PubMed e o sistema Entrez - Instruções

PubMed, opções de mostrar na tela (display), salvar, imprimir e enviar por email os resultados de uma pesquisa.

Esta parte do curso é uma demonstração em PowerPoint e um tour guiado sobre como pesquisar no PubMed.

Esta parte é off-line e é para ser usada como material de referência.

MÓDULO 4Como usar PubMed

Bem-vindos à página eletrônica do PubMed

Esta parte do módulo mostrará a interface de pesquisa, as opções de mostrar na tela (display) as referências, as opções de acesso às referências e como enviar por email dos resultados.

Barra de bases de dados NCBI

A barra preta acima da caixa de pesquisa contem links para outras bases de dados NCBI. As bases de dados destacadas acima são: PROTEIN, OMIM e revistas do PubMed. Para mudar entre as bases de dados clique no nome da base de dados.

NCBI – base de dados OMIM

Aqui esta a base de dados OMIM.

Para voltar ao PubMed clique no link que está na barra de base de dados.

Menu do lado esquerdo do PubMed

Do lado esquerdo da página eletrônica do PubMed há links para outros recursos do PubMed, como por exemplo, uma visão geral do PubMed (overview) ajuda e perguntas mais frequentes (help & FAQ), um Tutorial e notícias.

Abaixo, do lado esquerdo da página do PubMed estão também links para outras facilidades do PubMed como a base de dados de revistas, a base de dados MeSH (Medical Subject Headings), pesquisas clínicas, LinkOut e funções de citações.

Caixa de pesquisa do PubMed

A caixa de pesquisa no PubMed está ativada. Digite neste espaço o assunto de sua busca.

Pesquisa simples no PubMed

Neste exemplo nós entramos com a busca “malaria infections in Africa” na caixa de pesquisa. Para processar a busca clique no botão “Go”.

Resultados – display padrão

Os resultados da busca são listados no corpo da página.

O link Details (detalhes)

Para ver como o PubMed processou a busca, pode-se clicar no link “Details” (detalhes) destacado abaixo da caixa de pesquisa.

Página do Details (detalhes)

PubMed usa um mapeamento automático de termos. O details (detalhes) mostra como o software do PubMed divide em partes o assunto da busca. Neste exemplo o PubMed buscou por Malaria como uma palavra do texto (text word) e como um termo MeSH devido a identificação automática de termos. Africa e Infections são também buscadas como palavras do texto e como termos MeSH (descritores de assunto).

Resultados – opções de apresentação (display)

Destacados abaixo da caixa de pesquisa estão as opções de mostrar na tela os resultados encontrados - display. Os registros são apresentados em formato resumido, de 20 em 20 de um total de 1599, mostrados e ordenados pelo número de identificação do registro no PubMed – PubMed ID number.

Formato de apresentação (display)Há diferentes formatos disponíveis para mostrar na tela os resultados da busca. A partir da lista de opções da função display pode-se ver os possíveis formatos de escolha.

No PubMed pode-se selecionar tanto o formato Summary (resumido), Brief (curto), Abstract (resumo), Citation (citação), como o formato Medline. Os demais formatos são para outras bases de dados do NCBI.

Normalmente, usa-se como padrão, o formato Summary . Para mudar o formato, clique no botão “Display” e selecione o formato desejado.

Formato Resumido – Summary

O formato resumido (Summary) mostra os nomes dos autores, o título do artigo, a fonte de publicação da citação mostrada e o número de identificação do registro no PubMed - PubMed ID number.

Formato curto (brief) 1

A partir das opções da função Display pode-se selecionar o formato curto para apresentação dos registros - “Brief”.

Formato curto (Brief) 2

O formato curto (brief) mostra o nome do primeiro autor, parte do título do artigo e o número de identificação do registro no PubMed - ID number.

Formato Resumo (abstract) 1

O formato “Abstract” está destacado dentre as opções de display.

Formato resumo (Abstract) – links para o texto completo

A opção do formato resumo (abstract) traz links para os sites das editoras que podem ter o texto completo do artigo disponível.

Neste exemplo nós temos o link para a editora Elsevier Science e ao lado deste está o ícone do HINARI, que identifica o direito de acesso ao texto completo para as instituições que são registradas no HINARI.

Formato Resumo (abstract) – informação de afiliação

O formato resumo (abstract) também mostra informação da afiliação. Esta informação é referente ao primeiro autor listado no artigo, e NÃO de todos os autores.

Formato Citação 1

A opção de formato “Citation” (citação) é similar ao formato resumo (abstract), mas mostra algumas informações adicionais, como termos MeSH e nomes de substâncias.

Formato Citação – Informação MeSH

Aqui pode-se ver os termos MeSH (descritores de assunto) designados para este registro na indexação feita pela National Library of Medicine (NLM).

Formato MEDLINE 1

Aqui, selecionou-se a opção do formato “MEDLINE”.

Campos identificadores do MEDLINE

O formato “MEDLINE” mostra todos os campos de um registro MEDLINE com o identificador do campo em cada linha.

Este formato é o melhor para ser usado na exportação de registros para um software de gerenciamento de referências.

Número de registros listados

Há algumas opções de quantidade de referências a serem mostradas por página, ( de 5 a 500 referências).

É aconselhável listar o máximo de referências possíveis por página para economizar tempo na mostra dos resultados, eliminando a necessidade de passar por inúmeras páginas.

Aqui o exemplo é a opção “200” selecionada na caixa. Para re-listar os resultados de registros por página, clique no botão “Display”.

Páginas de Resultados

A página de resultados está agora listando os registros de 1 a 200 dos 1599 registros encontrados na busca. Agora tem-se somente 8 páginas de resultados para ver.

Opções de ordenamento (Sort)

A ordem padrão pré-determinada (default) de apresentação dos resultados é pelo número de identificação PubMed – que é o PubMed ID. Os resultados podem ser ordenados alfabeticamente por autor ou por título da revista, ou ainda pela data de publicação. Neste exemplo usou-se a opção “Journal” (revista). Para re-listar os registros considerando o ordenamento por revista, clique no botão da função “Display”.

Ordenando pelo título da revista

Pode-se ver os resultados de 1-200 mostrados em ordem alfabética pelo título da revista.

Selecionando referências 1

Para selecionar referências a partir dos resultados, marca-se o quadrado que aparece ao lado esquerdo dos registros.

Selecionando referências 2

Os resultados de 1 a 4 desta página foram marcados e estão selecionados.

Envio em formato de Texto 1

Os resultados selecionados podem agora ser formatados para impressão selecionando a opção “text” a partir das opções da função “send to” (enviar para).

Envio em formato de Texto 2

Esta é uma boa opção de formato de impressão.

Envio para um arquivo 1

Para salvar os resultados selecionados em um disquete ou em seu computador, selecione a opção “file” a partir do menu da função “send to”

Envio para um arquivo 2

Selecione um endereço para salvar o arquivo e altere o tipo do arquivo de fcgi document para all files (todos os arquivos).

Envio para um arquivo 3

Escolha um nome para seu arquivo e acrescente a extensão .txt (de texto). Para salvar o arquivo clique no botão save

Enviando por Email 1

Para enviar os resultados selecionados por email escolha a opção email a partir do menu da função “send to”.

Enviando por Email 2

A partir desta tela pode-se escolher um formato e a forma de ordenar os resultados selecionados, e ainda acrescentar um texto de observação na mensagem que será enviada com os resultados.

Enviando por Email 3

Digite um endereço de email na linha oferecida à frente do item E-mail.

Enviando por Email 4

Para processar o envio do email clique no botão “Mail”

Enviando por Email 5

Ao retornar à tela dos resultados, aparecerá uma barra de mensagem informando que o email foi enviado do servidor do PubMed para o endereço de email de um usuário.

Enviando para área de trabalho 1

Os resultados selecionados também podem ser enviados para uma área de trabalho. Selecione a opção “Clipboard” a partir do menu da função “Send to”.

Enviando para área de trabalho 2

Uma barra de informação aparecerá indicando o número de itens enviados para a área de trabalho, o limite de tempo que ficarão disponíveis até serem apagados e o número máximo de itens permitidos na área de trabalho.

Enviando para área de trabalho 3

Para recuperar os itens colocados na sua área de trabalho clique na opção Clipboard que está abaixo da caixa de pesquisa.

Enviando para área de trabalho 4

Dentro da área de trabalho pode-se reformatar e listar os resultados da mesma forma e com as mesmas opções oferecidas a partir da página principal dos resultados.

Enviando para área de trabalho 5

Para remover um item da área de trabalho, selecione o item a ser removido e escolha a opção “Clip Remove” a partir do menu da função “Send to”.

Enviando para área de trabalho 6

Uma barra de informação aparecerá confirmando quantos itens foram removidos da área de trabalho.

Fim do Módulo 4 Parte 1

Este e o fim do Tarefa 1 Parte 1.

Há um caderno de exercícios para acompanhar esta parte do módulo. O caderno de exercícios é dinâmico e abrange os tópicos incluídos nesta parte do módulo com exemplos práticos.