FitopacShell 1.6.4Manual

Verso PreliminarG.J.Shepherd (2006)

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Table of ContentsIntroduo .................................................................................................. 5FitopacShell - Introduo Instalao Configurao Consideraes gerais Os tipos de dados usados por Fitopac A Tela Principal o menu principal Os botes de funes 5 7 7 8 8 9 10 10

Instalando e Configurando Fitopac ........................................................... 7

Utilizando Fitopac ....................................................................................... 8

comando arquivos .................................................................................... 12 Preparando e lendo dados ....................................................................... 14Preparando dados Lendo e convertendo dados num arquivo FPD Examinando, editando e imprimindo dados Formatos de Arquivo Excel Lotus 123 PC-Ord ASCII/ASCII delimitado SYSTAT NT-SYS Cornell MVSP Convertendo dados crus em matriz Tipos de dados em matrizes Variveis mascaradas e Marcadores Importando e exportando matrizes Usando a planilha matriz arquivos matriz cabealho eliminando linhas ou colunas matriz transformar matriz juntar matriz espcies raras Nomes suspeitos Tela "Nomes suspeitos" Tela "Nomes duplicados" O formulrio de resultados Criando Grficos Criando grficos diretamente Diagramas de disperso Modificando as escalas A Tela de Opes em Diagramas de Disperso 14 14 15 16 16 16 16 17 17 17 17 17 18 19 20 21 22 26 27 28 28 29 32 33 34 35 37 39 39 41 43 43

Trabalhando com matrizes....................................................................... 18

Visualizando resultados de anlises....................................................... 37 Grficos em Fitopac ................................................................................. 39

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Diagramas de vetores Grficos de linha Dendrogramas Grficos de Barra Grficos de caixa Grficos 3D Calculando Parmetros Fitossociolgicos Coeficientes de semelhana e distncias em Fitopac A tela Coefs Modificando e manipulando arquivos de coeficients Coeficientes e distncias usados em Fitopac Introduo a anlise de Agrupamentos Tela de Anlise de Agrupamentos A Tela do Dendrograma Analisando grupos em dendrogramas Colorindo matizes Opes para dendrogramas

45 45 45 45 46 46 47 48 48 49 49 54 54 56 58 60 62 64 65 65 67 68

Parmetors fitossociolgicos ("PARAMS")............................................ 47 Calculando Distncias e Coeficientes de Semelhana.......................... 48

Anlise de Agrupamentos (Cluster Analysis) ........................................ 54

Ordenao 64

Dados faltando em anlises multivariadas............................................. 69janela decorana janela twinspan

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Chamando outros programas.................................................................. 7070 71 75

Bibliografia ................................................................................................ 75referncias bibliogrficas

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Ordenao - Introduo Biplot de Gabriel A Tela de Ordenao As Opes Visualizando e interpretando resultados de uma ordenao

IntroduoFitopacShell - Introduo

FitopacShell um programa para Windows que "traduz" parte do pacote FITOPAC para o ambiente Windows e que "embrulha" o resto dos programas originais do FITOPAC, permitindo utilizar todos os recursos de Windows para manipular arquivos, pastas, etc., sem a necessidade de entrar no DOS, facilitando o uso do pacote em Windows. Os programas individuais do pacote original (Prepare, Caderno e Params) continuam os mesmos - ainda so programas DOS mas foram recompilados para permitir o uso de mais memria, acomodando matrizes maiores (at 1000 x 1000 na atual verso). Adicionalmente, FitopacShell pode chamar os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" do pacote Cornell para fazer anlises que no esto disponveis dentro do prprio FITOPAC. Os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" so da autoria do Dr. M.O. Hill e NO so parte do FITOPAC. Se quiser us-los, precisa obter e instalar cpias (s copiar) dentro da pasta com os arquivos de FITOPAC, junto com os programas do prprio FITOPAC. Recomenda-se o uso da verso de Oksanen & Minchin (1997), que tem diversas correes e modificaes que tornam os programas mais confiveis.

Os programas que compem o pacote FITOPAC so descritos no Manual de Usurio distribudo em formato "Adobe Acrobat" [pdf] junto com este pacote. O atual arquivo de ajuda descreve somente o FitopacShell. Esta verso do FITOPAC, junto com o FitopacShell, esto sendo liberadas para uso geral, sem restries. Embora foi testado com diversos conjuntos de dados, este pacote deve ser tratado como preliminar, pois ainda apresenta diversas falhas e "bugs", especialmente nas verses "Windows", que devem ser utilizados com um certo grau de cautela. O programa considerado

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"Freeware" - isto , pode ser distribudo livremente, sem custo, mas no pode ser vendido ou modificado sem autorizao expressa do autor. Todos os direitos autorais so reservados pelo autor. Esta verso de FITOPAC deve ser chamada FITOPAC 1.6 em referncias bibliogrficas, e a data de publicao 30/11/2006.

George J. Shepherd Depto. de Botnica IB da UNICAMP CxP 6109 Campinas 13.083-970 SP, Brasil.

Embora no prometo que vou poder resolver individualmente todos os problemas que surgem no uso do FitopacShell e FITOPAC, importante que os usurios me avisam de "bugs" e dificuldades encontrados, especialmente se estes causam erros mais srios de clculo ou inutilizam parte dos recursos dos programas. Se possvel, encaminhe uma descrio do erro encontrado, junto com uma cpia do conjunto de dados sendo utilizados e uma descrio de que estava sendo feito quando ocorreu o erro para:george@unicamp.br.

Para notcias e discusso do Fitopac, consulte o forum fitopac no site: "http://taxondata.org/forum/index.php?board=12.0" Agradecimentos a Eduardo Dalcin!

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Instalando e Configurando FitopacInstalaoAinda no est pronto Sorry !

ConfiguraoAinda no est pronto Sorry !

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Utilizando FitopacConsideraes geraisEm geral, quando se executa anlises em Fitopac, estas exigem, de entrada, algum arquivo de dados no formato apropriado, e produziro resultados na forma de texto e grficos, alm de outros arquivos que podem ser utilizados em outras anlises. importante lembrar que os resultados de uma anlise NO so gravados automaticamente na maioria dos casos o usurio deve solicitar explicitamente a gravao do arquivo de resultados, se deseja manter um registro da anlise que foi realizada. A sada em forma de texto pode ser visualizada usando um boto marcado "visualizar resultados", e cumulativa, armazenando os resultados de todas as anlises feitas desde o incio at desligar o programa, podendo ser gravada em forma de arquivo "rtf" ou "txt". Grficos so gravados individualmente, ou podem ser copiados para a rea de transferncia ("clipboard") e colados em documentos.

Formulrio de resultados texto

dados

arquivo Fitopac

arquivos texto Fitopac

Os tipos de dados e os arquivos usados esto descritos na seo "Os tipos de dados usados por Fitopac " e o uso da sada texto na seo "Visualizando resultados de anlises ".

Os tipos de dados usados por FitopacFitopac utiliza trs tipos de conjuntos de dados:

1.

"dados crus" so os dados resultantes de levantamentos fitossociolgicos, que contem as medidas de indivduos que foram includos no levantamento [levantamentos por parcelas ou por quadrantes ou variantes destes mtodos] ou de contatos individuais [levantamentos que utilizam o "mtodo de agulhas"]. Tipicamente, para cada indivduo, tem medidas de dimetro, altura e um cdigo de espcie e so agrupados por parcela ou por ponto de amostragem [mtodo de quadrantes]. Estes dados so armazenados em arquivos "FPD" {FitoPac-Dados} e so o ponto de partida para todas as anlises em Fitopac. Nesta verso, a entrada destes dados e via arquivos "ASCII" que podem ser criados com um editor de texto (por ex. o "notepad" que vem junto com todas as verses de Windows) ou usando um processador de texto mais sofisticado como "Microsoft Word" ou "Open Office Writer" e gravando como "somente texto". Planilhas como "Excel" podem ser usadas, mas necessrio tomar muito cuidado com o arranjo de dados em colunas, e gravar a verso final como texto para utilizar esta opo com sucesso. Detalhes do formato de arquivo esto no manual da verso 1.0 do Fitopac, distribudo junto com a atual verso.

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arquivos de dados

2.

"matrizes amostra x espcie" contem dados representando a quantidade de cada espcie presente em cada uma das amostras, na forma de uma matriz com uma linha para cada amostra e uma coluna para cada espcie. Estes dados so armazenados em arquivos "FPM" {FitoPac-Matriz}, e geralmente so gerados a partir de arquivos FPD, utilizando o comando/boto "Criamat". Estas matrizes tambm so o formato natural para dados ambientais, onde foram medidas algumas caractersticas do ambiente para cada uma das amostras de um levantamento, ou para dados morfolgicos, qumicos, etc. quando se deseja utilizar o programa para anlises fenticas (taxonomia numrica). Assim, embora Fitopac foi concebido principalmente para anlise de dados fitossociolgicos, na prtica pode ser utilizado para qualquer situao onde anlise multivariada ou taxonomia numrica apropriado. Matrizes deste tipo podem ser importadas/exportadas para diversos formatos, incluindo Excel, "SYSTAT", "PC-Ord" e "NTSYSpc", permitindo que Fitopac seja utilizado junto com outros programas de anlise estatstica ou multivariada. "matrizes de distncias ou coeficientes de semelhana" estes matrizes contm dados que representam distncias ou grau de semelhana entre amostras/objetos e so essenciais para o uso de anlise de agrupamento o para algumas formas de ordenao, como PCO. So armazenadas em arquivos "FPC" {FitoPac-Coeficientes}. Estas matrizes geralmente so geradas a partir de uma matriz FPM, utilizando o comando "Coef", ou importadas/exportadas em alguns formatos (NTSYSpc, SYSTAT).

3.

As interligaes entre os tipos de dados/arquivos so resumidas neste grfico:

A Tela PrincipalA tela principal que abra quando o programa acionado permite escolher arquivos e o tipo de anlise que quer fazer. Estas funes podem ser usadas via o menu principal ou utilizando os botes de funo.

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o menu principalO menu principal fornece diversas opes de anlise ou manipulao de dados. Note que a maioria dos itens disponveis no menu principal estaro disponveis somente quando um arquivo de dados for selecionado, e podem variar, de acordo com o tipo de arquivo selecionado. Se no tiver um arquivo selecionado, esto disponveis somente as opes de configurao do FITOPAC. Os comandos do menu tambm podem ser acionados via os botes de funo. Os principais comandos so :-

Arquivos - permite selecionar um ou mais arquivos de dados para anlise ou processamento, alm depermitir abrir arquivos de resultados de anlises j concludas.

coNfigurar - permite modificar a configurao do pacote FITOPAC. Dados - este comando usado para ter aceso aos programas de manipulao de dados - CADERNO eCRIAMAT para arquivos FPD; MATRIZ para os arquivos FPM, e PREPARE para converso de dados crus (DAD e NMS).

paRametros - chama o programa "PARAMS" para calcular parmetros fitossociolgicos para dadosde indivduos de um levantamento. Este comando est disponvel somente com arquivos FPD.

Multivar - chama os programas de anlise multivariada "COEF" (clculo de coeficientes de

Cornell - chama os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" do pacote de programas dauniversidade de Cornell. Estes programas no fazem parte do FITOPAC e voc deve obter cpias (disponveis grtis na Internet) e copi-los na mesma pasta onde est instalado o prprio FITOPAC, antes de tentar usar este comando.

Os botes de funesMuitas das tarefas comuns podem ser acionados diretamente pelo uso dos botes de funes, sem a necessidade de passar por todos os passos do menu principal. Estes botes esto agrupados de acordo com o tipo de funo que executam, e sua disponibilidade depende do tipo de arquivo selecionado, ou se um arquivo foi selecionado em primeiro lugar. Arquivos funes de abrir, ler, exportar, importar arquivos de diversos tipos.

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similaridade e distncias), "CLUSTER" (anlise de agrupamentos) e "ORD" (ordenao). Disponvel somente para arquivos FPM e FPC.

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Modificar dados modificar matrizes de dados ou de coeficientes de semelhana ou distncia.

Anlise multivariada (opes disponveis com arquivos que contm matrizes de dados ou coeficientes de semelhana/distncia) calcular coeficientes de semelhana/distncia com programa "COEF", fazer anlise de agrupamento com programa "CLUSTER" (somente arquivos FPC), fazer ordenao com programa "ORD" (arquivos FPM PCA, CA; arquivos FPC PCO) ou utilizar os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" do pacote Cornell [estes programas no so parte do FITOPAC !]

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Fitossociologia (opes disponveis com arquivos de dados do tipo "FPD") fazer anlises fitossociolgicas (calcular parmetros, etc.) e visualizar dados ou gerar matrizes a partir dos dados.

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comando arquivosO comando Arquivos abre diversos subcomandos que permitem manipular arquivos

Abrir abre um arquivo de dados FITOPAC. Para a maioria de anlises, estes arquivos sero dos tipos:FITOPAC - dados (*.FPD), que contem dados de indivduos de um levantamento fitossociolgico FITOPAC - matriz (*.FPM), que contem uma matriz de dados para anlise multivariada, etc. FITOPAC - coeficientes (*.FPC), que contem coeficientes de semelhana ou distncias entre objetos para anlise de agrupamento ou ordenao. Dados crus so os arquivos de nomes e dados numricos usados para gerar um arquivo FPD. Tem as extenses "NMS" e "DAD", respetivamente. Veja "Preparando Dados " para mais informaes. . Excel Lotus123 PC-Ord Cornell ASCII NTSYS Outros formatos tambm podem ser lidos, e incluem:

SYSTAT

ASCII delimitado (ou "CSV") MVSP

Dados p/ PREPARE- No caso de dados de indivduos que ainda no foram convertidos para o formato FPD (dados crus), onde se pretende usar o programa "PREPARE" para fazer esta converso, necessrio especificar um arquivo de dados numricos (geralmente com a extenso ".DAD") no subcomando "Dados" e um arquivo de nomes (de famlias e espcies - geralmente com a extenso ".NMS") no subcomando "Nomes". Os detalhes do formato e preparao deste arquivos so descritos no "Manual de Usurio" em formato "Adobe Acrobat" (.PDF) distribudo dentro deste pacote.

dados).

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Pr rs eli o m in arNovo - Gerar uma nova matriz de dados em branco (para entrada de

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Exportar Matriz - exportar uma matriz FITOPAC para outroformato (PC-Ord, etc.)

Visualizar resultados abre o arquivo de resultados acumulados durante a atual sesso. Este arquivo de listagem contm todos os resultados das anlises que mandou imprimir durante a atual sesso de uso de Fitopac. Pode imprimir ou gravar os resultados como texto ou como um arquivo "Rich Text Format - rtf" que pode ser lido e importado diretamente por programas como "Word".

eXaminar arquivo- abre uma tela mostrando o contedo de um arquivo de texto e permite fazer editorao deste texto, alem de grav-lo em formato "Rich Text Format - rtf" que pode ser lido e importado diretamente por programas como "Word".

examinar Grfico- de modo semelhante, abre uma tela que permite examinar arquivos contendo grficos produzidos pelos programas do pacote FITOPAC Saida - Voc pode modificar o nome do arquivo de sada, gerado automaticamentepelo FITOPAC. Geralmente este ter o formato "XXX.LST", onde XXX o nome do arquivo original de dados e a extenso LST indica uma listagem, e indicado no terceiro painel da tela principal. Se quiser, pode modificar este nome, escolhendo ou criando um novo nome utilizando este comando. Note que os programas do FITOPAC geralmente vo anexar os resultados produzidos e no vo sobrescrever os resultados obtidos anteriormente a partir de uma outra anlise do mesmo arquivo.

Pr rs eli o m in arSair sair do programa

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Preparando e lendo dadosPreparando dadosA relao entre os principais tipos de dados em Fitopac pode ser vista na seo tipos de dados usados por Fitopac. A preparao inicial dos "Dados Crs", ie. os dados de medidas de plantas individuais geralmente usados para anlises fitossociolgicas, est descrita no manual do Fitopac v. 1 que distribudo junto com Fitopac 1.6 como arquivo PDF. Em sntese, necessrio preparar arquivos contendo os nomes das espcies encontradas (num formato especfico) e, num segundo arquivo, os dados numricos descrevendo os indivduos. Estes so arquivos "ASCII" e podem ser produzidos usando qualquer editor ou programa capaz de gravar dados neste formato, como "notepad" do Windows, Microsoft Word (gravar como "somente texto") ou at planilhas com "Excel" (mais difcil pois a sada pode ser difcil de controlar). Estes arquivos depois so convertidos num arquivo FPD pelo programa PREPARE. este arquivo FPD que utilizado pelos outros programas do pacote. Dados em forma de matrizes podem ser entrados diretamente, utilizando a planilha de dados do Fitopac.

Lendo e convertendo dados num arquivo FPDPara produzir um arquivo "FPD", so necessrios dois arquivos de entrada: um contendo os nomes dos txons no levantamento (com extenso "NMS"),e outro contendo os dados numricos (com extenso "DAD"). As extenses no so obrigatrios, mas tornam ao uso do programa mais fcil pois o Fitopac sabe quais arquivos procurar e gera todos os outros nomes automaticamente, quando se usa a extenso padro para os arquivos de entrada.

Para iniciar o processo, pode usar o boto "Dados para Prepare" ou "Arquivos/Dados p/ Prepare" no menu principal. O programa abre uma pequena janela , onde pode escolher os arquivos de entrada.

Aps de escolher os arquivos e usar o boto "ok", esta tela fecha e o prximo passo de "clicar" no boto "Prepare" ou em "Dados/Preparar" no menu principal. O programa principal ento chama o programa DOS "Prepare" para completar o processo de converso dos dados. Detalhes do programa Prepare esto descritas no manual da verso 1.

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Os detalhes da preparao destes arquivos esto descritos no manual da verso 1 do Fitopac que acompanha a atual verso na forma de um arquivo "PDF" (manual PDF).

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A atual verso do Fitopac gera diversos nomes de arquivos, alguns estranhos como "ZZZZFPD.tmp". Sugiro no modificar estes nomes, pois o FitopacShell configurado para utiliz-las automaticamente e vai gerar nomes mais apropriados como parte do processamento ps-Prepare, apagando ou modificando os nomes que aparecem na janela principal do programa Prepare.

Examinando, editando e imprimindo dadosPara examinar, listar, ordenar e exportar dados de levantamentos, Fitopac utiliza o programa DOS "Caderno", que pode ser acionado atravs do boto Caderno ou menu "Dados/Caderno". Alm das listagens dos dados, Caderno pode produzir uma Curva de Coletor, bastante usada para determinar se a amostragem de uma rea est razoavelmente completa ou no. Este programa abre numa janela DOS, e seu uso parecido com os outros programas mencionados no manual v1, embora no esteja formalmente descrito naquele manual.

O programa Caderno, infelizmente, ainda est incompleta e s permite usar algumas opes do menu principal: Filtro especifica um filtro para limitar os dados que so lidos por ex. excluir indivduos com DAP < 10cm e altura < 5 m e incluindo somente parcelas 10-20. Ler ler os dados

Editar Editar os dados no momento, isso pode ser feito principalmente com os dados numricos e permite somente certas opes Curva calcula e mostra uma Curva de Coletor.

Editando os dados.

dentro desta opo, as seguintes operaes so implementadas Famlias editar nomes

Espcies editar nomes, ordenar (por famlia e depois espcie ou diretamente por espcie) e gravar os nomes num arquivo de texto Amostras editar nomes Dados (numricos) ordenar (por diversos critrios como altura, dimetro, nmero de indivduo, etc), Imprimir (para um arquivo) e exportar (para um arquivo ASCII). Esta ltima opo bastante til se quiser analisar os dados com outros programas como "SYSTAT" que podem ler o arquivo ASCII resultante.

Curvas de Coletor O programa tem opes para produzir diversos tipos de curva que incluem: "normal" a curva construda a partir dos dados na sua ordem original de entrada no arquivo de dados Inversa a curva construda a partir dos dados em ordem inversa i.e. do final do arquivo at o incio

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randmica produzir uma curva onde a ordem de entrada das amostras aleatria randmica n repete a curva randmica "n" vezes, onde o "n" determinado pelo usurio. as outras opes so diferentes combinaes destas curvas bsicas. A combinao randmica-n + normal + inversa particularmente interessante pois ajuda a detectar gradientes de riqueza ou descontinuidades num gradiente, se as amostras foram entradas em seqncia, seguindo o gradiente.

Formatos de ArquivoEmbora tem seus prprios formatos de arquivo que maximizam as informaes armazenadas e facilitam o uso do pacote, Fitopac pode importar e exportar diversos formatos de arquivo para permitir intercmbio de dados com outros programas que tem facilidades que o Fitopac no possui. Em todos os casos, a importao/exportao limitada a casos de matrizes de estrutura simples, e no possvel trabalhar com estruturas de dados muito complexas.

ExcelArquivos que usam o formato da planilha do Microsoft Office, Excel. Capaz de ler somente planilhas simples, com os nomes das variveis (descitores) na primeira linha e os nomes dos objetos (amostras ou UTOs) na primeira coluna, e o resto da planilha contendo dados numricos ou variveis texto. Note que o programa no capaz de interpretar corretamente planilhas que tem mais que uma linha de cabealho, clulas fundidas ou formatao mais sofisticada. O padro usado pelo programa Microsoft Excel. Amplamente usado por outros programas estatsticos. {Novidade da verso 1.6} (*.XLS) (*.SYS, *.SYD)

Lotus 123

Este formato foi usado pelo (ento) popular programa de planilha, Lotus 123. Chega perto a ser um formato universal para pacotes estatsticos, pois quase todos so capazes de ler estes arquivos e alguns programas (como PC-Ord) ainda usam este formato como padra. Fitopac capaz de intrpretar somente planilhas simples, com os nomes das variveis (descritores) na primeira linha, os nomes dos objetos (amostras, UTOs) na primeira coluna e o resto dados numricos ou de texto. Note que o programa no capaz de interpretar corretamente planilhas que tem mais que uma linha de cabealho, clulas fundidas ou formatao mais sofisticada. (*.WK1)

PC-OrdSo arquivos usados pelo programa PC-Ord. Na verdade so arquivos Lotus 123 com dados sobre o nmero de colunas e linhas em clulas especficas, alm de algumas outras restries. O programa tenta determinar se o arquivo tem o formato correto, e se no tiver, permite tentar abrir o arquivo como uma planilha Lotus 123 simples. (Ambos usam a mesma extenso "wk1") (*.WK1)

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ASCII/ASCII delimitadoArquivos ASCII contem somente caracteres, espaos e quebra de linha, sem cdigos de controle, formatao, etc. ( equivalente opo "somente texto (*.txt)" em MS-Word). Na forma delimitado, cada nmero separado por um caractere (tab, vrgula, etc.), que pode ser especificado, e texto colocado entre aspas ("texto"). equivalente ao formato CSV usado por Excel e diversos outros programas. (arquivos *.TXT; *.CSV)

SYSTATO formato usado pelo pacote estatstico "SYSTAT" (*.SYD; *.SYS)

NT-SYSO formato usado pelo programa de taxonomia numrica "NT-SYS" (*.NTS)

Cornell

MVSP

O formato usado pelo programa MVSP (*.MVS).

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O formato "Cornell" (*.DTA), utilizado pelos programas do pacote Cornell como TWINSPAN e DECORANA.

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Trabalhando com matrizesConvertendo dados crus em matrizEmbora o ponto de partido para anlises fitossociolgicos normalmente seja o arquivo de dados crus (arquivo "FPD"), para realizar anlises mutivariadas ou diversas outras tipos de estudo, necessrio converter os dados para o formato de uma matriz "amostras x espcies". Esta matriz tem as amostras (por ex., parcelas) como linhas e as espcies como colunas, e normalmente registra o nmero de indivduos de cada espcie presentes em cada amostra. Em termos mais gerais, esta matriz tem objetos (Amostras, UTOs, indivduos, etc.) nas linhas e descritores (caracteres, variveis) nas colunas, sendo utilizado em praticamente todas as situaes onde se deseja usar anlise multivariada ou taxonomia numrica. Esta operao est disponvel somente para arquivos com dados de levantamentos com parcelas ou de "agulhas". No caso de levantamentos usando quadrantes, embora seria possvel tratar os pontos de amostragem como amostras, no se recomenda este procedimento pois cada ponto tem um numero baixo e fixo de indivduos, e no pode ser considerado como uma amostra representativa da comunidade Para converter dados crus de um arquivo FPD em matriz, carregue primeiro o arquivo FPD que deseja converter e use o boto "Criamat" ou item "Dados/Criar Matriz" do menu para abrir a tela de criao de matrizes

As principais opes disponveis so:

Quero eliminar espcies raras permite retirar espcies raras enquanto a matriz preparada. prtica comum retirar as espcies raras quando se utiliza anlises multivariadas, pois normalmente contribuem poucas informaes teis e tendem a dificultar a realizao e interpretao da anlise, sendo muito numerosas, especialmente em comunidades com grande diversidade. Ao optar para remoo das espcies raras, o programa abre uma tela que oferece algumas opes de critrios para escolher as espcies que sero descartadas. A eliminao de espcies raras deve ser feito com muito cautela no existem critrios objetivos para decidir o nvel de corte usado, e em casos onde muitas espcies raras ocorrem um uma ou poucas amostras, podem indicar uma mudana em condies ambientais que poderia passar despercebida se todas estas espcies fossem eliminadas. Recomenda-se, portanto, bastante cautela na remoo de espcies raras em muitos casos melhor gerar uma matriz completa e depois testar o efeito de remoo de espcies usando o comando "outros/remover espcies raras" na planilha, em vez de eliminar estas espcies imediatamente. Boto "Filtro" permite estabelecer um filtro de dados antes de gerar a matriz. Com um filtro, possvel gerar matrizes com caractersticas especficas por exemplo eliminando indivduos com dimetros e/ou alturas abaixo ou acima de limites especificados no filtro. Este recurso particularmente til quando se deseja limitar a anlise a um subconjunto dos dados por exemplo, para comparar um levantamento com parcelas onde o limite de incluso de indivduos foi de trs cm de dimetro com outro que utilizou 10 cm, basta retirar todos os indivduos com dimetros abaixo de 10 cm quando se gera a matriz (note que isso no funcionaria com um levantamento do tipo "quadrantes"!).

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tipo de matriz permite escolher entre matrizes de nmero de indivduos, rea basal, volume ou presena/ausncia. Embora nmero de indivduos seja comumente empregado, este parmetro pode dar uma importncia exagerada para espcies que so numerosas mas ocorrem somente como indivduos de pequena porte. Nestas circunstncias, rea basal ou, mais ainda, volume talvez dariam uma aproximao melhor verdadeira importncia das espcies, pelo menos em termos de biomassa. Volume calculado como a soma dos volumes dos indivduos, tratando cada um como um cilindro de dimetro constante. No caso de uma matriz tipo presena/ausncia, o programa coloca o valor "1" em qualquer clula da matriz onde uma espcie ocorre e "0" em clulas onde no ocorre.

Tipos de dados em matrizesFitopac distingue entre 4 tipos de variveis: 1) Binrias 0 ou 1 ( ou sim/no; presente/ausente; etc.) Registram somente presena/ausncia e "dado faltando" 2) Multiestado Variveis que contm valores discretos, geralmente representando um nmero limitado de classes, e que so tratados no Fitopac como no-ordenados. Isto , no existe uma ordem evidente para os diferentes estados um exemplo seria cor de flor. 3) Quantitativas (contnuas) contm medidas continuas como comprimento, peso, temperatura, volume, etc. Dados multiestado ordenados devem ser designados como quantitativas, embora freqentemente no apresentam escalas uniformes. 4) Texto Variveis contendo texto no podem ser usadas para anlises numricas, mas em muitos casos so teis como "etiquetas" suplementares, alm dos nomes dos objetos. Podem armazenar valores como nomes de famlia em arquivos com espcies como objetos, nomes de localidades em matrizes de levantamentos, etc.Os diferentes tipos de varivel podem ser misturados na mesma matriz e sero tratadas em diferentes maneiras, dependendo da anlise sendo feita. Na maioria das anlises numricas, variveis texto so descartadas, mas podem ser usadas para "etiquetar" pontos em grficos e outras funes onde importante identificar observaes individuais (neste caso, interessante designar estas variveis como "marcadores" - veja "Variveis mascaradas e Marcadores"). Embora variveis texto podem ser misturadas com variveis numricas, note que esta mistura impe algumas restries na matriz, a principal sendo que no possvel transpor matrizes com variveis texto. Fitopac trata uma matriz como tendo as variveis ou descritores nas colunas da matriz. As vezes, pode ser interessante transpor a matriz, tratando o que eram os objetos nas linhas como descritores, nas colunas (por exemplo, para fazer anlise de agrupamento das variveis). Isso s permitido se a matriz for inteiramente numrica. Quando variveis texto esto presentes, as colunas resultantes seriam heterogneas, contendo nmeros em algumas linhas e texto em outras. No possvel tratar uma coluna deste tipo como uma varivel e, portanto, no permitido transpor matrizes mistas. Se essencial transpor uma matriz para realizar algum tipo de anlise, necessrio excluir as variveis texto primeiro, usando o boto direito para selecionar variveis individuais na planilha ou o boto "excluir" na tela de edio dos dados do cabealho da matriz (veja "matriz cabealho "), mais conveniente para nmeros maiores de variveis Os diferentes tipos de variveis podem ser convertidos de um para outro, usando a planilha (boto direito ou menu "transformar "), mas este processo tambm tem limitaes. Mais especificamente, informaes so perdidas quando se converte no sentido "quantitativo > multiestado > binrio" e no podem ser recuperadas. De maneira semelhante, variveis binrias podem ser convertidas em variveis quantitativas, mas contero somente dois valores : 0,0 e 1,0.

Os diferentes tipos de varivel so destacadas na planilha pela cor do texto, sendo que variveis quantitativas tem o texto em preto e os outros tipos em outras cores.

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Variveis mascaradas e MarcadoresEm muitos casos, uma matriz pode conter variveis que so cdigos que definem o tipo de objeto em cada linha, ou alguma varivel que no queremos por outros motivos incluir dentro de uma dada anlise. Estas variveis podem ser mascaradas indicando para o programa que estas variveis no devem ser usadas, transformadas, etc., sem exclu-las da matriz. Este recurso particularmente til quando se deseja analisar um subconjunto das variveis de uma matriz, sem a necessidade de gerar uma outra cpia da matriz contendo somente as variveis selecionadas. Variveis podem ser mascaradas utilizando o boto direito na planilha ou o boto "mascarar" na tela de "cabealho da matriz" (mais conveniente quando se deseja mascarar um nmero maior de variveis).

Mudana importante na verso 1.6 ! Usurios de verses anteriores de Fitopac devem notar que a atual verso trata variveis mascaradas diferentemente quando a matriz gravada. Na atual verso, variveis mascaradas so mantidas dentro da matriz e marcados como mascaradas no arquivo, permanecendo presentes e mascaradas na prxima leitura do arquivo. Nas verses anteriores, estas variveis foram descartadas quando a matriz foi gravada. Variveis marcadores tem uma funo semelhante, mas recebem um tratamento diferenciado. So variveis usadas para marcar objetos na matriz, e que so tratadas como sendo permanentemente ligadas com estes objetos, sendo copiadas para matrizes de resultados tambm. Este comportamento muito til em casos onde tem vaiveis auxiliares que se quer projetar sobre os resultados de ordenaes e outras anlises se so designadas variveis marcadores, sero transportadas para as matrizes de resultados e podem ser utilizados para colorir grficos ou separar diferentes classes de objeto. Um exemplo seria uma varivel indicando sexo numa matriz de medidas morfolgicas, onde se quer fazer uma anlise de Componentes Principais somente com os dados quantitativos mas quer depois "marcar" os indivduos como masculina ou feminina na anlise dos resultados. Neste caso, a varivel binrio mascarada e designada uma varivel marcadora - assim no ser includa na anlise mas estar disponvel nas tabelas de resultados para permitir levar a anlise em diante. Note que as propriedades "mascarada" e "marcadora" so independentes, e podem ser aplicadas em qualquer combinao, mas a situao mais comum seria aquela onde a varivel marcadora e mascarada. O comportamento das variveis resumido na seguinte tabela:

mascarada no

no

sim

no

no sim

sim sim

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Pr rs eli o m in arMARCADORA ANLISE (EX. PCA)includa na anlise no includa na anlise includa na anlise no includa na anlise

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tabelas de resultados no ser transportada para as matrizes de resultados no ser transportada para as matrizes de resultados ser transportada para matrizes de resultados ser transportada para matrizes de resultados

Importando e exportando matrizesFitopac pode importar e exportar matrizes em diversos formatos e pode ser usado para "traduzir" os arquivos de um pacote para outro. importante notar, porm, que existem severas limitaes no tipo e formatao de matriz que pode ser importado - em geral, Fitopac s consegue ler/gravar matrizes simples onde a primeira linha contem os nomes das variveis (colunas) e a primeira coluna contm identificadores dos objetos (amostras, UTOs) e o resto da matriz contm somente dados. Matrizes com formatao mais elaborada, com diversas linhas de cabealho ou com subtabelas, grficos, etc. no sero interpretadas corretamente e devem ser simplificadas antes de tentar import-las. De qualquer modo, recomenda-se que a matriz importada seja inspecionada com muito cuidado para verificar se no ocorreu algum tipo de erro durante a "traduo". Embora o programa tenta detectar diversos tipos de erro (por exemplo, nomes duplicados), praticamente impossvel prever todas as possveis combinaes de dados e formataes que podem ser empregadas e que podem gerar problemas na importao. Os principais tipos de arquivo que podem ser lidos ou convertidos em matrizes Fitopac so :

FPM - Fitopac Matriz - arquivo padro FPM do Fitopac, o formato preferido para todas as operaes com matrizes. FPC - Fitopac Coefs - Arquivos FPC contm coeficientes de semelhana ou distncias, armazenando somente uma metade de uma matriz quadrada e simtrica. A planilha Fitopac pode ser usado quando se quer entrar com uma matriz de coeficientes de similaridade ou distncia que no foram calculados pelos programas de Fitopac (por exemplo, tirados de um livro ou publicao). necessrio entrar somente a metade da matriz ( esquerda, em baixo do diagonal), e ser exportada em formato correto para uso com CLUSTER e ORD no Fitopac (*.FPC). Quando se quer transformar uma matriz de coeficientes numa matriz quadrada, simtrica, use a opo "Exportar" da tela de modificao de matrizes de coeficients (veja "Modificando e manipulando arquivos de coeficientes " para mais detalhes). ASCII e ASCII - delimitado Excel Lotus 123 SYSTAT NT-SYS

PC-Ord Cornell MVSP

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Usando a planilhaA planilha permite examinar os dados, modificar os valores, transformar os dados e diversas outras operaes que podem ser teis para manipular matrizes. A planilha de FitopacShell simples, mas permite uma srie de modificaes teis, incluindo modificaes dos dados, transformar ou eliminar ou mascarar linhas ou colunas individuais, ordenar as linhas e colunas, entre outras. Para ver as funes dos diferentes botes, clique na parte correspondente da figura:

Gravar grava a matriz atual, com diversas opes de formato indicadas no menu "pop-up" que aparece Visualizar- imprime a matriz no arquivo de resultados e abre uma tela mostrando os resultados.... Transpor usado para transpor as linhas e colunas da matriz. Esta opo est disponvel somente para matrizes inteiramente numricas (i.e. no podem ter variveis tipo "texto") Transformar permite transformar a matriz inteira ou somente variveis selecionadas. Abre uma janela de Opes de Transformao. Se quiser transformar somente uma ou duas variveis, pode ser vantajosa utilizar a opo de "transformar" no menu "pop-up" obtido quando se clica no boto direito com o mouse. Cabealho- permite alterar os dados de cabealho da matriz (ttulo, responsvel, etc.) e permite editar os nomes das colunas e linhas da matriz. Abre a janela Modificar Cabealho Juntar - permite combinar dados de duas matrizes em diferentes maneiras. Abre a janela de fuso de matrizes Outros fornece uma srie de outras funes para manipular dados e matrizes , disponveis a partir de um menu "pop-up" Sair volta ao programa principal. Note que eventuais mudanas feitas na matriz NO SO GRAVADOS automaticamente se quiser manter as mudanas permanentemente, necessrio gravar a nova verso da matriz - ou com o mesmo nome (vai sobrescrever a matriz original), ou com outro nome, caso queira preservar a verso original. Em casos onde quer manter as modificaes somente para uso imediato em alguma anlise, no necessrio gravar, mas a prxima vez que a matriz carregada, vai voltar ao seu estado original. Quando o programa detecta alguma mudana na matriz, o boto de gravao fica destacado e ao sair da planilha sem gravar, perguntar se voc no quer gravar a matriz modificada.

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Destacando variveis e valores- a planilha mostra os variveis mascaradas ou designadas como "marcadores" com uma cor de fundo diferente do resto da planilha. Variveis (colunas) ou objetos (linhas) mascaradas ficam com fundo "ciano", variveis marcadores, mas no mascaradas em verde, e variveis marcadores e mascaradas em azul plido. Opcionalmente, pode destacar clulas com valores negativos, com valores iguais a zero e com dados faltando, clicando na caixinha apropriada no painel "destacar". Esta opo til para localizar valores inesperados em matrizes grandes que poderiam causar problemas com transformaes, mas normalmente deve ser desligada para no deixar a planilha visualmente confusa e "poluda" . As cores usadas so mostradas abaixo:

Editando nomes- normalmente a planilha mantm os nomes das colunas e linhas separadas e estes no podem ser modificados. Em casos onde se quer modificar algum nome, esta opo desliga a proteo dos nomes e religa quando clica de novo. Espelhar - Esta opo fornecida para casos onde se quer criar uma matriz quadrada e simtrica depois de importar um arquivo de coeficientes de similaridade ou distncia. Este normalmente importado como uma matriz triangular, com somente a parte inferior preenchida. Para completar o tringulo superior da matriz, use esta opo. Se voc utiliza esta opo com uma matriz retangular, no simtrica, a parte da matriz acima do diagonal ser destruda e substituda pela parte abaixo do diagonal. Menu "pop-up"- ao clicar o boto direito do mouse, aparece um menu do tipo "pop-up" que traz uma serie de opes relacionados com a coluna ou linha ativa (onde est a clula ativa, com texto marcado com outra cor). Este recurso permite fazer diversas modificaes rapidamente quando envolvem somente uma coluna ou linha da matriz. Este menu est dividido numa seo "colunas" e outra de "linhas", mas ambas tem exatamente as mesmas funes, que so:

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Mascarar - mascarar a linha atual da matriz. Neste caso, a linha mascarada, mas no eliminada da matriz. Pode ser desmascarada mais tarde. Linhas mascaradas tem um fundo de outra cor e no podem ser modificadas.

Desmascarar vai desmascarar todas as colunas atualmente mascaradas.

Transformar - transformar a linha atual, utilizando diversos tipos de transformao. Acrescentar - acrescentar uma nova linha no final da matriz Transformar - aplicar uma transformao coluna/linha

Inserir - insere uma coluna/linha antes da coluna/linha atual

Acrescentar acrescenta uma nova linha/coluna no final da matriz Ordenar - ordenar as linhas da matriz pela coluna atual ou ordenar as colunas da matriz pela linha atual. O programa pede uma chave secundria que usada para ordenar quando os valores da chave primria (atual coluna ou linha) so iguais. Copiar copia uma linha coluna para outra. Permutar permuta os valores dentro da prpria varivel. til em diversos testes estatsticos. Substituir substitui um valor por outro, escolhido. Casos especiais so a substituio de valores faltando pela mdia da varivel ou por zero.

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Eliminar - Elimina uma ou mais linhas da matriz

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Var.(ivel) Marcador designa uma varivel como varivel marcador que ser mantida junto com os dados originais em analises multivariadas, etc. para servir de marcador ou "etiqueta" em grficos, tabelas, etc.(veja "variveis mascaradas e marcadores" para maiores explicaes)

Formato de coluna ajustar detalhes da formatao da coluna (largura, etc.) Converter converte uma varivel (coluna) de um tipo para outro. Note que algumas converses no so possveis texto em quantitativa, etc., Usar para nome de linha transfere a coluna para a lista de nomes dos objetos (linhas). til quando se importa um arquivo com nomes numricos, onde Fitopac geralmente vai interpretar os nomes como dados. Verificar se h nomes de coluna/linha duplicados- percorre os nomes das variveis ou objetos, procurando nomes que esto duplicados. Embora Fitopac no probe nomes assim, na prtica a duplicao de nomes leva a dificuldades na identificao de objetos nas tabelas e pode causar problemas srios na fuso de matrizes. Abre uma tela de correo de nomes se encontra alguma duplicao. Preencher - permite preencher uma coluna com diversos tipos de valores. til quando se precisa acrescentar uma coluna ou linha que contem uma seqncia de nmeros que pode ser usada para identificar a seqncia original das amostras quando se produz grficos ou para reordenar a matriz ou para limpar uma coluna/linha inteira, antes de entrar com novos valores. O preenchimento feito a partir da posio do cursor isto , desde a clula escolhida at o final da coluna, permitindo preencher somente uma parte ou de diferentes partes de uma coluna em diferentes maneiras. As oito subopes so:

Dado Faltando - simplesmente preenche a coluna/linha com o valor "dado faltando". til quando precisa entrar dados muito incompletos, sem ter que digitar "dado faltando" para todas as clulas que no tem dados. Constante preenche a coluna/linha com um valor constante escolhido. 1 preenche com valores de "1" (um) 0 com valores = 0 (zero) Seqncia simples - preenche a coluna/linha com uma seqncia de nmeros de 1 a "n". Outra Seqncia - preenche a coluna/linha com uma seqncia de nmeros onde o valor inicial e o tamanho de incremento pode ser alterados. O valor preestabelecido 1 para ambos, dando uma seqncia de 1,2,3,4,5,....., mas se escolher outros valores, pode produzir outras seqncias - por ex. inicial = 0 e incremento = 5 d a seqncia 0,5,10,15,.....

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Aleatrio - preenche a coluna/linha com nmeros aleatrios. til quando se quer randomizar a ordem das linhas/colunas da matriz (acrescenta uma coluna/linha, preenche com nmeros aleatrios e ordena por aquela coluna/linha) ou simplesmente quando precisa de uma varivel ou linha com nmeros aleatrios para testes estatsticos. Em variveis quantitativas pode optar por nmeros aleatrios gaussianos (distribuio normal, com mdia de desvio padro a escolher) ou uniformes, onde a probabilidade de obter qualquer nmero entre 0 e 1,0 igual para todos. No caso de variveis binrios, a proporo de 1:0 pode ser escolhida para dar variveis com caractersticas diferenciadas, mas no h diferena entre gaussiano e uniforme.

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matriz arquivosMatriz - Arquivos O item "Arquivos" no menu principal da janela Matriz oferece diversas alternativas :Salvar - grava a matriz atual como um arquivo padro do Fitopac (*.FPM). Mantm o mesmo nome de arquivo (se o original foi um arquivo FPM) e voc pode escolher se vai sobrescrever o arquivo original ou utilizar um outro nome para criar um arquivo novo. salvar Como - permite exportar a matriz para outros formatos, usados por outros programas como NTSYS, SYSTAT, etc. Ao escolher este comando, abre-se uma pequena janela que permite escolher o formato de arquivo que deseja gravar :

Fitopac - Matriz (*.FPM) Fitopac - Coefs (*.FPC).

ASCII e ASCII delimitado (*.TXT, *.CSV) Excel (*.XLS)

Lotus 123 (*.WK1) SYSTAT (*.SYD; *.SYS) NT-SYS (*.NTS) PC-Ord (*.WK1) Cornell (*.DTA) MVSP (*.MVS).

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Imprimir - imprime a matriz diretamente na impressora. Visualizar impresso - abre uma janela que permite visualizar e, se quiser, imprimir o contedo de um arquivo de resultados. Tambm permite gravar este arquivo em formato "rtf" que pode ser lido diretamente por MS-Word e outros processadores de texto.

matriz cabealhoEsta opo permite alterar os dados de cabealho de arquivos Fitopac (*.FPM). Estes incluem o ttulo, pessoa responsvel e os nomes usados para descrever as linhas e colunas da matriz - por exemplo "parcelas" e "espcies". Note que estes mudanas valem somente para arquivos Fitopac, embora alguns outros formatos tem pelo menos um ttulo (SYSTAT, NT-SYS). Embora estas informaes no sejam essenciais, so includas na sada impressa e ajudam a lembrar o que cada matriz representa, especialmente em casos onde tem muitas matrizes representando diferentes levantamentos ou conjuntos de dados.

Note que os nmeros de colunas ou linhas no podem ser alterados nesta opo.

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eliminando linhas ou colunasPara escolher linhas ou colunas de uma matriz que sero eliminadas ou mascaradas, utiliza-se uma tela com duas listas, a da esquerda contendo os itens no eliminadas/mascaradas, e a do direito contendo os itens eliminados/mascarados.

Quando a lista de itens a serem eliminados/mascarados est completa, o boto "OK" deve ser usado para continuar.

matriz transformarA opo "Transformar" na janela Matriz aplica uma transformao a qualquer conjunto de colunas ou linhas da matriz. Diversas transformaes esto disponveis e so as mesmas descritas no "Manual de Usurio" do Fitopac, no programa MATRIZ. Ao selecionar este comando, abre-se uma janela, que permite escolher se a transformao ser aplicada por linha ou por coluna da matriz. Para algumas transformaes (por ex. Logaritmo, Raiz Quadrado, etc.), no importa se aplicada por linha ou coluna, mas para outras (por exemplo estandardizao, "ranging", centragem), faz uma grande diferena. Os nomes das colunas ou linhas no aparecem at voc escolher qual dos dois conjuntos voc quer transformar.

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Os botes marcados ">" ou ">" ou "