias nos touros e machosjovens que tiveram seus gentipos definidos. A taxa de ganho gentico anualcom a incluso dos valores genticos moleculares no modelo foi aumentadaem 2,4% para rea de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordurasubcutnea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultadosdemonstram que a utilizao dos valores genticos moleculares, mesmoquando oriundos de painis de marcadores de DNA de baixa densidade, podecontribuir na seleo de animais superior mrito gentico e, alm de promoveraumento nos ganhos genticos dos programas de melhoramento gentico daraa Nelore.Palavras-chave: acurcia, herdabilidade, SNP, ultrassom, valor genticomolecular. 8. ABSTRACTSILVA, R.C.G. Genetic marker assisted selection of carcass traits in Nellorecattle. 2012. 79 f. PhD Thesis Faculdade de Zootecnia e Engenharia deAlimentos, Universidade de So Paulo, Pirassununga, 2012.The Brazilian beef cattle chain is suffering a huge pressure due toenvironmental issues, the demand of consumer markets for meat quality andstrict sanitary standards of the international market. These factors increase theimportance of improving productive efficiency of beef cattle. The proposal of thisstudy was to evaluate the effect of inclusion of the molecular breeding values ofa commercial panel of genetic markers (Nellore Profile IGENITY V3) in thegenetic selection of Nellore cattle. Data of 9,749 animals measured for ribeyearea, fat thickness and rump fat thickness were used in this study, with arelationship matrix compound of 39,687 animals. Two models of analysis wereperformed. Single trait model was performed only for each observedphenotypes and two-trait model was performed phenotypes and molecularbreeding values of 3,033 animals as a correlated trait. The inclusion ofmolecular information in genetic evaluation provided increases on theaccuracies of predicted breeding values of genotyped animals and, mainly, forreplacement young bulls. The divergences of selection for 20% best animalsclassified by 1-trait breeding values and 2-trait breeding values demonstratedhighest divergence for sires and replacement young bulls. The genetic changerate on the 2-trait model increased 2,4% for ribeye area, 0,9 for fat thicknessand 1,9% for rump fat thickness. These results demonstrated that the inclusionof molecular breeding values, even when estimated from low density geneticmarkers panels, on animal breeding evaluations can contribute on the selectionof best genetic merit animals and increase of genetic change rate on animalbreeding programs for Nellore cattle.Keywords: accuracy, heritability; SNP; ultrasound, molecular breeding values. 9. Sumrio1INTRODUO..................................................................................................... 102REVISO DE LITERATURA ................................................................................ 122.1 A pecuria de corte no Brasil ...................................................................................... 122.2 Seleo Assistida por Marcadores Genticos ............................................................. 132.3 Ultrassonografia na avaliao de precocidade de acabamento ecrescimento de bovinos de corte ............................................................................................ 193HIPTESES ........................................................................................................ 224OBJETIVOS ........................................................................................................ 234.1 Objetivo geral .............................................................................................................. 234.2 Objetivos especficos ................................................................................................... 235MATERIAL E MTODOS .................................................................................... 245.1 Animais avaliados ........................................................................................................ 245.2 Metodologia de coleta de dados de carcaa por ultrassom ....................................... 255.3 Coleta de amostras biolgicas, extrao de DNA, genotipagem edeterminao dos valores genticos moleculares (Perfil IGENITY Nelore V3) ..................... 275.4 Anlises Estatsticas..................................................................................................... 286RESULTADOS E DISCUSSO ........................................................................... 366.1 Estatstica Descritiva ................................................................................................... 366.2 Parmetros genticos e componentes de (co) varincia para ascaractersticas de carcaa ....................................................................................................... 426.3 Valores genticos preditos e acurcias ....................................................................... 496.4 Conflitos de seleo .................................................................................................... 616.5 Ganho gentico anual esperado ................................................................................. 677CONCLUSO E IMPLICAES ......................................................................... 70 10.