Sónia Mendo
7ª Aula:TAXONOMIA E IDENTIFICAÇÃO DE MICRORGANISMOS
Sónia Mendo
Qual das seguintes moléculas surgiu primeiro?
Sónia Mendo
Quebra de ligações fosfodiéstere catalisa reacções bioquímicas
Molécula autoreplicativa
Probionte: RNA encerrado numa vesícula lipídica
Lipossomas contendo RNA
Hipótese do “Mundo do RNA”
Sónia Mendo
Relações evolutivas entre os diferentes organismos só foi possível por comparaçãode seq. nt e de aa.
�Só 1% dos MO são cultiváveis
Sónia Mendo
Archae
EukaryaBacteria
� Paredes sem peptidoglucano� Lípidos da memb. com ligações éter� tRNA sem timina� RNA pol. diferentes� Ribossomas de composição e forma
diferentes� 1 RNase simples, DNA dependente� mRNA policistrónico
� Lípidos da memb. com ligações
éster
� Componentes de fluxo de informação� Genes comuns
�ATPase
� 1 RNase simples, DNA dependente� mRNA policistrónico
� 3 RNases complexas, DNA-dependentes� mRNA policistrónico
� Genes em comunHip. da fusão de genomas
Ramo Bacteria
� OS TRÊS DOMÍNIOS
Sónia Mendo* Análise da sequência nucletídica dos genes do rRNA 18S e 16S
Norman Pace
Divergência evolutiva
RNA ribossomal 16S� Molécula ubíqua em todos os organismos� Funcionalmente homóloga� Moderadamente conservada
� RNA ribossomal como cronómetro evolutivo
Sónia Mendo
16S 5S 23S
18S 5.8S 25/28S
V6
ITS2 D2
� PROCARIOTAS
� EUCARIOTAS
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TAXONOMIA MICROBIANA
Bacteria
Proteobacteria
�, β, γ, δ, ε -Proteobacteria
Legionellales, Pseudomonadales, Vibrionales, Enterobacteriales
Enterobacteriaceae
Enterobacter Escherichia Klebsiella Proteus Salmonella Serratia Shigella
S. flexneri S. dysenteriae
S. Flexneri serotipo 2a estirpe 2457T
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TAXONOMIA
Classificação Nomenclatura Identificação
Sónia Mendo
CLASSIFICAÇÃO/IdentificaçãoDE
MICRORGANISMOS
FENÉTICA FILOGENÉTICA
GENOTÍPICAGenomas >70% homologia: mesma espécie
» 97%: mesma espécie
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�� MMÉÉTODOS FENOTTODOS FENOTÍÍPICOSPICOS (características expressas pelos microrganismos)
� Morfologia
� Biotipagem (perfis enzimáticos, fenótipos bioquímicos e fisiológicos, antibiogramas, fagotipagem, análise de proteínas)
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Sónia Mendo
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VITEK® 2
Sónia Mendo
�� MMÉÉTODOS GENOTTODOS GENOTÍÍPICOSPICOS (envolvem a análise de ácidos nucleícos)� Permitem um elevado índice de descriminação e fiabilidade na diferenciação de
estirpes� Análise de plamídeos� Perfil de restrição de DNA genómico� Análise por hibridação
Sónia Mendo
� TAXONOMIA CONVENCIONAL DE MO
� Conteúdo G+C•• G+C/A+T+C+G x100%G+C/A+T+C+G x100%
– Varia entre 20-80% entre procariotas
� Hibridação DNA:DNA
Sónia Mendo
� Ribotipagem
� PFGE
� Outros métodos baseados na técnica de PCR
OUTRAS METODOLOGIAS: DNA “fingerprinting”
Sónia Mendo
O QUE É A PCR ? Qual a sua aplicação?
Sónia Mendo
Derivatizar para formarÉsteres de metilo
Gromatografiagasosa
Comparar o padrãodos picos com padrões
das bases de dados
Identificação do MO
� Análise de ácidos gordos
Sónia Mendo
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Sónia Mendo
� Análise molecular de comunidades
Comunidademicrobiana
Extracção de DNA
DNA da comunidade total
PCR genes 16S rRNA
Clones de DNA ribossomal
Determinação da sequência nucleotídica e construção da árvore filogenética/dendrograma
METAGENÓMICA
Sónia Mendo
� Identificação de microrganismos
PCR genes 16S rRNA
Determinação da sequência nucleotídica
Identificação do MO
Comparação com sequências depositadasNas bases de dados
Sónia Mendo
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MANUAL BERGEY´S DE BACTERIOLOGIA
CLASSIFICAÇÃO FENÉTICA CLASSIFICAÇÃO FILOGENÉTICA
1ª ed.1984 ...9ª ed.