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  • Elucigene CF-EU2v1 Instrues de utilizao

    CF2EUBYPT 002 Sep-2014 Pgina 1 de 26

    Elucigene CF-EU2v1 Instrues de utilizao

    Cd. cat.: CF2EUB2 50 testes

    CF2EUBX 10 testes

    Utilizao em diagnstico in vitro

    Fabricado pela: Elucigene Diagnostics Greenheys House Pencroft Way Manchester Science Park Manchester M15 6JJ Para Vendas, Assistncia ao Cliente e Assistncia Tcnica: T: +44 (0) 161 669 8122 F: +44 (0) 161 669 8129 E: enquiries@elucigene.com E: techsupport@elucigene.com Elucigene Diagnostics is the trading name of Delta Diagnostics (UK) Limited., a company registered in England and Wales, registration number 8696299.

    http://www.google.co.uk/url?sa=i&rct=j&q=manufacturer+symbol&source=images&cd=&cad=rja&docid=U3rWzPbRU_MhlM&tbnid=d2g2sAmvROYNkM:&ved=0CAUQjRw&url=http://fertipro.com/index.php?page=qc&sub=labels&ei=-dEsUaC2HeXP0QWPmICwCw&bvm=bv.42965579,d.d2k&psig=AFQjCNE3Pcqxmlq_UWpSP6GwfI-gXiiGyA&ust=1361978229710742mailto:enquiries@elucigene.commailto:techsupport@elucigene.com

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    CF2EUBYPT 002 Sep-2014 Pgina 2 de 26

    Elucigene CF-EU2v1

    Utilizao prevista

    Para a deteco qualitativa simultnea in vitro das seguintes mutaes do gene regulador da conductncia transmembranar na fibrose cstica (Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator, CFTR) responsveis pela fibrose cstica em humanos em DNA extrado de sangue total (conservado em EDTA) e amostras de gotas de sangue secas:

    Tradicional De acordo com as orientaes da HGVS *

    cDNA name

    Protein name

    Protein name

    CFTRdele2,3 c.54-5940_273+1025del (c.54-5940_273+10250del21080)

    E60X c.178G>T p.Glu60X

    P67L c.200C>T p.Pro67Leu

    G85E c.254G>A p.Gly85Glu

    394delTT c.262_263del (c.262_263delTT) p.Leu88IlefsX22

    444delA c.313del (c.313delA) p.Ile105SerfsX2

    R117C c.349C>T p.Arg117Cys

    R117H c.350G>A p.Arg117His

    Y122X c.366T>A p.Tyr122X

    621+1G>T c.489+1G>T

    711+1G>T c.579+1G>T

    L206W c.617T>G p.Leu206Trp

    1078delT c.948del(c.948delT) p.Phe316LeufsX12

    R334W c.1000C>T p.Arg334Trp

    R347P c.1040G>C p.Arg347Pro

    R347H c.1040G>A p.Arg347His

    A455E c.1364C>A p.Ala455Glu

    I507del c.1519_1521del (c.1519_1521delATC) p.Ile507del

    F508del c.1521_1523del (c.1521_1523delCTT) p.Phe508del

    1677delTA c.1545_1546del (c.1545_1546delTA) p.Tyr515X

    V520F c.1558G>T p.Val 520Phe

    1717-1G>A c.1585-1G>A

    G542X c.1624G>T p.Gly542X

    S549R(T>G) c.1647T>G p.Ser549Arg

    S549N c.1646G>A p.Ser549Asn

    G551D c.1652G>A p.Gly551Asp

    R553X c.1657C>T p.Arg553X

    R560T c.1679G>C p.Arg560Thr

    1811+1.6kbA>G c.1680-886A>G

    1898+1G>A c.1766+1G>A

    2143delT c.2012del (c.2012delT) p.Leu671X

    2184delA c.2052del (c.2052delA) p.Lys684AsnfsX38

    2347delG c.2215del (c.2215delG) p.Val739TyrfsX16

    W846X c.2538G>A p.Trp846X

    2789+5G>A c.2657+5G>A

    Q890X c.2668C>T p.Gln890X

    3120+1G>A c.2988+1G>A

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    CF2EUBYPT 002 Sep-2014 Pgina 3 de 26

    Tradicional De acordo com as orientaes da HGVS *

    cDNA name

    Protein name

    Protein name

    3272-26A>G c. 3140-26A>G

    R1066C c.3196C>T p.Arg1066Cys

    Y1092X(C>A) c.3276C>A p.Tyr1092X

    M1101K c.3302T>A p.Met1101Lys

    D1152H c.3454G>C p.Asp1152His

    R1158X c.3472C>T p.Arg1158X

    R1162X c.3484C>T p.Arg1162X

    3659delC c.3528del (c.3528delC) p.Lys1177SerfsX15

    3849+10kbC>T c.3718-2477C>T

    S1251N c.3752G>A p.Ser1251Asn

    3905insT c.3773dup (c.3773dupT) p.Leu1258PhefsX7

    W1282X c.3846G>A p.Trp1282X

    N1303K c.3909C>G p.Asn1303Lys

    * with reference to Mutation Nomenclature in Practice: Findings and Recommendations from the Cystic Fibrosis External Quality Assessment Scheme. Berwouts S, Morris M, Girodon G, Schwarz M, Stuhrmann M and Dequeker E. Human Mutation, Vol.00, No. 0, 1-7 (2011)

    O CF-EU2v1 capaz de distinguir entre indivduos heterozigticos e homozigticos relativamente a todas as mutaes e variantes acima, excepo de S549R(T>G) consulte a seco de reactividade cruzada deste documento.

    Resumo e explicao

    A fibrose cstica (FC) a patologia autossmica recessiva limitante mais comum entre a populao caucasiana. A incidncia da doena de 1:3200 nados-vivos nesta etnia (1). Na populao caucasiana, a frequncia de heterozigticos de aproximadamente 1:25.

    A fibrose cstica afecta o epitlio de diversos rgos, resultando numa doena complexa e multissistmica que envolve o pncreas excrino, os intestinos, o aparelho respiratrio, o aparelho genital masculino, o sistema hepatobiliar e as glndulas sudorparas excrinas. A expresso da doena varia segundo a gravidade das mutaes do CFTR (2), dos modificadores genticos (3) e dos factores ambientais (4). Esta gravidade varia desde morte no incio da infncia em resultado de doena pulmonar obstrutiva progressiva com broncoectasia, at insuficincia pancretica com doena pulmonar obstrutiva gradualmente progressiva durante a adolescncia e aumento da frequncia de hospitalizaes motivadas por doenas pulmonares no incio da idade adulta e at sinusite e bronquite recorrentes ou infertilidade masculina no incio da idade adulta.

    Habitualmente, o diagnstico de fibrose cstica estabelecido em indivduos com uma ou mais caractersticas fenotpicas de CF e dados de uma anomalia na funo do CFTR com base em um dos seguintes aspectos: presena de duas mutaes causadoras de doena no gene CFTR ou dois valores quantitativos anormais de cloro na iontoforese da transpirao estimulada pela pilocarpina (>60 mEq/l) ou determinaes da diferena de potencial nasal transepitelial (NPD) caractersticas de CF. A taxa de deteco da mutao CFTR varia segundo o mtodo analtico e a herana tnica. Em alguns indivduos sintomticos, apenas se detecta uma ou nenhuma mutao causadora de doena; em alguns portadores, a mutao causadora de doena no detectvel.

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/autosomal-recessive/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/heterozygote/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/mutationhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/disease-causing-mutation/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/gene/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/mutation/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/disease-causing-mutation/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/carrier/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/gene/glossary/def-item/disease-causing-mutation/

  • Elucigene CF-EU2v1 Instrues de utilizao

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    As doenas relacionadas com o CFTR so transmitidas de forma autossmica recessiva. Irmos de um probando com fibrose cstica tm uma probabilidade de 25% de estarem afectados, uma probabilidade de 50% de serem portadores assintomticos e uma probabilidade de 25% de no serem afectados e no portadores. Os testes de gentica molecular de mutaes causadoras de doena(s) no gene CFTR so utilizados para a deteco de portadores em programas de rastreio na populao. Existem testes pr-natais para gravidezes com maior risco de sofrer anomalias relacionadas com o CFTR se forem conhecidas mutaes causadoras de doena na famlia.

    Desde a descoberta do gene CFTR, em 1989 (5), foram descritas mais de 1700 mutaes e variantes do gene (6). Muitas destas mutaes so privadas, tendo sido descritas apenas num doente e/ou famlia. As anlises de rotina de todas as mutaes possveis no so exequveis nem rentveis, estando assim confinadas anlise das mutaes mais comuns. O CF-EU2v1 um kit de testes da fibrose cstica concebido especificamente para analisar as mutaes mais comuns nas populaes de origem europeia. No total, o ensaio identifica 50 mutaes e analisa ainda o segmento poli-T do intro 9 atravs da determinao exacta da repetio de TG adjacente.

    O segmento polimrfico de timidina que se encontra na juno entre o intro 9 e o exo 10 influencia a transcrio. O nmero de resduos de timidina (5T, 7T ou 9T) afecta a eficincia de splicing do exo 10; se estiver presente o alelo 5T, estar ausente uma proporo dos produtos da transcrio do exo 10, que resulta em protenas no funcionais e sintomas de CF variveis. H relatos de que o nmero de repeties de TG na extremidade 5 do segmento de politimidina pode tambm influenciar o splicing to exo 10 (7). Se presentes no mesmo alelo da variante 5T, quanto maior for o nmero de repeties de TG, maior a proporo de produtos de transcrio do CFTR que no possuem o exo 10. O nmero de repeties de TG pode ser determinado utilizando o CF-EU2v1 medindo os picos dos produtos de amplificao de 5T.

    Princpios do procedimento

    O mtodo utilizado pelo kit Elucigene CF-EU2v1 utiliza uma tecnologia de sistema de mutao refractria amplificao (Amplification Refractory Mutation System, ARMS) de fluorescncia para amplificao especfica de alelos, que detecta mutaes, inseres ou delees pontuais no DNA (8). O princpio do ARMS que os oligonucletidos com um resduo no correspondente na extremidade 3 no funcionam como iniciadores da reaco em cadeia da polimrase (PCR) em condies especficas. A seleco de oligonucletidos adequados permite a amplificao e deteco de sequncias de DNA mutantes ou normais especficas. As sequncias amplificadas (produtos de amplificao) so separadas por electroforese de capilares utilizando um analisador gentico da Appli