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  • Universidade de So Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz

    Diversidade de Cianobactrias em Manguezais do Estado de So Paulo

    Janaina Rigonato

    Tese apresentada para obteno do ttulo de Doutor em Cincias. rea de concentrao: Microbiologia Agrcola

    Piracicaba 2010

  • Janaina Rigonato Biloga

    Diversidade de Cianobactrias em Manguezais do Estado de So Paulo

    Orientadora: Profa. Dra. MARLI DE FTIMA FIORE

    Tese apresentada para obteno do ttulo de Doutor em Cincias. rea de concentrao: Microbiologia Agrcola

    Piracicaba 2010

  • Dados Internacionais de Catalogao na Publicao

    DIVISO DE BIBLIOTECA E DOCUMENTAO - ESALQ/USP

    Rigonato, Janaina Diversidade de cianobactrias em manguezais do Estado de So Paulo / Janaina

    Rigonato. - - Piracicaba, 2010. 107 p. : il.

    Tese (Doutorado) - - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, 2010.

    1. Bactrias 2. Biodiversidade 3. Ecossistemas de mangue 4. Fixao de Nitrognio Ttulo

    CDD 589.46 R572d

    Permitida a cpia total ou parcial deste documento, desde que citada a fonte O autor

  • 3

    AGRADECIMENTOS

    Durante este perodo de minha vida tenho muito a agradecer:

    Profa. Dra. Marli de Ftima Fiore, pela orientao e confiana depositada em mim neste perodo;

    Ao Programa de Ps-Graduao em Microbiologia Agrcola (ESALQ/USP), pela oportunidade;

    Fundao de Amparo Pesquisa do Estado de So Paulo (FAPESP) e ao CNPq pelas bolsas de estudo;

    Ao tcnico da Embrapa Meio Ambiente, Joo Silva, e a todos que participaram e se empenharam nas expedies de coleta, as quais foram fundamentais para a realizao deste trabalho;

    Profa. Dra. Angela Kent da Universidade de Illinois, e a todos do laboratrio, pela oportunidade de estgio oferecida;

    Ao doutorando Raphael Moreira Beirigo, por realizar as anlises qumicas do solo;

    Aos colegas e amigos do Laboratrio de Ecologia Molecular de Cianobactrias (CENA-USP), Ana Paula Dini, Carol Hoff, Carol Pamplona, Danillo Alvarenga, Diego Genurio, Elaine Crespim, Estela Stenico, Luciana Mecatti, Natlia Nardelli, Tnia Shishido, Marina Gumieri pelo companheirismo, momentos de descontrao e pelos dias de trabalho compartilhados, em especial a Adriana Lorenzi pelas sugestes;

    minha famlia, pai Sergio, me Isabel e irmo Junior, por todo o amor e por serem peas fundamentais na minha existncia;

    Ao Bruno, por estar sempre ao meu lado aonde quer que eu v;

    minha segunda famlia, Gilvan, Lilia e CIA por todo carinho a mim oferecidos durante nossa convivncia;

    A todos aqueles que direta ou indiretamente contriburam para a realizao deste estudo,

    A Deus, especialmente agradeo;

    Suas obras so perfeitas, porque todos os Seus caminhos so justos.

    Muito obrigada!

  • 4

  • 5

    Renda-se, como eu me rendi.

    Mergulhe no que voc no conhece como eu mergulhei.

    No se preocupe em entender,

    viver ultrapassa qualquer entendimento".

    Clarice Lispector

  • 6

  • 7

    SUMRIO

    RESUMO.......................................................................................................................................................9

    ABSTRACT................................................................................................................................................11

    1 INTRODUO.......................................................................................................................................13

    2 DESENVOLVIMENTO..........................................................................................................................15

    2.1 REVISO BIBLIOGRFICA..............................................................................................................15

    2.1.1 Biodiversidade....................................................................................................................................15

    2.1.2 Manguezais........................................................................................................................................15

    2.1.3 Contaminao do mangue por petrleo..............................................................................................17

    2.1.4 Ilha do Cardoso/Canania e Bertioga.................................................................................................18

    2.1.5 Micro-organimos do mangue.............................................................................................................19

    2.1.6 Estudos realizados para avaliao da microbiota nos manguezais de Ilha do Cardoso e Bertioga....20

    2.1.7 Cianobactrias....................................................................................................................................22

    2.1.8 Mtodos Moleculares.........................................................................................................................25

    2.1.8.1 DGGE..............................................................................................................................................27

    2.1.8.2 Biblioteca genmica........................................................................................................................28

    2.1.8.3 ARISA.............................................................................................................................................28

    2.1.8.4 TRFLP.............................................................................................................................................29

    2.1.8.5 Anlise estatstica............................................................................................................................31

    2.2 Objetivos e perguntas biolgicas...........................................................................................................32

    2.3 Material e mtodos................................................................................................................................33

    2.3.1 Descrio do local de coleta...............................................................................................................33

    2.3.2 Amostragem de Folhas e extrao de DNA:......................................................................................34

    2.3.3 Amostragem de Solos e extrao de DNA:........................................................................................36

    2.3.4 Anlises qumicas do solo..................................................................................................................37

    2.3.5 Amplificao por PCR do gene 16S RNAr........................................................................................38

  • 8

    2.3.6 DGGE.................................................................................................................................................38

    2.3.7 Anlise estatstica do DGGE..............................................................................................................39

    2.3.8 Sequenciamento das bandas de DGGE de folhas...............................................................................39

    2.3.9 Construo da biblioteca genmica....................................................................................................40

    2.3.10 Sequenciamento da biblioteca genmica de amostras de DNA de folhas........................................41

    2.3.11 Sequenciamento da biblioteca genmica de amostras de DNA de solos.........................................42

    2.3.12 Anlises das sequncias, definio de UTO e construo da rvore filogentica............................42

    2.3.13 ndices de riqueza, diversidade e curvas de rarefao......................................................................43

    2.3.14 ARISA..............................................................................................................................................43

    2.3.15 Anlise dos dados de ARISA...........................................................................................................45

    2.3.16 TRFLP..............................................................................................................................................46

    2.3.17 Anlise dos dados de TRFLP...........................................................................................................47

    2.4 Resultados e Discusso..........................................................................................................................48

    2.4.1 Diversidade de Cianobactrias na filosfera........................................................................................48

    2.4.2 Diversidade de Cianobactrias de solos dos manguezais...................................................................61

    2.4.2.1 DGGE e Biblioteca do gene 16S RNAr..........................................................................................61

    2.4.2.2 ARISA e TRFLP do gene nifH........................................................................................................74

    3 Consideraes Finais................................................................................................................................84

    REFERNCIAS......................................................................................................................