programação perl israel tojal da silva [email protected]
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SumárioSumário
Introdução – visão geral
Variáveis e Estrutura de Dados
Referências
Expressões Regulares
Funções
Manipulação de Arquivos
Ordenação
IntroduçãoIntrodução
Perl : Guia de Consulta RápidaDecio Jr. - Ed. Novatec
Learning Perl (4th ed)by Randal L. Schwartz, Tom Phoenix, brian d foy. Ed. O'Reilly
Programming Perl (2nd Edition) by Larry Wall, Tom Christiansen, Randal L. Schwartz,
Stephen Potter Ed. O'Reilly
Advanced Perl Programming (2th ed)by Simon Cozens. Ed. O'Reilly
O que é PERL?
“Perl is a language for getting your job done”
Larry Wall
IntroduçãoIntrodução
• PERL ( Practical Extraction and Report Language ) é uma linguagem de programação criada por Larry Wall em 1987 e que pode ser usada em uma grande variedade de tarefas :
• Processamento de texto;
• Desenvolvimento Web;
• Administração de sistemas;
• Acesso a Banco de Dados;
IntroduçãoIntrodução
• Características da PERL
• Linguagem simples;
• Alto nível;
• Suporte a várias plataformas (Unix, Mac OS, Windows, ...);
• Modular e Orientadas a Objetos;
• Desenvolvimento rápido;
IntroduçãoIntrodução
Perl x BioinformáticaPerl x Bioinformática
http://www.bioperl.org/
Perl x BioinformáticaPerl x Bioinformática
Perl x BioinformáticaPerl x Bioinformática
Perl x BioinformáticaPerl x Bioinformática
Primeiro programaPrimeiro programa
#!/usr/bin/perl
print “Imprimindo uma mensagem\n”;
$ perl hello.pl
hello.pl
VariáveisVariáveis
O que são ?
Posições na memória do computador, que são usadas para guardarem valores
$var
...
E0E1E2
En
E3E4
6
...
E0E1E2
En
E3E4
#!/usr/bin/perl
$var = 6;
Sintaxe das variáveisSintaxe das variáveis
Tipo Caracter Exemplo É um nome para:Escalar $ $dna
Array @ @genes Uma lista de valores
Hash % %codons
Um valor individual ( números ou string )
Um grupo de valores, indexado por string
Escalares :
$dna = 'ATGCTTATTGTT';
$hits = 5;
$evalue = 5e-120;
$directory = `pwd`;
Sintaxe das variáveisSintaxe das variáveis
Array:
@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC');@cromossomos = (1,3,5,7,9,11,13,15,17,21,'X','Y’);
• Os valores são acessados pelos seus índices:print “$gene[0]”; # imprime BRCA1;print “$cromossomos[3]”; # imprime 7;
• Tamanho do arrayprint “$#gene”; # imprime 3;
• Acessando uma fatia do arrayprint join(“\t”,@cromossomos[3..5]) , “\n”; imprime 7 9 11
Sintaxe das variáveisSintaxe das variáveis
Hash:
%codons = ( 'ATG'=>'M','CTT'=>'L','ATT'=>'I',
);
• Acessando o valor de uma chave do hash
print “$codons{'CTT'}\n”; # imprime: L
•Acessando os valores de todas as chaves do hash
foreach my $key ( keys %codons ){
print “$key\t$codon{$key}\ n”;}
Sintaxe das variáveisSintaxe das variáveis
Controlando avisos e variáveisControlando avisos e variáveis
use warnings;use strict;
my $var = 10;
Variáveis em Perl são globais por default
OperadoresOperadores
Operador Tipo+ , - , * , / , % , ** , ++ , -- Aritmético
< , <= , == , >= , > , != Comparação Numérica&& , || , ! , and , or , not Lógicoslt , gt , le , ge , eq , ne
AtribuiçãoComparação de String
= , += , -= ,*= , .=
Exemplos :
$x = 8;$y = 2;$z = $x * $y$z == 16
$codonA = 'ACG';$codonB = 'ACG';$codonA ne $codonB
OperadoresOperadores
If : A declaração será executada se a expressão lógica for verdadeira:
unless: A declaração não será executada se a expressão for verdadeira:
Instruções Instruções ifif e e unlessunless
my $varA = 3;my $varB = 5;if ( $varA < $varB ) {
....}
my $varA = ‘A’;unless ( $varA eq 'B' ) {
....}
Instruções Interativas (Instruções Interativas (loopinglooping))
my $i = 0;while ( $i <= $#genes ){
print “$i : $genes[$i]\n”; $i++;
}
for ( my $i =0 ; $i <= $#genes ; $i++ ) {
print “$i : $genes[$i]\n”; }
foreach my $gene ( @genes ) {
print “$gene\n”; }
@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC','FOX2');
while (expr) bloco
for(expr;expr;expr) bloco
foreach var (lista) bloco
Formas especiais da instrução Formas especiais da instrução dodo
my $i = 0;do{
print “$genes[$i]\n”;$i++;
}while ( $i <= $#genes );
do bloco while expr;
my $i = 0;do{
print “$genes[$i]\n”;$i++;
}until ( $i > $#genes );
do bloco until expr;
@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC', 'FOX2');
Desviando do caminho : Desviando do caminho : nextnext e e lastlast
next;
last;
@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC','FOX2');
my $i = 0;while ( $i <= $#genes ){
next if ( $gene[$i] eq 'MYC' );print “$gene[$i]\n”;
$i++;}
my $i = 0;while ( $i <= $#genes ){
last if ( $gene[$i] eq ‘MYC’ );print “$gene[$i]\n”;
$i++;}
Um programa PerlUm programa Perl
#!/usr/bin/perl
use strict;use warnings;
my $dna;my @array = ('a','c','g','g','a','g','c','t','c','g');for (my $i =0; $i <= $#array; $i++) {
$dna .= $array[$i];print “$dna\n”;
}
perl dna.pl
0 a1 ac2 acg3 acgg4 acgga5 acggag6 acggagc7 acggagct8 acggagctc9 acggagctcg
ReferênciasReferências
Referências são ponteiros para tipos de dados previamente definidos :
my $var = 6;my $ref_var = \$var;
$var
$ref_var
...
E0E1E2
En
E3E4
6
E1
...
E0E1E2
En
E3E4
print $ref_var; # imprime E1
print $$ref_var; # imprime 6
Referência Definição ValorEscalar $ref_var = \$var; $$ref_varArray $ref_array = \@genes; $ref_array->[0]Hash $ref_hash = \%hash; $ref_hash->{'ATG'}
ReferênciasReferências
Expressões RegularesExpressões Regulares
Pesquisa A procura por grandes quantidades de dados de modo conveniente e eficaz é
realizada através da combinação de padrões
expr =~ [ m ] /padrão/[g][i][m][o][v][x]
my $dna = 'ACGTTCCAACA';if ( $dna =~ /aac/i ){
...}
my $dna = 'ACGTTCCAACA';if ( $dna =~ /aac/ ){
...}
Substituição Pesquisa uma string procurando um padrão e, se encontrado, troca aquele
padrão pelo texto de substituição
$var =~ s/padrão/substituto/[e][g][i][m][o][s][x]
my $dna = 'acgtccatc--------------ccccatta';$dna =~ s/\-//g;print “$dna”; #imprime acgtccatcccccatta
my $dna = 'TCCTCCATCCG';$dna =~ s/C/c/;print “$dna”; #imprime TcCTCCATCCG
Expressões RegularesExpressões Regulares
Sub-rotinasSub-rotinas
A sub-rotina agrupa uma sequência de declarações e funções que poderão ser reutilizadas pelo programa.
#!/usr/bin/perl
use strict;use warnings;
my ($x,$y,$sum) = (5,9,0);
$sum= &sum ($x,$y);
print “$x + $x = $sum\n”;
sub sum{
my ($var1,$var2) = @_;
my $sum = $var1 + $var2;
return $sum;}
#!/usr/bin/perl
use strict;use warnings;
my ($x,$y,$sum) = (5,9,0);
&sum ($x,$y,\$sum);
print “$x + $x = $sum\n”;
sub sum{
my ($var1,$var2,$rS_sum) = @_;
$$rS_sum = $var1 + $var2;
return;}
Manipulação de ArquivosManipulação de Arquivos
...
open (IN,'arquivo.txt') or die $!;while (<IN>){
print “$_”;}close (IN);
...
...
open (OUT,'>arquivo.txt') or die $!;
print OUT “$var\n”;
close (OUT);
...
Estruturas de DadosEstruturas de Dados
1 MMP92 IKZF21 FOXD34 WFS14 RUFY33 COLQ4 NSUN7
1 MMP9 FOXD32 IKZF24 WFS1 RUFY3 NSUN73 COLQ
#!/usr/bin/perl
use strict;use warnings;
my %HoA;
my $fileIn = shift or die $!;my @array;open(IN,$fileIn) or die $!;while(<IN>){
chomp;@array = split(“\t”,$_);push ( @ { $HoA{$array[0]} }, $array[1] );
}close(IN);
foreach my $key ( keys %HoA ){
print “$key\t”;print join (“ \t”,@{$HoA{$key}} ) , “\n”;
}
Hash de Array
1BRCA1 NM_11 NM_32FOXD3 NM_82
4WFS1 NM_54RUFY3 NM_88 NM_89NSUN7 NM_52
3COLQ NM_92 NM_93
2IKZF2 NM_13 NM_14
#!/usr/bin/perl
use strict;use warnings;
my %HoHoA;
my $fileIn = shift or die $!;my @array;open(IN,$fileIn) or die $!;while(<IN>){
chomp;@array = split(“\t”,$_);push ( @ { $HoHoA{$array[0]}{$array[1]} }, $array[2] );
}close(IN);
foreach my $ka ( keys %HoHoA ){
print “$ka\n”;foreach my $kb ( keys %{$HoHoA{$ka}} ){
print “$kb\t”;print join (“ ”,@{$HoHoA{$ka}{$kb}} ) , “\n”;
}}
Hash de Hash de Array 1 BRCA1 NM_111 BRCA1 NM_322 IKZF2 NM_132 IKZF2 NM_141 FOXD3 NM_824 WFS1 NM_544 RUFY3 NM_884 RUFY3 NM_893 COLQ NM_923 COLQ NM_934 NSUN7 NM_52
Estruturas de DadosEstruturas de Dados
OrdenaçãoOrdenação
BRCA1 15 10MMP9 10 2NAT2 3 4NAD1 9 25HOX 44 87TP53 60 3
TP53 60 3HOX 44 87BRCA1 15 10MMP9 10 2NAD1 9 25NAT2 3 4
#!/usr/bin/perl
use strict;use warnings;
my %HoA;
my $fileIn = shift or die $!;my @array;open(IN,$fileIn) or die $!;while(<IN>){
chomp;@array = split(“\t”,$_);push ( @ { $HoA{$array[0]} }, @array[1..2] );
}close(IN);
foreach my $key ( sort { $HoA{$b}[0] $HoA{$a}[0] } keys %HoA ){
print “$key\n”;print join (“\t ”,@{$HoA{$key}} ) , “\n”;
}
Funções PERLFunções PERL
• length• split• join• sort• substr• push• unshift• pop• shift• chomp• glob• reverse• exists
http://geekandpoke.typepad.com/geekandpoke/perl/
Vamos praticar ?Vamos praticar ?
Vamos praticar ?Vamos praticar ?
Faça um script para traduzir uma sequência de nucleotídeos para uma ORF. Dica :
perldoc split join reverse substr hash rotina
http://xavante.fmrp.usp.br/verao