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Computacional de BiomoléculasRenato Massaharu Hassunuma

Guia de Comandos em Software de Simulação

Renato Massaharu HassunumaProfessor Titular da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

Bauru 2017

Computacional de Biomoléculas


Renato Massaharu HassunumaProfessor Titular da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

Bauru 2017

Computacional de Biomoléculas


© Renato Massaharu Hassunuma.

Conselho Editorial:PROFA. MA. ELIANE PASSARELLI VIEIRA

Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

PROFA. DRA. MICHELE JANEGITZ ACORCI VALÉRIO


PROFA. DRA. PATRÍCIA CARVALHO GARCIA


PROFA. MA. PATRÍCIA KUBO FONTES


Capa:Figura desenvolvida a partir do arquivo 2LYZ.pdb referente à enzima lisozima da galinha (Gallus gallus)determinada por técnica de difração de raios-X em resolução de 2,0Å. Duas cópias da molécula são exibidaspor meio de scritps desenvolvidos no software RasMol, sendo a inferior à esquerda no Modo Cartoons e ColourGroup e a superior à direita no Modo Ball & Stick e Colour Group.

Design: Renato Massaharu Hassunuma

CIP – Brasil. Catalogação na Publicação

H355gGuia de comandos em software de

simulação computacional de biomoléculas. /Renato Massaharu Hassunuma. – Bauru,2017.

Inclui bibliografia52 f. : il. color.ISBN:1. Bioquímica. 2. Bioinformática. 3.

RasMol. I. Hassunuma, Renato Massaharu.

CDU: 577.112

© Renato Massaharu Hassunuma.

Conselho Editorial:PROFA. MA. ELIANE PASSARELLI VIEIRA


PROFA. DRA. MICHELE JANEGITZ ACORCI VALÉRIO


PROFA. DRA. PATRÍCIA CARVALHO GARCIA


PROFA. MA. PATRÍCIA KUBO FONTES


Capa:Figura desenvolvida a partir do arquivo 2LYZ.pdb referente à enzima lisozima da galinha (Gallus gallus)determinada por técnica de difração de raios-X em resolução de 2,0Å. Duas cópias da molécula são exibidaspor meio de scritps desenvolvidos no software RasMol, sendo a inferior à esquerda no Modo Cartoons e ColourGroup e a superior à direita no Modo Ball & Stick e Colour Group.

Design: Renato Massaharu Hassunuma

CIP – Brasil. Catalogação na Publicação

H355gGuia de comandos em software de

simulação computacional de biomoléculas. /Renato Massaharu Hassunuma. – Bauru,2017.

Inclui bibliografia52 f. : il. color.ISBN:1. Bioquímica. 2. Bioinformática. 3.

RasMol. I. Hassunuma, Renato Massaharu.

CDU: 577.112

Copyright© Canal6, 2017

Hassunuma, Renato Massaharu.Guia de comandos em software de simulação computacional

de biomoléculas / Renato Massaharu Hassunuma. - - Bauru, SP: Canal 6, 2017.

52 p. ; Il.

Inclui bibliografiaISBN 978-85-7917-420-9 1. Bio-química. 2. Bioinformática. 3. RasMol. I. Hassunuma,

Renato Massaharu. II. Título.

CDU: 577.112

H355g

Rua Machado de Assis, 10-35

Vl. América | CEP 17014-038 | Bauru, SP

Fone/fax (14) 3313-7968 | www.canal6.com.br

Agradecimentos

Meus agradecimentosA todos alunos da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

que participaram dos Cursos de Programação no RasMol.

Meus agradecimentos especiaisAo Prof. Aziz Kalaf Filho,

Diretor da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru, e à Profa. Dra. Sandra Heloísa Nunes Whitaker Penteado,

Coordenadora Geral do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista – UNIP pelo apoio nas várias edições do Curso de Programação no RasMol,

promovido pelo Curso de Biomedicina na Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru.

Ao Prof. Dr. Aguinaldo Robinson de Souza e à Profa. Dra. Paula Martins da Silva, sem os quais este livro jamais poderia existir.

À Profa. Ma. Eliane Passarelli Vieira, Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Dra. Michele Janegitz Acorci Valério, Professora Titular do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Ma. Patricia Kubo Fontes, Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru,

pelas suas importantes contribuições neste livro.

Meu agradecimento mais que especialMais uma vez e sempre, à Profa. Dra. Patrícia Carvalho Garcia,

Coordenadora do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru,pelo apoio no desenvolvimento do Curso de Programação no RasMol, por suas

contribuições no livro e principalmente por sua amizade.

Grato a todos que diretamente ou indiretamente colaboraram com este livro, Prof. Dr. Renato Massaharu Hassunuma

Agradecimentos

Meus agradecimentosA todos alunos da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

que participaram dos Cursos de Programação no RasMol.

Meus agradecimentos especiaisAo Prof. Aziz Kalaf Filho,

Diretor da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru, e à Profa. Dra. Sandra Heloísa Nunes Whitaker Penteado,

Coordenadora Geral do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista – UNIP pelo apoio nas várias edições do Curso de Programação no RasMol,

promovido pelo Curso de Biomedicina na Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru.

Ao Prof. Dr. Aguinaldo Robinson de Souza e à Profa. Dra. Paula Martins da Silva, sem os quais este livro jamais poderia existir.

À Profa. Ma. Eliane Passarelli Vieira, Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Dra. Michele Janegitz Acorci Valério, Professora Titular do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Ma. Patricia Kubo Fontes, Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru,

pelas suas importantes contribuições neste livro.

Meu agradecimento mais que especialMais uma vez e sempre, à Profa. Dra. Patrícia Carvalho Garcia,

Coordenadora do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru,pelo apoio no desenvolvimento do Curso de Programação no RasMol, por suas

contribuições no livro e principalmente por sua amizade.

Grato a todos que diretamente ou indiretamente colaboraram com este livro, Prof. Dr. Renato Massaharu Hassunuma

Apresentação

Este livro é resultado das atividades desenvolvidas nas várias edições do Curso deProgramação no RasMol, promovido pelo Curso de Biomedicina da Universidade Paulista– UNIP, campus Bauru. Esta obra teve como objetivo fornecer um material para consultarápida para alunos e profissionais da área de bioinformática.

Tendo em vista a escassez de publicações em português na área, especialmente voltados àutilização de softwares como o RasMol, esta obra vem preencher esta lacuna e oferecer,de maneira objetiva e sucinta, uma introdução aos interessados no estudo bioquímicoestrutural de moléculas de interesse biológico.

Espero que este livro possa contribuir na formação de novos profissionais e, também,possa enriquecer e aperfeiçoar o conhecimento daqueles que já atuam na área.

Prof. Dr. Renato Massaharu Hassunuma

1 Arquivo Protein Data Bank 7

2 Software RasMol 10

3 Funções do RasMol usando o mouse e teclas de direção 11

4 Menu File 13

5 Menu Edit 15

6 Menu Display 16

7 Menu Colours 26

8 Menu Options 29

9 Menu Settings 32

10 Menu Export 38

11 Modificando a exibição da estrutura 39

12 Comando Select 43

13 Obtendo mais informações 47

14 Salvando scripts 50

Referências 51

Sumário

1 Arquivo Protein Data Bank 7

2 Software RasMol 10

3 Funções do RasMol usando o mouse e teclas de direção 11

4 Menu File 13

5 Menu Edit 15

6 Menu Display 16

7 Menu Colours 26

8 Menu Options 29

9 Menu Settings 32

10 Menu Export 38

11 Modificando a exibição da estrutura 39

12 Comando Select 43

13 Obtendo mais informações 47

14 Salvando scripts 50

Referências 51

Sumário

1 Arquivo Protein Data BankOs arquivos que fornecem as informações básicas para exibição e manipulação de

imagens das estruturas moleculares visualizadas no RasMol podem ser obtidas no siteProtein Data Bank (http://www.pdb.org/pdb/home /home.do). As informações contidas nosarquivos obtidos a partir do Protein Data Bank provêm de pesquisas que utilizamtécnicas de difração de raios X, ressonância magnética nuclear, entre outras.

Os primeiros seis caracteres dos arquivos com extensão “.pdb” referem-se aabreviaturas de cabeçalhos das seções que apresentam diferentes informações a cerca deuma estrutura. Para maiores informações sugerimos consultar o Protein Data BankContents Guide: Atomic Coordinate Entry Format Description Version 3.30. (Disponívelem: <ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/doc/format_descriptions/Format_v33_A4.pdf>).

Quadro 1 – Cabeçalhos das seções dos arquivos PDB

Abreviatura Descrição

ANISOU Fatores de temperatura anisotrópico

ATOM Coordenadas atômicas e outras informações (ver Quadro 2)

AUTHOR Lista de autores responsáveis pelo conteúdo do arquivo PDB

CAVEAT Indicador de erros e problemas não resolvidos do arquivo

CISPEP Identificação de resíduos/peptídeos em conformação cis

COMPND Descrição do conteúdo referente à macromolécula apresentada

CONECT Informações referentes às interações entre os átomos

CRYST1Parâmetros da célula unitária, grupo espacial e valor z (número de cadeias poliméricas em cada célula unitária)

DBREFLinks de referência cruzada entre as sequências PDB e uma sequência de banco de dados correspondente sobre o conteúdo do arquivo PDB

END Registro do final do conteúdo do arquivo PDB

ENDMDLRegistro do final das coordenadas cartesianas para os átomos de um determinado modelo

EXPDTA Técnica experimental usada para determinação da estrutura

FORMUL Fórmula química de um grupo não-padrão no conteúdo do arquivo PDB

HEARDERClassificação da molécula, a data que foi depositada no site PDB e o código de identificação

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HELIX Identificação das alfa-hélices

HET Identificação de grupos heterogêneos não-padrão

HETATM Coordenadas atômicas e outras informações referentes aos heteroátomos

JRNLCitação da literatura primária que descreve o experimento que resultou no conteúdo do arquivo PDB

KEYWDS Lista de palavras-chave referentes à macromolécula

LINKEspecificações referentes às interações entre os resíduos que não são relacionados à estrutura primária

MASTER Número de linhas de coordenadas ou de arquivos para os tipos de registros selecionados

MODELNúmero de série de cada modelo quando vários modelos de uma mesma estrutura são apresentados em uma única entrada

MDLTYP Anotação adicional pertinente para as coordenadas apresentadas

NUMMDL Número total de modelos apresentados

OBSLTEEntrada que foi removida e indica, se houver, as entradas que substituíram o arquivo PDB obsoleto

ORIGXn Transformação das coordenadas ortogonais à coordenadas submetidas (n = 1, 2 ou 3)

REMARKDetalhes experimentais, anotações, comentários e informações não inclusas em outros cabeçalhos

REVDATHistórico de modificações (com data de revisão e informações relacionadas) feitas a partir da deposição do arquivo da estrutura no site PDB

SCALEnTransformação das coordenadas ortogonais como contido na entrada de coordenadas cristalográficas fracionadas (n = 1, 2 ou 3)

SEQRES Sequência primária dos resíduos da cadeia principal

SHEET Identificação da posição das folhas beta

SOURCE Fonte biológica e/ou química da estrutura

SPLIT Entradas que são necessárias para reconstituir um complexo molecular maior

SPRSDELista dos códigos de identificação de entradas que ficam obsoletas devido à entrada atual

SSBOND Identificação das ligações dissulfeto

TITLETítulo e descrição do experimento realizado para obtenção das informações referentes ao arquivo PDB

Fonte: Adaptado de BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em:<http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

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HELIX Identificação das alfa-hélices

HET Identificação de grupos heterogêneos não-padrão

HETATM Coordenadas atômicas e outras informações referentes aos heteroátomos

JRNLCitação da literatura primária que descreve o experimento que resultou no conteúdo do arquivo PDB

KEYWDS Lista de palavras-chave referentes à macromolécula

LINKEspecificações referentes às interações entre os resíduos que não são relacionados à estrutura primária

MASTER Número de linhas de coordenadas ou de arquivos para os tipos de registros selecionados

MODELNúmero de série de cada modelo quando vários modelos de uma mesma estrutura são apresentados em uma única entrada

MDLTYP Anotação adicional pertinente para as coordenadas apresentadas

NUMMDL Número total de modelos apresentados

OBSLTEEntrada que foi removida e indica, se houver, as entradas que substituíram o arquivo PDB obsoleto

ORIGXn Transformação das coordenadas ortogonais à coordenadas submetidas (n = 1, 2 ou 3)

REMARKDetalhes experimentais, anotações, comentários e informações não inclusas em outros cabeçalhos

REVDATHistórico de modificações (com data de revisão e informações relacionadas) feitas a partir da deposição do arquivo da estrutura no site PDB

SCALEnTransformação das coordenadas ortogonais como contido na entrada de coordenadas cristalográficas fracionadas (n = 1, 2 ou 3)

SEQRES Sequência primária dos resíduos da cadeia principal

SHEET Identificação da posição das folhas beta

SOURCE Fonte biológica e/ou química da estrutura

SPLIT Entradas que são necessárias para reconstituir um complexo molecular maior

SPRSDELista dos códigos de identificação de entradas que ficam obsoletas devido à entrada atual

SSBOND Identificação das ligações dissulfeto

TITLETítulo e descrição do experimento realizado para obtenção das informações referentes ao arquivo PDB


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Em relação à coordenadas atômicas da seção ATOM, as informações apresentadasem cada linha seguem o exemplo apresentado no Quadro 2:

Quadro 2 – Informações presentes na seção ATOM


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2 Software RasMolO RasMol é um software que permite explorar a estrutura e ação de biomoléculas

em simulações computacionais. Este programa foi originalmente desenvolvido por RogerA. Sayle da Glaxo Corporation e da Universidade de Edinburgh, Escócia. Sayle começou adesenvolver este programa como parte de seu trabalho de graduação em Ciências daComputação no início dos anos 90 e continua expandindo com o suporte da Glaxo(PEMBROKE, 2000; RHODES, 2011).

O nome deste programa vem da expressão “Raster display of molecules”. Raster é umtipo de exibição especialmente útil para demonstração de superfícies sólidas e pode nãoser coincidência que as letras Ras também sejam as iniciais do criador do RasMol(RHODES, 2011).

Historicamente, antes do RasMol, os softwares disponíveis eram executados apenasem estações de trabalho, que devido ao seu custo, eram inacessíveis para estudantes emuitos pesquisadores. A criação do RasMol possibilitou a utilização de computadorescom uma configuração bastante modesta para a época, tornando-se uma importanteferramenta para pesquisa e ensino (UENO; ASAI, 1997).

O software de instalação do RasMol pode ser obtido gratuitamente no link:http://openrasmol.org/. Após a instalação do programa, observa-se a sua operação pormeio de duas janelas: RasMol Version 2.7.5.2 (Área de trabalho) e RasMol Command Line(Figura 1).

Figura 1 – Janelas RasMol Version 2.7.5.2 (esquerda) e RasMol Command Line (direita)

Fonte: RasMol 2.7.5.2.

Os comandos utilizados no RasMol podem ser digitados na Janela RasMolCommand Line, onde também aparecem mensagens e avisos importantes que orientam ousuário. Quando o software está pronto para receber um comando, o prompt “RasMol>”aparece na última linha desta janela. A Janela RasMol Command Line se encontraminimizada ao abrir o programa e pode ser acessada a partir do ícone do RasMol, que seencontra na Barra de Tarefas.

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2 Software RasMolO RasMol é um software que permite explorar a estrutura e ação de biomoléculas

em simulações computacionais. Este programa foi originalmente desenvolvido por RogerA. Sayle da Glaxo Corporation e da Universidade de Edinburgh, Escócia. Sayle começou adesenvolver este programa como parte de seu trabalho de graduação em Ciências daComputação no início dos anos 90 e continua expandindo com o suporte da Glaxo(PEMBROKE, 2000; RHODES, 2011).

O nome deste programa vem da expressão “Raster display of molecules”. Raster é umtipo de exibição especialmente útil para demonstração de superfícies sólidas e pode nãoser coincidência que as letras Ras também sejam as iniciais do criador do RasMol(RHODES, 2011).

Historicamente, antes do RasMol, os softwares disponíveis eram executados apenasem estações de trabalho, que devido ao seu custo, eram inacessíveis para estudantes emuitos pesquisadores. A criação do RasMol possibilitou a utilização de computadorescom uma configuração bastante modesta para a época, tornando-se uma importanteferramenta para pesquisa e ensino (UENO; ASAI, 1997).

O software de instalação do RasMol pode ser obtido gratuitamente no link:http://openrasmol.org/. Após a instalação do programa, observa-se a sua operação pormeio de duas janelas: RasMol Version 2.7.5.2 (Área de trabalho) e RasMol Command Line(Figura 1).

Figura 1 – Janelas RasMol Version 2.7.5.2 (esquerda) e RasMol Command Line (direita)

Fonte: RasMol 2.7.5.2.

Os comandos utilizados no RasMol podem ser digitados na Janela RasMolCommand Line, onde também aparecem mensagens e avisos importantes que orientam ousuário. Quando o software está pronto para receber um comando, o prompt “RasMol>”aparece na última linha desta janela. A Janela RasMol Command Line se encontraminimizada ao abrir o programa e pode ser acessada a partir do ícone do RasMol, que seencontra na Barra de Tarefas.

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3 Funções do RasMol usando o mouse e teclas de direção

A descrição das principais funções do RasMol que utilizam os comandos do mouseou teclas de direção está apresentada a seguir:

AvançarApós utilizar o Comando Voltar, pode-se refazer as ações utilizando-se o botão seta

para baixo do teclado.

ResetPermite retomar a orientação original da molécula, cancelando as alterações feitas a

partir dos comandos Rotate, Translate e Zoom.

RotatePermite que a molécula seja girada na área de trabalho do RasMol. O parâmetro do

eixo (x, y ou z) especifica ao longo de qual eixo a molécula será girada e os valores aserem utilizados devem variar de -360 a 360, os quais correspondem ao ângulo demovimento da molécula em torno de seu eixo. Um valor positivo no eixo x gira a moléculapara baixo e um valor positivo no eixo y gira a molécula para direita.

SlabPermite que a molécula seja observada em diferentes planos de profundidade no

eixo z. O programa exibe apenas a parte da molécula que está além do plano Slab. Valoresintegrais variam de 0 (em que o plano Slab está atrás da molécula) a 100 (em que o planoSlab está em frente da molécula). Valores intermediários determinam a porcentagem demolécula a ser exibida.

TranslatePermite deslocar a molécula na Área de Trabalho do RasMol. O parâmetro do eixo

(x, y ou z) especifica ao longo de qual eixo a molécula será movida e os valores a seremutilizados devem variar de -100 a 100, os quais correspondem à porcentagem da moléculaque será excluída da janela. Um valor positivo no eixo x movimenta a molécula para adireita e um valor positivo no eixo y movimenta a molécula para baixo. Os comandosTranslate x 0 e Translate y 0 centralizam a molécula no centro da janela.

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VoltarPermite repetir comandos utilizados anteriormente, os quais podem ser acessados

utilizando-se o botão seta para cima do teclado.

ZoomPermite alterar a magnificação da molécula apresentada. O valor mínimo a ser

utilizado neste comando é 10 e o valor máximo depende do tamanho da molécula a seranalisada.

Os comandos usados na Janela RasMol Command Line das principais funções do RasMol que utilizam o mouse estão apresentados no Quadro 3.

Quadro 3 – Comandos correspondentes às principais funções do RasMol que utilizam o mouse


Função Uso do Mouse Comando na Janela RasMol Comand Line

Reset - RasMol > reset <enter>

Rotate x, y Botão esquerdo RasMol > rotate <eixo x ou y> {-} <valor> <enter>

Rotate zShift + Botão direito

RasMol > rotate <eixo z> {-} <valor> <enter>

SlabCtrl + Botão esquerdo

Rasmol > slab <valor> <enter>

Translate x, yBotãodireito

RasMol > translate <eixo x, y ou z> {-} <valor> <enter>

ZoomShift +Botão esquerdo

RasMol > zoom <valor> <enter>

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VoltarPermite repetir comandos utilizados anteriormente, os quais podem ser acessados

utilizando-se o botão seta para cima do teclado.

ZoomPermite alterar a magnificação da molécula apresentada. O valor mínimo a ser

utilizado neste comando é 10 e o valor máximo depende do tamanho da molécula a seranalisada.

Os comandos usados na Janela RasMol Command Line das principais funções do RasMol que utilizam o mouse estão apresentados no Quadro 3.

Quadro 3 – Comandos correspondentes às principais funções do RasMol que utilizam o mouse



Reset - RasMol > reset <enter>

Rotate x, y Botão esquerdo RasMol > rotate <eixo x ou y> {-} <valor> <enter>

Rotate zShift + Botão direito

RasMol > rotate <eixo z> {-} <valor> <enter>

SlabCtrl + Botão esquerdo

Rasmol > slab <valor> <enter>

Translate x, yBotãodireito

RasMol > translate <eixo x, y ou z> {-} <valor> <enter>

ZoomShift +Botão esquerdo

RasMol > zoom <valor> <enter>

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4 Menu File

No Menu File, encontram-se vários comandos que estão descritos a seguir:

OpenAbre arquivos em diferentes formatos.

InformationPermite o acesso à janela Molecule Information, que apresenta dados relacionados

ao nome, classificação, código, número de cadeias, número de grupamentos, número deátomos e o número de ligações.

CloseFecha o arquivo aberto.

PrintImprime o arquivo aberto.

Print SetupConfigura a impressão do arquivo aberto.

ExitFecha o programa.

O RasMol permite que dois arquivos possam ser abertos simultaneamente. No MenuFile, encontram-se relacionados o nome dos arquivos abertos, sendo que o arquivo a sermanipulado é marcado pelo símbolo “✓”.

Alguns comandos presentes no Menu File, que podem ser usados na Janela RasMol Command Line, estão apresentados no Quadro 4.

13

Quadro 4 – Comandos do Menu File que podem ser usados na Janela RasMol CommandLine



Close RasMol > zap <enter> Close

ExitRasMol > quit <enter> RasMol > exit <enter>

Exit

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Quadro 4 – Comandos do Menu File que podem ser usados na Janela RasMol CommandLine



Close RasMol > zap <enter> Close

ExitRasMol > quit <enter> RasMol > exit <enter>

Exit

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5 Menu EditNo Menu Edit, encontram-se vários comandos que estão descritos a seguir:

Select allSeleciona toda a figura exibida.

CutRecorta a seleção e coloca-a na área de transferência.

CopyCopia a seleção e coloca-a na área de transferência.

PasteCola o conteúdo da área de transferência.

DeleteApaga o conteúdo selecionado.

6 Menu DisplayNo Menu Display, encontram-se comandos que determinam o modo de exibição da

estrutura apresentada no arquivo PDB. Vale ressaltar que as diferentes formas derepresentação da molécula podem ser sobrepostas em uma única imagem, utilizando oscomandos na Janela Rasmol Command Line. Os comandos do Menu Display estãoapresentados a seguir:

WireframeExibe as ligações da molécula ou área selecionada representadas por linhas. Estas

ligações podem ser coloridas por meio do comando Colour Bonds. (Figura 2).

Figura 2 – Modo Wireframe

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Wireframe.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoWireframe estão apresentados no Quadro 5.

Quadro 5 – Comandos relacionados ao Modo Wireframe


Função Comando na Janela RasMol Comand Line

Ativar Modo WireframeRasMol > wireframe <enter>RasMol > wireframe on <enter>RasMol > wireframe <valor> <enter>

Desativar Modo Wireframe RasMol > wireframe off <enter>

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6 Menu DisplayNo Menu Display, encontram-se comandos que determinam o modo de exibição da

estrutura apresentada no arquivo PDB. Vale ressaltar que as diferentes formas derepresentação da molécula podem ser sobrepostas em uma única imagem, utilizando oscomandos na Janela Rasmol Command Line. Os comandos do Menu Display estãoapresentados a seguir:

WireframeExibe as ligações da molécula ou área selecionada representadas por linhas. Estas

ligações podem ser coloridas por meio do comando Colour Bonds. (Figura 2).

Figura 2 – Modo Wireframe

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Wireframe.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoWireframe estão apresentados no Quadro 5.

Quadro 5 – Comandos relacionados ao Modo Wireframe



Ativar Modo WireframeRasMol > wireframe <enter>RasMol > wireframe on <enter>RasMol > wireframe <valor> <enter>

Desativar Modo Wireframe RasMol > wireframe off <enter>

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BackboneExibe a estrutura polipeptídica principal como uma série de ligações conectando os

carbonos alfa adjacentes de cada aminoácido em uma cadeia (Figura 3).

Figura 3 – Modo Backbone

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Backbone.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoBackbone estão apresentados no Quadro 6.

Quadro 6 – Comandos relacionados ao Modo Backbone



Ativar Modo BackboneRasMol > backbone <enter>RasMol > backbone on <enter>RasMol > backbone <valor> <enter>

Desativar Modo Backbone RasMol > backbone off <enter>

Colorir no Modo Backbone (Comando Colour backbone)

RasMol > colour backbone <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > colour backbone [número,número,número] <enter>

Retornar à cor original no Modo Backbone

RasMol > colour backbone none <enter>

Representar Modo Backbone em linha pontilhada (Comando Backbone dash)

RasMol > backbone dash <enter>RasMol > backbone dash <valor> <enter>

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SticksExibe a molécula como o modelo de varetas (Figura 4).

Figura 4 – Modo Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Modo Sticks.

18

SticksExibe a molécula como o modelo de varetas (Figura 4).

Figura 4 – Modo Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Modo Sticks.

18

SpacefillRepresenta a molécula como esferas sólidas unidas, conforme o modelo CPK (Corey-

Pauling-Koltun), que fornece uma ideia da superfície externa da molécula. O raio de vander Waals corresponde ao raio de uma esfera sólida imaginária empregada pararepresentar um átomo, sendo determinado a partir da distância de átomos não ligados.Este parâmetro define o volume e superfície de um átomo ou molécula (Figura 5).

Figura 5 – Modo Spacefill

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Spacefill.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoSpacefill estão apresentados no Quadro 7.

Quadro 7 – Comandos relacionados ao Modo Spacefill



Ativar Modo Spacefill

RasMol > spacefill <enter>RasMol > spacefill on <enter>RasMol > cpk <enter>RasMol > spacefill <valor> <enter>

Desativar Modo Spacefill RasMol > spacefill off <enter>

Corrigir o raio de cada esfera ao valor armazenado em seu campo de temperatura (Comando Spacefill temperature)

RasMol > spacefill temperature <enter>

Transforma a superfície do Modo Spacefillem pontos (Comando Dots)

RasMol > dots <enter>

Altera a cor dos pontos no Modo Dots(Comando Colour dots)

RasMol > colour dots <cor em ingles> <enter>RasMol > colour dots <[número,número,número]> <enter>

19

Ball & StickRepresenta a molécula no modelo de bolas e varetas (Figura 6).

Figura 6 – Modo Ball & Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Ball & Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Modo Ball & Sticks. Este modo de exibição pode ser reproduzidocombinando os comandos Wireframe e Spacefill.

20

Ball & StickRepresenta a molécula no modelo de bolas e varetas (Figura 6).

Figura 6 – Modo Ball & Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Ball & Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Modo Ball & Sticks. Este modo de exibição pode ser reproduzidocombinando os comandos Wireframe e Spacefill.

20

RibbonsRepresenta a molécula como uma fita sólida e lisa passando ao longo da cadeia

principal. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfa seja selecionado(Figura 7).

Figura 7 – Modo Ribbons

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Ribbons.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoRibbons estão apresentados no Quadro 8.

Quadro 8 – Comandos relacionados ao Modo Ribbons



Ativar Modo RibbonsRasMol > ribbon(s) <enter>RasMol > ribbon(s) on <enter>RasMol > ribbon(s) <valor> <enter>

Desativar Modo Ribbons RasMol > ribbon(s) off <enter>

Colorir no Modo Ribbons (Colourribbons)

RasMol > colour ribbon(s) <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > colour ribbon(s) [número,número,número] <enter>

Retornar à cor original no modo ribbons

RasMol > colour ribbon(s) none <enter>

21

StrandsRepresenta a molécula como uma fita de fios curvos que seguem paralelamente ao

trajeto da cadeia principal. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfaseja selecionado (Figura 8).

Figura 8 – Modo Strands

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Strands.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoStrands estão apresentados no Quadro 9.

Quadro 9 – Comandos relacionados ao Modo Strands



Ativar Modo StrandsRasMol > strands <enter>RasMol > strands on <enter>RasMol > strands <valor> <enter>

Desativar Modo Strands RasMol > strands off <enter>

Determinar número de filamentos exibidos no Modo Strands (1, 2, 3, 4, 5 e 9)

RasMol > strands <valor> <enter>

Colorir no Modo Strands(Comando Colourstrands)

RasMol > colour strands <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > colour strands <número do filamento> <nome da cor em inglês> <enter>

Retornar à cor original no Modo Strands

RasMol > colour strands none <enter>

22

StrandsRepresenta a molécula como uma fita de fios curvos que seguem paralelamente ao

trajeto da cadeia principal. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfaseja selecionado (Figura 8).

Figura 8 – Modo Strands

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Strands.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoStrands estão apresentados no Quadro 9.

Quadro 9 – Comandos relacionados ao Modo Strands



Ativar Modo StrandsRasMol > strands <enter>RasMol > strands on <enter>RasMol > strands <valor> <enter>

Desativar Modo Strands RasMol > strands off <enter>

Determinar número de filamentos exibidos no Modo Strands (1, 2, 3, 4, 5 e 9)

RasMol > strands <valor> <enter>

Colorir no Modo Strands(Comando Colourstrands)

RasMol > colour strands <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > colour strands <número do filamento> <nome da cor em inglês> <enter>

Retornar à cor original no Modo Strands

RasMol > colour strands none <enter>

22

CartoonsRepresenta a molécula no modelo Richardson (MolScript), sendo que as estruturas

alfa são representadas por fitas (Ribbons), os terminais-C das estruturas beta sãorepresentadas por cabeças de seta e as demais regiões são representadas como uma linhaespessa. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfa seja selecionado(Figura 9).

Figura 9 – Modo Cartoons

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Cartoons.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao ModoCartoons estão apresentados no Quadro 10.

Quadro 10 – Comandos relacionados ao Modo Cartoons


23

Molecular SurfaceCorresponde a uma representação da superfície da molécula (Figura 10).

Figura 10 – Modo Molecular Surface

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Molecular Surface.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Modo Molecular Surface.

24

Molecular SurfaceCorresponde a uma representação da superfície da molécula (Figura 10).

Figura 10 – Modo Molecular Surface

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Molecular Surface.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Modo Molecular Surface.

24

TraceExibe uma linha lisa, unindo os carbonos alfa consecutivos. Esta linha não segue a

posição exata de cada carbono, mas segue o mesmo padrão que os Modos Ribbons, Strandsou Cartoons. Este comando não está disponível no Menu Display, podendo ser utilizadoapenas a partir do Comando Trace na Janela RasMol Command Line (Figura 11).

Figura 11 – Modo Trace

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Trace.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo Traceestão apresentados no Quadro 11.

Quadro 11 – Comandos relacionados ao Modo Trace



Ativar Modo Trace RasMol > trace <enter>

Ativar Modo Trace Temperature, onde a estrutura é representada por uma linha mais espessa em áreas de maior temperatura e menos espessa em áreas de menor temperatura

RasMol > trace temperature <enter>

25

7 Menu ColoursNo Menu Colours, encontram-se comandos que determinam as cores da estrutura

apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu Colours estão apresentados aseguir:

MonochromeRepresenta a molécula em uma única cor, independentemente do comando do Menu

Display utilizado.

CPKO esquema de cores do Comando CPK é baseado nas cores de modelos de plástico

desenvolvidos por Corey, Pauling e posteriormente implementado por Kultun. Esteesquema de cores, apresentado no quadro abaixo é frequentemente adotado por químicos.Informações relacionadas Modo Colours CPK estão apresentados no Quadro 12.

Quadro 12 – Informações relacionadas ao Modo Colours CPK


Elemento Cor Amostra Valores RGB

Carbono Cinza claro [200,200,200]

Oxigênio Vermelho [240,0,0]

Hidrogênio Branco [255, 255,255]

Nitrogênio Azul celeste [143,143,255]

Enxofre Amarelo [255,200,50]

Fósforo, Ferro e Bário Laranja [255,165,0]

Cloro, Boro Verde [0,255,0]

Bromo, Zinco, Cobre, Níquel Marrom [165,42,42]

Sódio Azul [0,0,255]

Magnésio Verde folha [34,139,34]

Cálcio, Manganês, Cromo, Alumínio, Titânio, Prata

Cinza escuro [128,128,144]

Flúor, Silício, Ouro Dourado [218, 165, 32]

Iodo Púrpura [160, 32, 240]

Lítio Vermelho tijolo [178, 34, 34]

Hélio Rosa [255, 192, 203]

Demais átomos Rosa profundo [255,20,147]

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7 Menu ColoursNo Menu Colours, encontram-se comandos que determinam as cores da estrutura

apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu Colours estão apresentados aseguir:

MonochromeRepresenta a molécula em uma única cor, independentemente do comando do Menu

Display utilizado.

CPKO esquema de cores do Comando CPK é baseado nas cores de modelos de plástico

desenvolvidos por Corey, Pauling e posteriormente implementado por Kultun. Esteesquema de cores, apresentado no quadro abaixo é frequentemente adotado por químicos.Informações relacionadas Modo Colours CPK estão apresentados no Quadro 12.

Quadro 12 – Informações relacionadas ao Modo Colours CPK


Elemento Cor Amostra Valores RGB

Carbono Cinza claro [200,200,200]

Oxigênio Vermelho [240,0,0]

Hidrogênio Branco [255, 255,255]

Nitrogênio Azul celeste [143,143,255]

Enxofre Amarelo [255,200,50]

Fósforo, Ferro e Bário Laranja [255,165,0]

Cloro, Boro Verde [0,255,0]

Bromo, Zinco, Cobre, Níquel Marrom [165,42,42]

Sódio Azul [0,0,255]

Magnésio Verde folha [34,139,34]

Cálcio, Manganês, Cromo, Alumínio, Titânio, Prata

Cinza escuro [128,128,144]

Flúor, Silício, Ouro Dourado [218, 165, 32]

Iodo Púrpura [160, 32, 240]

Lítio Vermelho tijolo [178, 34, 34]

Hélio Rosa [255, 192, 203]

Demais átomos Rosa profundo [255,20,147]

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ShapelyO esquema de cores do Comando Shapely é baseado nas cores de modelos propostos

por Bob Fletterick. Este esquema de cores codifica os resíduos de acordo com apropriedade dos aminoácidos. Cada aminoácido e ácido nucleico recebem uma única cor,conforme apresentado no Quadro 13.

Quadro 13 – Informações relacionadas ao Modo Colours Shapely


Resíduo Abreviatura Cor Amostra Valores RGB

Alanina ALA Verde médio [140,255,140]

Glicina GLY Branco [255,255,255]

Leucina LEU Verde oliva [69,94,69]

Serina SER Laranja médio [255,112,66]

Valina VAL Roxo claro [255,140,255]

Treonina THR Laranja escuro [184,76,0]

Lisina LYS Azul royal [71,71,184]

Ácido aspártico ASP Rosa escuro [160,0,66]

Isoleucina ILE Verde escuro [0,76,0]

Asparagina ASN Salmão claro [255,124,112]

Ácido glutâmico GLU Marrom escuro [102,0,0]

Prolina PRO Cinza escuro [82,82,82]

Arginina ARG Azul escuro [0,0,124]

Fenilalanina PHE Cinza oliva [83,76,66]

Glutamina GLN Salmão escuro [255,76,76]

Tirosina TYR Marrom médio [140,112,76]

Histidina HIS Azul médio [112,112,255]

Cisteína CYS Amarelo médio [255,255,112]

Metionina MET Marrom claro [184,160,66]

Triptofano TRP Marrom oliva [79,70,0]

Adenina A Azul claro [160,160,255]

Citosina C Laranja claro [255,140,75]

Guanina G Salmão médio [255,112,112]

Timina T Verde claro [160,255,160]

Estrutura principal Backbone Cinza claro [184,184,184]

Região especial Special Roxo escuro [94,0,94]

Indefinido Default Roxo médio [255,0,255]

27

GroupRepresenta os resíduos de acordo com a sua posição em uma cadeia macromolecular.

Cada cadeia é colorida de acordo com um espectro de cores de azul, verde, amarelo,laranja e vermelho. O terminal N das proteínas e o terminal 5’ dos ácidos nucleicos sãocoloridos em vermelho e o terminal C das proteínas e o terminal 3’ dos ácidos nucleicossão coloridos em azul.

ChainRepresenta cada cadeia macromolecular em uma única cor. Este esquema é

particularmente útil para distinguir partes de uma estrutura multimérica ou polipeptídiosde uma molécula de DNA.

TemperatureRepresenta cada átomo de acordo com o valor de temperatura anisotrópica

informada no arquivo PDB. Refere-se a medida da mobilidade de uma dada posição de umátomo. Valores altos são coloridos em tons mais quentes (vermelho) e valores mais baixosem tons frios (azul).

StructureRepresenta a molécula de acordo com a sua estrutura secundária do arquivo PDB. O

enovelamento tipo alfa é colorido em magenta, o enovelamento tipo beta em amarelo, ascurvas da molécula são coloridos em azul pálido (RGB 96,128,255) e todos os outrosresíduos são coloridos em branco.

UserRepresenta a molécula adotando o esquema de cores armazenado no arquivo PDB.

ModelRepresenta a molécula colorida em cinza claro.

Alt (Alternate Conformer)Representa a molécula colorida em uma única cor alternativa.

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GroupRepresenta os resíduos de acordo com a sua posição em uma cadeia macromolecular.

Cada cadeia é colorida de acordo com um espectro de cores de azul, verde, amarelo,laranja e vermelho. O terminal N das proteínas e o terminal 5’ dos ácidos nucleicos sãocoloridos em vermelho e o terminal C das proteínas e o terminal 3’ dos ácidos nucleicossão coloridos em azul.

ChainRepresenta cada cadeia macromolecular em uma única cor. Este esquema é

particularmente útil para distinguir partes de uma estrutura multimérica ou polipeptídiosde uma molécula de DNA.

TemperatureRepresenta cada átomo de acordo com o valor de temperatura anisotrópica

informada no arquivo PDB. Refere-se a medida da mobilidade de uma dada posição de umátomo. Valores altos são coloridos em tons mais quentes (vermelho) e valores mais baixosem tons frios (azul).

StructureRepresenta a molécula de acordo com a sua estrutura secundária do arquivo PDB. O

enovelamento tipo alfa é colorido em magenta, o enovelamento tipo beta em amarelo, ascurvas da molécula são coloridos em azul pálido (RGB 96,128,255) e todos os outrosresíduos são coloridos em branco.

UserRepresenta a molécula adotando o esquema de cores armazenado no arquivo PDB.

ModelRepresenta a molécula colorida em cinza claro.

Alt (Alternate Conformer)Representa a molécula colorida em uma única cor alternativa.

28

8 Menu OptionsNo Menu Options, encontram-se comandos que modificam a forma de exibição da

estrutura apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu Options estãoapresentados a seguir:

Slab ModeApresenta a molécula em diferentes planos no eixo z. O programa exibe apenas a

parte da molécula que está além do plano Slab. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados ao Comando Slab Mode estão apresentados no Quadro 14.

Quadro 14 – Comandos relacionados ao Modo Slab Mode


Nestes comandos, os valores integrais variam de 0 (em que o plano Slab está atrásda molécula) a 100 (em que o plano Slab está em frente da molécula). Valoresintermediários determinam a porcentagem de molécula a ser exibida.

HydrogensExibe os átomos de hidrogênio, deutério ou trítio.

HeteroatomsExibe os heteroátomos, os quais são classificados como solventes ou ligantes. Os

átomos solventes são classificados como água ou íons e os ligantes correspondem aosdemais heteroátomos não classificados como solventes.


Ativar o Modo SlabRasMol > slab <enter>RasMol > slab on <enter>Rasmol > slab <valor> <enter>

Desativar o Modo Slab RasMol > slab off <enter>

29

SpecularConfere um aspecto espelhado à superfície da molécula representada. O nível de

brilho pode ser determinado pelo comando Specpower. Os comandos utilizados na JanelaRasMol Comand Line relacionados ao Comando Specular estão apresentados no Quadro15.

Quadro 15 – Comandos relacionados ao Modo Specular


O valor utilizado no Comando Specular, deve ser entre 0 (brilho mais difuso) e 100(superfície mais brilhante). Valores de 20 a 30 produzem uma superfície de aspectoplástico e valores mais altos conferem à superfície um aspecto mais liso e brilhante, comoa de metais.

ShadowConfere um aspecto sombreado aos átomos, quando se utiliza o Comando Spacefill

no Menu Display.

StereoCria uma imagem duplicada que se devidamente observada fornece uma imagem

tridimensional (3D) da molécula. Para visualização em 3D é necessário familiaridade deuso, mas esta forma de observação facilita o estudo da estrutura da molécula. Oscomandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando Stereoestão apresentados no Quadro 16.

Quadro 16 – Comandos relacionados ao Modo Stereo



Configurar o Modo Specular RasMol > set specpower <valor> <enter>


Ativar o Modo Stereo RasMol > stereo on <enter>

Desativar o Modo Stereo RasMol > stereo off <enter>

Regular a diferença de angulação entre as imagens (nível de 3D)

RasMol > stereo [-] <number> <enter>

30

SpecularConfere um aspecto espelhado à superfície da molécula representada. O nível de

brilho pode ser determinado pelo comando Specpower. Os comandos utilizados na JanelaRasMol Comand Line relacionados ao Comando Specular estão apresentados no Quadro15.

Quadro 15 – Comandos relacionados ao Modo Specular


O valor utilizado no Comando Specular, deve ser entre 0 (brilho mais difuso) e 100(superfície mais brilhante). Valores de 20 a 30 produzem uma superfície de aspectoplástico e valores mais altos conferem à superfície um aspecto mais liso e brilhante, comoa de metais.

ShadowConfere um aspecto sombreado aos átomos, quando se utiliza o Comando Spacefill

no Menu Display.

StereoCria uma imagem duplicada que se devidamente observada fornece uma imagem

tridimensional (3D) da molécula. Para visualização em 3D é necessário familiaridade deuso, mas esta forma de observação facilita o estudo da estrutura da molécula. Oscomandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando Stereoestão apresentados no Quadro 16.

Quadro 16 – Comandos relacionados ao Modo Stereo



Configurar o Modo Specular RasMol > set specpower <valor> <enter>


Ativar o Modo Stereo RasMol > stereo on <enter>

Desativar o Modo Stereo RasMol > stereo off <enter>

Regular a diferença de angulação entre as imagens (nível de 3D)

RasMol > stereo [-] <number> <enter>

30

LabelApresenta o nome e número de série dos aminoácidos ou nucleotídeos que constituem,respectivamente, a proteína ou molécula de DNA observada. Os comandos utilizados naJanela RasMol Comand Line relacionados ao Comando Label estão apresentados noQuadro 17.

Quadro 17 – Comandos relacionados ao Modo Label



Ativar Modo Label RasMol > label on <enter>

Desativar Modo Label RasMol > label off <enter>

Colorir no Modo Label (Colour label)

RasMol > colour label <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > colour label [número,número,número] <enter>

Determinar o tamanho da fonte (Comando Set fontsize, com valores entre 0 e 48)

RasMol > set fontsize <número> <enter>

Determinar espessura da fonte (Comando Set fontstroke, com valores entre 0 e 8)

RasMol > set fontstroke <número> <enter>

Exibir identificação do átomo (Comando Labelatom name)

RasMol > label%a <enter>

Exibir valor de temperatura anisotrópica (beta) (Comando Label B-factor ou Label temperature)

RasMol > label%b <enter>RasMol > label%t <enter>

Exibir identificador de cadeia (Comando Labelchain identifier)

RasMol > label%c <enter>RasMol > label%s <enter>

Exibir símbolo de cada elemento atômico (Comando Label element atomic symbol)

RasMol > label%e <enter>

Exibir número de série de cada átomo (Comando Label atomic serial number)

RasMol > label%i <enter>

Exibir nome de cada aminoácido (Comando Label residue name)

RasMol > label%n <enter>

Exibir número de cada aminoácido (Comando Label residue number)

RasMol > label%r <enter>

31

9 Menu SettingsNo Menu Settings, encontram-se comandos que permitem a seleção e cálculos de

medida da estrutura apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu Settingsestão apresentados a seguir:

Pick OffDesabilita os demais comandos do Menu Settings. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Off estão apresentados no Quadro18.

Quadro 18 – Comandos relacionados ao Modo Pick Off


Pick IdentPermite que, clicando em um átomo, seja observado na Janela Rasmol Command

Line o nome do átomo abreviado, o número de série do átomo, o nome do aminoácido aque o átomo pertence, o número de série do átomo e a cadeia a que o átomo pertence. Oscomandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Identestão apresentados no Quadro 19.

Quadro 19 – Comandos relacionados ao Modo Pick Ident



Ativar Comando Pick Off

RasMol > pick off <enter>RasMol > picking off <enter>RasMol > pick none <enter>RasMol > picking none <enter>


Ativar Comando Pick IdentRasMol > pick ident <enter>RasMol > picking ident <enter>

32

9 Menu SettingsNo Menu Settings, encontram-se comandos que permitem a seleção e cálculos de

medida da estrutura apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu Settingsestão apresentados a seguir:

Pick OffDesabilita os demais comandos do Menu Settings. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Off estão apresentados no Quadro18.

Quadro 18 – Comandos relacionados ao Modo Pick Off


Pick IdentPermite que, clicando em um átomo, seja observado na Janela Rasmol Command

Line o nome do átomo abreviado, o número de série do átomo, o nome do aminoácido aque o átomo pertence, o número de série do átomo e a cadeia a que o átomo pertence. Oscomandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Identestão apresentados no Quadro 19.

Quadro 19 – Comandos relacionados ao Modo Pick Ident



Ativar Comando Pick Off

RasMol > pick off <enter>RasMol > picking off <enter>RasMol > pick none <enter>RasMol > picking none <enter>


Ativar Comando Pick IdentRasMol > pick ident <enter>RasMol > picking ident <enter>

32

Pick DistancePermite que, clicando em dois átomos, seja medida a distância entre os mesmos em

angstrons. As informações referentes aos átomos selecionados e a distância medida sãoapresentados na Janela Rasmol Command Line. Os comandos utilizados na JanelaRasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Distance estão apresentados noQuadro 20.

Quadro 20 – Comandos relacionados ao Modo Pick Distance


Pick MonitorPermite que, clicando em dois átomos, seja medida a distância entre os mesmos em

angstrons, a qual é apresentada apenas na Área de Trabalho do RasMol. Os comandosutilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Monitor estãoapresentados no Quadro 21.

Quadro 21 – Comandos relacionados ao Modo Pick Monitor



Ativar Comando Pick DistanceRasMol > pick distance <enter>RasMol > picking distance <enter>


Ativar Comando Pick MonitorRasMol > pick monitor <enter>RasMol > picking monitor <enter>

33

Pick AnglePermite que, clicando em três átomos, seja medida o ângulo entre o primeiro e o

segundo, e o segundo e o terceiro em graus. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados ao Comando Pick Angle estão apresentados no Quadro 22.

Quadro 22 – Comandos relacionados ao Modo Pick Angle


Pick TorsionPermite que, clicando em quatro átomos, seja medida um valor de torsão da

molécula em graus. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionadosao Comando Pick Torsion estão apresentados no Quadro 23.

Quadro 23 – Comandos relacionados ao Modo Pick Torsion



Ativar Comando Pick AngleRasMol > pick angle <enter>RasMol > picking angle <enter>

34


Ativar Comando Pick TorsionRasMol > pick torsion <enter>RasMol > picking torsion <enter>

Pick AnglePermite que, clicando em três átomos, seja medida o ângulo entre o primeiro e o

segundo, e o segundo e o terceiro em graus. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados ao Comando Pick Angle estão apresentados no Quadro 22.

Quadro 22 – Comandos relacionados ao Modo Pick Angle


Pick TorsionPermite que, clicando em quatro átomos, seja medida um valor de torsão da

molécula em graus. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionadosao Comando Pick Torsion estão apresentados no Quadro 23.

Quadro 23 – Comandos relacionados ao Modo Pick Torsion



Ativar Comando Pick AngleRasMol > pick angle <enter>RasMol > picking angle <enter>

34


Ativar Comando Pick TorsionRasMol > pick torsion <enter>RasMol > picking torsion <enter>

Pick LabelPermite que, clicando em um átomo, sejam exibidas informações exibidas no

comando Label, porém apenas do átomo selecionado. Os comandos utilizados na JanelaRasMol Comand Line relacionados ao Comando Pick Label estão apresentados no Quadro24.

Quadro 24 – Comandos relacionados ao Modo Pick Label


Pick CentrePermite que, clicando em um átomo, o mesmo seja determinado como novo centro

de rotação da molécula. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados ao Comando Pick Centre estão apresentados no Quadro 25.

Quadro 25 – Comandos relacionados ao Modo Pick Centre



Ativar Comando Pick LabelRasMol > pick label <enter>RasMol > picking label <enter>


Ativar Comando Pick CentreRasMol > pick centre <enter>RasMol > picking centre <enter>

O centro de rotação também pode ser determinado utilizando-se a função Centre euma expressão que determina o ponto em que se localiza um átomo em relação aos eixosx, y e z [CenX, CenY, CenZ], por meio dos comandos apresentados no Quadro 26.

Quadro 26 – Comandos relacionados ao Modo Centre

>


Pick CoordPermite que, clicando em um átomo, seja observado na Janela Rasmol Command

Line, além das informações exibidas em Pick Ident (o nome do átomo abreviado, onúmero de série do átomo, o nome do aminoácido a que o átomo pertence, o número desérie do átomo e a cadeia a que o átomo pertence), também sejam exibidas ascoordenadas da posição do átomo selecionado. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados ao Comando Pick Coord estão apresentados no Quadro 27.

Quadro 27 – Comandos relacionados ao Modo Pick Coord



Ativar Comando Pick CoordRasMol > pick coord <enter>RasMol > picking coord <enter>


Ativar Comando Centre RasMol > centre {<expressão>} <enter>

36

O centro de rotação também pode ser determinado utilizando-se a função Centre euma expressão que determina o ponto em que se localiza um átomo em relação aos eixosx, y e z [CenX, CenY, CenZ], por meio dos comandos apresentados no Quadro 26.

Quadro 26 – Comandos relacionados ao Modo Centre

>


Pick CoordPermite que, clicando em um átomo, seja observado na Janela Rasmol Command

Line, além das informações exibidas em Pick Ident (o nome do átomo abreviado, onúmero de série do átomo, o nome do aminoácido a que o átomo pertence, o número desérie do átomo e a cadeia a que o átomo pertence), também sejam exibidas ascoordenadas da posição do átomo selecionado. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados ao Comando Pick Coord estão apresentados no Quadro 27.




Ativar Comando Pick CoordRasMol > pick coord <enter>RasMol > picking coord <enter>


Ativar Comando Centre RasMol > centre {<expressão>} <enter>

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Pick BondPermite que, clicando em dois átomos ligados entre si, seja selecionada uma ligação.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando PickBond estão apresentados no Quadro 28.

Quadro 28 – Comandos relacionados ao Modo Pick Bond


Rotate BondPermite que a molécula seja movimentada ao redor do eixo central da ligação

química selecionada, o qual permanece estável durante o movimento. A movimentação damolécula é realizada por meio do mouse.

Rotate MolPermite que, com a utilização do mouse, a molécula seja movimentada nos eixos x, y

e z. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados à função RotateMol estão apresentados no Quadro 29.



Rotate AllPermite que, com a utilização do mouse, toda a estrutura exibida seja movimentada

nos eixos x, y e z.


Ativar Comando Rotate Mol RasMol > rotate <eixo> {-} <valor> <enter>


Ativar Comando Pick BondRasMol > pick bond <enter>RasMol > picking bond <enter>

37

10 Menu ExportAo clicar em qualquer comando do Menu Export, será aberta a Janela Select Graphics

Output File, que permite que as imagens geradas sejam salvas nos formatos: MicrosoftBitmap, CompuServe GIF, Colour PostScript, Mono PostScript, Vector PostScript, RawPortable Pixamap, ASCII Portable Pixmap, Apple Macintosh PICT, Silicon Graphics RGB,RLE Sun Rasterfile, Sun Rasterfile, Molscript, Kinemage, POVRay 3, VMRL 1.0,Ramachandran Prt Plot, Raster3D e RasMol Script

38

10 Menu ExportAo clicar em qualquer comando do Menu Export, será aberta a Janela Select Graphics

Output File, que permite que as imagens geradas sejam salvas nos formatos: MicrosoftBitmap, CompuServe GIF, Colour PostScript, Mono PostScript, Vector PostScript, RawPortable Pixamap, ASCII Portable Pixmap, Apple Macintosh PICT, Silicon Graphics RGB,RLE Sun Rasterfile, Sun Rasterfile, Molscript, Kinemage, POVRay 3, VMRL 1.0,Ramachandran Prt Plot, Raster3D e RasMol Script

38

11 Modificando a exibição da estruturaAlém dos comandos descritos anteriormente, existem outros que podem ser

utilizados na Janela RasMol Command Line que permitem modificar a estrutura ou ofundo exibido no software RasMol. Alguns deles estão apresentados a seguir.

Set AmbientEste comando regula o nível de brilho da estrutura apresentada. O valor digitado

deve estar entre 0 (menos brilho) e 100 (mais brilho). Os comandos utilizados na JanelaRasMol Comand Line relacionados à função Set Ambient estão apresentados no Quadro30.

Quadro 30 – Comandos relacionados à função Set Ambient


Set BackgroundAltera a cor do fundo da Janela Principal do RasMol. Os comandos utilizados na

Janela RasMol Comand Line relacionados à função Set Background estão apresentados noQuadro 31.

Quadro 31 – Comandos relacionados à função Set Background



Regular o nível de brilho da estrutura (Comando Set Ambient)

RasMol > set ambient <valor> <enter>


Definir a cor de fundo (Comando Set Background)

RasMol > set background <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > background <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > set background [número,número,número] <enter>RasMol > background [número,número,número] <enter>

39

Set BackfadeUtilizando este comando, a estrutura é apresentada em contraste aumentado.

Entretanto, esta função só pode ser visualizada alterando a cor do fundo (ou seja,utilizando o Comando Set Background) para outra cor que não seja o preto. Os comandosutilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados à função Set Backfade estãoapresentados no Quadro 32.

Quadro 32 – Comandos relacionados à função Set Backfade


BoundboxEste comando exibe a estrutura no interior de um cubo. Os comandos utilizados na

Janela RasMol Comand Line relacionados à função Boundbox estão apresentados noQuadro 33.

Quadro 33 – Comandos relacionados à função Boundbox



Ativar o Comando Set Backfade RasMol > set backfade on <enter>

Destivar o Comando Set Backfade RasMol > set backfade off <enter>


Ativar o Comando Set boundbox RasMol > set boundbox on <valor> <enter>

Desativar o Comando Set Boundbox

RasMol > set boundbox off <valor> <enter>

40

Set BackfadeUtilizando este comando, a estrutura é apresentada em contraste aumentado.

Entretanto, esta função só pode ser visualizada alterando a cor do fundo (ou seja,utilizando o Comando Set Background) para outra cor que não seja o preto. Os comandosutilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados à função Set Backfade estãoapresentados no Quadro 32.

Quadro 32 – Comandos relacionados à função Set Backfade


BoundboxEste comando exibe a estrutura no interior de um cubo. Os comandos utilizados na

Janela RasMol Comand Line relacionados à função Boundbox estão apresentados noQuadro 33.

Quadro 33 – Comandos relacionados à função Boundbox



Ativar o Comando Set Backfade RasMol > set backfade on <enter>

Destivar o Comando Set Backfade RasMol > set backfade off <enter>


Ativar o Comando Set boundbox RasMol > set boundbox on <valor> <enter>

Desativar o Comando Set Boundbox

RasMol > set boundbox off <valor> <enter>

40

Set DisplayEste comando modifica a exibição da estrutura. Os átomos selecionados são exibidos

em amarelo e os átomos não selecionados em azul. A cor de fundo (background) éalterada para cinza escuro. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Linerelacionados à função Set Display estão apresentados no Quadro 34.

Quadro 34 – Comandos relacionados à função Set Display


Colour AtomsEste comando altera a cor dos átomos. Os comandos utilizados na Janela RasMol

Comand Line relacionados à função Colour Atoms estão apresentados no Quadro 35.

Quadro 35 – Comandos relacionados à função Colour Atoms


Colour BondsEste comando altera a cor das ligações químicas entre os átomos. Os comandos

utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados à função Colour Bonds estãoapresentados no Quadro 36.

Quadro 36 – Comandos relacionados à função Colour Bonds



Ativar o Comando Colour AtomsRasMol > colour atoms <cor em inglês> <enter>RasMol > colour atoms [número,número,número] <enter>


Ativar o Comando Colour BondsRasMol > colour bonds <cor em inglês> <enter>RasMol > colour bonds [número,número,número] <enter>


Ativar o Comando Set Display RasMol > set display selected <valor> <enter>

Desativar o Comando Set Display RasMol > set display normal <valor> <enter>

41

Colour HBondsPor meio deste comando, as ligações de hidrogênio são representadas em linhas

pontilhadas. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados àfunção Colour Hbonds estão apresentados no Quadro 37.

Quadro 37 – Comandos relacionados à função Colour HBounds


Colour SSBondsEste comando permite representar as pontes dissulfeto da estrutura como linhas

pontilhadas entre as cisteínas conectadas. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados à função Colour SSBonds estão apresentados no Quadro 38.

Quadro 38 – Comandos relacionados à função Colour SSBonds



Colorir as pontes dissulfeto(Colour ssbonds)

RasMol > colour ssbonds <cor em ingles> <enter>RasMol > colour ssbonds <[número,número,número]> <enter>


Colorir as ligações de hidrogênio (Colour hbonds)

RasMol > colour hbonds <cor em ingles> <enter>RasMol > colour hbonds <[número,número,número]> <enter>

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Colour HBondsPor meio deste comando, as ligações de hidrogênio são representadas em linhas

pontilhadas. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados àfunção Colour Hbonds estão apresentados no Quadro 37.

Quadro 37 – Comandos relacionados à função Colour HBounds


Colour SSBondsEste comando permite representar as pontes dissulfeto da estrutura como linhas

pontilhadas entre as cisteínas conectadas. Os comandos utilizados na Janela RasMolComand Line relacionados à função Colour SSBonds estão apresentados no Quadro 38.

Quadro 38 – Comandos relacionados à função Colour SSBonds



Colorir as pontes dissulfeto(Colour ssbonds)

RasMol > colour ssbonds <cor em ingles> <enter>RasMol > colour ssbonds <[número,número,número]> <enter>


Colorir as ligações de hidrogênio (Colour hbonds)

RasMol > colour hbonds <cor em ingles> <enter>RasMol > colour hbonds <[número,número,número]> <enter>

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12 Comando SelectO Comando Select permite realizar seleções a partir de diferentes expressões

utilizadas na Janela Rasmol Command Line. O comando Select utilizado na JanelaRasMol Comand Line está apresentado no Quadro 39.

Quadro 39 – Comando Select


Expressões geraisVárias expressões podem ser utilizadas em combinação com o Comando Select, no

intuito de selecionar diferentes partes da estrutura. Os comandos utilizados na JanelaRasMol Comand Line relacionados ao Comando Select estão apresentados no Quadro 40.

Quadro 40 – Expressões relacionadas ao Comando Select

Expressão Átomos Selecionados

Expressões Gerais

* Todos os átomos

*120 Átomos no resíduo 120 de todas as cadeias

*.*;A Todos os átomos na conformação A alternativa

*.n? Átomos de nitrogênio

*/4 Todos os átomos no modelo 4

*p Átomos na cadeia p

alpha ou *.CA Átomos de carbono alfa

hem*p.fe Átomos de ferro nos grupos heme da cadeia P

5,6,7,8 ou 5-8 Átomos dos aminoácidos 5 a 8

cys.sg Átomos de enxofre em cisteínas

CYS70A Átomos no aminoácido de cisteína de número 70 da cadeia A

cys70:1 Átomos no aminoácido de cisteína de número 70 da cadeia 1

cys70.c? Átomos de carbono no aminoácido de cisteína de número 70

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Seleção de acordo com a natureza da molécula

amino Átomos dos aminoácidos

nucleicÁtomos dos ácidos nucleicos (A, C, T, G para DNA e A, C, G, U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU, PSU para RNA)

protein Átomos da proteína

Seleção de aminoácidos

ALA ou ala Átomos dos aminoácidos alanina

ARG ou arg Átomos dos aminoácidos arginina

as? Átomos dos aminoácidos asparagina ou ácido aspártico

ASN ou asn Átomos dos aminoácidos asparagina

ASP ou asp Átomos dos aminoácidos ácido aspártico

CYS ou cys Átomos dos aminoácidos cisteína

GLN ou gln Átomos dos aminoácidos glutamina

GLU ou glu Átomos dos aminoácidos ácido glutâmico

GLY ou gly Átomos dos aminoácidos glicina

HIS ou his Átomos dos aminoácidos histidina

ILE ou ile Átomos dos aminoácidos isoleucina

LEU ou leu Átomos dos aminoácidos leucina

LYS ou lys Átomos dos aminoácidos lisina

MET ou met Átomos dos aminoácidos metionina

PHE ou phe Átomos dos aminoácidos fenilalanina

PRO ou pro Átomos dos aminoácidos prolina

SER ou ser Átomos dos aminoácidos serina

THR ou thr Átomos dos aminoácidos treonina

TRP ou trp Átomos dos aminoácidos triptofano

TYR ou tyr Átomos dos aminoácidos tirosina

VAL ou val Átomos dos aminoácidos valina


Seleção de acordo com a natureza da molécula

amino Átomos dos aminoácidos

nucleicÁtomos dos ácidos nucleicos (A, C, T, G para DNA e A, C, G, U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU, PSU para RNA)

protein Átomos da proteína

Seleção de aminoácidos

ALA ou ala Átomos dos aminoácidos alanina

ARG ou arg Átomos dos aminoácidos arginina

as? Átomos dos aminoácidos asparagina ou ácido aspártico

ASN ou asn Átomos dos aminoácidos asparagina

ASP ou asp Átomos dos aminoácidos ácido aspártico

CYS ou cys Átomos dos aminoácidos cisteína

GLN ou gln Átomos dos aminoácidos glutamina

GLU ou glu Átomos dos aminoácidos ácido glutâmico

GLY ou gly Átomos dos aminoácidos glicina

HIS ou his Átomos dos aminoácidos histidina

ILE ou ile Átomos dos aminoácidos isoleucina

LEU ou leu Átomos dos aminoácidos leucina

LYS ou lys Átomos dos aminoácidos lisina

MET ou met Átomos dos aminoácidos metionina

PHE ou phe Átomos dos aminoácidos fenilalanina

PRO ou pro Átomos dos aminoácidos prolina

SER ou ser Átomos dos aminoácidos serina

THR ou thr Átomos dos aminoácidos treonina

TRP ou trp Átomos dos aminoácidos triptofano

TYR ou tyr Átomos dos aminoácidos tirosina

VAL ou val Átomos dos aminoácidos valina


Seleção de acordo com o peso molecular do aminoácido

largeÁtomos de aminoácidos de alto peso molecular (ARG, GLU, GLN, HIS, ILE, LEU, LYS, MET, PHE, TRP, TYR)

medium Átomos de aminoácidos de peso molecular médio (ASN, ASP, CYS, PRO, THR, VAL)

small Átomos de aminoácidos de baixo peso molecular (ALA, GLY, SER)

Seleção de acordo com a posição preferencial do aminoácido

buriedÁtomos de aminoácidos que tendem a se posicionar no interior da proteína, distantes do contado com moléculas de solventes (ALA, CYS, ILE, LEU, MET, PHE, TRP, VAL)

surfaceÁtomos de aminoácidos que tendem a se posicionar na superfície da molécula, em contato com moléculas de solventes (ARG, ASN, ASP, GLU, GLN, GLY, HIS, LYS, PRO, SER, THR, TYR

Seleção de acordo com a carga do aminoácido

charged Átomos de aminoácidos com carga (ácidos ou básicos)

hydrophobic Átomos de aminoácidos hidrofóbicos (ALA, LEU, VAL, ILE, PRO, PHE, MET, TRP)

negative Átomos de aminoácidos de carga negativa (ASP, GLU)

polarÁtomos de aminoácidos polares ou hidrofílicos (ARG, ASN, ASP, CYS, GLU, GLN, HIS, LYS, SER, THR)

positive Átomos de carga positiva (ARG, HIS, LYS)

Seleção de acordo com o pH do aminoácido

acidic Átomos de aminoácidos ácidos (ASP e GLU)

basic Átomos de aminoácidos básicos (ARG, HIS, LYS)

neutralÁtomos de aminoácidos neutros (ALA, ASN, CYS, GLN, GLY, HIS, ILE, LEU, MET, PHE, PRO, SER, THR, TRP, TYR, VAL)


Seleção de acordo com a estrutura

acyclicÁtomos de aminoácidos que não possuem anel de benzeno ou de estrutura relacionada (ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLU, GLN, GLY, ILE, LEU, LYS, MET, SER, THR, VAL)

aliphatic Átomos de aminoácidos alifáticos (ALA, GLY, ILE, LEU, VAL)

aromatic Átomos de aminoácidos que contém anéis aromáticos (HIS, PHE, TRP, TYR)

bonded Átomos de aminoácidos ligados a pelo menos a outro átomo

cyclicÁtomos de aminoácidos que contém anel de benzeno ou de estrutura relacionada (HIS, PHE, PRO, TRP, TYR)

helix Átomos que formam as hélices alfa da proteína

sheet Átomos das cadeias beta

sidechainÁtomos ao redor da cadeia principal de qualquer aminoácido ou base de cada nucleotídeo. São átomos que não fazem parte da estrutura principal (N-C-C-O) de proteínas ou da estrutura principal (nucleotídeos) de ácidos nucleicos

turn Átomos das áreas curvas da proteína

Seleção de acordo com o heteroátomo

heteroÁtomos heterogêneos da molécula, os quais podem ser classificados em átomos ligantes ou solventes

hoh ou water Átomos de moléculas de água

hydrogen Átomos de hidrogênio, deutério ou trítio

ions Átomos de íons fosfato ou sulfato

ligandÁtomos de moléculas ligantes ou cofatores. São heteroátomos que não são classificados como solventes

solvent Átomos de água, íons fosfato ou sulfato

[SO4] Átomos em grupos sulfato. Demais grupos podem ser selecionados, usando colchetes

Seleção de acordo com a parte do nucleotídeo

AT Átomos de nucleotídeos complementares de adenina e timina

CG Átomos de nucleotídeos complementares de citosina e guanina

purine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas purinas (A e G)

pyrimidine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas pirimidinas (C e T)

Fonte: Adaptado de HASSUNUMA, R. M.; SOUZA, A. R. Ligação peptídica e resíduos de aminoácidos.In:______ Desenvolvimento de scripts em software de simulação computacional. São Paulo: CulturaAcadêmica, 2016, cap. 5, p. 86-91 e BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponívelem: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

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Seleção de acordo com a estrutura

acyclicÁtomos de aminoácidos que não possuem anel de benzeno ou de estrutura relacionada (ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLU, GLN, GLY, ILE, LEU, LYS, MET, SER, THR, VAL)

aliphatic Átomos de aminoácidos alifáticos (ALA, GLY, ILE, LEU, VAL)

aromatic Átomos de aminoácidos que contém anéis aromáticos (HIS, PHE, TRP, TYR)

bonded Átomos de aminoácidos ligados a pelo menos a outro átomo

cyclicÁtomos de aminoácidos que contém anel de benzeno ou de estrutura relacionada (HIS, PHE, PRO, TRP, TYR)

helix Átomos que formam as hélices alfa da proteína

sheet Átomos das cadeias beta

sidechainÁtomos ao redor da cadeia principal de qualquer aminoácido ou base de cada nucleotídeo. São átomos que não fazem parte da estrutura principal (N-C-C-O) de proteínas ou da estrutura principal (nucleotídeos) de ácidos nucleicos

turn Átomos das áreas curvas da proteína

Seleção de acordo com o heteroátomo

heteroÁtomos heterogêneos da molécula, os quais podem ser classificados em átomos ligantes ou solventes

hoh ou water Átomos de moléculas de água

hydrogen Átomos de hidrogênio, deutério ou trítio

ions Átomos de íons fosfato ou sulfato

ligandÁtomos de moléculas ligantes ou cofatores. São heteroátomos que não são classificados como solventes

solvent Átomos de água, íons fosfato ou sulfato

[SO4] Átomos em grupos sulfato. Demais grupos podem ser selecionados, usando colchetes

Seleção de acordo com a parte do nucleotídeo

AT Átomos de nucleotídeos complementares de adenina e timina

CG Átomos de nucleotídeos complementares de citosina e guanina

purine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas purinas (A e G)

pyrimidine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas pirimidinas (C e T)

Fonte: Adaptado de HASSUNUMA, R. M.; SOUZA, A. R. Ligação peptídica e resíduos de aminoácidos.In:______ Desenvolvimento de scripts em software de simulação computacional. São Paulo: CulturaAcadêmica, 2016, cap. 5, p. 86-91 e BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponívelem: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

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13 Obtendo mais informaçõesAlguns comandos utilizados na Janela RasMol Command Line permitem obter mais

informações a respeito da estrutura analisada. A seguir algumas delas:

ConectEste comando apresenta o número de ligações presentes na estrutura. O comando

Conect utilizado na Janela RasMol Comand Line está apresentado no Quadro 41.

Quadro 41 – Comando Conect


Show InformationEste comando apresenta os seguintes dados na Janela Rasmol Command Line: nome,

classificação, estrutura secundária, código, técnica experimental, número de cadeia,número de grupos, número de átomos, número de ligações, número de hélices, número defios e número de curvas da molécula. O Comando Show Information utilizado na JanelaRasMol Comand Line está apresentado no Quadro 42.

Quadro 42 – Comando Show Information



Ativar Comando Connect RasMol > connect <enter>


Ativar Comando Show Information RasMol > show information <enter>

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Show SelectedEste comando apresenta informações dos grupos, cadeias ou átomos selecionados. O

Comando Show Selected utilizado na Janela RasMol Comand Line está apresentado noQuadro 43.

Quadro 43 – Comando Show Selected


Show SequenceEste comando apresenta a sequência de aminoácidos da molécula. O Comando Show

Sequence utilizado na Janela RasMol Comand Line está apresentado no Quadro 44.

Quadro 44 – Comando Show Sequence


StructureEste comando apresenta os seguintes dados na Janela Rasmol Command Line:

informações relativas ao número de ligações de hidrogênios presentes na cadeia principalde carbonos (Backbone) da estrutura, número de hélices, número de fios, número decurvas da molécula. O Comando Structure utilizado na Janela RasMol Comand Line estáapresentado no Quadro 45.

Quadro 45 – Comando Structure



Ativar Comando Show Selected RasMol > show selected <enter>


Ativar Comando Show Sequence RasMol > show sequence <enter>


Ativar Comando Structure RasMol > structure <enter>

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Show SelectedEste comando apresenta informações dos grupos, cadeias ou átomos selecionados. O

Comando Show Selected utilizado na Janela RasMol Comand Line está apresentado noQuadro 43.

Quadro 43 – Comando Show Selected


Show SequenceEste comando apresenta a sequência de aminoácidos da molécula. O Comando Show

Sequence utilizado na Janela RasMol Comand Line está apresentado no Quadro 44.

Quadro 44 – Comando Show Sequence


StructureEste comando apresenta os seguintes dados na Janela Rasmol Command Line:

informações relativas ao número de ligações de hidrogênios presentes na cadeia principalde carbonos (Backbone) da estrutura, número de hélices, número de fios, número decurvas da molécula. O Comando Structure utilizado na Janela RasMol Comand Line estáapresentado no Quadro 45.

Quadro 45 – Comando Structure



Ativar Comando Show Selected RasMol > show selected <enter>


Ativar Comando Show Sequence RasMol > show sequence <enter>


Ativar Comando Structure RasMol > structure <enter>

48

HBondsEste comando informa o número de ligações de hidrogênios relacionados à cadeia

principal (Backbone) da estrutura. O Comando HBonds utilizado na Janela RasMolComand Line está apresentado no Quadro 46.

Quadro 46 – Comando Hbonds


SSBondsEste comando informa o número de pontes de dissulfeto presentes na estrutura. O

Comando SSBonds utilizado na Janela RasMol Comand Line está apresentado no Quadro47.

Quadro 47 – Comando SSbonds



Ativar Comando HBonds RasMol > hbonds <enter>


Ativar Comando SSBonds RasMol > ssbonds <enter>

49

14 Salvando scriptsAs alterações realizadas na visualização da molécula podem ser salvas no formato

RasMol Script, por meio do Menu Export. Neste caso, será salvo um arquivo com aextensão .spt, que conterá uma imagem com as modificações feitas na molécula. Osscripts também podem ser salvos por meio do Comando Write Script apresentado noQuadro 48.

Quadro 48 – Comando Write Script


Por meio do Comando Write Script, será salvo um arquivo no local onde está o íconedo software RasMol. Os scripts também podem ser criados no software Bloco de Notas esalvos no formato .txt, podendo ser carregados utilizando o Comando Source (Quadro49), que executa as funções programadas, incluindo a abertura do arquivo .pdb (ComandoLoad + nome do arquivo.pdb), desde que esteja na mesma pasta do software RasMol.Estas funções podem ser realizadas em etapas, separando-as por meio do Comando Pauseno script.

Quadro 49 – Comando Source



Ativar Comando Write script RasMol > write script <nome do arquivo>.spt <enter>


Ativar Comando Source RasMol > source <nome do arquivo>.txt <enter>

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14 Salvando scriptsAs alterações realizadas na visualização da molécula podem ser salvas no formato

RasMol Script, por meio do Menu Export. Neste caso, será salvo um arquivo com aextensão .spt, que conterá uma imagem com as modificações feitas na molécula. Osscripts também podem ser salvos por meio do Comando Write Script apresentado noQuadro 48.

Quadro 48 – Comando Write Script


Por meio do Comando Write Script, será salvo um arquivo no local onde está o íconedo software RasMol. Os scripts também podem ser criados no software Bloco de Notas esalvos no formato .txt, podendo ser carregados utilizando o Comando Source (Quadro49), que executa as funções programadas, incluindo a abertura do arquivo .pdb (ComandoLoad + nome do arquivo.pdb), desde que esteja na mesma pasta do software RasMol.Estas funções podem ser realizadas em etapas, separando-as por meio do Comando Pauseno script.

Quadro 49 – Comando Source



Ativar Comando Write script RasMol > write script <nome do arquivo>.spt <enter>


Ativar Comando Source RasMol > source <nome do arquivo>.txt <enter>

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ReferênciasBERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em:<http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

MANUAL RasMol 2.7.1.1. Disponível em:<http://www.csb.yale.edu/userguides/graphics/rasmol/rasmol.pdf>. Acesso em: 02 jan.2017.

PEMBROKE, J. T. Bio-molecular modelling utilizing RasMol and PDB resources: atutorial with HEW lysozyme. Biochemistry and molecular biology education, v. 28, n. 6,p. 297-300, Nov. 2000. Disponível em:<http://colbun.utalca.cl/profesores/raherrera/biorom2008/contenido/pract/Pr_VM/MM/Lisozima.pdf>. Acesso em: 02 jan. 2017.

PROTEIN Data Bank Contents Guide: Atomic Coordinate Entry Format DescriptionVersion 3.30. Disponível em:<ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/doc/format_descriptions/Format_v33_A4.pdf>. Acessoem: 02 jan. 2017.

RHODES, G. Introduction to molecular modeling: a tutorial for RasMol. Disponível em:<http://spdbv.vital-it.ch/TheMolecularLevel/RasTut/index.html>. Acesso em: 02 jan.2017.

UENO, Y.; ASAI, K. A new plug-in software architecture applied for a portable molecularstructure browser. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol., v. 5, p. 329-32, 1997.Disponível em: <http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1997/ISMB97-050.pdf>. Acesso em:02 jan. 2017.

Esta obra, fruto de atividades teóricas e práticas desenvolvidas na área de BioinformáticaEstrutural pelo autor, oferece uma breve introdução ao tema, de maneira objetiva esucinta. Didaticamente elaborado, o Guia de Comandos em Software de SimulaçãoComputacional de Biomoléculas pretende ser uma fonte de consulta rápida e útil.Esperamos que este livro possa contribuir para a formação de novos profissionais e,também, para enriquecer e aperfeiçoar o conhecimento daqueles que já atuam na área.

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